Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01003533.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_116377, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:7907 original size:61 final size:61
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Indices: 7797--8088 Score: 190
Period size: 60 Copynumber: 4.8 Consensus size: 61
7787 GGTGTCAGAT
* * * **
7797 ATAAAAAAATTT-TAA-TTTTTTGGTGTTAGCCATGCCATGACCGACACCCCTTATTTTAG
1 ATAAAAAAATTTCAAATTTTTTTGGTGTTGGCCATGCAATGGTCGACACCCCTTATTTTAG
* * * *
7856 ATAAAAAAATTTCAAATTTTTTTGGTATTGGCCATGTAATGGTCGATACCCCCTT-TTTCAG
1 ATAAAAAAATTTCAAATTTTTTTGGTGTTGGCCATGCAATGGTCGACA-CCCCTTATTTTAG
* * ** * * * *
7917 AT-AATAATTTTTTAATTTTTTTTGTGTTGGCCACGCAATGGTCGACAACCC-TATTTATCTG
1 ATAAAAAAATTTCAAATTTTTTTGGTGTTGGCCATGCAATGGTCGACACCCCTTATTT-T-AG
* * * * * *
7978 ATACAAAAA--TCAAATTTTTTT-GTGTTAGTCAAGCCATGGCCGACACCCCCCCTCT-TTTTCA
1 ATAAAAAAATTTCAAATTTTTTTGGTGTTGGCCATGCAATGGTCGACA---CCCCT-TATTTT-A
*
8039 A
61 G
* * * *
8040 AT-AAAAAATTACAAATTTTTTTAGTGTAGGCCATGCAATGGCCGACACC
1 ATAAAAAAATTTCAAATTTTTTTGGTGTTGGCCATGCAATGGTCGACACC
8089 AACTTTCTCA
Statistics
Matches: 177, Mismatches: 41, Indels: 28
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
58 1 0.01
59 37 0.21
60 48 0.27
61 41 0.23
62 16 0.09
63 14 0.08
64 20 0.11
ACGTcount: A:0.30, C:0.20, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (61 bp):
ATAAAAAAATTTCAAATTTTTTTGGTGTTGGCCATGCAATGGTCGACACCCCTTATTTTAG
Found at i:10039 original size:84 final size:84
Alignment explanation
Indices: 9896--10598 Score: 1111
Period size: 84 Copynumber: 8.4 Consensus size: 84
9886 TAAATTTAAA
*
9896 ATTTGATAAAAATTGAAATATAATAATAAAATTTAATTTAAATATTAAAATTTGGTAAATAATGT
1 ATTTGATAAAAATTGAAATATAATAATAATATTTAATTTAAATATTAAAATTTGGTAAATAATGT
*
9961 ATTGCCAAATCAACACATT
66 ATTGTCAAATCAACACATT
* **
9980 ATTTGATAAAAATTGAAATATAATAATAAAATTTAATTTAAATATTAAAATTTAATAAATAATGT
1 ATTTGATAAAAATTGAAATATAATAATAATATTTAATTTAAATATTAAAATTTGGTAAATAATGT
* *
10045 ATTGTCAAATTAACACATA
66 ATTGTCAAATCAACACATT
* * *
10064 ATTTGATAAAAATTGTAATATAATAACAAAATTTAATTTAAATATTAAAATTTGGTAAATAATGT
1 ATTTGATAAAAATTGAAATATAATAATAATATTTAATTTAAATATTAAAATTTGGTAAATAATGT
*
10129 ATTGTCAAATCAACAAATT
66 ATTGTCAAATCAACACATT
** * *
10148 ATTTGATAAAAATTGAAATACCATAATAATTTTTAATTCAAATATTAAAATTTGGTAAATAATGT
1 ATTTGATAAAAATTGAAATATAATAATAATATTTAATTTAAATATTAAAATTTGGTAAATAATGT
*
10213 ATTATCAAATCAACACATT
66 ATTGTCAAATCAACACATT
* *
10232 ATTTGATAAAAATTGAAATATAATAATAATTTTTAATTTAAATATTAAAATTTGATAAAATAATG
1 ATTTGATAAAAATTGAAATATAATAATAATATTTAATTTAAATATTAAAATTTGGT-AAATAATG
*
10297 TATTGTCAAATCAATACATT
65 TATTGTCAAATCAACACATT
*
10317 ATTTGATAAAAATTGTAATATAATAATAATATTTAATTTAAATATTAAAATTTGGTAAATAATGT
1 ATTTGATAAAAATTGAAATATAATAATAATATTTAATTTAAATATTAAAATTTGGTAAATAATGT
