Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01002977.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_115460, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 10580
ACGTcount: A:0.31, C:0.14, G:0.20, T:0.35
Found at i:8625 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 8587--8654 Score: 118
Period size: 34 Copynumber: 2.0 Consensus size: 34
8577 TTTTTTCAGT
* *
8587 TAAGATTTAGGTTTAAAATTTTTAATTAATTAAA
1 TAAGATTTAAGTTTAAAAATTTTAATTAATTAAA
8621 TAAGATTTAAGTTTAAAAATTTTAATTAATTAAA
1 TAAGATTTAAGTTTAAAAATTTTAATTAATTAAA
8655 AATCTATTCT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
34 32 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.07, T:0.46
Consensus pattern (34 bp):
TAAGATTTAAGTTTAAAAATTTTAATTAATTAAA
Found at i:8653 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 8599--8657 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 3.5 Consensus size: 17
8589 AGATTTAGGT
*
8599 TTAAAATTTTTAATTAA
1 TTAAAAATTTTAATTAA
* *
8616 TTAAATAAGATTTAAGT--
1 TTAAA-AA-TTTTAATTAA
8633 TTAAAAATTTTAATTAA
1 TTAAAAATTTTAATTAA
8650 TTAAAAAT
1 TTAAAAAT
8658 CTATTCTCAT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 5, Indels: 8
0.72 0.11 0.17
Matches are distributed among these distances:
15 6 0.18
16 2 0.06
17 18 0.55
18 1 0.03
19 6 0.18
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.03, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
TTAAAAATTTTAATTAA
Done.