Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01003776.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_116754, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1746
ACGTcount: A:0.45, C:0.11, G:0.12, T:0.32
Found at i:415 original size:162 final size:162
Alignment explanation
Indices: 2--1746 Score: 2012
Period size: 162 Copynumber: 11.0 Consensus size: 162
1 G
* * *
2 AAATAATGACATATTCATGATAAAGCGCGGGAATTTGTTTAGTTAAATATAACATTTGTAAACTT
1 AAATAATGTCATATTCGTGATAAAGCGCGGGAATTTGTTTAGTTAAATATAAAATTTGTAAACTT
* *
67 ATCAACTCAAGTAC-AAAA-GCATGCAAATTTATTTAGATAAACATAAACTTTAAACTTAACAAT
66 ATCAATTCAAGTACAAAAACGCA--CAAATTTATTTAGATAAACATAAGCTTTAAACTTAACAAT
* *
130 TCAAATATGAT-ATCATTTTAAAAAGAAGGCGTAA
129 TCAAATATGATAAT-ATATTAATAAGAAGGCGTAA
* ** * *
164 AAAT-AT-T--TA----AGATAAAATGCGAGAATTTTTTTAGTTAAATATAAAATTTGTAAACTT
1 AAATAATGTCATATTCGTGATAAAGCGCGGGAATTTGTTTAGTTAAATATAAAATTTGTAAACTT
* * **
221 ATCAATTCGAA-TAC-AGAAC-CAGGCAAATTTATTTAGATAAACGTAAGCTTTAAACTCGACAA
66 ATCAATTC-AAGTACAAAAACGCA--CAAATTTATTTAGATAAACATAAGCTTTAAACTTAACAA
*
283 TTCAAATATGATAATATATTAATAAAAAGGCGTAA
128 TTCAAATATGATAATATATTAATAAGAAGGCGTAA
* **
318 AAATAATGTCATATTCGTGATAAAACGCAAGAATTTGTTTAGTTAAATATAAAATTTGTAAACTT
1 AAATAATGTCATATTCGTGATAAAGCGCGGGAATTTGTTTAGTTAAATATAAAATTTGTAAACTT
* * *
383 ATCAATTCAAGTACAAAAACGCACAAATTTATTTATATAAACATATGCTTTAAACTTAACTATTC
66 ATCAATTCAAGTACAAAAACGCACAAATTTATTTAGATAAACATAAGCTTTAAACTTAACAATTC
** * *
448 AAATATGATAGCATATTAATAAGAAGGCATAG
131 AAATATGATAATATATTAATAAGAAGGCGTAA
* * * * *
480 AAATAATGACATATTCGTGATAAAGTGCCGGAGTTTGTTTAGTT-AATATAACATTTGTAAACTT
1 AAATAATGTCATATTCGTGATAAAGCGCGGGAATTTGTTTAGTTAAATATAAAATTTGTAAACTT
* * * * * * *
544 ATCAACTT-AAGTATAAAAGCACGCGAATTTATTTAAATCAACATCAA-CTTTAAACTTAACAAT
66 ATCAA-TTCAAGTACAAAAACGCACAAATTTATTTAGATAAACAT-AAGCTTTAAACTTAACAAT
** *
607 TCAAATATGATAGCACATTAATAAGAAGGCGTAA
129 TCAAATATGATAATATATTAATAAGAAGGCGTAA
641 AAAT-AT-T--TA----TGATAAAGCGCGGGAATTTGTTTAGTTAAATATAAAATTTGTAAACTT
1 AAATAATGTCATATTCGTGATAAAGCGCGGGAATTTGTTTAGTTAAATATAAAATTTGTAAACTT
* * *
698 ATCAATTCAAGTACAAAAGTA-G-GCAAATTCAATTAGATAAACATAAGCTTTAAACTTAACAAT