*
10382 ATTTTCAAATCAACACATT
66 ATTGTCAAATCAACACATT
* *
10401 ATTTGATAAAAATTGAAATACT-ATAATAATTTTTAATTTAAATATTAAAATTTGATAAATAATG
1 ATTTGATAAAAATTGAAATA-TAATAATAATATTTAATTTAAATATTAAAATTTGGTAAATAATG
*
10465 TATTGTCAAATTAACACATT
65 TATTGTCAAATCAACACATT
* * *
10485 ATTTGATAAAAATTGAAATATAATAATAATTTTTAATTTAAATATTCAAATTTGGTAAATAATAT
1 ATTTGATAAAAATTGAAATATAATAATAATATTTAATTTAAATATTAAAATTTGGTAAATAATGT
*
10550 ATTGTCAAATCAACAAATT
66 ATTGTCAAATCAACACATT
* *
10569 ATTTGATAATAATTGTAATATAATAATAAT
1 ATTTGATAAAAATTGAAATATAATAATAAT
10599 CTTTTTTATT
Statistics
Matches: 572, Mismatches: 44, Indels: 6
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
83 1 0.00
84 491 0.86
85 80 0.14
ACGTcount: A:0.49, C:0.05, G:0.06, T:0.40
Consensus pattern (84 bp):
ATTTGATAAAAATTGAAATATAATAATAATATTTAATTTAAATATTAAAATTTGGTAAATAATGT
ATTGTCAAATCAACACATT
Found at i:10513 original size:337 final size:336
Alignment explanation
Indices: 9896--10614 Score: 1134
Period size: 337 Copynumber: 2.1 Consensus size: 336
9886 TAAATTTAAA
** *
9896 ATTTGATAAAAATTGAAATATAATAATAAAATTTAATTTAAATATTAAAATTTGGTAAATAATGT
1 ATTTGATAAAAATTGAAATATAATAATAATTTTTAATTTAAATATTAAAATTTGATAAATAATGT
9961 ATTGCCAAATCAACACATTATTTGATAAAAATTGAAATATAATAATAAAATTTAATTTAAATATT
66 ATTGCCAAATCAACACATTATTTGATAAAAATTGAAATATAATAATAAAATTTAATTTAAATATT
* *
10026 AAAATTTAATAAATAATGTATTGTCAAATTAACACATAATTTGATAAAAATTGTAATATAATAAC
131 AAAATTTAATAAATAATGTATTGTCAAATCAACACATAATTTGATAAAAATTGAAATATAATAAC
*
10091 AAAATTTAATTTAAATATTAAAATTTGGTAAATAATGTATTGTCAAATCAACAAATTATTTGATA
196 AAAATTTAATTTAAATATTAAAATTTGATAAATAATGTATTGTCAAATCAACAAATTATTTGATA
* *
10156 AAAATTGAAATACCATAATAATTTTTAATTCAAATATTAAAATTTGGTAAATAATGTATTATCAA
261 AAAATTGAAATACAATAATAATTTTTAATTCAAATATTAAAATTTGGTAAATAATATATTATCAA
*
10221 ATCAACACATT
326 ATCAACAAATT
10232 ATTTGATAAAAATTGAAATATAATAATAATTTTTAATTTAAATATTAAAATTTGATAAAATAATG
1 ATTTGATAAAAATTGAAATATAATAATAATTTTTAATTTAAATATTAAAATTTGAT-AAATAATG
* * * *
10297 TATTGTCAAATCAATACATTATTTGATAAAAATTGTAATATAATAATAATATTTAATTTAAATAT
65 TATTGCCAAATCAACACATTATTTGATAAAAATTGAAATATAATAATAAAATTTAATTTAAATAT
** * *
10362 TAAAATTTGGTAAATAATGTATTTTCAAATCAACACATTATTTGATAAAAATTGAAATACT-ATA
130 TAAAATTTAATAAATAATGTATTGTCAAATCAACACATAATTTGATAAAAATTGAAATA-TAATA
* ** * *
10426 ATAATTTTTAATTTAAATATTAAAATTTGATAAATAATGTATTGTCAAATTAACACATTATTTGA
194 ACAAAATTTAATTTAAATATTAAAATTTGATAAATAATGTATTGTCAAATCAACAAATTATTTGA
* * * *
10491 TAAAAATTGAAATATAATAATAATTTTTAATTTAAATATTCAAATTTGGTAAATAATATATTGTC
259 TAAAAATTGAAATACAATAATAATTTTTAATTCAAATATTAAAATTTGGTAAATAATATATTATC
10556 AAATCAACAAATT
324 AAATCAACAAATT
* * *
10569 ATTTGATAATAATTGTAATATAATAATAATCTTTTTTATTTAAATA
1 ATTTGATAAAAATTGAAATATAATAATAA--TTTTTAATTTAAATA
10615 ATTTTAAATT
