Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01002886.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_115299, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3055
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.17, T:0.40
Found at i:837 original size:216 final size:216
Alignment explanation
Indices: 1--965 Score: 1196
Period size: 215 Copynumber: 4.5 Consensus size: 216
* * **
1 AAGTATTCAAGACGAACCAATCCTTCGAGCAATTTTTTGAACATTACATGCTCGGGAAGTCGCAT
1 AAGTGTTCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTACATGCTCGGGAAGTCGCAT
* * *
66 CATTTGGTCTAAAT-GTTTTTCATTTTGTAGACAAGTTTTGGCCTTTGAATTTAAAACTTATTTA
66 CATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGACCTTTGAATTAAAAACTTATTTA
* * * * * *
130 CTTGAGAATTGAT-TCTCTATTGGTTGTTGGAAGAACTTACGAAATTGTCAAACTTTTAAGAGTT
131 CGTGAGAATTG-TGTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTT
* *
194 CCTTTTTAAATCTGGTTCCTTA
195 CTTTTTTAAATATGGTTCCTTA
* * * * * * ** * *
216 AAGTGTTCAAGACGATCCATTACTTCGAGTAATTTTACAAACATTCCATGCGAGGGAAATCGTAT
1 AAGTGTTCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTACATGCTCGGGAAGTCGCAT
* * *
281 CATTTGATCTAAATAGTTTTTCGTTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTA-TTA
66 CATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGACCTTTGAATTAAAAACTTATTTA
* **
345 CGTGAGAATTGTG-CTCTCTTGGTTATTGGACGAACTTTCGAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTC
131 CGTGAGAATTGTGTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTC
* * *
409 TTTTCTAGCATCA--ATTCCTTA
196 TTTTTTA-AAT-ATGGTTCCTTA
* * *
430 AAGTATTCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTACATGCTCGGGAGGTCGCAC
1 AAGTGTTCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTACATGCTCGGGAAGTCGCAT
* * *
495 CATTTGGTCTAAA-AGTTTGTCATTTTGTAAACATGTTTTGGCCTTTGAATTAAAAACTTATTTA
66 CATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGACCTTTGAATTAAAAACTTATTTA
* * * *
559 CGTGACAATTGTTTCTCCCTTGGTTGTTGGATGAAC-TTCTGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTT
131 CGTGAGAATTGTGTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTTC-GAACTTGTCAAACTTTTACGAGTT
623 CTTTTTTAAATATGGTTCCTTA
195 CTTTTTTAAATATGGTTCCTTA
* ** *** ** ** *
645 AAGTGTTTAAGACGATCCTTTCCTTCGTTTAATTTTTTGAACATGCCATGCGT-GGGAAATCGCA
1 AAGTGTTCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTACATGC-TCGGGAAGTCGCA
* *
709 TCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTGTTT
65 TCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGACCTTTGAATTAAAAACTTATTT
* * *
774 TCGTAAGAATTGTGTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTTCGAACTTATCAAACTTTTACGAGTT
130 ACGTGAGAATTGTGTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTT
* **
839 CTTTTATAGCT-TCGGTTCCTTA
195 CTTTTTTAAATAT-GGTTCCTTA
* *
861 AAGTTTTCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTACATGCTCGGTAAGTCGCAT
1 AAGTGTTCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTACATGCTCGGGAAGTCGCAT
* *
926 CCTTTGGTCTAAA-AGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTG
66 CATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTG
966 TCATTTTTCA
Statistics
Matches: 630, Mismatches: 106, Indels: 28
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
213 43 0.07
214 139 0.22
215 225 0.36
216 220 0.35
217 3 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.17, T:0.39
Consensus pattern (216 bp):
AAGTGTTCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTACATGCTCGGGAAGTCGCAT
CATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGACCTTTGAATTAAAAACTTATTTA
CGTGAGAATTGTGTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTC
TTTTTTAAATATGGTTCCTTA
Found at i:1603 original size:215 final size:215
Alignment explanation
Indices: 973--3055 Score: 2475
Period size: 215 Copynumber: 9.7 Consensus size: 215
963 TTGTCATTTT
* * * *
973 TCAAACTTTTAAGAGTTCTTTT-TCAAATCCGGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTT
1 TCAAACTTTTACGAGTTCTTTTAT-AAATTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAATCCTT
* *
1037 CGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATT
65 CGAGTAATTTTTCGAACATTACATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATT
* * * *
