Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01003047.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_115573, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2871
ACGTcount: A:0.31, C:0.20, G:0.16, T:0.33
Found at i:267 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 43--429 Score: 568
Period size: 86 Copynumber: 4.5 Consensus size: 86
33 AATTTAACAT
* * * * *
43 TATTTAAATAAAAAATATTATTATTATATTACAATTTATATCTAATATTGTGTTAATTTGACAAT
1 TATTTAAATAAAAATTATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGACAAT
* *
108 ACATTATTTATCAAATTTT-CA
66 ACATTATTTAT-TAATTTTATA
* * *
129 TATTTAAAGT-ACAA--ATTATTATTATACTACAATTTTTATCAAATAATTTGTTGATTTGACAA
1 TATTTAAA-TAAAAATTATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGACAA
191 TACATTATTTATTAATTTTATA
65 TACATTATTTATTAATTTTATA
* *
213 TATTTAAATAAAAATTATTATTATTGTATTATAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGACAAT
1 TATTTAAATAAAAATTATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGACAAT
*
278 ACATTATTTATTGATTTTATA
66 ACATTATTTATTAATTTTATA
*
299 TATTTAAATAAAAATTATTATTATTATTATATTACAA-TTTTATCAAATAATATGTTGATTTGAC
1 TATTTAAAT-AAAA--ATTATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGAC
363 AATACATTATTTATTAATTTTATA
63 AATACATTATTTATTAATTTTATA
387 TATTTAAATAAAAATTATTATTATTATATTACAATTTTTATCA
1 TATTTAAATAAAAATTATTATTATTATATTACAATTTTTATCA
430 TATTTTAAAT
Statistics
Matches: 273, Mismatches: 19, Indels: 18
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
83 7 0.03
84 66 0.24
85 21 0.08
86 93 0.34
87 9 0.03
88 58 0.21
89 19 0.07
ACGTcount: A:0.41, C:0.05, G:0.04, T:0.50
Consensus pattern (86 bp):
TATTTAAATAAAAATTATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGACAAT
ACATTATTTATTAATTTTATA
Found at i:390 original size:174 final size:170
Alignment explanation
Indices: 43--429 Score: 573
Period size: 174 Copynumber: 2.3 Consensus size: 170
33 AATTTAACAT
* * * *
43 TATTTAAATAAAAAATATTATTATTATATTACAATTTATATCTAATATTGTGTTAATTTGACAAT
1 TATTTAAATAAAAATTATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAATAATGTGTTAATTTGACAAT
*
108 ACATTATTTATCAAATTTTCATATTTAAAGTACAAATTATTATTATACTACAATTTTTATCAAAT
66 ACATTATTTATCAAATTTTCATATTTAAAGTAAAAATTATTATTATACTACAATTTTTATCAAAT
*
173 AATTTGTTGATTTGACAATACATTATTTATTAATTTTATA
131 AATATGTTGATTTGACAATACATTATTTATTAATTTTATA
* * *
213 TATTTAAATAAAAATTATTATTATTGTATTATAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGACAAT
1 TATTTAAATAAAAATTATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAATAATGTGTTAATTTGACAAT
** * *
278 ACATTATTTAT-TGATTTTATATATTTAAA-TAAAAATTATTATTATTATTATATTACAA-TTTT
66 ACATTATTTATCAAATTTT-CATATTTAAAGT--AAA--A--ATTATTATTATACTACAATTTTT
340 ATCAAATAATATGTTGATTTGACAATACATTATTTATTAATTTTATA
124 ATCAAATAATATGTTGATTTGACAATACATTATTTATTAATTTTATA
387 TATTTAAATAAAAATTATTATTATTATATTACAATTTTTATCA
1 TATTTAAATAAAAATTATTATTATTATATTACAATTTTTATCA
430 TATTTTAAAT
Statistics
Matches: 195, Mismatches: 15, Indels: 10
0.89 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.03
170 78 0.40
171 2 0.01
173 1 0.01
174 91 0.47
175 17 0.09
ACGTcount: A:0.41, C:0.05, G:0.04, T:0.50
Consensus pattern (170 bp):
TATTTAAATAAAAATTATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAATAATGTGTTAATTTGACAAT
ACATTATTTATCAAATTTTCATATTTAAAGTAAAAATTATTATTATACTACAATTTTTATCAAAT
AATATGTTGATTTGACAATACATTATTTATTAATTTTATA
Found at i:553 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 541--582 Score: 66
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
531 CACCTCACTT
541 AAACCAAAATTCCAGCTCAGCA
1 AAACCAAAATTCCAGCTCA-CA
*
563 AAACCGAAATTCCAGCTCAC
1 AAACCAAAATTCCAGCTCAC
583 CAACGTCCCG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.05
22 18 0.95
ACGTcount: A:0.43, C:0.33, G:0.10, T:0.14
Consensus pattern (21 bp):
AAACCAAAATTCCAGCTCACA
Done.