66 ATCAATTCAAGTACAAAA--ACGCACAAATTTATTTAGATAAACATAAGCTTTAAACTTAACAAT
* * *
761 ACAAATATGAAAATATATTAATAAGAAGGTGTAA
129 TCAAATATGATAATATATTAATAAGAAGGCGTAA
*** * * *
795 AAATAATGTCATATTAAAGATAAAGCGTGAGAATTTGTTTAGTTAAATATAAAATATGTAAACTT
1 AAATAATGTCATATTCGTGATAAAGCGCGGGAATTTGTTTAGTTAAATATAAAATTTGTAAACTT
860 ATCAATTCAAGTAC-AAAA-GCAAGCAAATTTATTTAGATAAACATAAGCTTTAAACTTAACAAT
66 ATCAATTCAAGTACAAAAACGC-A-CAAATTTATTTAGATAAACATAAGCTTTAAACTTAACAAT
* *
923 TCAAATATGATAACATATTAATAAGATGGCGT--
129 TCAAATATGATAATATATTAATAAGAAGGCGTAA
* * **
955 --AGAAT-T-AT-TT-GTGATAAAGCGCGGGAATTTGTTTAGTTAAATCTAAAGCTTGTAAACTT
1 AAATAATGTCATATTCGTGATAAAGCGCGGGAATTTGTTTAGTTAAATATAAAATTTGTAAACTT
* * ** * *
1014 ATCAATTCAAGTACAATAGCAAACAAATTTATTTAGATAAATATAAGCTTTAAACTTTACAATTC
66 ATCAATTCAAGTACAAAAACGCACAAATTTATTTAGATAAACATAAGCTTTAAACTTAACAATTC
*
1079 AAATATGATAATATATTAATAAGAAGGCGTAG
131 AAATATGATAATATATTAATAAGAAGGCGTAA
*
1111 AAATAATGTCATATTCGTGATAAAGCGCAGGAATTTGTTTAGTTAAATATAAAATTTGTAAACTT
1 AAATAATGTCATATTCGTGATAAAGCGCGGGAATTTGTTTAGTTAAATATAAAATTTGTAAACTT
* *
1176 ATCAATTCAAGTACAAAAGAACG--CGAATTTATTTAGATAAACATAAACTTTAAACTTAACAAT
66 ATCAATTCAAGTAC-AAA-AACGCACAAATTTATTTAGATAAACATAAGCTTTAAACTTAACAAT
* * ** * * **
1239 TCAAATTTGAGAGCATATTAGTAAGAAGACGTGG
129 TCAAATATGATAATATATTAATAAGAAGGCGTAA
* * *
1273 AAATAATGACATATTCATGATAAAGCGCGGGAATTTGTTTAGTTAAATATAACATTTGTAAACTT
1 AAATAATGTCATATTCGTGATAAAGCGCGGGAATTTGTTTAGTTAAATATAAAATTTGTAAACTT
* *
1338 ATCAACTCAAGTAC-AAAA-GCATGCAAATTTATTTAGATAAACATAAACTTTAAACTTAACAAT
66 ATCAATTCAAGTACAAAAACGCA--CAAATTTATTTAGATAAACATAAGCTTTAAACTTAACAAT
* *
1401 TCAAATATGAT-ATCATTTTAAAAAGAAGGCGTAA
129 TCAAATATGATAAT-ATATTAATAAGAAGGCGTAA
* * * *
1435 AAAT-AT-T--TA----AGATAAAACGCGAGAATTTGTTTAGTTAAATGTAAAATTTGTAAACTT
1 AAATAATGTCATATTCGTGATAAAGCGCGGGAATTTGTTTAGTTAAATATAAAATTTGTAAACTT
* * * **
1492 ATCAATTCGAA-TAC-AGAAC-CAGGTAAATTTATTTAGATAAACGTAAGCTTTAAACTCGACAA
66 ATCAATTC-AAGTACAAAAACGCA--CAAATTTATTTAGATAAACATAAGCTTTAAACTTAACAA
*
1554 TTCAAATATGATAATATATTAATAAAAAGGCGTAA
128 TTCAAATATGATAATATATTAATAAGAAGGCGTAA
* **
1589 AAATAATGTCATATTCGTGATAAAACGCAAGAATTTGTTTAGTTAAATATAAAATTTGTAAACTT
