Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01003578.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_116451, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 1842
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.19, T:0.31


Found at i:984 original size:29 final size:29

Alignment explanation


    Indices: 951--1334  Score: 348
    Period size: 30  Copynumber: 13.0  Consensus size: 29

        941 GGAGAATTCT

                     **                  
        951 GGGTTAAAACATAATTTTGGAAAAGTTTA
          1 GGGTTAAAATGTAATTTTGGAAAAGTTTA

                                          
        980 GGGTTAAAATGTGAA-TTTGGAAAAGTTTA
          1 GGGTTAAAATGT-AATTTTGGAAAAGTTTA

                *       *               *
       1009 GGGTCAAAATGTGATTTTGGAAAAGTTTG
          1 GGGTTAAAATGTAATTTTGGAAAAGTTTA

                    * * *     *     *     
       1038 GGGTTAAATTATGATTTTAGAAAATTTTAA
          1 GGGTTAAAATGTAATTTTGGAAAAGTTT-A

                        *        *        
       1068 GGGTTAAAATGTTATTTTAGGGAAAGTTTA
          1 GGGTTAAAATGTAATTTT-GGAAAAGTTTA

                   *             *        
       1098 GGGTTAATATGTAATTTTGGAGAAGTTTAA
          1 GGGTTAAAATGTAATTTTGGAAAAGTTT-A

                                 *       
       1128 GGGTTAAAATGTAATTTTGGAGAA-TTTA
          1 GGGTTAAAATGTAATTTTGGAAAAGTTTA

                  *             *         
       1156 GGGGTTTAAATGTAATTTTGAAAAAGTTTA
          1 -GGGTTAAAATGTAATTTTGGAAAAGTTTA

                 *                   *    
       1186 GGGGTCAAAATGTAATTTTGGAAAAATTTA
          1 -GGGTTAAAATGTAATTTTGGAAAAGTTTA

              *        *                    *
       1216 -GATATCAAAAGGTAATTTT-GAAGAAGTTTGT
          1 GGGT-T-AAAATGTAATTTTGGAA-AAGTTT-A

               *               *         * 
       1247 GGGGTAAAATGTAATTTT-AAAAAGCTTAGA
          1 GGGTTAAAATGTAATTTTGGAAAAG-TT-TA

                              *     *     
       1277 GGGTTAAAATGTAATTTTAGAAAAATTTAA
          1 GGGTTAAAATGTAATTTTGGAAAAGTTT-A

                                *        
       1307 GGGTTAAAATGT-ATTTTGAAAAAAGTTT
          1 GGGTTAAAATGTAATTTTG-GAAAAGTTT

       1335 GGGGATTGCC


Statistics
Matches: 291,  Mismatches: 47, Indels: 33
        0.78            0.13        0.09

Matches are distributed among these distances:
  28    4  0.01
  29  114  0.39
  30  160  0.55
  31   12  0.04
  32    1  0.00

ACGTcount: A:0.38, C:0.01, G:0.23, T:0.37


Consensus pattern (29 bp):   
GGGTTAAAATGTAATTTTGGAAAAGTTTA

Found at i:1231 original size:89 final size:88

Alignment explanation


    Indices: 952--1338  Score: 342
    Period size: 89  Copynumber: 4.4  Consensus size: 88

        942 GAGAATTCTG

                    **                                       *               
        952 GGTTAAAACATAATTTTGGAAAAGTTTA-GGGTTAAAATGTGAA-TTTGGAAAAGTTTAGGGTCA
          1 GGTTAAAATGTAATTTTGGAAAAGTTTAGGGGTTAAAATGT-AATTTTGAAAAAGTTTAGGGTCA

                  *           *   **
       1015 AAATGTGATTTTGGAAAAGTTTGG
         65 AAATGTAATTTTGGAAAAATTTAA

                   * * *     *     *    *            *       **            * 
       1039 GGTTAAATTATGATTTTAGAAAATTTTAAGGGTTAAAATGTTATTTTAGGGAAAGTTTAGGGTTA
          1 GGTTAAAATGTAATTTTGGAAAAGTTTAGGGGTTAAAATGTAATTTT-GAAAAAGTTTAGGGTCA

             *             *  *     
       1104 ATATGTAATTTTGGAGAAGTTTAA
         65 AAATGTAATTTTGGAAAAATTTAA

                                 *             *                             
       1128 GGGTTAAAATGTAATTTTGGAGAA-TTTAGGGGTTTAAATGTAATTTTGAAAAAGTTTAGGGGTC
          1 -GGTTAAAATGTAATTTTGGAAAAGTTTAGGGGTTAAAATGTAATTTTGAAAAAGTTTA-GGGTC

                                     
       1192 AAAATGTAATTTTGGAAAAATTT-A
         64 AAAATGTAATTTTGGAAAAATTTAA

             *        *                         *                         *  
       1216 GATATCAAAAGGTAATTTT-GAAGAAGTTT-GTGGGGTAAAATGTAATTTT-AAAAAGCTTAGAG
          1 GGT-T-AAAATGTAATTTTGGAA-AAGTTTAG-GGGTTAAAATGTAATTTTGAAAAAG-TT-TAG

               *             *           
       1278 GGTTAAAATGTAATTTTAGAAAAATTTAA
         60 GGTCAAAATGTAATTTTGGAAAAATTTAA

                                *             
       1307 GGGTTAAAATGT-ATTTTGAAAAAAGTTT-GGGG
          1 -GGTTAAAATGTAATTTTG-GAAAAGTTTAGGGG

       1339 ATTGCCTAAG


Statistics
Matches: 246,  Mismatches: 38, Indels: 30
        0.78            0.12        0.10

Matches are distributed among these distances:
  87   26  0.11
  88   28  0.11
  89  107  0.43
  90   78  0.32
  91    5  0.02
  92    2  0.01

ACGTcount: A:0.38, C:0.01, G:0.24, T:0.37


Consensus pattern (88 bp):   
GGTTAAAATGTAATTTTGGAAAAGTTTAGGGGTTAAAATGTAATTTTGAAAAAGTTTAGGGTCAA
AATGTAATTTTGGAAAAATTTAA

Done.