Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01003224.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_115861, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 13548
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.16, T:0.35
Found at i:11032 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 10985--11238 Score: 214
Period size: 30 Copynumber: 8.6 Consensus size: 30
10975 AGTTTCGAAG
* *
10985 AGTTT-AGGGTCAAAATGTGATTTTTGGAA
1 AGTTTAAGGGTTAAAATGTAATTTTTGGAA
* **
11014 AGTATGGGGGTTAAAATGTAATTTTTGGAA
1 AGTTTAAGGGTTAAAATGTAATTTTTGGAA
* * * *
11044 AGTTCAA-GGATCAAATGTATTTTTTGGAA
1 AGTTTAAGGGTTAAAATGTAATTTTTGGAA
* * * *
11073 AATTTAGGGGTTAAAATGT-ATTTTTTGAGT
1 AGTTTAAGGGTTAAAATGTAATTTTTGGA-A
*
11103 AGTTT-AGGGTTAAAATGTAATTTTTAGAA
1 AGTTTAAGGGTTAAAATGTAATTTTTGGAA
* *
11132 AGTTTGAGGGTTAAAATGTGATTTTTGGAA
1 AGTTTAAGGGTTAAAATGTAATTTTTGGAA
* * *
11162 AGTTTAGGGGTTAAAATATAATTTTT-AAGA
1 AGTTTAAGGGTTAAAATGTAATTTTTGGA-A
* * * *
11192 AGTTTGAGGGTCAAAAAGTTA-TTTTGGAAA
1 AGTTTAAGGGTTAAAATGTAATTTTTGG-AA
* *
11222 AGTTTGAGGGTCAAAAT
1 AGTTTAAGGGTTAAAAT
11239 CTGGTTTTTA
Statistics
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0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
29 56 0.31
30 122 0.68
31 1 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.02, G:0.25, T:0.39
Consensus pattern (30 bp):
AGTTTAAGGGTTAAAATGTAATTTTTGGAA
Found at i:11096 original size:29 final size:30
Alignment explanation
Indices: 10985--11187 Score: 218
Period size: 30 Copynumber: 6.9 Consensus size: 30
10975 AGTTTCGAAG
* *
10985 AGTTTA-GGGTCAAAATGTGATTTTTGGAA
1 AGTTTAGGGGTTAAAATGTAATTTTTGGAA
* *
11014 AGTATGGGGGTTAAAATGTAATTTTTGGAA
1 AGTTTAGGGGTTAAAATGTAATTTTTGGAA
* * * * *
11044 AGTTCA-AGGATCAAATGTATTTTTTGGAA
1 AGTTTAGGGGTTAAAATGTAATTTTTGGAA
* * *
11073 AATTTAGGGGTTAAAATGT-ATTTTTTGAGT
1 AGTTTAGGGGTTAAAATGTAATTTTTGGA-A
*
11103 AGTTTA-GGGTTAAAATGTAATTTTTAGAA
1 AGTTTAGGGGTTAAAATGTAATTTTTGGAA
*
11132 AGTTT-GAGGGTTAAAATGTGATTTTTGGAA
1 AGTTTAG-GGGTTAAAATGTAATTTTTGGAA
*
11162 AGTTTAGGGGTTAAAATATAATTTTT
1 AGTTTAGGGGTTAAAATGTAATTTTT
11188 AAGAAGTTTG
Statistics
Matches: 141, Mismatches: 26, Indels: 13
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
29 51 0.36
30 89 0.63
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ACGTcount: A:0.33, C:0.01, G:0.25, T:0.41
Consensus pattern (30 bp):
AGTTTAGGGGTTAAAATGTAATTTTTGGAA
Found at i:11175 original size:60 final size:58
Alignment explanation
Indices: 10985--11238 Score: 244
Period size: 59 Copynumber: 4.3 Consensus size: 58
10975 AGTTTCGAAG
* * * * *
10985 AGTTTAGGGTCAAAATGTGATTTTTGGAAAGTATGGGGGTTAAAATGTAATTTTTGGAA
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* * * * * * * * *
11044 AGTTCAAGGATCAAATGTATTTTTTGGAAAATTT-AGGGGTTAAAATGTATTTTTTGAGT
1 AGTTTAGGGTTAAAATGTAATTTTTAGAAAGTTTGA-GGGTTAAAATGTATTTTTGGA-A