1 AAATAATGTCATATTCGTGATAAAGCGCGGGAATTTGTTTAGTTAAATATAAAATTTGTAAACTT
* * *
1654 ATCAATTCAAGTACAAAAACGCACAAATTTATTTATATAAACATATGCTTTAAACTTAACTATTC
66 ATCAATTCAAGTACAAAAACGCACAAATTTATTTAGATAAACATAAGCTTTAAACTTAACAATTC
**
1719 AAATATGATAGCATATTAATAAGAAGGC
131 AAATATGATAATATATTAATAAGAAGGC
Statistics
Matches: 1354, Mismatches: 166, Indels: 126
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
153 28 0.02
154 473 0.35
155 19 0.01
156 5 0.00
157 3 0.00
158 19 0.01
159 5 0.00
160 6 0.00
161 116 0.09
162 664 0.49
163 10 0.01
164 6 0.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.11, G:0.12, T:0.32
Consensus pattern (162 bp):
AAATAATGTCATATTCGTGATAAAGCGCGGGAATTTGTTTAGTTAAATATAAAATTTGTAAACTT
ATCAATTCAAGTACAAAAACGCACAAATTTATTTAGATAAACATAAGCTTTAAACTTAACAATTC
AAATATGATAATATATTAATAAGAAGGCGTAA
Found at i:1024 original size:316 final size:318
Alignment explanation
Indices: 11--1746 Score: 2046
Period size: 316 Copynumber: 5.5 Consensus size: 318
1 GAAATAATGA
* * *
11 CATATTCATGATAAAGCGCGGGAATTTGTTTAGTTAAATATAACATTTGTAAACTTATCAACTCA
1 CATATTCGTGATAAAGCGCGGGAATTTGTTTAGTTAAATATAAAATTTGTAAACTTATCAATTCA
*
76 AGTACAAAAGCATG-CAAATTTATTTAGATAAACATAAACTTTAAACTTAACAATTCAAATATG-
66 AGTACAAAAGCA-GACAAATTTATTTAGATAAACATAAGCTTTAAACTTAACAATTCAAATATGA
* * * ** *
139 ATATCATTTTAAAAAGAAGGCGT-AAA-AA--T-AT-TTAAGATAAAATGCGAGAATTTTTTTAG
130 AAAT-ATATTAATAAGAAGGCGTAAAATAATGTCATATTAAGATAAAGCGCGAGAATTTGTTTAG
* * *
198 TTAAATATAAAATTTGTAAACTTATCAATTCGAA-TACAGAACCAGGCAAATTTATTTAGATAAA
194 TTAAATATAAAATTTGTAAACTTATCAATTC-AAGTACAAAAGCAAGCAAATTTATTTAGATAAA
* ** * * *
262 CGTAAGCTTTAAACTCGACAATTCAAATATGATAATATATTAATAAAAAGGCGTAAAAATAATGT
258 CATAAGCTTTAAACTTAACAATTCAAATATGATAACATATTAATAAGAAGGCGT-AGAAT-A--T
* **
327 CATATTCGTGATAAAACGCAAGAATTTGTTTAGTTAAATATAAAATTTGTAAACTTATCAATTCA
1 CATATTCGTGATAAAGCGCGGGAATTTGTTTAGTTAAATATAAAATTTGTAAACTTATCAATTCA
* * * *
392 AGTACAAAAAC-GCACAAATTTATTTATATAAACATATGCTTTAAACTTAACTATTCAAATATGA
66 AGTACAAAAGCAG-ACAAATTTATTTAGATAAACATAAGCTTTAAACTTAACAATTCAAATATGA
* ** * * ** * *
456 TAGCATATTAATAAGAAGGCATAGAAATAATGACATATTCGTGATAAAGTGCCG-GAGTTTGTTT
130 AAATATATTAATAAGAAGGCGTA-AAATAATGTCATATT-AAGATAAAGCG-CGAGAATTTGTTT