Statistics
Matches: 350, Mismatches: 29, Indels: 5
0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
336 53 0.15
337 282 0.81
338 1 0.00
339 14 0.04
ACGTcount: A:0.49, C:0.05, G:0.06, T:0.40
Consensus pattern (336 bp):
ATTTGATAAAAATTGAAATATAATAATAATTTTTAATTTAAATATTAAAATTTGATAAATAATGT
ATTGCCAAATCAACACATTATTTGATAAAAATTGAAATATAATAATAAAATTTAATTTAAATATT
AAAATTTAATAAATAATGTATTGTCAAATCAACACATAATTTGATAAAAATTGAAATATAATAAC
AAAATTTAATTTAAATATTAAAATTTGATAAATAATGTATTGTCAAATCAACAAATTATTTGATA
AAAATTGAAATACAATAATAATTTTTAATTCAAATATTAAAATTTGGTAAATAATATATTATCAA
ATCAACAAATT
Found at i:10629 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 10607--10646 Score: 57
Period size: 11 Copynumber: 3.7 Consensus size: 11
10597 ATCTTTTTTA
10607 TTTAAA-TAAT
1 TTTAAATTAAT
10617 TTTAAATTAAT
1 TTTAAATTAAT
10628 TTTAAATATAA-
1 TTTAAAT-TAAT
10639 TTTAAATT
1 TTTAAATT
10647 TCAGCTTCAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 4
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
10 7 0.25
11 18 0.64
12 3 0.11
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (11 bp):
TTTAAATTAAT
Found at i:13770 original size:11 final size:12
Alignment explanation
Indices: 13727--13774 Score: 53
Period size: 13 Copynumber: 3.9 Consensus size: 12
13717 ATTTTTTAGT
*
13727 TTATTTCTTAAAA
1 TTATTT-TTAATA
*
13740 TTAATTTTAATTA
1 TTATTTTTAA-TA
13753 TTATTTTTAATA
1 TTATTTTTAATA
13765 -TATTTTTAAT
1 TTATTTTTAAT
13775 TTGTCGATAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 4
0.82 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
11 10 0.32
12 6 0.19
13 15 0.48
ACGTcount: A:0.35, C:0.02, G:0.00, T:0.62
Consensus pattern (12 bp):
TTATTTTTAATA
Found at i:14575 original size:60 final size:59
Alignment explanation
Indices: 14508--15024 Score: 252
Period size: 59 Copynumber: 8.9 Consensus size: 59
14498 GGAAAAGTTA
*
14508 GTGTCGGCCATTGCATGACCAACACAAAAAAAATTTGAAATTTTTTTATCTGAAAAGGGG
1 GTGTCGGCCATTGCATGACCAACAC-AAAAAAATTTGAAATTTTTTTATCAGAAAAGGGG
* *
14568 GTGTCGGCCATTGCATGGCCAACACCAAAAAATTT-AAA-TTTTTTATCAGATAAA----
1 GTGTCGGCCATTGCATGACCAACACAAAAAAATTTGAAATTTTTTTATCAGA-AAAGGGG
* ** * * * *
14622 ---T-AG-CA----ATGACCAACACCCAAAAAAATTAAAAAATTTTATATGAAAAAAGGGG
1 GTGTCGGCCATTGCATGACCAACA--CAAAAAAATTTGAAATTTTTTTATCAGAAAAGGGG
* * * *
14674 TTATCGGCCA-TGACAT-AGCCAACACCAAAAAATTT-AAATTTTTTTATTTGACA-AAAATAGG
1 GTGTCGGCCATTG-CATGA-CCAACACAAAAAAATTTGAAATTTTTTTA--T--CAGAAAA-GGG
14735 G
59 G
* * **
14736 GTGTCGTCCATGGCAT-AGCCAACACTAAAAAAA-TT-AAATTTTATATCTGA-CA-AAAATAAG
1 GTGTCGGCCATTGCATGA-CCAACAC-AAAAAAATTTGAAATTTT-T-T-T-ATCAGAAAA-GGG
14796 G
59 G
* * * *
14797 GTGTCGGCCATGGCATGGCCAACACAAAAAAATTTG--ATTTTTGTATCAGATAAATTGGG
1 GTGTCGGCCATTGCATGACCAACACAAAAAAATTTGAAATTTTTTTATCAGA-AAA-GGGG