11103 AGTTTAGGGTTAAAATGTAATTTTTAGAAAGTTTGAGGGTTAAAATGTGATTTTTGGAA
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* * *
11162 AGTTTAGGGGTTAAAATATAATTTTTA-AGAAGTTTGAGGGTCAAAAAGT-TATTTTGGAAA
1 AGTTTA-GGGTTAAAATGTAATTTTTAGA-AAGTTTGAGGGTTAAAATGTAT-TTTTGG-AA
*
11222 AGTTTGAGGGTCAAAAT
1 AGTTT-AGGGTTAAAAT
11239 CTGGTTTTTA
Statistics
Matches: 161, Mismatches: 25, Indels: 17
0.79 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
58 9 0.06
59 89 0.55
60 62 0.39
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ACGTcount: A:0.34, C:0.02, G:0.25, T:0.39
Consensus pattern (58 bp):
AGTTTAGGGTTAAAATGTAATTTTTAGAAAGTTTGAGGGTTAAAATGTATTTTTGGAA
Found at i:13345 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 13302--13548 Score: 258
Period size: 39 Copynumber: 6.3 Consensus size: 39
13292 CCCCTATCGT
*
13302 GGGGTAAGAGATTGACTGATGGTGATCATA-CCCAGACTC
1 GGGGTAAGAGATTGACTGATGGTGATC-TACCCCAGGCTC
* * *
13341 GGGGTAAAAGATTGA---ATGGCTGCAAGCTATCCCAGGCTC
1 GGGGTAAGAGATTGACTGATGG-TG--ATCTACCCCAGGCTC
13380 GGGGTAAGAGATTGACTGATGGTGATCTACCCCAGGCTC
1 GGGGTAAGAGATTGACTGATGGTGATCTACCCCAGGCTC
** *
13419 GGGGTAAGAGATTGGTTGATGGTGAT-TGGCCCCAGGCTC
1 GGGGTAAGAGATTGACTGATGGTGATCT-ACCCCAGGCTC
*
13458 GGGGTAAGAGA-T--CGGATGGCTGCGATCTACCCCAGGCTC
1 GGGGTAAGAGATTGACTGATGG-T--GATCTACCCCAGGCTC
* * **
13497 GGGGTAAAAGATTGGCTGATGGTGATCTGTCCCAGGCTC
1 GGGGTAAGAGATTGACTGATGGTGATCTACCCCAGGCTC
13536 GGGGTAAGAGATT
1 GGGGTAAGAGATT
Statistics
Matches: 176, Mismatches: 17, Indels: 30
0.79 0.08 0.13
Matches are distributed among these distances:
36 9 0.05
37 3 0.02
38 4 0.02
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40 2 0.01
41 3 0.02
42 10 0.06
ACGTcount: A:0.23, C:0.19, G:0.35, T:0.23
Consensus pattern (39 bp):
GGGGTAAGAGATTGACTGATGGTGATCTACCCCAGGCTC
Found at i:13477 original size:117 final size:117
Alignment explanation
Indices: 13302--13548 Score: 341
Period size: 117 Copynumber: 2.1 Consensus size: 117
13292 CCCCTATCGT
* *
13302 GGGGTAAGAGATTGACTGATGGTGATCATACCCAGACTCGGGGTAAAAGATTGAATGGCTGCAAG
1 GGGGTAAGAGATTGACTGATGGTGATCAGACCCAGACTCGGGGTAAAAGATCGAATGGCTGCAAG
* *
13367 CTATCCCAGGCTCGGGGTAAGAGATTGACTGATGGTGATCTACCCCAGGCTC
66 CTACCCCAGGCTCGGGGTAAAAGATTGACTGATGGTGATCTACCCCAGGCTC
** ** * * * * * *
13419 GGGGTAAGAGATTGGTTGATGGTGATTGGCCCCAGGCTCGGGGTAAGAGATCGGATGGCTGCGAT
1 GGGGTAAGAGATTGACTGATGGTGATCAGACCCAGACTCGGGGTAAAAGATCGAATGGCTGCAAG
* **
13484 CTACCCCAGGCTCGGGGTAAAAGATTGGCTGATGGTGATCTGTCCCAGGCTC
66 CTACCCCAGGCTCGGGGTAAAAGATTGACTGATGGTGATCTACCCCAGGCTC
13536 GGGGTAAGAGATT
1 GGGGTAAGAGATT
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 17, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
117 113 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.19, G:0.35, T:0.23
Consensus pattern (117 bp):
GGGGTAAGAGATTGACTGATGGTGATCAGACCCAGACTCGGGGTAAAAGATCGAATGGCTGCAAG
CTACCCCAGGCTCGGGGTAAAAGATTGACTGATGGTGATCTACCCCAGGCTC
Done.