* * * * * *
520 AGTT-AATATAACATTTGTAAACTTATCAACTT-AAGTATAAAAGCACGCGAATTTATTTAAATC
192 AGTTAAATATAAAATTTGTAAACTTATCAA-TTCAAGTACAAAAGCAAGCAAATTTATTTAGATA
* *
583 AACATCAA-CTTTAAACTTAACAATTCAAATATGATAGCACATTAATAAGAAGGCGTA-AA-A-
256 AACAT-AAGCTTTAAACTTAACAATTCAAATATGATAACATATTAATAAGAAGGCGTAGAATAT
**
643 -ATATTTATGATAAAGCGCGGGAATTTGTTTAGTTAAATATAAAATTTGTAAACTTATCAATTCA
1 CATATTCGTGATAAAGCGCGGGAATTTGTTTAGTTAAATATAAAATTTGTAAACTTATCAATTCA
* * * * *
707 AGTACAAAAGTAGGCAAATTCAATTAGATAAACATAAGCTTTAAACTTAACAATACAAATATGAA
66 AGTACAAAAGCAGACAAATTTATTTAGATAAACATAAGCTTTAAACTTAACAATTCAAATATGAA
* *
772 AATATATTAATAAGAAGGTGTAAAAATAATGTCATATTAAAGATAAAGCGTGAGAATTTGTTTAG
131 AATATATTAATAAGAAGGCGT-AAAATAATGTCATATT-AAGATAAAGCGCGAGAATTTGTTTAG
*
837 TTAAATATAAAATATGTAAACTTATCAATTCAAGTACAAAAGCAAGCAAATTTATTTAGATAAAC
194 TTAAATATAAAATTTGTAAACTTATCAATTCAAGTACAAAAGCAAGCAAATTTATTTAGATAAAC
*
902 ATAAGCTTTAAACTTAACAATTCAAATATGATAACATATTAATAAGATGGCGTAGAAT-T
259 ATAAGCTTTAAACTTAACAATTCAAATATGATAACATATTAATAAGAAGGCGTAGAATAT
* **
961 -AT-TT-GTGATAAAGCGCGGGAATTTGTTTAGTTAAATCTAAAGCTTGTAAACTTATCAATTCA
1 CATATTCGTGATAAAGCGCGGGAATTTGTTTAGTTAAATATAAAATTTGTAAACTTATCAATTCA
* * * * *
1023 AGTACAATAGCAAACAAATTTATTTAGATAAATATAAGCTTTAAACTTTACAATTCAAATATGAT
66 AGTACAAAAGCAGACAAATTTATTTAGATAAACATAAGCTTTAAACTTAACAATTCAAATATGAA
**
1088 AATATATTAATAAGAAGGCGTAGAAATAATGTCATATTCGTGATAAAGCGC-AGGAATTTGTTTA
131 AATATATTAATAAGAAGGCGTA-AAATAATGTCATATT-AAGATAAAGCGCGA-GAATTTGTTTA
*
1152 GTTAAATATAAAATTTGTAAACTTATCAATTCAAGTACAAAAG-AACGCGAATTTATTTAGATAA
193 GTTAAATATAAAATTTGTAAACTTATCAATTCAAGTACAAAAGCAA-GCAAATTTATTTAGATAA
* * * * * * *
1216 ACATAAACTTTAAACTTAACAATTCAAATTTGAGAGCATATTAGTAAGAAGACGTGGAAATAAT
257 ACATAAGCTTTAAACTTAACAATTCAAATATGATAACATATTAATAAGAAGGCGTAG-AAT-AT
* * *
1280 GACATATTCATGATAAAGCGCGGGAATTTGTTTAGTTAAATATAACATTTGTAAACTTATCAACT
1 --CATATTCGTGATAAAGCGCGGGAATTTGTTTAGTTAAATATAAAATTTGTAAACTTATCAATT
*
1345 CAAGTACAAAAGCATG-CAAATTTATTTAGATAAACATAAACTTTAAACTTAACAATTCAAATAT
64 CAAGTACAAAAGCA-GACAAATTTATTTAGATAAACATAAGCTTTAAACTTAACAATTCAAATAT
* * * *
1409 G-ATATCATTTTAAAAAGAAGGCGT-AAA-AA--T-AT-TTAAGATAAAACGCGAGAATTTGTTT