* * *
14856 TTGTCGG-CATTGCATGACTAACACCAAAAAAATTTGAAA--TTTTTATCTGAAATAGGGG
1 GTGTCGGCCATTGCATGACCAACA-CAAAAAAATTTGAAATTTTTTTATCAGAAA-AGGGG
** * * * * *
14914 GTGTCGATCATGGCATTACCAACACCAAAAAAA-TTG-AATTTTTTTCTGACAAAAAAGAGG
1 GTGTCGGCCATTGCATGACCAACA-CAAAAAAATTTGAAATTTTTTTAT--CAGAAAAGGGG
* * ** *
14974 GTGTCGACCATTGCATGGCCAACACCCAAAAATTTG-ATTTTTTTTATCAGA
1 GTGTCGGCCATTGCATGACCAACACAAAAAAATTTGAAATTTTTTTATCAGA
15025 TTAAAATGGG
Statistics
Matches: 358, Mismatches: 53, Indels: 94
0.71 0.10 0.19
Matches are distributed among these distances:
45 9 0.03
47 9 0.03
48 6 0.02
49 11 0.03
50 1 0.00
51 1 0.00
55 1 0.00
56 2 0.01
57 18 0.05
58 45 0.13
59 87 0.24
60 74 0.21
61 51 0.14
62 32 0.09
63 8 0.02
64 1 0.00
65 1 0.00
66 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.16, G:0.17, T:0.28
Consensus pattern (59 bp):
GTGTCGGCCATTGCATGACCAACACAAAAAAATTTGAAATTTTTTTATCAGAAAAGGGG
Found at i:14799 original size:61 final size:60
Alignment explanation
Indices: 14681--15005 Score: 249
Period size: 60 Copynumber: 5.4 Consensus size: 60
14671 GGGTTATCGG
* * * *
14681 CCATGACATAGCCAACACCAAAAAATTTAAATTTTTTTATTTGACAAAAATAGGGGTGTCGT
1 CCATGGCATAGCCAACACCAAAAAAATTAAA--TTTTTATCTGACAAAAATAAGGGTGTCGT
* *
14743 CCATGGCATAGCCAACACTAAAAAAATTAAATTTTATATCTGACAAAAATAAGGGTGTCGG
1 CCATGGCATAGCCAACACCAAAAAAATTAAATTTT-TATCTGACAAAAATAAGGGTGTCGT
* ** * * * * * *
14804 CCATGGCATGGCCAACA-CAAAAAAATTTGATTTTTGTATCAGATAAAT-TGGGTTGTCG-
1 CCATGGCATAGCCAACACCAAAAAAATTAAATTTTTATCTGACAAAAATAAGGG-TGTCGT
* * * *
14862 GCATTGCAT-GACTAACACCAAAAAAATTTGAAATTTTTATCTG----AAATAGGGGGTGTCGAT
1 CCATGGCATAG-CCAACACCAAAAAAA-TT-AAATTTTTATCTGACAAAAATA-AGGGTGTCG-T
* * *
14922 -CATGGCATTA-CCAACACCAAAAAAATTGAATTTTTTTCTGACAAAAA-AGAGGGTGTCGA
1 CCATGGCA-TAGCCAACACCAAAAAAATTAAATTTTTATCTGACAAAAATA-AGGGTGTCGT
* * *
14981 CCATTGCATGGCCAACACCCAAAAA
1 CCATGGCATAGCCAACACCAAAAAA
15006 TTTGATTTTT
Statistics
Matches: 211, Mismatches: 34, Indels: 38
0.75 0.12 0.13
Matches are distributed among these distances:
57 16 0.08
58 22 0.10
59 46 0.22
60 50 0.24
61 49 0.23
62 28 0.13
ACGTcount: A:0.38, C:0.17, G:0.17, T:0.27
Consensus pattern (60 bp):
CCATGGCATAGCCAACACCAAAAAAATTAAATTTTTATCTGACAAAAATAAGGGTGTCGT
Found at i:15005 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 14664--15018 Score: 270
Period size: 61 Copynumber: 5.9 Consensus size: 59
14654 ATTTTATATG
* * * * * *
14664 AAAAAAGGGGTTATCGGCCATGACATAGCCAACACCAAAAAATTTAAATTTTTTTATTTGAC
1 AAAAAAGGGG-TGTCGACCATGGCATGGCCAACACCAAAAAATTTGAA-TTTTTT-TCTGAC
* * * * * *
14726 AAAAATAGGGGTGTCGTCCATGGCATAGCCAACACTAAAAAAATTAAATTTTATATCTGAC
1 AAAAA-AGGGGTGTCGACCATGGCATGGCCAACACCAAAAAATTTGAATTTT-TTTCTGAC
* * * *
14787 AAAAATAAGGGTGTCGGCCATGGCATGGCCAACACAAAAAAATTTG-ATTTTTGTATCAGA-