1102 TTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTATAAACTTATTAAGTGAGAATTG-GTTCTCTCTTGGTT
130 TTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTACGTGAGAATTGTG-TCTCTCTTGGTT
* *
1166 CTTGGACGGACTTCCGAATTTG
194 CTTGGACGAACTTCCGAACTTG
* * * *
1188 TCAAGCTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAACTATGCAAGACGATCCAATCCTTC
1 TCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAAATTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAATCCTTC
* * ** * *
1253 GAG-CAGTTTTCGAAACATTACATGCTCGGG-----GCATCATTTGGTCTAAA-AGGTTTGTCGT
66 GAGTAATTTTTCG-AACATTACATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATA-GTTTTTCAT
*
1311 TTTGTAAACAAG-TTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGT
129 TTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTA-TTACGTGAGAATTGTGTCTCTCTTGGT
*
1375 TGTTGGACGAACTTCCGAACTTG
193 TCTTGGACGAACTTCCGAACTTG
* * ** * *
1398 TCAAACTTTTACTAGTTCATTTT-TAAATCCAATTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTT
1 TCAAACTTTTACGAGTTC-TTTTATAAATTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAATCCTT
*
1462 CGAGTAATTTTTCGAACATTACATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCGTT
65 CGAGTAATTTTTCGAACATTACATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATT
* * *
1527 TTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTACGTGAGAATTGTGACTCTGTTGGTTC
130 TTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTACGTGAGAATTGTGTCTCTCTTGGTTC
*
1592 TTGGACGAACTTTCGAACTTG
195 TTGGACGAACTTCCGAACTTG
** ** *
1613 TTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTCAAGTATTCAAGACGATCCAATCCTTC
1 TCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAAATTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAATCCTTC
* * * * ** **
1678 GAGCAATTTTCCAAACATTACTTGCTCGGGAGGTCGCATCATTTGGTCTAAA-AGTTTTTCATTT
66 GAGTAATTTTTCGAACATTACATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTT
* * * *
1742 TGTTAACAAGTTTTGGCCTTTGAATTAAAAACTTATTTATGTGACAATTGAT-TCTCTCTTGGTT
131 TGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTA-TTACGTGAGAATTG-TGTCTCTCTTGGTT
* * * *
1806 GTTGGATGAACTTACGAAATTG
194 CTTGGACGAACTTCCGAACTTG
* * * * * * *
1828 TCAAACTTTTAAGAGTTCTTTTTTAAATTTGGTTCCTTAAAGTGTACAAGACGATACATTCCTTC
1 TCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAAATTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAATCCTTC
*
1893 GAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTT
66 GAGTAATTTTTCGAACATTACATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTT
* * * * * * * *
1958 TGTGAACATGTTATGATCTTTAAATTAGAAACTTATTAAGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCT
131 TGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTACGTGAGAATTGTGTCTCTCTTGGTTCT
* *
2023 TAGACGAACTTTCGAACTTG
196 TGGACGAACTTCCGAACTTG
* ** * * *
2043 TCGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGTTTCGGTTCCTTAAACTATGCTAGACGATCCAATCCTTC
1 TCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAAATTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAATCCTTC
* *** * * * *
2108 GAGCAA-TTTTCGAACATTACATGCTCTGGAAGTTGCATCATTTGGTCTAAA-AGGTTTGTCGTT
66 GAGTAATTTTTCGAACATTACATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATA-GTTTTTCATT
* *
2171 TCGTAAACAAG-TTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTT
130 TTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTA-TTACGTGAGAATTGTGTCTCTCTTGGTT
* *
2235 GTTAGACGAACTTCCGAACTTG
194 CTTGGACGAACTTCCGAACTTG
* * * * * * *
2257 TCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCAGTTCCTTAAAGTGTTCAAGATGATCCATTCCTTC
1 TCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAAATTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAATCCTTC
* *
2322 GAGTAATTTTCCGAACATTACATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATATTTTTTCATTT
66 GAGTAATTTTTCGAACATTACATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTT
* * * *
2387 TGTAAACAAGTTTTGTTCTTTGAATTAAAAATTTATTACGTGAGAATTGTGACTCTCTTGTTTCT
131 TGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTACGTGAGAATTGTGTCTCTCTTGGTTCT
*
2452 TGGACGAACTTCCAAACTTG
196 TGGACGAACTTCCGAACTTG
** * ** *
2472 TTGAACTTTTACAAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGAACCAATCCTTC
1 TCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAAATTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAATCCTTC
* * ** *
2537 GAGCAATTTTTTGAACATTACATGCTCGGGAAGTCGCATCATTTGGTCTAAAT-GTTTTTCATTT
66 GAGTAATTTTTCGAACATTACATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTT
* * * * *
2601 TGTAGACAAGTTTTGGCCTTTGAATTTAAAACTTATTTACTTGAGAATTGAT-TCTCTATTGGTT
131 TGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTA-TTACGTGAGAATTG-TGTCTCTCTTGGTT
* * * *
2665 GTTGGAAGAACTTACGAAATTG
194 CTTGGACGAACTTCCGAACTTG
* * * *
2687 TCAAACTTTTAAGAGTTCCTTTT-TAAA-TCTGGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTACT
1 TCAAACTTTTACGAGTT-CTTTTATAAATTC-GGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAATCCT
* * * * * *
2750 TCGAGTAATTTTACAAACATTCCATGCGAGGGAAATCGTATCATTTGATCTAAATAGTTTTTCGT
64 TCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCAT
*
2815 TTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTACGTGAGAATTGTG-CTCTCTTGGTT
129 TTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTACGTGAGAATTGTGTCTCTCTTGGTT
* *
2879 ATTGGACGAACTTTCGAACTTG
194 CTTGGACGAACTTCCGAACTTG
** * * **
2901 TTGAACTTTTACGAGTTCTTTTCTAGCA-TCAATTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAATCCTT
1 TCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATA-AATTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAATCCTT
* * ** ** * *
2965 CGAGCAATTTTCCGAACATTACATGCTCGGGAGGTCGCACCATTTGGTCTAAA-AGTTTGTCATT
65 CGAGTAATTTTTCGAACATTACATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATT
* *
3029 TTGTAAACATGTTTTGGCCTTTGAATT
130 TTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATT
Statistics
Matches: 1573, Mismatches: 263, Indels: 66
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
209 23 0.01
210 146 0.09
211 11 0.01
213 59 0.04
214 372 0.24
215 826 0.53
216 136 0.09
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.17, T:0.39
Consensus pattern (215 bp):
TCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAAATTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAATCCTTC
GAGTAATTTTTCGAACATTACATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTT
TGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTACGTGAGAATTGTGTCTCTCTTGGTTCT
TGGACGAACTTCCGAACTTG
Found at i:1741 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 1716--1755 Score: 55
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
1706 GGAGGTCGCA
1716 TCATTTGGTCTAA-AAGTTTT
1 TCATTTGGT-TAACAAGTTTT
*
1736 TCATTTTGTTAACAAGTTTT
1 TCATTTGGTTAACAAGTTTT
1756 GGCCTTTGAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
19 3 0.17
20 15 0.83
ACGTcount: A:0.25, C:0.10, G:0.12, T:0.53
Consensus pattern (20 bp):
TCATTTGGTTAACAAGTTTT
Found at i:1939 original size:430 final size:430
Alignment explanation
Indices: 973--3055 Score: 3119
Period size: 430 Copynumber: 4.9 Consensus size: 430
963 TTGTCATTTT
*
973 TCAAACTTTTAAGAGTTCTTTTTCAAATCCGGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTC
1 TCAAACTTTTAAGAGTTCTTTTTTAAATCCGGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTC
*
1038 GAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTT
66 GAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTT
* * * *
1103 TGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTATAAACTTATTAAGTGAGAATTG-GTTCTCTCTTGGTTC
131 TGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTACGTGAGAATTGTG-ACTCTCTTGGTTC
* * * * * *
1167 TTGGACGGACTTCCGAATTTG-TCAAGCTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAACT
195 TTGGACGAACTTTCGAACTTGTTGAA-CTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGT
* *
1231 ATGCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAGTTTT-CGAAACATTACATGCTC--G-GG--GCATCAT
259 ATTCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCCG-AACATTACATGCTCGGGAGGTCGCATCAT
* *
1290 TTGGTCTAAAAGGTTTGTCGTTTTGTAAACAAG-TTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGT
323 TTGGTCTAAAA-GTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGT
* * *
1354 GAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTG
387 GAGAATTGATTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTACGAAATTG
** * **
1398 TCAAACTTTTACTAGTTCATTTTTAAATCCAATTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTC
1 TCAAACTTTTAAGAGTTCTTTTTTAAATCCGGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTC
* *
1463 GAGTAATTTTTCGAACATTACATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCGTTT
66 GAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTT
*
1528 TGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTACGTGAGAATTGTGACTCTGTTGGTTCT
131 TGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTACGTGAGAATTGTGACTCTCTTGGTTCT
*
1593 TGGACGAACTTTCGAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTCAAGTAT
196 TGGACGAACTTTCGAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTAT
* *
1658 TCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCCAAACATTACTTGCTCGGGAGGTCGCATCATTTG
261 TCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTACATGCTCGGGAGGTCGCATCATTTG
* * * *
1723 GTCTAAAAGTTTTTCATTTTGTTAACAAGTTTTGGCCTTTGAATTAAAAACTTATTTATGTGACA
326 GTCTAAAAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGA
*
1788 ATTGATTCTCTCTTGGTTGTTGGATGAACTTACGAAATTG
391 ATTGATTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTACGAAATTG
** * *
1828 TCAAACTTTTAAGAGTTCTTTTTTAAATTTGGTTCCTTAAAGTGTACAAGACGATACATTCCTTC
1 TCAAACTTTTAAGAGTTCTTTTTTAAATCCGGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTC
1893 GAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTT
66 GAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTT
* * * * * * **
1958 TGTGAACATGTTATGATCTTTAAATTAGAAACTTATTAAGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCT
131 TGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTACGTGAGAATTGTGACTCTCTTGGTTCT
* * * *
2023 TAGACGAACTTTCGAACTTGTCGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGTTTCGGTTCCTTAAACTAT
196 TGGACGAACTTTCGAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTAT
* * * * *
2088 GCTAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTT-CGAACATTACATGCTCTGGAAGTTGCATCATTTG
261 TCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTACATGCTCGGGAGGTCGCATCATTTG
* * *
2152 GTCTAAAAGGTTTGTCGTTTCGTAAACAAG-TTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAG
326 GTCTAAAA-GTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAG
* * * *
2216 AATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTAGACGAACTTCCGAACTTG
390 AATTGATTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTACGAAATTG
** * *
2257 TCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCAGTTCCTTAAAGTGTTCAAGATGATCCATTCCTTC
1 TCAAACTTTTAAGAGTTCTTTTTTAAATCCGGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTC
* * *
2322 GAGTAATTTTCCGAACATTACATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATATTTTTTCATTT
66 GAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTT
* * *
2387 TGTAAACAAGTTTTGTTCTTTGAATTAAAAATTTATTACGTGAGAATTGTGACTCTCTTGTTTCT
131 TGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTACGTGAGAATTGTGACTCTCTTGGTTCT
* * *
2452 TGGACGAACTTCCAAACTTGTTGAACTTTTACAAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTAT
196 TGGACGAACTTTCGAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTAT
* ** *
2517 TCAAGACGAACCAATCCTTCGAGCAATTTTTTGAACATTACATGCTCGGGAAGTCGCATCATTTG
261 TCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTACATGCTCGGGAGGTCGCATCATTTG
* * * * *
2582 GTCTAAATGTTTTTCATTTTGTAGACAAGTTTTGGCCTTTGAATTTAAAACTTATTTACTTGAGA
326 GTCTAAAAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGA
* *
2647 ATTGATTCTCTATTGGTTGTTGGAAGAACTTACGAAATTG
391 ATTGATTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTACGAAATTG
* * *
2687 TCAAACTTTTAAGAGTTCCTTTTTAAATCTGGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTACTTC
1 TCAAACTTTTAAGAGTTCTTTTTTAAATCCGGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTC
* * * * *
2752 GAGTAATTTTACAAACATTCCATGCGAGGGAAATCGTATCATTTGATCTAAATAGTTTTTCGTTT
66 GAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTT
*
2817 TGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTACGTGAGAATTGTG-CTCTCTTGGTTAT
131 TGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTACGTGAGAATTGTGACTCTCTTGGTTCT
* * **
2881 TGGACGAACTTTCGAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTCTAGCATCAATTCCTTAAAGTAT
196 TGGACGAACTTTCGAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTAT
*