128 GAAAAT-ATATTAATAAGAAGGCGTAAAATAATGTCATATTAAGATAAAGCGCGAGAATTTGTTT
* * * * *
1467 AGTTAAATGTAAAATTTGTAAACTTATCAATTCGAA-TACAGAACCAGGTAAATTTATTTAGATA
192 AGTTAAATATAAAATTTGTAAACTTATCAATTC-AAGTACAAAAGCAAGCAAATTTATTTAGATA
* ** * * *
1531 AACGTAAGCTTTAAACTCGACAATTCAAATATGATAATATATTAATAAAAAGGCGTAAAAATAAT
256 AACATAAGCTTTAAACTTAACAATTCAAATATGATAACATATTAATAAGAAGGCGT-AGAAT-A-
1596 GT
318 -T
* **
1598 CATATTCGTGATAAAACGCAAGAATTTGTTTAGTTAAATATAAAATTTGTAAACTTATCAATTCA
1 CATATTCGTGATAAAGCGCGGGAATTTGTTTAGTTAAATATAAAATTTGTAAACTTATCAATTCA
* * * *
1663 AGTACAAAAAC-GCACAAATTTATTTATATAAACATATGCTTTAAACTTAACTATTCAAATATGA
66 AGTACAAAAGCAG-ACAAATTTATTTAGATAAACATAAGCTTTAAACTTAACAATTCAAATATGA
* **
1727 TAGCATATTAATAAGAAGGC
130 AAATATATTAATAAGAAGGC
Statistics
Matches: 1216, Mismatches: 158, Indels: 92
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
314 3 0.00
315 172 0.14
316 753 0.62
317 13 0.01
318 8 0.01
319 5 0.00
321 4 0.00
322 10 0.01
323 97 0.08
324 149 0.12
325 2 0.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.11, G:0.12, T:0.32
Consensus pattern (318 bp):
CATATTCGTGATAAAGCGCGGGAATTTGTTTAGTTAAATATAAAATTTGTAAACTTATCAATTCA
AGTACAAAAGCAGACAAATTTATTTAGATAAACATAAGCTTTAAACTTAACAATTCAAATATGAA
AATATATTAATAAGAAGGCGTAAAATAATGTCATATTAAGATAAAGCGCGAGAATTTGTTTAGTT
AAATATAAAATTTGTAAACTTATCAATTCAAGTACAAAAGCAAGCAAATTTATTTAGATAAACAT
AAGCTTTAAACTTAACAATTCAAATATGATAACATATTAATAAGAAGGCGTAGAATAT
Found at i:1309 original size:478 final size:470
Alignment explanation
Indices: 19--1746 Score: 2177
Period size: 478 Copynumber: 3.6 Consensus size: 470
9 GACATATTCA
*
19 TGATAAAGCGCGGGAATTTGTTTAGTTAAATATAACATTTGTAAACTTATCAACTCAAGTACAAA
1 TGATAAAGCGCGGGAATTTGTTTAGTTAAATATAACATTTGTAAACTTATCAATTCAAGTACAAA
* * *
84 AGCATGCAAATTTATTTAGATAAACATAAACTTTAAACTTAACAATTCAAATATGAT-ATCATTT
66 AGCAAGCAAATTTATTTAGATAAACATAAGCTTTAAACTTAACAATTCAAATATGATAAT-ATAT
* * *
148 TAAAAAGAAGGCGTAAAAATATTTAAGATAAAATGCG-A-GAATTTTTTTAGTTAAATATAAAAT
130 TAATAAGAAGGCGTAAAAATATTTATGAT-AAA-GCGCAGGAATTTGTTTAGTTAAATATAAAAT
* ** * *
211 TTGTAAACTTATCAATTCGAA-TACAGAACCAGGCAAATTTATTTAGATAAACGTAAGCTTTAAA
193 TTGTAAACTTATCAATTC-AAGTACAAAAGAACGCAAATTTATTTAGATAAACATAAGCTTTAAA
