Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01003103.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_115671, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 682

Length: 1138
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.09, T:0.44


Found at i:722 original size:100 final size:100

Alignment explanation


    Indices: 611--817  Score: 378
    Period size: 100  Copynumber: 2.1  Consensus size: 100

        601 TTACATTACT

                                                          *                  
        611 TTTTTTTATTAATAATTATATGTGTGTGTTTTAATTATATCAATTATTTATTAGTTTAAAAATTT
          1 TTTTTTTATTAATAATTATATGTGTGTGTTTTAATTATATCAATTAGTTATTAGTTTAAAAATTT

                                               
        676 TAACATATTGTATGTTATTATGATTCTCTTAATAA
         66 TAACATATTGTATGTTATTATGATTCTCTTAATAA

                                             *                               
        711 TTTTTTTATTAATAATTATATGTGTGTGTTTTATTTATATCAATTAGTTATTAGTTTAAAAATTT
          1 TTTTTTTATTAATAATTATATGTGTGTGTTTTAATTATATCAATTAGTTATTAGTTTAAAAATTT

                            *                 *
        776 TAACATATTGTATGTTCTTATGATTCTCTTAATAT
         66 TAACATATTGTATGTTATTATGATTCTCTTAATAA

                   
        811 TTTTTTT
          1 TTTTTTT

        818 TTCTATATTT


Statistics
Matches: 103,  Mismatches: 4, Indels: 0
        0.96            0.04        0.00

Matches are distributed among these distances:
 100  103  1.00

ACGTcount: A:0.30, C:0.04, G:0.08, T:0.57


Consensus pattern (100 bp):   
TTTTTTTATTAATAATTATATGTGTGTGTTTTAATTATATCAATTAGTTATTAGTTTAAAAATTT
TAACATATTGTATGTTATTATGATTCTCTTAATAA
Done.