Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01003037.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_115559, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 661
Length: 1103
ACGTcount: A:0.27, C:0.16, G:0.17, T:0.40
Found at i:557 original size:216 final size:216
Alignment explanation
Indices: 1--1103 Score: 1156
Period size: 216 Copynumber: 5.2 Consensus size: 216
*
1 GGCCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCC
1 GGCCATTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCC
* *
66 AAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCCA
66 GAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATTCAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCCA
* * *
131 TTCCTTCAAGTAATTTTTCGAACATTCCGT-TCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTT
131 TTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGTCGA-GGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTT
* * *
195 TTTC-TCTTTATGAACATGTTTT
195 TTTCAT-TTTGTAAACAAGTTTT
** * * ** *
217 -GATATTTGAATTAAAAACTTA-TTAAGCGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTACTTGGACGAACTTT
1 GGCCA-TTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTC
* * * ** ** * * * *
280 CGAACATGTCGAACTTTTACTAGTTCTTTTATAGCTTTGGTTCCTTAAAGTATGCAAGACGATCA
65 CGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATTCAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCC
* * * *
345 AATCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTACATGCTCGA-GAAGTCGCATCATTTGGTCTAAAAAGT
130 ATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATG-TCGAGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGT
*
409 TTGTCATTTTGTAAACAAGTTTT
194 TTTTCATTTTGTAAACAAGTTTT
* *
432 GGCCATTGAATTAAAAACTTAATTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTAGTTGTTGGACGAACTTCC
1 GGCCATTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCC
* * * * * * *
497 TAACTTGACAGACTTTTTCGAGTTCTTTTTTAAATTCAGATCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCA
66 GAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATTCAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCCA
** * * * *
562 TTCCTTCTTGTAATTTTGCGAACATTCCAT-TCGAGGGAAATCGTATAATTTGGTCTAAATAGTT
131 TTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGTCGA-GGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTT
* *
626 TTTCTTTTTGTAAACATGTTTT
195 TTTCATTTTGTAAACAAGTTTT
** * * *
648 -GATATTTTAATTAAAAACTTATTTA-GCGAGAATTGTTTCT-TCCTTGGTTCTTGGAC--A---
1 GGCCA-TTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT-CTTGGTTGTTGGACGAACTT
* * * ** * * * *
705 ---AACTTGTCGAACTTTTACGAGTTC-TTTATAGCTTCGGTTCCTTTAAGTATGT-AGGACGGT
64 CCGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATTCAGTTCCTTAAAGTGT-TCAGGACGAT
* * * * *
765 CCAATCGTTCGAGCAA-TTTTCTGAACATTACATGCTCG-GGAAGTC-CAATCATTTGGTTTAAA
128 CCATTCCTTCGAGTAATTTTTC-GAACATTACATG-TCGAGGAAATCGC-ATCATTTGGTCTAAA
* * * *
827 -AGGTTTGTCGTTTTGTGAGCAAGTTTT
190 TA-GTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTT
*
854 GGCCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCC
1 GGCCATTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCC
* *
919 GAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGATGATCCA
66 GAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATTCAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCCA
* *
984 TTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCAT-TCGAGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAAATAGTT
131 TTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGTCGA-GGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTT
*
1048 TTTCATTTCGTAAACAAGTTTT
195 TTTCATTTTGTAAACAAGTTTT
** * * * * *
1070 GATCTTTAAATTTATAACTTATTTACTTGAGAAT
1 GGCCATTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAAT
Statistics
Matches: 713, Mismatches: 140, Indels: 68
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
205 5 0.01
206 104 0.15
207 49 0.07
208 4 0.01
209 1 0.00
213 1 0.00
214 8 0.01
215 225 0.32
216 306 0.43
217 10 0.01
ACGTcount: A:0.27, C:0.16, G:0.17, T:0.40
Consensus pattern (216 bp):
GGCCATTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCC
GAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATTCAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCCA
TTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGTCGAGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTT
TTCATTTTGTAAACAAGTTTT
Found at i:952 original size:422 final size:425
Alignment explanation
Indices: 1--1094 Score: 1633
Period size: 422 Copynumber: 2.6 Consensus size: 425
1 GGCCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCC
1 GGCCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCC
66 AAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCCA
66 AAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCCA
* *
131 TTCCTTCAAGTAATTTTTCGAACATTCCGTTCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTT
131 TTCCTTCAAGTAATTTTTCGAACATTCCATTCGAGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAAATAGTTT
* * * * *
196 TTCTCTTTATGAACATGTTTTGATATTTGAATTAAAAACTTATTAAGCGAGAATTGTTTCTCTCT
196 TTCTTTTTGTAAACATGTTTTGATATTTAAATTAAAAACTTATTTAGCGAGAATTGTTTCTCTCT
* *
261 TGGTACTTGGACGAACTTTCGAACATGTCGAACTTTTACTAGTTCTTTTATAGCTTTGGTTCCTT
261 TGGTACTTGGAC-AA---T--AACATGTCGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTT
326 AAAGTATGCAAGACGATCAAATCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTACATGCTCGAGAAGTCGCA
320 AAAGTATGCAAGACGATCAAATCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTACATGCTCGAGAAGTCGCA
391 TCATTTGGTCTAAAAAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTT
385 TCATTTGGTCTAAAAAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTT
* * *
432 GGCCATTGAATTAAAAACTTAATTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTAGTTGTTGGACGAACTTCC
1 GGCCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCC
* * * * * * * *
497 TAACTTGACAGACTTTTTCGAGTTCTTTTTTAAATTCAGATCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCA
66 AAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCCA
** * *
562 TTCCTTCTTGTAATTTTGCGAACATTCCATTCGAGGGAAATCGTATAATTTGGTCTAAATAGTTT
131 TTCCTTCAAGTAATTTTTCGAACATTCCATTCGAGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAAATAGTTT
*
627 TTCTTTTTGTAAACATGTTTTGATATTTTAATTAAAAACTTATTTAGCGAGAATTGTTTCT-TCC
196 TTCTTTTTGTAAACATGTTTTGATATTTAAATTAAAAACTTATTTAGCGAGAATTGTTTCTCT-C
* * *
691 TTGGTTCTTGGAC-A-AACTTGTCGAACTTTTACGAGTTC-TTTATAGCTTCGGTTCCTTTAAGT
260 TTGGTACTTGGACAATAACATGTCGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGT
* * * * * *
753 ATGTAGGACGGTCCAATCGTTCGAGCAA-TTTTCTGAACATTACATGCTCGGGAAGTC-CAATCA
325 ATGCAAGACGATCAAATCCTTCGAGCAATTTTTC-GAACATTACATGCTCGAGAAGTCGC-ATCA
* * * * *
816 TTTGGTTTAAAAGGTTTGTCGTTTTGTGAGCAAGTTTT
388 TTTGGTCTAAAAAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTT
854 GGCCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCC
1 GGCCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCC
* *
919 GAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGATGATCCA
66 AAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCCA
*
984 TTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATTCGAGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAAATAGTTT
131 TTCCTTCAAGTAATTTTTCGAACATTCCATTCGAGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAAATAGTTT
* * * * * *
1049 TTCATTTCGTAAACAAGTTTTGATCTTTAAATTTATAACTTATTTA
196 TTCTTTTTGTAAACATGTTTTGATATTTAAATTAAAAACTTATTTA
1095 CTTGAGAAT
Statistics
Matches: 599, Mismatches: 61, Indels: 15
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
421 6 0.01
422 322 0.54
423 22 0.04
429 1 0.00
430 1 0.00
431 247 0.41
ACGTcount: A:0.27, C:0.16, G:0.17, T:0.40
Consensus pattern (425 bp):
GGCCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCC
AAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCCA
TTCCTTCAAGTAATTTTTCGAACATTCCATTCGAGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAAATAGTTT
TTCTTTTTGTAAACATGTTTTGATATTTAAATTAAAAACTTATTTAGCGAGAATTGTTTCTCTCT
TGGTACTTGGACAATAACATGTCGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTA
TGCAAGACGATCAAATCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTACATGCTCGAGAAGTCGCATCATTT
GGTCTAAAAAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTT
Done.