Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01002868.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_115272, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 626
Length: 1044
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Found at i:354 original size:29 final size:29
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Indices: 322--416 Score: 81
Period size: 29 Copynumber: 3.3 Consensus size: 29
312 AAATGGTACT
322 TTTTGGAAGAATCGGGGTCGAAAATGAAA
1 TTTTGGAAGAATCGGGGTCGAAAATGAAA
* * *
351 TTTTTGAA-AGTCCGGGG--GTAAAATGTAA
1 TTTTGGAAGAAT-CGGGGTCG-AAAATGAAA
* * *
379 TTTTGGAAAAATC-GGGTCAAAAATAGAAT
1 TTTTGGAAGAATCGGGGTCGAAAAT-GAAA
408 TTTTGGAAG
1 TTTTGGAAG
417 TCTGGGGCTA
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 9, Indels: 12
0.71 0.12 0.17
Matches are distributed among these distances:
27 4 0.08
28 23 0.45
29 24 0.47
ACGTcount: A:0.37, C:0.06, G:0.27, T:0.29
Consensus pattern (29 bp):
TTTTGGAAGAATCGGGGTCGAAAATGAAA
Found at i:394 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 305--394 Score: 76
Period size: 28 Copynumber: 3.1 Consensus size: 28
295 TTGGTTACTT
* *
305 GGGGGTAAAATGGTACTTTTTGGAAGAATC
1 GGGGGTAAAAT-GTA-ATTTTGGAAAAATC
* * *
335 -GGGGTCGAAAATGAAATTTTTG-AAAGTCC
1 GGGGGT--AAAATGTAATTTTGGAAAAAT-C
364 GGGGGTAAAATGTAATTTTGGAAAAATC
1 GGGGGTAAAATGTAATTTTGGAAAAATC
392 GGG
1 GGG
395 TCAAAAATAG
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 8, Indels: 12
0.70 0.12 0.18
Matches are distributed among these distances:
28 20 0.43
29 15 0.32
30 7 0.15
31 5 0.11
ACGTcount: A:0.33, C:0.07, G:0.32, T:0.28
Consensus pattern (28 bp):
GGGGGTAAAATGTAATTTTGGAAAAATC
Found at i:523 original size:60 final size:60
Alignment explanation
Indices: 453--794 Score: 297
Period size: 59 Copynumber: 5.7 Consensus size: 60
443 AATCGAGGTC
* * * *
453 AAAAATGGAATTTTTAGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTCTAAAAAAATTAGGGTT
1 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAATGGTAATTTTCTGAAAAGATTAGGGTT
* *
513 AAAAATGGAATTTTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAATGGTAATTTTC-GAAAAGATCATGGTT
1 AAAAATGGAA-TTTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAATGGTAATTTTCTGAAAAGATTAGGGTT
* * * * *
573 AAAAAAGGAATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTT-TGAAAAGTTTGGGGTC
1 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAATGGTAATTTTCTGAAAAGATTAGGGTT
* ** * * * * *
632 AAAAATGTAATTTTTGGGAA-TTCAAGGGTAAAATGGTATTTTTTTGGAAAG-TTCGAGGTC
1 AAAAATGGAATTTTT-GGAAGTTTGAGGGTAAAATGGTAATTTTCTGAAAAGATTAG-GGTT
* * * * *
692 AAAAATGTAATTTTTGGAAAGTTTG-GAGTTAAAAATGG-AA-TTT-TGGAAAGTTTAGGGGT
1 AAAAATGGAATTTTTGG-AAGTTTGAG-GGT-AAAATGGTAATTTTCTGAAAAGATTAGGGTT
* * * *
751 AAAATTGTAATTTTTGGAAAGTTTAAGGTTAAAAATGG-AATTTT
1 AAAAATGGAATTTTTGG-AAGTTTGAGGGT-AAAATGGTAATTTT
795 GGGAAGTTCG
Statistics
Matches: 242, Mismatches: 28, Indels: 24
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
59 126 0.52
60 72 0.30
61 37 0.15
62 7 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.02, G:0.25, T:0.36
