Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01003049.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_115575, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Indices: 11376--11421 Score: 58
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11366 TATTAATGTA
11376 TAATTAATAAAGATTAAGT-
1 TAATTAATAAAGATTAAGTG
* * *
11395 TAATTAATTAAGTTTAATTG
1 TAATTAATAAAGATTAAGTG
11415 TAATTAA
1 TAATTAA
11422 ACCTAGTAAA
Statistics
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0.85 0.11 0.04
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19 16 0.70
20 7 0.30
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Consensus pattern (20 bp):
TAATTAATAAAGATTAAGTG
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Indices: 11730--11757 Score: 56
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11720 ATGAAAAAAA
11730 CTAAATTATAAAG
1 CTAAATTATAAAG
11743 CTAAATTATAAAG
1 CTAAATTATAAAG
11756 CT
1 CT
11758 TAATAAGTTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 15 1.00
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Consensus pattern (13 bp):
CTAAATTATAAAG
Found at i:13529 original size:31 final size:30
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Indices: 13493--13651 Score: 98
Period size: 31 Copynumber: 5.3 Consensus size: 30
13483 TTAATATAAT
13493 ATTTGGTACTTGAACTTGATAATTTTTTCTA
1 ATTTGGTACTTGAACTTGAT-ATTTTTTCTA
* *
13524 ATTTGGTACCT-AAATT-AT-TTTTTTACCTA
1 ATTTGGTACTTGAACTTGATATTTTTT--CTA
* *
13553 ATTTGATA-TCTGAACTTGACATTTTTTCTTA
1 ATTTGGTACT-TGAACTTGATATTTTTTC-TA
* *** *
13584 ATTTGGTACTTAAACTT--T-TTTGGACCCA
1 ATTTGGTACTTGAACTTGATATTT-TTTCTA
* * *
13612 ATTTAGTACCTGAACTTGACATTTTTTCCTA
1 ATTTGGTACTTGAACTTGATATTTTTT-CTA
13643 ATTTGGTAC
1 ATTTGGTAC
13652 CTAAGTTTTT
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 22, Indels: 26
0.66 0.16 0.18
Matches are distributed among these distances:
27 6 0.06
28 18 0.19
29 14 0.15
30 9 0.10
31 39 0.42
32 7 0.08
ACGTcount: A:0.26, C:0.14, G:0.11, T:0.48
Consensus pattern (30 bp):
ATTTGGTACTTGAACTTGATATTTTTTCTA
Found at i:13662 original size:59 final size:58
Alignment explanation
Indices: 13493--13663 Score: 200
Period size: 59 Copynumber: 2.9 Consensus size: 58
13483 TTAATATAAT
* * ** *
13493 ATTTGGTACTTGAACTTGATAATTTTTT-CTAATTTGGTACCTAAATTATTTTTTTACCTA
1 ATTT-GTACCTGAACTTGA-CATTTTTTCCTAATTTGGTACCTAAATT-TTTTTGGACCCA
* * * *
13553 ATTTGATATCTGAACTTGACATTTTTTCTTAATTTGGTACTTAAACTTTTTTGGACCCA
1 ATTTG-TACCTGAACTTGACATTTTTTCCTAATTTGGTACCTAAATTTTTTTGGACCCA
*
13612 ATTTAGTACCTGAACTTGACATTTTTTCCTAATTTGGTACCTAAGTTTTTTT
1 ATTT-GTACCTGAACTTGACATTTTTTCCTAATTTGGTACCTAAATTTTTTT
13664 ATATTCAATT
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 14, Indels: 7
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
59 62 0.66
60 32 0.34
ACGTcount: A:0.25, C:0.14, G:0.11, T:0.50
Consensus pattern (58 bp):
ATTTGTACCTGAACTTGACATTTTTTCCTAATTTGGTACCTAAATTTTTTTGGACCCA
Found at i:13915 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 13880--13998 Score: 127
Period size: 31 Copynumber: 3.9 Consensus size: 31
13870 TGGATCTCAA
13880 AAAGTTTAAGTA-CAAACTTAAAAAAAAGTGT
1 AAAGTTTAAGTACCAAA-TTAAAAAAAAGTGT
**
13911 AAAGTTTAAGTACCAAATTAGCAAAAAGTGT
1 AAAGTTTAAGTACCAAATTAAAAAAAAGTGT
* * **
13942 CAAGTTTGAGTACCAAATTAAATAAAAA--AA
1 AAAGTTTAAGTACCAAATTAAA-AAAAAGTGT
* *
13972 AAAGTTTAAATATCAAATTAAAAAAAA
1 AAAGTTTAAGTACCAAATTAAAAAAAA
13999 TGTCAAATTC
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 12, Indels: 6
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
29 5 0.07
30 18 0.24
31 42 0.57
32 9 0.12
ACGTcount: A:0.56, C:0.08, G:0.11, T:0.25
Consensus pattern (31 bp):
AAAGTTTAAGTACCAAATTAAAAAAAAGTGT
Found at i:17650 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 17502--18117 Score: 513
Period size: 59 Copynumber: 10.4 Consensus size: 59
17492 CGGATGCACG
* * * * * *
17502 GGGGCAAAATGGTAGTTTTGAGGAAGGTTCGGAGTCAAAAATGGGAATTTTGGAAGTTCA
1 GGGGTAAAATGGTAATTTT-TGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCA
* * * * *
17562 GGGGTAGAATGGTAA-TTTTGAAAGGTTCGGGATCAAAAATGGGATTTTTTGAAGTTCA
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCA
*
17620 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGGTT-T
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAA-GTTCA
