Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01002918.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_115352, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1975
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.26, T:0.28
Found at i:674 original size:30 final size:28
Alignment explanation
Indices: 654--1264 Score: 441
Period size: 29 Copynumber: 20.7 Consensus size: 28
644 TCAGGGTCAT
*
654 AAATGGGATTTTTGGAAGATTGGGGGT-A
1 AAATGGGATTTTTGGAAG-TTCGGGGTAA
*
682 AAATGGTAATTTTTGGAAGTTTCGGGGTCAA
1 AAATGG-GATTTTTGGAAG-TTCGGGGT-AA
* *
713 AAATAGAATTTTTGGAAGTTCGAGGGT-A
1 AAATGGGATTTTTGGAAGTTCG-GGGTAA
* * * *
741 AAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTTGTAGTTAA
1 AAATGG-GATTTTTGGAA-G-TTCG-GGGTAA
773 AAATGGGATTTTTGGAAGTTCAGGGGT-A
1 AAATGGGATTTTTGGAAGTTC-GGGGTAA
* * *
801 AAATGGTAATTTGTGGAAGTTTCGGGGGCAA
1 AAATGG-GATTTTTGGAAG-TTC-GGGGTAA
*
832 AAATGGGATTTTTGGAAGCTCGAGGGTAA
1 AAATGGGATTTTTGGAAGTTCG-GGGTAA
* ** *
861 AATTGTAATTTTTGGAAGTTTTGGGGTAA
1 AAATGGGATTTTTGGAAG-TTCGGGGTAA
890 AGAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGT-A
1 A-AATGGGATTTTTGGAAGTTCG-GGGTAA
* *
919 AAATGGTATTTTTTGGAAGTTTTGGGGTCAA
1 AAATGGGA-TTTTTGGAAG-TTCGGGGT-AA
* *
950 AAAT-GGATTTTTGGACGTTTAGGGG-AA
1 AAATGGGATTTTTGGAAG-TTCGGGGTAA
* *
977 AAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAT
1 AAATGG-GATTTTTGGAA-GTTCGGGG-TAA
** *
1008 AAATGGGATTTTTGGAAGTTTAGGG-AC
1 AAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGTAA
*** *
1035 CTTTAGGGTAATTTTTGGAAGGTTTGGGGTTAA
1 AAAT-GGG--ATTTTTGGAA-GTTCGGGG-TAA
*
1068 AAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGT-A
1 AAATGGGATTTTTGGAAG-TTCGGGGTAA
* *
1096 AAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTTAA
1 AAATGG-GATTTTTGGAA-GTTCG-GGGTAA
1127 AAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAA
1 AAATGGGATTTTTGGAAGTTC-GGGGT-AA
1157 AAATGGGA-TTTTGGAAGGTTCGGGGTTAA
1 AAATGGGATTTTTGGAA-GTTCGGGG-TAA
* * * *
1186 AAAAGAGATTTTTGAAAGTTTGGGGGT-A
1 AAATGGGATTTTTGGAAG-TTCGGGGTAA
*
1214 AAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAA
1 AAATGG-GATTTTTGGAA-GTTCGGGG-TAA
*
1245 AAATGGTATTTTTGGAAGTT
1 AAATGGGATTTTTGGAAGTT
1265 TAGGGACCTC
Statistics
Matches: 470, Mismatches: 67, Indels: 91
0.75 0.11 0.14
Matches are distributed among these distances:
27 8 0.02
28 42 0.09
29 194 0.41
30 153 0.33
31 61 0.13
32 10 0.02
33 2 0.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.03, G:0.33, T:0.35
Consensus pattern (28 bp):
AAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGTAA
Found at i:1265 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 617--1265 Score: 743
Period size: 59 Copynumber: 11.0 Consensus size: 59
607 TCAAACATTC
* * * * * * *
617 GGGGGTAAAAGGGTAA-TTTTGGTAGATTCAGGGTCATAAATGGGATTTTTGGAAGATT
1 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTT
* * * * *
675 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTCGGGGTCAAAAATAGAATTTTTGGAAGTTC
1 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTT
* * ** *
734 GAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTTGTAGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC
1 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGG-TTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTT
* * * ** * *
794 AGGGGTAAAATGGTAATTTGTGGAAGTTTCGGGGGCAAAAATGGGATTTTTGGAAGCTC
1 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTT
* * * * *
853 GAGGGTAAAATTGTAATTTTTGGAAGTTTTGGGG-TAAAGAATGGGATTTTTGGAAGTTC
1 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAA-AATGGGATTTTTGGAAGTTT
* * * * * *
912 GAGGGTAAAATGGTATTTTTTGGAAGTTTTGGGGTCAAAAAT-GGATTTTTGGACGTTT
1 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTT
* * *
970 AGGGGAAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTATAAATGGGATTTTTGGAAGTTT
1 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTT
** ** * *
1029 AGGGACCT-TTAGGGTAATTTTTGGAAGGTTTGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTT
1 -GGG-GGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTT
* *
1089 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC
1 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTT
* * * *
1148 GGGGGTAAAAAATGG-GA-TTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAAAGAGATTTTTGAAAGTTT
1 GGGGGT--AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTT
*
1207 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGTATTTTTGGAAGTTT
1 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTT
1266 AGGGACCTCC
Statistics
Matches: 503, Mismatches: 76, Indels: 23
0.84 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
57 7 0.01
58 68 0.14
59 319 0.63
60 102 0.20
61 7 0.01
ACGTcount: A:0.29, C:0.03, G:0.33, T:0.35
Consensus pattern (59 bp):
GGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTT
Done.