Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01003250.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_115900, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 868

Length: 1447
ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.22, T:0.38


Found at i:1067 original size:75 final size:75

Alignment explanation


    Indices: 943--1091  Score: 199
    Period size: 75  Copynumber: 2.0  Consensus size: 75

        933 TGACTATTGA

                       *         *     *        *                  *         
        943 TTAATGTGATATATACCTATATGTGTTCATGTGATATACGATTAAATGTGTTAATTTGATTTAAG
          1 TTAATGTGATACATACCTATAGGTGTTAATGTGATAAACGATTAAATGTGTTAATGTGATTTAAG

                *     
       1008 CTTATATGTG
         66 CTTAAATGTG

                          * *                       *   *                  * 
       1018 TTAATGTGATACATGCTTATAGGTGTTAATGTGATAAACGCTTATATGTGTTAATGTGATTTATG
          1 TTAATGTGATACATACCTATAGGTGTTAATGTGATAAACGATTAAATGTGTTAATGTGATTTAAG

                     
       1083 CTTAAATGT
         66 CTTAAATGT

       1092 TAATGAGATT


Statistics
Matches: 63,  Mismatches: 11, Indels: 0
        0.85            0.15        0.00

Matches are distributed among these distances:
  75   63  1.00

ACGTcount: A:0.30, C:0.07, G:0.19, T:0.44


Consensus pattern (75 bp):   
TTAATGTGATACATACCTATAGGTGTTAATGTGATAAACGATTAAATGTGTTAATGTGATTTAAG
CTTAAATGTG

Found at i:1085 original size:25 final size:25

Alignment explanation


    Indices: 943--1109  Score: 167
    Period size: 25  Copynumber: 6.8  Consensus size: 25

        933 TGACTATTGA

                          * *        
        943 TTAATGTGATATATACCTATATGTG
          1 TTAATGTGATATATGCTTATATGTG

              *          * *   *     
        968 TTCATGTGATATACGATTAAATGTG
          1 TTAATGTGATATATGCTTATATGTG

                 *    *  *           
        993 TTAATTTGATTTAAGCTTATATGTG
          1 TTAATGTGATATATGCTTATATGTG

                       *         *   
       1018 TTAATGTGATACATGCTTATAGGTG
          1 TTAATGTGATATATGCTTATATGTG

                       * *           
       1043 TTAATGTGATAAACGCTTATATGTG
          1 TTAATGTGATATATGCTTATATGTG

                      *           *  
       1068 TTAATGTGATTTATGCTTA-A-ATG
          1 TTAATGTGATATATGCTTATATGTG

                  *   *        
       1091 TTAATGAGATTTATGCTTA
          1 TTAATGTGATATATGCTTA

       1110 AAATTTATTG


Statistics
Matches: 117,  Mismatches: 25, Indels: 2
        0.81            0.17        0.01

Matches are distributed among these distances:
  23   20  0.17
  24    1  0.01
  25   96  0.82

ACGTcount: A:0.31, C:0.07, G:0.19, T:0.44


Consensus pattern (25 bp):   
TTAATGTGATATATGCTTATATGTG

Found at i:1110 original size:23 final size:23

Alignment explanation


    Indices: 1066--1147  Score: 87
    Period size: 23  Copynumber: 3.6  Consensus size: 23

       1056 CGCTTATATG

                    *              
       1066 TGTTAATGTGATTTATGCTTAAA
          1 TGTTAATGAGATTTATGCTTAAA

                                    
       1089 TGTTAATGAGATTTATGCTTAAAA
          1 TGTTAATGAGATTTATGCTT-AAA

                 *                 *
       1113 T-TTATTGCA-ATTTATGCTTAAG
          1 TGTTAATG-AGATTTATGCTTAAA

               *    *    
       1135 TGTCAATGTGATT
          1 TGTTAATGAGATT

       1148 AATGTGTAAA


Statistics
Matches: 49,  Mismatches: 6, Indels: 8
        0.78            0.10        0.13

Matches are distributed among these distances:
  22    3  0.06
  23   41  0.84
  24    5  0.10

ACGTcount: A:0.30, C:0.06, G:0.17, T:0.46


Consensus pattern (23 bp):   
TGTTAATGAGATTTATGCTTAAA
Done.