Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01003104.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_115672, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Indices: 3447--4043 Score: 510
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3437 GCAAAATGGT
* *
3447 AATTTTGGGAAGATTCGGGGTTAAAAATGGAATTTTTAGG-AGTTTGGGTGTAAAATAG
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* ** * * *
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1 AATTTTTGGAAGTTTCGGGGTT-AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTT-GGGGT-AAAATAG
* * *
3564 AATTTTTGGAAGTTTCGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTAAGGGT-AAATACGG
1 AATTTTTGGAAGTTTCGGGGTTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTT-GGGGTAAAATA--G
* * * *
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1 AATTTTTGGAAGTTTCGGGGTTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTT-TGGGGTAAAATA-G
* *
3681 AATTTTTGGAAGTTTTGGGGTTAAAAATAGG-ATTTTTGGAAGTTTAGGGGTAAAAAAGG
1 AATTTTTGGAAGTTTCGGGGTTAAAAAT-GGAATTTTTGGAAGTTT-GGGGTAAAATA-G
* * * * *
3740 AATTTTTGGATGTTTTGGGGTCAAAAAT-GAGATTTTTGGAAGTTCGGGGTAAAAATGG
1 AATTTTTGGAAGTTTCGGGGTTAAAAATGGA-ATTTTTGGAAGTTTGGGGT-AAAATAG
* * *
3798 AATTTTTGGAAGTTTCAGGGTCAAAAATAGG-ATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATAG
1 AATTTTTGGAAGTTTCGGGGTTAAAAAT-GGAATTTTTGGAAGTTTG-GGGT-AAAATAG
* * * ** * *
3857 AATTTTTGTAAATTTCGAGGCAAAAAAT-GAGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAAAAAG
1 AATTTTTGGAAGTTTCGGGGTTAAAAATGGA-ATTTTTGGAAGTT-TGGGGT-AAAATAG
* * * ** *
3916 AAATTTTT-GAAGTTTTGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCTATGGTAAAAATGG
1 -AATTTTTGGAAGTTTCGGGGTTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTT-TGGGGT-AAAATAG
* * * *
3975 AATTTTTGGAAGATTCGGGGTTAAAAATAGAATTTTTGGAAGTTCGGTGGTAAAAATGG
1 AATTTTTGGAAGTTTCGGGGTTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTGG-GGT-AAAATAG
*
4034 AGTTTTTGGA
1 AATTTTTGGA
4044 CAATTTAGGG
Statistics
Matches: 452, Mismatches: 62, Indels: 49
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Matches are distributed among these distances:
57 8 0.02
58 135 0.30
59 297 0.66
60 12 0.03
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AATTTTTGGAAGTTTCGGGGTTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTGGGGTAAAATAG
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Indices: 3439--4043 Score: 636
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* * * *
3439 AAAATGGTAATTTTGGGAAGATTCGGGGTTAAAAATGGAATTTTTAGG-AGTTT-GGGTGTAAAA
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* * * * **
3502 TAGAATTTTTGGGAGTTTTAGGGTTAAAAAAGGGAATTTTGGAAGTTTAAGGGTA
63 TGGAATTTTTGGAAGTTTT-GGGTTAAAAAAGAGATTTTTGGAAGTTTCGGGGTA
* * *
3557 AAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTAAGGGTAAATACG
1 AAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTT-AGGGTAAAAATG
* *
3622 GAATTTTTGGAAGTTTTGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAG-TTCGGGGGTAA
65 GAATTTTTGGAAGTTTTGGGTTAAAAAAGAGATTTTTGGAAGTTTC-GGGGT-A
* * *
3675 AAAAT-GAATTTTTGGAAGTTTTGGGGTTAAAAATAGGATTTTTGGAAGTTTAGGGGTAAAAAAG
1 AAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTA-GGGTAAAAATG
* * *
3739 GAATTTTTGGATGTTTTGGGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAAG-TTCGGGGTA
65 GAATTTTTGGAAGTTTT-GGGTTAAAAAAGAGATTTTTGGAAGTTTCGGGGTA
* * * * *
3791 AAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCAGGGTCAAAAATAGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATA
1 AAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT-TAGGGTAAAAATG
* * * *
3856 GAATTTTTGTAAATTTCGAGG-CAAAAAATGAGATTTTTGGAAG-TTCGGGGGTAA
65 GAATTTTTGGAAGTTTTG-GGTTAAAAAA-GAGATTTTTGGAAGTTTC-GGGGT-A
* * * * *
3910 AAAAAGAAATTTTT-GAAGTTTTGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCTATGGTAAAAATG
1 AAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT-TAGGGTAAAAATG
**
3974 GAATTTTTGGAAGATTCGGGGTTAAAAATAGA-ATTTTTGGAAG-TTCGGTGGTA
65 GAATTTTTGGAAG-TTTTGGGTTAAAAA-AGAGATTTTTGGAAGTTTCGG-GGTA
*
4027 AAAATGGAGTTTTTGGA
1 AAAATGGAATTTTTGGA
4044 CAATTTAGGG
Statistics
Matches: 421, Mismatches: 48, Indels: 36