* * * *
17679 GGGGTTAAAAATGG-GATATTTGGAA-GTTCGGGGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTT-A
1 GGGG-T-AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTCA
* * * * *
17738 GGGATAAAAATGGGACTTTTTGG-AGGTTCGGGG-T-AAAATGGTAATTTTTTGAAGGTTC-
1 GGGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTCA
* * *
17796 GGGGTTAAAATAGTAATTTTTGGAAGATTCGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCA
1 GGGG-TAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCA
17856 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC-
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCA
* * * * *
17914 GAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGATT-AAAATAGTATTTTTTTGAAGATT-T
1 G-GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGA-TTTTTGGAAG-TTCA
* * * *
17974 GGGGTTAAAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTTGAGGG-T-AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTT-T
1 GGGG-T-AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCG-GGGTTAAAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTCA
* * *
18033 GGGGTTAAAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTCGGGGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTC-
1 GGGG-T-AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTCA
* *
18092 GGGATTAAAAATGG-GATTTTTGGAAG
1 GGG-GT-AAAATGGTAATTTTTGGAAG
18118 TTTAGGGACC
Statistics
Matches: 482, Mismatches: 48, Indels: 52
0.83 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
58 116 0.24
59 288 0.60
60 57 0.12
61 21 0.04
ACGTcount: A:0.30, C:0.03, G:0.33, T:0.34
Consensus pattern (59 bp):
GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCA
Found at i:17670 original size:89 final size:87
Alignment explanation
Indices: 17539--18117 Score: 574
Period size: 89 Copynumber: 6.6 Consensus size: 87
17529 TTCGGAGTCA
* * * * * *
17539 AAAATGGGAA-TTTTGGAA-GTTCAGGGGT-AGAATGGTAATTTTGAAAGGTTCGGGATCAAAAA
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTC-GGGGTAAAAATGGGATTTTTGGAAGGTTCGGGGT-AAAAA
*
17601 TGGGATTTTTTGAAGTTCAGGGG-T
64 TGGGATTTTTGGAAGTTC-GGGGTT
*
17625 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGGTTTGGGGTTAAAAA
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGG-TAAAAATGGGATTTTTGGAAGGTTCGGGG-TAAAAA
* *
17690 TGGGATATTTGGAAGTTCGGGGGT
64 TGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGTT
* *
17714 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTAGGGATAAAAATGGGACTTTTTGG-AGGTTCGGGGT-AAAAT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTAAAAATGGGA-TTTTTGGAAGGTTCGGGGTAAAAAT
* *
17777 GGTAATTTTTTGAAGGTTCGGGGTT
65 GG-GATTTTTGGAA-GTTCGGGGTT
* * *
17802 AAAATAGTAATTTTTGGAAGATTCGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAA-GTTCAGGGGT-AAAA
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCG-GGGTAAAAATGGGATTTTTGGAAGGTTC-GGGGTAAAAA
*
17865 TGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTT
64 TGG-GATTTTTGGAA-GTTCGGGGTT
* * * *
17891 AAAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTCGAGGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGATTAAA
1 -AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCG-GGGTAAAAATGG-GATTTTTGGAAGGTTCGGGGTAAAA
* * * *
17953 ATAGTATTTTTTTGAAGATTTGGGGTT
63 ATGGGA-TTTTTGGAAG-TTCGGGGTT
* * * *
17980 AAAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTTGAGGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTGGGGTTAAA
1 -AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCG-GGGTAAAAATGG-GATTTTTGGAAGGTTCGGGG-TAAA
*
18042 AATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
62 AATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGTT
*
18068 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGATTAAAAATGGGATTTTTGGAAG
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGG-GTAAAAATGGGATTTTTGGAAG
18118 TTTAGGGACC
Statistics
Matches: 426, Mismatches: 44, Indels: 43
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
86 16 0.04
87 35 0.08
88 114 0.27
89 239 0.56
90 22 0.05
ACGTcount: A:0.30, C:0.03, G:0.32, T:0.35
Consensus pattern (87 bp):
AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTAAAAATGGGATTTTTGGAAGGTTCGGGGTAAAAATG
GGATTTTTGGAAGTTCGGGGTT
Found at i:17989 original size:148 final size:147
Alignment explanation
Indices: 17538--18117 Score: 837