1 AAAAA-AGGGGTGTCGACCATGGCATGGCCAACACCAAAAAATTTGAATTTTT-T-TCTGAC
* ** * * * * * *
14847 TAAATTGGGTTGTCG-GCATTGCATGACTAACACCAAAAAAATTTGAAATTTTTATCTG--
1 AAAAAAGGGGTGTCGACCATGGCATGGCCAACACC-AAAAAATTTG-AATTTTTTTCTGAC
* * * ** *
14905 AAATAGGGGGTGTCGATCATGGCATTACCAACACCAAAAAAATTGAATTTTTTTCTGAC
1 AAAAAAGGGGTGTCGACCATGGCATGGCCAACACCAAAAAATTTGAATTTTTTTCTGAC
* * *
14964 AAAAAAGAGGGTGTCGACCATTGCATGGCCAACACCCAAAAATTTGATTTTTTTT
1 AAAAAAG-GGGTGTCGACCATGGCATGGCCAACACCAAAAAATTTGAATTTTTTT
15019 ATCAGATTAA
Statistics
Matches: 235, Mismatches: 47, Indels: 24
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
57 11 0.05
58 33 0.14
59 41 0.17
60 48 0.20
61 59 0.25
62 38 0.16
63 5 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.18, T:0.29
Consensus pattern (59 bp):
AAAAAAGGGGTGTCGACCATGGCATGGCCAACACCAAAAAATTTGAATTTTTTTCTGAC
Found at i:15036 original size:60 final size:58
Alignment explanation
Indices: 14692--15063 Score: 230
Period size: 60 Copynumber: 6.2 Consensus size: 58
14682 CATGACATAG
* ** * *
14692 CCAACACCAAAAAATTTAAATTTTTTTATTTGACAAAAATAGGGGTGTCGTCCATGGCAT-A
1 CCAACACCAAAAAATTT-GATTTTTTTATCAGA-TAAAAT--GGGTGTCGACCATGGCATGA
* * * * * * * * *
14753 GCCAACACTAAAAAAATTAAATTTTATATCTGACAAAAATAAGGGTGTCGGCCATGGCATGG
1 -CCAACACCAAAAAATTTGATTTTTTTATCAGA-TAAAAT--GGGTGTCGACCATGGCATGA
* * * * *
14815 CCAACACAAAAAAATTTGATTTTTGTATCAGATAAATTGGGTTGTCG-GCATTGCATGA
1 CCAACACCAAAAAATTTGATTTTTTTATCAGATAAAATGGG-TGTCGACCATGGCATGA
* ** * ** * *
14873 CTAACACCAAAAAAATTTGAAATTTTTATCTGA-AATAGGGGGTGTCGATCATGGCATTA
1 CCAACACC-AAAAAATTTGATTTTTTTATCAGATAA-AATGGGTGTCGACCATGGCATGA
* * * * * * * *
14932 CCAACACCAAAAAAATTGAATTTTTTTCTGACAAAAAAGAGGGTGTCGACCATTGCATGG
1 CCAACACCAAAAAATTTG-ATTTTTTTATCAGATAAAA-TGGGTGTCGACCATGGCATGA
* *
14992 CCAACACCCAAAAATTTGATTTTTTTTATCAGATTAAAATGGGTGTCGATCAT-GCAATGA
1 CCAACACCAAAAAATTTGA-TTTTTTTATCAGA-TAAAATGGGTGTCGACCATGGC-ATGA
*
15052 TCAACACCAAAA
1 CCAACACCAAAA
15064 TTTTTTTTCC
Statistics
Matches: 244, Mismatches: 55, Indels: 24
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
58 33 0.14
59 56 0.23
60 73 0.30
61 67 0.27
62 15 0.06
ACGTcount: A:0.38, C:0.16, G:0.17, T:0.29
Consensus pattern (58 bp):
CCAACACCAAAAAATTTGATTTTTTTATCAGATAAAATGGGTGTCGACCATGGCATGA
Found at i:16472 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 16464--16494 Score: 55
Period size: 3 Copynumber: 10.7 Consensus size: 3
16454 TGGGTTGATG
16464 GAA GAA GAA GAA -AA GAA GAA GAA GAA GAA GA
1 GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GA
16495 GATGATAGAA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 2
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.07
3 25 0.93
ACGTcount: A:0.68, C:0.00, G:0.32, T:0.00
Consensus pattern (3 bp):
GAA
Done.