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
116 18 0.04
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AAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTAGGGTAAAAATGG
AATTTTTGGAAGTTTTGGGTTAAAAAAGAGATTTTTGGAAGTTTCGGGGTA
Found at i:4020 original size:29 final size:30
Alignment explanation
Indices: 3447--4043 Score: 479
Period size: 29 Copynumber: 20.3 Consensus size: 30
3437 GCAAAATGGT
* * *
3447 AATTTTGGGAAGATTCGGGGTTAAAAATGG
1 AATTTTTGGAAGTTTCGGGGTTAAAAATAG
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* **
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1 AATTTTTGGAAGTTTCGGGGTTAAAAATA--G
** *
3536 AA-TTTTGGAAGTTTAAGGG-TAAAAATGG
1 AATTTTTGGAAGTTTCGGGGTTAAAAATAG
* *
3564 AATTTTTGGAAGTTTCGAGGTTAAAAATGG
1 AATTTTTGGAAGTTTCGGGGTTAAAAATAG
* ** * **
3594 GATTTTTGGAAGTTTAAGGG-TAAATACGG
1 AATTTTTGGAAGTTTCGGGGTTAAAAATAG
* *
3623 AATTTTTGGAAGTTT-TGGGTTAAAAATGG
1 AATTTTTGGAAGTTTCGGGGTTAAAAATAG
* *
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1 AATTTTTGGAAGTTTCGGGGTTAAAAATA-G
*
3681 AATTTTTGGAAGTTTTGGGGTTAAAAATAG
1 AATTTTTGGAAGTTTCGGGGTTAAAAATAG
* *
3711 GATTTTTGGAAGTTTAGGGG-TAAAAA-AGG
1 AATTTTTGGAAGTTTCGGGGTTAAAAATA-G
* * *
3740 AATTTTTGGATGTTTTGGGGTCAAAAAT-G
1 AATTTTTGGAAGTTTCGGGGTTAAAAATAG
*
3769 AGATTTTTGGAAG-TTCGGGG-TAAAAATGG
1 A-ATTTTTGGAAGTTTCGGGGTTAAAAATAG
* *
3798 AATTTTTGGAAGTTTCAGGGTCAAAAATAG
1 AATTTTTGGAAGTTTCGGGGTTAAAAATAG
*
3828 GATTTTTGGAAG-TTCGAGGG-TAAAAATAG
1 AATTTTTGGAAGTTTCG-GGGTTAAAAATAG
* * * **
3857 AATTTTTGTAAATTTCGAGGCAAAAAAT-G
1 AATTTTTGGAAGTTTCGGGGTTAAAAATAG
* *
3886 AGATTTTTGGAAG-TTCGGGGGTAAAAAAAG
1 A-ATTTTTGGAAGTTTCGGGGTTAAAAATAG
* * *
3916 AAATTTTT-GAAGTTTTGGGGTCAAAAATGG
1 -AATTTTTGGAAGTTTCGGGGTTAAAAATAG
* ** *
3946 GATTTTTGGAAG-TTCTATGG-TAAAAATGG
1 AATTTTTGGAAGTTTC-GGGGTTAAAAATAG
*
3975 AATTTTTGGAAGATTCGGGGTTAAAAATAG
1 AATTTTTGGAAGTTTCGGGGTTAAAAATAG
*
4005 AATTTTTGGAAG-TTCGGTGG-TAAAAATGG
1 AATTTTTGGAAGTTTCGG-GGTTAAAAATAG
*
4034 AGTTTTTGGA
1 AATTTTTGGA
4044 CAATTTAGGG
Statistics
Matches: 464, Mismatches: 68, Indels: 71
0.77 0.11 0.12
Matches are distributed among these distances:
27 2 0.00
28 48 0.10
29 213 0.46
30 194 0.42
31 7 0.02
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Consensus pattern (30 bp):
AATTTTTGGAAGTTTCGGGGTTAAAAATAG
Found at i:5808 original size:24 final size:23
Alignment explanation
Indices: 5777--5824 Score: 62
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5767 ACTTGGATAT
*
5777 TTTAAATAAATTTTAAATTT-AAA
1 TTTAAATAAA-CTTAAATTTCAAA
5800 TTTATAATAAACTTAAATTTCAAA
1 TTTA-AATAAACTTAAATTTCAAA
5824 T
1 T
5825 AAATTTAAAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 3
0.85 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
23 12 0.55
24 10 0.45
ACGTcount: A:0.50, C:0.04, G:0.00, T:0.46
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TTTAAATAAACTTAAATTTCAAA
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Alignment explanation
Indices: 5790--5866 Score: 73
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5780 AAATAAATTT
5790 TAAATTTAAATTTATAA
1 TAAATTTAAATTTA-AA
*
5807 TAAACTTAAATTTCAAA
1 TAAATTTAAATTT-AAA
*
5824 TAAATTTAAATTCAAA
1 TAAATTTAAATTTAAA
** *
5840 GTAAACCTAATTTTAAAA
1 -TAAATTTAAATTT-AAA
5858 TAAATTTAA
1 TAAATTTAA
5867 GTTTGTTGGG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 9, Indels: 6
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 3 0.06
17 41 0.85
18 4 0.08
ACGTcount: A:0.53, C:0.06, G:0.01, T:0.39
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TAAATTTAAATTTAAA
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Indices: 5790--5866 Score: 102
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5780 AAATAAATTT
* * *
5790 TAAATTTAAATTTATAA-TAAACTTAAATTTCAAA
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*
5824 TAAATTTAAATTCAAAGTAAACCTAATTTTAAAA
1 TAAATTTAAATTCAAAGTAAACCTAAATTTAAAA
5858 TAAATTTAA
1 TAAATTTAA
5867 GTTTGTTGGG
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 4, Indels: 2
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
33 2 0.05
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Consensus pattern (34 bp):
TAAATTTAAATTCAAAGTAAACCTAAATTTAAAA
Done.