** * * *
275 CTCGACAATTCAAATATGATAATATATTAATAAAAAGGCGTAAAAATAATGTCATATTCGTGATA
257 CTTAACAATTCAAATATGATAACATATTAATAAGAAGGCGTAAAAATAATGTCATATTCATGATA
* *
340 AAACGCAAGAATTTGTTTAGTTAAATATAAAATTTGTAAACTTATCAATTCAAGTACAAAAACGC
322 AAGCGCGAGAATTTGTTTAGTTAAATATAAAATTTGTAAACTTATCAATTCAAGTAC-AAAA-GC
* * * *
405 -A-CAAATTTATTTATATAAACATATGCTTTAAACTTAACTATTCAAATATGATAGCATATTAAT
385 AAGCAAATTTATTTAGATAAACATAAGCTTTAAACTTAACAATTCAAATATGATAACATATTAAT
*
468 AAGAAGGCATAGAAATAATGACATATTCG
450 AAGAAGGCGTAG-AAT--T---AT-TT-G
* * * *
497 TGATAAAGTGCCGGAGTTTGTTTAGTT-AATATAACATTTGTAAACTTATCAACTT-AAGTATAA
1 TGATAAAGCGCGGGAATTTGTTTAGTTAAATATAACATTTGTAAACTTATCAA-TTCAAGTACAA
* * * * ** *
560 AAGCACGCGAATTTATTTAAATCAACATCAA-CTTTAAACTTAACAATTCAAATATGATAGCACA
65 AAGCAAGCAAATTTATTTAGATAAACAT-AAGCTTTAAACTTAACAATTCAAATATGATAATATA
*
624 TTAATAAGAAGGCGTAAAAATATTTATGATAAAGCGCGGGAATTTGTTTAGTTAAATATAAAATT
129 TTAATAAGAAGGCGTAAAAATATTTATGATAAAGCGCAGGAATTTGTTTAGTTAAATATAAAATT
* * * *
689 TGTAAACTTATCAATTCAAGTACAAAAGTAGGCAAATTCAATTAGATAAACATAAGCTTTAAACT
194 TGTAAACTTATCAATTCAAGTACAAAAGAACGCAAATTTATTTAGATAAACATAAGCTTTAAACT
* * * * * *
754 TAACAATACAAATATGAAAATATATTAATAAGAAGGTGTAAAAATAATGTCATATTAAAGATAAA
259 TAACAATTCAAATATGATAACATATTAATAAGAAGGCGTAAAAATAATGTCATATTCATGATAAA
* *
819 GCGTGAGAATTTGTTTAGTTAAATATAAAATATGTAAACTTATCAATTCAAGTACAAAAGCAAGC
324 GCGCGAGAATTTGTTTAGTTAAATATAAAATTTGTAAACTTATCAATTCAAGTACAAAAGCAAGC
884 AAATTTATTTAGATAAACATAAGCTTTAAACTTAACAATTCAAATATGATAACATATTAATAAGA
389 AAATTTATTTAGATAAACATAAGCTTTAAACTTAACAATTCAAATATGATAACATATTAATAAGA
*
949 TGGCGTAGAATTATTTG
454 AGGCGTAGAATTATTTG
* *
966 TGATAAAGCGCGGGAATTTGTTTAGTTAAATCTAA-AGCTTGTAAACTTATCAATTCAAGTACAA
1 TGATAAAGCGCGGGAATTTGTTTAGTTAAATATAACA-TTTGTAAACTTATCAATTCAAGTACAA
* * * *
1030 TAGCAAACAAATTTATTTAGATAAATATAAGCTTTAAACTTTACAATTCAAATATGATAATATAT
65 AAGCAAGCAAATTTATTTAGATAAACATAAGCTTTAAACTTAACAATTCAAATATGATAATATAT
*
1095 TAATAAGAAGGCGTAGAAATAATGTCATATTCGTGATAAAGCGCAGGAATTTGTTTAGTTAAATA
130 TAATAAGAAGGCGT--AAA-AA--T-AT-TT-ATGATAAAGCGCAGGAATTTGTTTAGTTAAATA
* *
1160 TAAAATTTGTAAACTTATCAATTCAAGTACAAAAGAACGCGAATTTATTTAGATAAACATAAACT