Period size: 148 Copynumber: 3.9 Consensus size: 147
17528 GTTCGGAGTC
* * * * *
17538 AAAAATGGGAATTTTGGAAGTTCAGGGGTAGAATGGTAA-TTTTGAAAGGTTCGGGATCAAAAAT
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCAGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAAT
* * * *
17602 GGGATTTTTTGAAGTTC-AGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGAT
66 GGGATTTTTGGAAGTTCGA-GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGATT-AAAATAGTAT
*
17666 TTTTGGAAGGTTTGGGGTT
129 TTTTGGAAGATTTGGGGTT
* * * *
17685 AAAAATGGGATATTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTT-AGGGATAAAAAT
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCAGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAAT
* * *
17749 GGGACTTTTTGGAGGTTCG-GGGTAAAATGGTAATTTTTTGAAGGTTCGGGGTTAAAATAGTAAT
66 GGGA-TTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGATTAAAATAGT-AT
* *
17813 TTTTGGAAGATTCGAGGTT
129 TTTTGGAAGATTTGGGGTT
17832 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCAGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAAT
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCAGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAAT
17897 GGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGATTAAAATAGTATTT
66 GGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGATTAAAATAGTA-TT
*
17962 TTTTGAAGATTTGGGGTT
130 TTTGGAAGATTTGGGGTT
* *
17980 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTT-TGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTGGGGTTAAAAA
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCAG-GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAA
* * *
18044 TGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGATTAAAAATGGGAT
65 TGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGATT-AAAATAGTAT
18109 TTTTGGAAG
129 TTTTGGAAG
18118 TTTAGGGACC
Statistics
Matches: 391, Mismatches: 33, Indels: 17
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
146 6 0.02
147 163 0.42
148 215 0.55
149 7 0.02
ACGTcount: A:0.30, C:0.03, G:0.32, T:0.35
Consensus pattern (147 bp):
AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCAGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAAT
GGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGATTAAAATAGTATTT
TTGGAAGATTTGGGGTT
Found at i:18118 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 17597--18119 Score: 520
Period size: 59 Copynumber: 8.9 Consensus size: 59
17587 TTCGGGATCA
* * * *
17597 AAAATGG-GATTTTTTGAA-GTTCAGGGG-T-AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTC-GGGGTTAAAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTCGGGGGT
* * *
17655 AAAAATGG-GATTTTTGGAAGGTTTGGGGTTAAAAATGGGATATTTGGAAGTTCGGGGGT
1 -AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
* * *
17714 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTT-AGGGATAAAAATGGGACTTTTTGGAGGTTC-GGGGT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGA-TTTTTGGAAGTTCGGGGGT
* ** * *
17772 AAAATGGTAATTTTTTGAAGGTTCGGGGTT-AAAATAGTAATTTTTGGAAGATTCGAGGTT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAAT-GGGATTTTTGGAAG-TTCGGGGGT
* * *
17832 AAAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTCAGGGG-T-AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTT
1 -AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTC-GGGGTTAAAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTCGGGGGT
* * **
17891 AAAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTCGAGGG-T-AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGATT
1 -AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCG-GGGTTAAAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTCGGGGGT
* * * * * * *
17950 AAAATAGTATTTTTTTGAAGATTTGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGAGGGT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
*
18009 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
*
18068 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGATTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
18120 TAGGGACCTC
Statistics
Matches: 404, Mismatches: 42, Indels: 36
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
58 70 0.17
59 269 0.67
60 44 0.11
61 21 0.05
ACGTcount: A:0.30, C:0.02, G:0.32, T:0.36
Consensus pattern (59 bp):
AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
Done.