2946 TCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTACATGCTCGGGAGGTCGCACCATTTG
261 TCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTACATGCTCGGGAGGTCGCATCATTTG
*
3011 GTCTAAAAGTTTGTCATTTTGTAAACATGTTTTGGCCTTTGAATT
326 GTCTAAAAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCTTTGAATT
Statistics
Matches: 1484, Mismatches: 162, Indels: 20
0.89 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
425 274 0.18
426 5 0.00
427 1 0.00
428 2 0.00
429 567 0.38
430 635 0.43
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.17, T:0.39
Consensus pattern (430 bp):
TCAAACTTTTAAGAGTTCTTTTTTAAATCCGGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTC
GAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTT
TGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTACGTGAGAATTGTGACTCTCTTGGTTCT
TGGACGAACTTTCGAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTAT
TCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTACATGCTCGGGAGGTCGCATCATTTG
GTCTAAAAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGA
ATTGATTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTACGAAATTG
Found at i:2634 original size:859 final size:855
Alignment explanation
Indices: 973--3055 Score: 3395
Period size: 859 Copynumber: 2.4 Consensus size: 855
963 TTGTCATTTT
* *
973 TCAAACTTTTAAGAGTTCTTTTTCAAATCCGGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTC
1 TCAAACTTTTAAGAGTTCTTTTTTAAATCTGGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTC
1038 GAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTT
66 GAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTT
*
1103 TGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTATAAACTTATTAAGTGAGAATTGGTTCTCTCTTGGTTCT
131 TGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTAAGTGAGAATT-GTTCTCTCTTGGTTCT
* * * *
1168 TGGACGGACTTCCGAATTTGTC-AAGCTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAACTA
195 TGGACGAACTTTCGAACTTGTCGAA-CTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAACTA
*
1232 TGCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAGTTTTCGAAACATTACATGCTCGG-G-GCATCATTTGGT
259 TGCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCG-AACATTACATGCTCGGAGTGCATCATTTGGT
1295 CTAAAAGGTTTGTCGTTTTGTAAACAAGTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAAT
323 CTAAAAGGTTTGTCGTTTTGTAAACAAGTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAAT
*
1360 TGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCATTTTTAAA
388 TGTTTCTCTCTTGGTTGTTAGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCATTTTTAAA
*
1425 TCCAATTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGCGA
453 TCCAATTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTCCGAACATTACATGCGA
*
1490 GGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCGTTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTA
518 GGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTA
* * *
1555 AAAACTTATTACGTGAGAATTGTGACTCTGTTGGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTTGAACT
583 AAAACTTATTACGTGAGAATTGTGACTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCAAACTTGTTGAACT
* * *
1620 TTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTCAAGTATTCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAAT
648 TTTACAAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGAACCAATCCTTCGAGCAAT
* *
1685 TTTCCAAACATTACTTGCTCGGGAGGTCGCATCATTTGGTCTAAAAGTTTTTCATTTTGTTAACA
713 TTTCCAAACATTACATGCTCGGGAAGTCGCATCATTTGGTCTAAAAGTTTTTCATTTTGTTAACA
* *
1750 AGTTTTGGCCTTTGAATTAAAAACTTATTTA-TGTGACAATTGATTCTCTCTTGGTTGTTGGATG
778 AGTTTTGGCCTTTGAATTAAAAACTTATTTACT-TGACAATTGATTCTCTATTGGTTGTTGGAAG
1814 AACTTACGAAATTG
842 AACTTACGAAATTG
* * *
1828 TCAAACTTTTAAGAGTTCTTTTTTAAATTTGGTTCCTTAAAGTGTACAAGACGATACATTCCTTC
1 TCAAACTTTTAAGAGTTCTTTTTTAAATCTGGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTC
*
1893 GAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTT
66 GAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTT
* * * *
1958 TGTGAACATGTTATGATCTTTAAATTAGAAACTTATTAAGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCT
131 TGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTAAGTGAGAATTG-TTCTCTCTTGGTTCT
* *
