Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01002882.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_115293, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 10643
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.34


Found at i:3236 original size:333 final size:344

Alignment explanation


    Indices: 2517--3567  Score: 1647
    Period size: 359  Copynumber: 3.0  Consensus size: 344

       2507 ATCTATTAAT

                        *                                          *     *   
       2517 CAAATAATTGCAGAATTATGAATTTACAAGTTGGTAAAGAAAAACACAATATTTTAGAGTGATAG
          1 CAAATAATTGCAAAATTATGAATTTACAAGTTGGTAAAGAAAAACACAATATTTTGGAGTGTTAG

                                              *           *                  
       2582 ATGTTAAATTAAATTAATGACCTAGATGCAAATGAATTAACCTAAAAGAGATGAATGAAATAAAA
         66 ATG----ATTAAATTAA-GA-CT--AT--AAATGGATT-A-C---ATGAGATGAATGAAATAAAA

                                                                     *       
       2647 TGCAATGTGATGGTTTTTGTGGCAATTTCACAAGTTTAACAACAATAACATGAATAAACTATAAT
        116 TGCAATGTGATGGTTTTTGTGGCAATTTCACAAGTTTAACAACAATAACATGAATAAGCTATAAT

                                                         *                   
       2712 AATTACAACATTTCACTTAATTCATTTTTCATCATGCTTAACATTATTCCGAAAAAATTTCATGG
        181 AATTACAACATTTCACTTAATTCATTTTTCATCATGCTTAACATTGTTCCGAAAAAATTTCATGG

                                                        *                    
       2777 CAACTCGATTATTCATAAACTTGGAATTTGATATAAGTTCTTTCTAAATCTTATGCTTAGAAAAA
        246 CAACTCGATTATTCATAAACTTGGAATTTGATATAAGTTCTTTCGAAATCTTATGCTTAGAAAAA

                         *                    
       2842 CATGCACATTTCTTTGTCCATATTTAACTAAGGA
        311 CATGCACATTTCTATGTCCATATTTAACTAAGGA

                                                                             
       2876 CAAATAATTGCAAAATTATGAATTTACAAGTTGGTAAA-AAAAACACAATATTTTGGAGTGTTAG
          1 CAAATAATTGCAAAATTATGAATTTACAAGTTGGTAAAGAAAAACACAATATTTTGGAGTGTTAG

                                                                             
       2940 ATG-TTAAATTAA-A-T-T-AAT-GA-T-C-T-AGATGAATGAAATAAAATGCAATGTGATGGTT
         66 ATGATTAAATTAAGACTATAAATGGATTACATGAGATGAATGAAATAAAATGCAATGTGATGGTT

                                                                             
       2995 TTTGTGGCAATTTCACAAGTTTAACAACAATAACATGAATAAGCTATAATAATTACAACATTTCA
        131 TTTGTGGCAATTTCACAAGTTTAACAACAATAACATGAATAAGCTATAATAATTACAACATTTCA

                                             *                               
       3060 CTTAATTCATTTTTCATCATGCTTAACATTGTTTCGAAAAAATTTCATGGCAACTCGATTATTCA
        196 CTTAATTCATTTTTCATCATGCTTAACATTGTTCCGAAAAAATTTCATGGCAACTCGATTATTCA

                                                                             
       3125 TAAACTTGGAATTTGATATAAGTTCTTTCGAAATCTTATGCTTAGAAAAACATGCACATTTCTAT
        261 TAAACTTGGAATTTGATATAAGTTCTTTCGAAATCTTATGCTTAGAAAAACATGCACATTTCTAT

                               
       3190 GTCCATATTTAACTAAGGA
        326 GTCCATATTTAACTAAGGA

                                                                             
       3209 CAAATAATTGCAAAATTATGAATTTACAAGTTGGTAAAGAAAAACACAATATTTTGGAGTGTTAG
          1 CAAATAATTGCAAAATTATGAATTTACAAGTTGGTAAAGAAAAACACAATATTTTGGAGTGTTAG

                                                                             
       3274 ATGTTAAATTAAATTAATGACCTAGATGCAAATGGATTAACCCAAATGAGATGAATGAAATAAAA
         66 ATG----ATTAAATTAA-GA-CT--AT--AAATGGATT-A--C--ATGAGATGAATGAAATAAAA

                                               *                             
       3339 TGCAATGTGATGGTTTTTGTGGCAATTTCACAAGTCTAACAACAATAACATGAATAAGCTATAAT
        116 TGCAATGTGATGGTTTTTGTGGCAATTTCACAAGTTTAACAACAATAACATGAATAAGCTATAAT

                               *                                             
       3404 AATTACAACATTTCACTTATTTCATTTTTCATCATGCTTAACATTGTTCCGAAAAAATTTCATGG
        181 AATTACAACATTTCACTTAATTCATTTTTCATCATGCTTAACATTGTTCCGAAAAAATTTCATGG

                                                                             
       3469 CAACTCGATTATTCATAAACTTGGAATTTGATATAAGTTCTTTCGAAATCTTATGCTTAGAAAAA
        246 CAACTCGATTATTCATAAACTTGGAATTTGATATAAGTTCTTTCGAAATCTTATGCTTAGAAAAA

                                              
       3534 CATGCACATTTCTATGTCCATATTTAACTAAGGA
        311 CATGCACATTTCTATGTCCATATTTAACTAAGGA

       3568 TTCCTTAGAA


Statistics
Matches: 653,  Mismatches: 13, Indels: 52
        0.91            0.02        0.07

Matches are distributed among these distances:
 333  279  0.43
 334   29  0.04
 338    1  0.00
 339    9  0.01
 341    2  0.00
 342    1  0.00
 343    4  0.01
 346    2  0.00
 349    4  0.01
 350    2  0.00
 351    2  0.00
 353    9  0.01
 355    1  0.00
 358   28  0.04
 359  280  0.43

ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.34


Consensus pattern (344 bp):   
CAAATAATTGCAAAATTATGAATTTACAAGTTGGTAAAGAAAAACACAATATTTTGGAGTGTTAG
ATGATTAAATTAAGACTATAAATGGATTACATGAGATGAATGAAATAAAATGCAATGTGATGGTT
TTTGTGGCAATTTCACAAGTTTAACAACAATAACATGAATAAGCTATAATAATTACAACATTTCA
CTTAATTCATTTTTCATCATGCTTAACATTGTTCCGAAAAAATTTCATGGCAACTCGATTATTCA
TAAACTTGGAATTTGATATAAGTTCTTTCGAAATCTTATGCTTAGAAAAACATGCACATTTCTAT
GTCCATATTTAACTAAGGA
Done.