Consensus pattern (60 bp):
AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAATGGTAATTTTCTGAAAAGATTAGGGTT
Found at i:555 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 453--834 Score: 221
Period size: 30 Copynumber: 12.8 Consensus size: 30
443 AATCGAGGTC
* *
453 AAAAATGG-AATTTTTAGAAGTTTGGGGGT
1 AAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTGAGGGT
** **
482 -AAAATGGTAATTTTCTAAAAAAATT-AGGGTT
1 AAAAATGGTAATTTT-T-GGAAGTTTGAGGG-T
513 AAAAATGG-AATTTTTTGGAAGTTTGAGGGT
1 AAAAATGGTAA-TTTTTGGAAGTTTGAGGGT
* * * * *
543 -AAAATGGTAATTTTCGAAAAG-ATCATGGTT
1 AAAAATGGTAATTTTTG-GAAGTTTGA-GGGT
* *
573 AAAAAAGG-AATTTTTGGAAGTTCGAGGGT
1 AAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTGAGGGT
*
602 -AAAATGGTAATTTTTGAAAAGTTTG-GGGT
1 AAAAATGGTAATTTTTG-GAAGTTTGAGGGT
**
631 CAAAAAT-GTAATTTTTGGGAA-TTCAAGGGT
1 -AAAAATGGTAATTTTT-GGAAGTTTGAGGGT
* *
661 -AAAATGGTATTTTTTTGGAAAGTTCGA-GGT
1 AAAAATGGTA-ATTTTTGG-AAGTTTGAGGGT
*
691 CAAAAAT-GTAATTTTTGGAAAGTTTG-GAGTT
1 -AAAAATGGTAATTTTTGG-AAGTTTGAG-GGT
722 AAAAATGG-AA-TTTTGGAAAGTTT-AGGGGT
1 AAAAATGGTAATTTTTGG-AAGTTTGA-GGGT
* * *
751 -AAAATTGTAATTTTTGGAAAGTTTAAGGTT
1 AAAAATGGTAATTTTTGG-AAGTTTGAGGGT
* *
781 AAAAATGG-AATTTTGGGAAGTTCGAGGGT
1 AAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTGAGGGT
*
810 AAAAAAT-GTAATTTTTTGACAGTTT
1 -AAAAATGGTAATTTTTGGA-AGTTT
835 AGCGACCTTT
Statistics
Matches: 275, Mismatches: 42, Indels: 70
0.71 0.11 0.18
Matches are distributed among these distances:
28 24 0.09
29 72 0.26
30 117 0.43
31 46 0.17
32 16 0.06
ACGTcount: A:0.37, C:0.03, G:0.25, T:0.36
Consensus pattern (30 bp):
AAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTGAGGGT
Found at i:607 original size:59 final size:58
Alignment explanation
Indices: 307--710 Score: 313
Period size: 59 Copynumber: 6.9 Consensus size: 58
297 GGTTACTTGG
* * * * * * * * *
307 GGGTAAAATGGTACTTTTTGGAAGAATCGGGGTCGAAAATGAAATTTTTGAAAGTCCGG
1 GGGTAAAATGGTA-ATTTTCGAAAAATCAGGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGA
* *
366 GGGTAAAAT-GTAATTTTGGAAAAATC-GGGTCAAAAATAGAATTTTTGGAAG-TCTG-
1 GGGTAAAATGGTAATTTTCGAAAAATCAGGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTC-GA
* * * * * *
421 GGGCT--AACGATAATTTTGGAAAAATC-GAGGTCAAAAATGGAATTTTTAGAAGTTTGG
1 GGG-TAAAATGGTAATTTTCGAAAAATCAG-GGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGA
* * * *
478 GGGTAAAATGGTAATTTTCTAAAAAAATTAGGGTTAAAAATGGAATTTTTTGGAAGTTTGA
1 GGGTAAAATGGTAATTTTC--GAAAAATCAGGGTCAAAAATGGAA-TTTTTGGAAGTTCGA
* * *
539 GGGTAAAATGGTAATTTTCGAAAAGATCATGGTTAAAAAAGGAATTTTTGGAAGTTCGA
1 GGGTAAAATGGTAATTTTCGAAAA-ATCAGGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGA
* * ** * *
598 GGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAAGTTTGGGGTCAAAAATGTAATTTTTGGGAA-TTCAA
1 GGGTAAAATGGTAATTTTCGAAAA-ATCAGGGTCAAAAATGGAATTTTT-GGAAGTTCGA
* * ** *
657 GGGTAAAATGGTATTTTTTTGGAAAGTTC-GAGGTCAAAAATGTAATTTTTGGAA
1 GGGTAAAATGGTA--ATTTTCGAAAAATCAG-GGTCAAAAATGGAATTTTTGGAA
711 AGTTTGGAGT
Statistics
Matches: 290, Mismatches: 38, Indels: 34
0.80 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
