Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01003795.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_116778, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 2638
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.20, T:0.35


Found at i:865 original size:52 final size:52

Alignment explanation


    Indices: 785--1023  Score: 291
    Period size: 52  Copynumber: 4.6  Consensus size: 52

        775 AAATGCAAAA

                                   *                     *      
        785 AGGTCCGATGACTATGTGTCATCATGAGTATATGAATCCTTTACGTATTATG
          1 AGGTCCGATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTATG

                                * *                             
        837 AGGTCCGATGACTATGTGTCTTTGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTATG
          1 AGGTCCGATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTATG

                 *        **             *             *        
        889 AGGTCTGATGACTACATGTCATCGTGAGTTTATGAATCCTTTATGGATTATG
          1 AGGTCCGATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTATG

                 *            *  *      *     *          **     *
        941 AGGTCTGATGACTATGTGCCACCGTGAGCATATGGATCCTTTTACTCATT-TA
          1 AGGTCCGATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCC-TTTACGGATTATG

                    *    *                 
        993 AGGTCCGAGGACTTTGTGTCATCGTGAGTAT
          1 AGGTCCGATGACTATGTGTCATCGTGAGTAT

       1024 TAAATGGGAA


Statistics
Matches: 158,  Mismatches: 28, Indels: 2
        0.84            0.15        0.01

Matches are distributed among these distances:
  52  151  0.96
  53    7  0.04

ACGTcount: A:0.24, C:0.16, G:0.24, T:0.36


Consensus pattern (52 bp):   
AGGTCCGATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTATG

Done.