2023 TAGACGAACTTTCGAACTTGTCGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGTTTCGGTTCCTTAAACTAT
195 TGGACGAACTTTCGAACTTGTCGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAACTAT
*
2088 GCTAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCGAACATTACATGCTCTGGAAGTTGCATCATTTGG
260 GCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCGAACATTACATGCTC-GG-AG-TGCATCATTTGG
*
2153 TCTAAAAGGTTTGTCGTTTCGTAAACAAGTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAA
322 TCTAAAAGGTTTGTCGTTTTGTAAACAAGTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAA
*
2218 TTGTTTCTCTCTTGGTTGTTAGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAA
387 TTGTTTCTCTCTTGGTTGTTAGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCATTTTTAA
* *
2283 ATCCAGTTCCTTAAAGTGTTCAAGATGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTCCGAACATTACATGCG
452 ATCCAATTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTCCGAACATTACATGCG
* *
2348 AGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATATTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGTTCTTTGAATT
517 AGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATT
* *
2413 AAAAATTTATTACGTGAGAATTGTGACTCTCTTGTTTCTTGGACGAACTTCCAAACTTGTTGAAC
582 AAAAACTTATTACGTGAGAATTGTGACTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCAAACTTGTTGAAC
2478 TTTTACAAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGAACCAATCCTTCGAGCAA
647 TTTTACAAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGAACCAATCCTTCGAGCAA
*** *
2543 TTTTTTGAACATTACATGCTCGGGAAGTCGCATCATTTGGTCTAAATGTTTTTCATTTTG-TAGA
712 TTTTCCAAACATTACATGCTCGGGAAGTCGCATCATTTGGTCTAAAAGTTTTTCATTTTGTTA-A
* *
2607 CAAGTTTTGGCCTTTGAATTTAAAACTTATTTACTTGAGAATTGATTCTCTATTGGTTGTTGGAA
776 CAAGTTTTGGCCTTTGAATTAAAAACTTATTTACTTGACAATTGATTCTCTATTGGTTGTTGGAA
2672 GAACTTACGAAATTG
841 GAACTTACGAAATTG
* *
2687 TCAAACTTTTAAGAGTTCCTTTTTAAATCTGGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTACTTC
1 TCAAACTTTTAAGAGTTCTTTTTTAAATCTGGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTC
* * * *
2752 GAGTAATTTTACAAACATTCCATGCGAGGGAAATCGTATCATTTGATCTAAATAGTTTTTCGTTT
66 GAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTT
* * * *
2817 TGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTACGTGAGAATTGTGCTCTCTTGGTTATT
131 TGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTAAGTGAGAATTGTTCTCTCTTGGTTCTT
* * * ** * *
2882 GGACGAACTTTCGAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTCTAGCATCAATTCCTTAAAGTATT
196 GGACGAACTTTCGAACTTGTCGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAACTATG
*
2947 CAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTACATGCTCGGGAGGTCGCACCATTTGG
261 CAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTT-CGAACATTACATGCTC-GGA-GT-GCATCATTTGG
* * *
3012 TCTAAAA-GTTTGTCATTTTGTAAACATGTTTTGGCCTTTGAATT
322 TCTAAAAGGTTTGTCGTTTTGTAAACAAG-TTTGGTCTTTGAATT
Statistics
Matches: 1136, Mismatches: 79, Indels: 22
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
854 15 0.01
855 271 0.24
856 2 0.00
857 1 0.00
858 120 0.11
859 726 0.64
860 1 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.17, T:0.39
Consensus pattern (855 bp):
TCAAACTTTTAAGAGTTCTTTTTTAAATCTGGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTC
GAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTT
TGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTAAGTGAGAATTGTTCTCTCTTGGTTCTT
GGACGAACTTTCGAACTTGTCGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAACTATG
CAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTCGAACATTACATGCTCGGAGTGCATCATTTGGTCTA
AAAGGTTTGTCGTTTTGTAAACAAGTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGT
TTCTCTCTTGGTTGTTAGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCATTTTTAAATCC
AATTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTCCGAACATTACATGCGAGGG
AAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAA
ACTTATTACGTGAGAATTGTGACTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCAAACTTGTTGAACTTTT
ACAAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGAACCAATCCTTCGAGCAATTTT
CCAAACATTACATGCTCGGGAAGTCGCATCATTTGGTCTAAAAGTTTTTCATTTTGTTAACAAGT
TTTGGCCTTTGAATTAAAAACTTATTTACTTGACAATTGATTCTCTATTGGTTGTTGGAAGAACT
TACGAAATTG
Done.