187 TAAAATTTGTAAACTTATCAATTCAAGTACAAAAGAACGCAAATTTATTTAGATAAACATAAGCT
* * * * * ** *
1225 TTAAACTTAACAATTCAAATTTGAGAGCATATTAGTAAGAAGACGTGGAAATAATGACATATTCA
252 TTAAACTTAACAATTCAAATATGATAACATATTAATAAGAAGGCGTAAAAATAATGTCATATTCA
* * *
1290 TGATAAAGCGCGGGAATTTGTTTAGTTAAATATAACATTTGTAAACTTATCAACTCAAGTACAAA
317 TGATAAAGCGCGAGAATTTGTTTAGTTAAATATAAAATTTGTAAACTTATCAATTCAAGTACAAA
* * * *
1355 AGCATGCAAATTTATTTAGATAAACATAAACTTTAAACTTAACAATTCAAATATGATATCATTTT
382 AGCAAGCAAATTTATTTAGATAAACATAAGCTTTAAACTTAACAATTCAAATATGATAACATATT
* * * *
1420 AAAAAGAAGGCGTAAAAATATTTA
447 AATAAGAAGGCGTAGAATTATTTG
* * * * * *
1444 AGATAAAACGCGAGAATTTGTTTAGTTAAATGTAAAATTTGTAAACTTATCAATTCGAA-TACAG
1 TGATAAAGCGCGGGAATTTGTTTAGTTAAATATAACATTTGTAAACTTATCAATTC-AAGTACAA
* * * * **
1508 AACCAGGTAAATTTATTTAGATAAACGTAAGCTTTAAACTCGACAATTCAAATATGATAATATAT
65 AAGCAAGCAAATTTATTTAGATAAACATAAGCTTTAAACTTAACAATTCAAATATGATAATATAT
* * *
1573 TAATAAAAAGGCGTAAAAATAATGTCATATTCGTGATAAAACGCAAGAATTTGTTTAGTTAAATA
130 TAATAAGAAGGCGTAAAAAT-AT-T--TA----TGATAAAGCGCAGGAATTTGTTTAGTTAAATA
* *
1638 TAAAATTTGTAAACTTATCAATTCAAGTAC-AAA-AACGCACAAATTTATTTATATAAACATATG
187 TAAAATTTGTAAACTTATCAATTCAAGTACAAAAGAACG--CAAATTTATTTAGATAAACATAAG
* *
1701 CTTTAAACTTAACTATTCAAATATGATAGCATATTAATAAGAAGGC
250 CTTTAAACTTAACAATTCAAATATGATAACATATTAATAAGAAGGC
Statistics
Matches: 1096, Mismatches: 124, Indels: 60
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
469 30 0.03
470 95 0.09
471 2 0.00
472 3 0.00
473 6 0.01
474 1 0.00
475 9 0.01
476 22 0.02
477 373 0.34
478 552 0.50
479 3 0.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.11, G:0.12, T:0.32
Consensus pattern (470 bp):
TGATAAAGCGCGGGAATTTGTTTAGTTAAATATAACATTTGTAAACTTATCAATTCAAGTACAAA
AGCAAGCAAATTTATTTAGATAAACATAAGCTTTAAACTTAACAATTCAAATATGATAATATATT
AATAAGAAGGCGTAAAAATATTTATGATAAAGCGCAGGAATTTGTTTAGTTAAATATAAAATTTG
TAAACTTATCAATTCAAGTACAAAAGAACGCAAATTTATTTAGATAAACATAAGCTTTAAACTTA
ACAATTCAAATATGATAACATATTAATAAGAAGGCGTAAAAATAATGTCATATTCATGATAAAGC
GCGAGAATTTGTTTAGTTAAATATAAAATTTGTAAACTTATCAATTCAAGTACAAAAGCAAGCAA
ATTTATTTAGATAAACATAAGCTTTAAACTTAACAATTCAAATATGATAACATATTAATAAGAAG
GCGTAGAATTATTTG
Done.