Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01003249.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_115899, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6837
ACGTcount: A:0.32, C:0.11, G:0.18, T:0.38
Found at i:974 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 943--1155 Score: 177
Period size: 25 Copynumber: 8.8 Consensus size: 25
933 TGACTATTGA
*
943 TTAATGTGATATATGCCTATATGTG
1 TTAATGTGATATATGCTTATATGTG
* * * * *
968 TTCATGTTATATACGATTAAATGTG
1 TTAATGTGATATATGCTTATATGTG
* *
993 TTAATGTGATTTACGCTTATATGTG
1 TTAATGTGATATATGCTTATATGTG
* *
1018 TTAATGTGATACATGCTTATAGGTG
1 TTAATGTGATATATGCTTATATGTG
* *
1043 TTAATGTGATAAATGTTTATATGTG
1 TTAATGTGATATATGCTTATATGTG
* *
1068 TTAATGTGATTTATGCTTA-A-ATG
1 TTAATGTGATATATGCTTATATGTG
** * *
1091 TTAAAATGATTTATGCTTA-A-ATG
1 TTAATGTGATATATGCTTATATGTG
* * *
1114 TTAATATGATTTATGCTTA-A-ATG
1 TTAATGTGATATATGCTTATATGTG
* *
1137 TTAATGGGATTTATGCTTA
1 TTAATGTGATATATGCTTA
1156 AAATTTACTG
Statistics
Matches: 161, Mismatches: 27, Indels: 2
0.85 0.14 0.01
Matches are distributed among these distances:
23 62 0.39
24 1 0.01
25 98 0.61
ACGTcount: A:0.31, C:0.06, G:0.18, T:0.46
Consensus pattern (25 bp):
TTAATGTGATATATGCTTATATGTG
Found at i:1067 original size:75 final size:75
Alignment explanation
Indices: 943--1091 Score: 199
Period size: 75 Copynumber: 2.0 Consensus size: 75
933 TGACTATTGA
* * * * *
943 TTAATGTGATATATGCCTATATGTGTTCATGTTATATACGATTAAATGTGTTAATGTGATTTACG
1 TTAATGTGATACATGCCTATAGGTGTTAATGTGATAAACGATTAAATGTGTTAATGTGATTTACG
*
1008 CTTATATGTG
66 CTTAAATGTG
* * * * *
1018 TTAATGTGATACATGCTTATAGGTGTTAATGTGATAAATGTTTATATGTGTTAATGTGATTTATG
1 TTAATGTGATACATGCCTATAGGTGTTAATGTGATAAACGATTAAATGTGTTAATGTGATTTACG
1083 CTTAAATGT
66 CTTAAATGT
1092 TAAAATGATT
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 11, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
75 63 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.06, G:0.19, T:0.46
Consensus pattern (75 bp):
TTAATGTGATACATGCCTATAGGTGTTAATGTGATAAACGATTAAATGTGTTAATGTGATTTACG
CTTAAATGTG
Found at i:1084 original size:50 final size:50
Alignment explanation
Indices: 943--1155 Score: 195
Period size: 50 Copynumber: 4.4 Consensus size: 50
933 TGACTATTGA
* * * * * *
943 TTAATGTGATATATGCCTATATGTGTTCATGTTATATACGATTAAATGTG
1 TTAATGTGATATATGCTTATATGTGTTAATGTGATATATGCTTAAAGGTG
* * * *
993 TTAATGTGATTTACGCTTATATGTGTTAATGTGATACATGCTTATAGGTG
1 TTAATGTGATATATGCTTATATGTGTTAATGTGATATATGCTTAAAGGTG
* * *
1043 TTAATGTGATAAATGTTTATATGTGTTAATGTGATTTATGCTTAAA--TG
1 TTAATGTGATATATGCTTATATGTGTTAATGTGATATATGCTTAAAGGTG
** * * * *
1091 TTAAAATGATTTATGCTTA-A-ATGTTAATATGATTTATGCTTAAA--TG
1 TTAATGTGATATATGCTTATATGTGTTAATGTGATATATGCTTAAAGGTG
* *
1137 TTAATGGGATTTATGCTTA
1 TTAATGTGATATATGCTTA
1156 AAATTTACTG
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 27, Indels: 4
0.81 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
46 40 0.29
47 1 0.01
48 16 0.12
50 79 0.58
ACGTcount: A:0.31, C:0.06, G:0.18, T:0.46
Consensus pattern (50 bp):
TTAATGTGATATATGCTTATATGTGTTAATGTGATATATGCTTAAAGGTG
Found at i:1100 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 1066--1157 Score: 148
Period size: 23 Copynumber: 4.0 Consensus size: 23
1056 TGTTTATATG
*
1066 TGTTAATGTGATTTATGCTTAAA
1 TGTTAATATGATTTATGCTTAAA
*
1089 TGTTAAAATGATTTATGCTTAAA
1 TGTTAATATGATTTATGCTTAAA
1112 TGTTAATATGATTTATGCTTAAA
1 TGTTAATATGATTTATGCTTAAA
**
1135 TGTTAATGGGATTTATGCTTAAA
1 TGTTAATATGATTTATGCTTAAA
1158 ATTTACTGCA
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 5, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 64 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.04, G:0.16, T:0.46
Consensus pattern (23 bp):
TGTTAATATGATTTATGCTTAAA
Found at i:1175 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 1079--1193 Score: 124
Period size: 46 Copynumber: 2.5 Consensus size: 46
1069 TAATGTGATT
** ** *
1079 TATGCTTAAATGTTAAAATGATTTATGCTTAAATGTTAATATGATT
1 TATGCTTAAATGTTAATGTGATTTATGCTTAAATGTTAATACAATG
* * *
1125 TATGCTTAAATGTTAATGGGATTTATGCTTAAAAT-TTACTGCAATG
1 TATGCTTAAATGTTAATGTGATTTATGCTT-AAATGTTAATACAATG
* *
1171 TATGCTTAAGTGTCAATGTGATT
1 TATGCTTAAATGTTAATGTGATT
1194 AATGTGTAAA
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 11, Indels: 2
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
46 53 0.93
47 4 0.07
ACGTcount: A:0.33, C:0.07, G:0.17, T:0.43
Consensus pattern (46 bp):
TATGCTTAAATGTTAATGTGATTTATGCTTAAATGTTAATACAATG
Found at i:2530 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 2522--2551 Score: 60
Period size: 3 Copynumber: 10.0 Consensus size: 3
2512 AGCTTGAGAT
2522 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA
2552 ATGACCATGA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 27 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.00, T:0.67
Consensus pattern (3 bp):
TTA
Done.