Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01000357.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_111142, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 720
Length: 1201
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.17, T:0.34
Found at i:1184 original size:622 final size:622
Alignment explanation
Indices: 1--1201 Score: 2375
Period size: 622 Copynumber: 1.9 Consensus size: 622
1 TTGAAAATAACCTTTTTACCCTTGTTGAATTGTGATTATAATTAAATGATAATAAATGACGTGTT
1 TTGAAAATAACCTTTTTACCCTTGTTGAATTGTGATTATAATTAAATGATAATAAATGACGTGTT
66 AGGTGTATTTCTTTTATAATGTAAAAACAAATGACATGATTCTAAAAGATGAACAGTGATTGATG
66 AGGTGTATTTCTTTTATAATGTAAAAACAAATGACATGATTCTAAAAGATGAACAGTGATTGATG
131 AGTAAAGTGATACCAGGACCCTAGTCGATGACGGTTTTCGAGTTTTGGGTGTTACATTTCACGTT
131 AGTAAAGTGATACCAGGACCCTAGTCGATGACGGTTTTCGAGTTTTGGGTGTTACATTTCACGTT
*
196 CTTTCTTTTTCAAATATTTGATCCATTGAAGATACCTAAACAACAATCAAATGATCATACCTCCA
196 CTTTCTTTTTCAAATATTTAATCCATTGAAGATACCTAAACAACAATCAAATGATCATACCTCCA
261 GTCCCTAATCCCCCACAAAAGGATTAATTCTTCATGGTTTCTTTAAACATCATAAATTCAATAAT
261 GTCCCTAATCCCCCACAAAAGGATTAATTCTTCATGGTTTCTTTAAACATCATAAATTCAATAAT
*
326 AAAGGTAAACACAAGAATCGAGAGGTTACATACTGACTTGCATTGTATCAATAGTACCTATAGAT
326 AAAGGTAAACACAAGAATCAAGAGGTTACATACTGACTTGCATTGTATCAATAGTACCTATAGAT
391 GTATCGGTAGTCCAGTTTTCTAAGGTACCTATAATTGGGATACTTGTATCGGTAAAAGTTGTAGG
391 GTATCGGTAGTCCAGTTTTCTAAGGTACCTATAATTGGGATACTTGTATCGGTAAAAGTTGTAGG
456 GTTAGACTTATTAGCTCTTTGGAGTTTTTAATATCGATAGAAGTAAGACTTGTGTCGGTAGAGGA
456 GTTAGACTTATTAGCTCTTTGGAGTTTTTAATATCGATAGAAGTAAGACTTGTGTCGGTAGAGGA
521 GTCACTTGTATCAGTAGAAGTCTACACTATTCTTAAACTGTATACTGACTTGACAACTAACAATA
521 GTCACTTGTATCAGTAGAAGTCTACACTATTCTTAAACTGTATACTGACTTGACAACTAACAATA
586 CTTGTCTAACAGGTACTGGTAAAAGTCTCCAAAAATC
586 CTTGTCTAACAGGTACTGGTAAAAGTCTCCAAAAATC
623 TTGAAAATAACCTTTTTACCCTTGTTGAATTGTGATTATAATTAAATGATAATAAATGACGTGTT
1 TTGAAAATAACCTTTTTACCCTTGTTGAATTGTGATTATAATTAAATGATAATAAATGACGTGTT
688 AGGTGTATTTCTTTTATAATGTAAAAACAAATGACATGATTCTAAAAGATGAACAGTGATTGATG
66 AGGTGTATTTCTTTTATAATGTAAAAACAAATGACATGATTCTAAAAGATGAACAGTGATTGATG
*
753 AGTAAAGTGATACTAGGACCCTAGTCGATGACGGTTTTCGAGTTTTGGGTGTTACATTTCACGTT
131 AGTAAAGTGATACCAGGACCCTAGTCGATGACGGTTTTCGAGTTTTGGGTGTTACATTTCACGTT
818 CTTTCTTTTTCAAATATTTAATCCATTGAAGATACCTAAACAACAATCAAATGATCATACCTCCA
196 CTTTCTTTTTCAAATATTTAATCCATTGAAGATACCTAAACAACAATCAAATGATCATACCTCCA
883 GTCCCTAATCCCCCACAAAAGGATTAATTCTTCATGGTTTCTTTAAACATCATAAATTCAATAAT
261 GTCCCTAATCCCCCACAAAAGGATTAATTCTTCATGGTTTCTTTAAACATCATAAATTCAATAAT
948 AAAGGTAAACACAAGAATCAAGAGGTTACATACTGACTTGCATTGTATCAATAGTACCTATAGAT
326 AAAGGTAAACACAAGAATCAAGAGGTTACATACTGACTTGCATTGTATCAATAGTACCTATAGAT
1013 GTATCGGTAGTCCAGTTTTCTAAGGTACCTATAATTGGGATACTTGTATCGGTAAAAGTTGTAGG
391 GTATCGGTAGTCCAGTTTTCTAAGGTACCTATAATTGGGATACTTGTATCGGTAAAAGTTGTAGG
1078 GTTAGACTTATTAGCTCTTTGGAGTTTTTAATATCGATAGAAGTAAGACTTGTGTCGGTAGAGGA
456 GTTAGACTTATTAGCTCTTTGGAGTTTTTAATATCGATAGAAGTAAGACTTGTGTCGGTAGAGGA
1143 GTCACTTGTATCAGTAGAAGTCTACACTATTCTTAAACTGTATACTGACTTGACAACTA
521 GTCACTTGTATCAGTAGAAGTCTACACTATTCTTAAACTGTATACTGACTTGACAACTA
Statistics
Matches: 576, Mismatches: 3, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
622 576 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (622 bp):
TTGAAAATAACCTTTTTACCCTTGTTGAATTGTGATTATAATTAAATGATAATAAATGACGTGTT
AGGTGTATTTCTTTTATAATGTAAAAACAAATGACATGATTCTAAAAGATGAACAGTGATTGATG
AGTAAAGTGATACCAGGACCCTAGTCGATGACGGTTTTCGAGTTTTGGGTGTTACATTTCACGTT
CTTTCTTTTTCAAATATTTAATCCATTGAAGATACCTAAACAACAATCAAATGATCATACCTCCA
GTCCCTAATCCCCCACAAAAGGATTAATTCTTCATGGTTTCTTTAAACATCATAAATTCAATAAT
AAAGGTAAACACAAGAATCAAGAGGTTACATACTGACTTGCATTGTATCAATAGTACCTATAGAT
GTATCGGTAGTCCAGTTTTCTAAGGTACCTATAATTGGGATACTTGTATCGGTAAAAGTTGTAGG
GTTAGACTTATTAGCTCTTTGGAGTTTTTAATATCGATAGAAGTAAGACTTGTGTCGGTAGAGGA
GTCACTTGTATCAGTAGAAGTCTACACTATTCTTAAACTGTATACTGACTTGACAACTAACAATA
CTTGTCTAACAGGTACTGGTAAAAGTCTCCAAAAATC
Done.