54 2 0.01
55 21 0.07
56 47 0.16
57 16 0.06
58 13 0.04
59 90 0.31
60 60 0.21
61 41 0.14
ACGTcount: A:0.36, C:0.05, G:0.26, T:0.33
Consensus pattern (58 bp):
GGGTAAAATGGTAATTTTCGAAAAATCAGGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGA
Found at i:660 original size:149 final size:149
Alignment explanation
Indices: 507--827 Score: 354
Period size: 149 Copynumber: 2.2 Consensus size: 149
497 TAAAAAAATT
*
507 AGGGTTAAAAATGGAATTTTTTGG-AAGTTTGAGGGT-AAAATGGTAATTTTCGAAAAGATCAT-
1 AGGGTTAAAAATGGAATTTTTTGGAAAGTTCGA-GGTAAAAAT-GTAATTTTCGAAAAG-T-ATG
**
569 G-GTTAAAAAAGGAATTTTTGG-AAGTTCGA-GGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAAGTTTGGGGT
62 GAGTTAAAAAAGGAA-TTTTGGAAAGTT-GAGGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAAGTTTAAGGT
*
631 CAAAAATGTAATTTTTGGGAA-TTCA
125 CAAAAATGGAA-TTTTGGGAAGTTCA
* * * *
656 AGGG-T-AAAATGGTATTTTTTTGGAAAGTTCGAGGTCAAAAATGTAATTTTTGGAAAGTTTGGA
1 AGGGTTAAAAATGG-AATTTTTTGGAAAGTTCGAGGT-AAAAATGTAATTTTCGAAAAGTATGGA
* * * * *
719 GTTAAAAATGGAATTTTGGAAAGTTTAGGGGTAAAATTGTAATTTTTGGAAAGTTTAAGGTTAAA
64 GTTAAAAAAGGAATTTTGGAAAGTTGAGGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAAGTTTAAGGTCAAA
*
784 AATGGAATTTTGGGAAGTTCG
129 AATGGAATTTTGGGAAGTTCA
* *
805 AGGGTAAAAAATGTAATTTTTTG
1 AGGGTTAAAAATGGAATTTTTTG
828 ACAGTTTAGC
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 17, Indels: 21
0.79 0.09 0.12
Matches are distributed among these distances:
147 8 0.06
148 31 0.22
149 86 0.60
150 13 0.09
151 6 0.04
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Consensus pattern (149 bp):
AGGGTTAAAAATGGAATTTTTTGGAAAGTTCGAGGTAAAAATGTAATTTTCGAAAAGTATGGAGT
TAAAAAAGGAATTTTGGAAAGTTGAGGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAAGTTTAAGGTCAAAAA
TGGAATTTTGGGAAGTTCA
Found at i:764 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 508--835 Score: 242
Period size: 59 Copynumber: 5.5 Consensus size: 59
498 AAAAAAATTA
* * * * * * *
508 GGGTTAAAAATGGAATTTTTTGG-AAGTTTGAGGGT-AAAATGGTAATTTTCGAAAAGATCAT
1 GGGTAAAAAATGTAA-TTTTTGGAAAGTTTAAGGTTAAAAATGG-AATTTT-GGAAAGTTC-G
* * ** * * *
569 GGTTAAAAAA-GGAATTTTTGG-AAGTTCGAGGGT-AAAATGGTAATTTTTGAAAAGTTTG
1 GGGTAAAAAATGTAATTTTTGGAAAGTTTAAGGTTAAAAATGG-AA-TTTTGGAAAGTTCG
* * * * *
627 GGGTCAAAAATGTAATTTTTGGGAA-TTCAAGGGT-AAAATGGTATTTTTTTGGAAAGTTCG
1 GGGTAAAAAATGTAATTTTTGGAAAGTTTAAGGTTAAAAATGG-A--ATTTTGGAAAGTTCG
* * * *
687 AGGTCAAAAATGTAATTTTTGGAAAGTTT-GGAGTTAAAAATGGAATTTTGGAAAGTTTAG
1 GGGTAAAAAATGTAATTTTTGGAAAGTTTAAG-GTTAAAAATGGAATTTTGGAAAG-TTCG
* *
747 GGGT-AAAATTGTAATTTTTGGAAAGTTTAAGGTTAAAAATGGAATTTTGGGAAGTTCG
1 GGGTAAAAAATGTAATTTTTGGAAAGTTTAAGGTTAAAAATGGAATTTTGGAAAGTTCG
* *
805 AGGGTAAAAAATGTAATTTTTTGACAGTTTA
1 -GGGTAAAAAATGTAATTTTTGGAAAGTTTA
836 GCGACCTTTA
Statistics
Matches: 227, Mismatches: 28, Indels: 25
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
58 11 0.05
59 121 0.53
60 75 0.33
61 13 0.06
62 7 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.03, G:0.26, T:0.36
Consensus pattern (59 bp):
GGGTAAAAAATGTAATTTTTGGAAAGTTTAAGGTTAAAAATGGAATTTTGGAAAGTTCG
Done.