Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01003844.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_116863, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 782

Length: 1304
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.20, T:0.29

Warning! 33 characters in sequence are not A, C, G, or T


Found at i:403 original size:28 final size:29

Alignment explanation


    Indices: 327--682  Score: 163
    Period size: 30  Copynumber: 11.9  Consensus size: 29

        317 GACTTTAAGG

                                        *  
        327 GGGT-AAAATGGTAATTTTAGGAAAGTTTGA
          1 GGGTAAAAAT-GTAATTTTAGG-AAGTTCGA

              *                      *      *
        357 GGTTAAAAAAACT-TGAATTTTAGGCA-TTCGG
          1 GGGT--AAAAA-TGT-AATTTTAGGAAGTTCGA

                              *          
        388 GGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTCGA
          1 GGGTAAAAATGTAATTTTAGGAAGTTCGA

                *             *      *     
        417 GGGTTAAAATGTAATTTTTGGAAAAATT--A
          1 GGGTAAAAATGTAATTTTAGG--AAGTTCGA

                        *        *   *    
        446 GGGTTAAAAATGGAATTTTAGAAAGATCGA
          1 GGG-TAAAAATGTAATTTTAGGAAGTTCGA

                     **          *     *  
        476 GGGTAAAAAAATAATTTTTAGAAAGTTTGA
          1 GGGTAAAAATGTAA-TTTTAGGAAGTTCGA

              **       *               * *
        506 GGACAAAAATGGAATTTT-GGAATGTTTGG
          1 GGGTAAAAATGTAATTTTAGGAA-GTTCGA

                       *        **      * 
        535 GGGTAAAAATGGAATTTTTAAAAAGTT-TA
          1 GGGTAAAAATGTAA-TTTTAGGAAGTTCGA

                         *                  *
        564 GGGTCAAAAAAATATAATTTT-GGAAAGTTCGG
          1 GGGT---AAAAATGTAATTTTAGG-AAGTTCGA

                                 *     *  
        596 GGGTAAAAATGTAATTTTAGAAAAGTTTGA
          1 GGGTAAAAATGTAATTTTAG-GAAGTTCGA

              *       *                   *
        626 GGTTAAAAATATAATTTTAGAGAAG-TCTGG
          1 GGGTAAAAATGTAATTTTAG-GAAGTTC-GA

                *     *       *        
        656 GGGTTAAAATATAATTTTTGGACAGTT
          1 GGGTAAAAATGTAATTTTAGGA-AGTT

        683 TAAGGACCTT


Statistics
Matches: 248,  Mismatches: 52, Indels: 51
        0.71            0.15        0.15

Matches are distributed among these distances:
  28   16  0.06
  29   83  0.33
  30   99  0.40
  31   22  0.09
  32   14  0.06
  33   13  0.05
  34    1  0.00

ACGTcount: A:0.40, C:0.03, G:0.24, T:0.33


Consensus pattern (29 bp):   
GGGTAAAAATGTAATTTTAGGAAGTTCGA

Found at i:476 original size:59 final size:60

Alignment explanation


    Indices: 391--674  Score: 229
    Period size: 59  Copynumber: 4.8  Consensus size: 60

        381 CATTCGGGGG

                           * *       *    *              *              
        391 TAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTCGAGGGTTAAAATGTAATTTTTGGAAAAATTAG-GGT
          1 TAAAAATGTAATTTTAGAAAGTTCGGGGGTAAAAATGTAATTTTTAGAAAAATTAGAGGT

                    *            *   *         **              *  *    *
        450 TAAAAATGGAATTTTAGAAAGATCGAGGGTAAAAAAATAATTTTTAG-AAAGTTTGAGGA
          1 TAAAAATGTAATTTTAGAAAGTTCGGGGGTAAAAATGTAATTTTTAGAAAAATTAGAGGT

            *       *      *   *   *             *              *        
        509 CAAAAATGGAATTTTGGAATGTTTGGGGGTAAAAATGGAATTTTTA-AAAAGTTTAG-GGT
          1 TAAAAATGTAATTTTAGAAAGTTCGGGGGTAAAAATGTAATTTTTAGAAAA-ATTAGAGGT

              *      *       *                                   *  *     
        568 CAAAAAAATATAATTTTGGAAAGTTCGGGGGTAAAAATGTAA-TTTTAGAAAAGTTTGAGGT
          1 --TAAAAATGTAATTTTAGAAAGTTCGGGGGTAAAAATGTAATTTTTAGAAAAATTAGAGGT

                   *                        *     *        
        629 TAAAAATATAATTTTAGAGAAG-TCTGGGGGTTAAAATATAATTTTT
          1 TAAAAATGTAATTTTAGA-AAGTTC-GGGGGTAAAAATGTAATTTTT

        675 GGACAGTTTA


Statistics
Matches: 180,  Mismatches: 35, Indels: 18
        0.77            0.15        0.08

Matches are distributed among these distances:
  58    6  0.03
  59  101  0.56
  60   28  0.16
  61   45  0.25

ACGTcount: A:0.41, C:0.02, G:0.23, T:0.34


Consensus pattern (60 bp):   
TAAAAATGTAATTTTAGAAAGTTCGGGGGTAAAAATGTAATTTTTAGAAAAATTAGAGGT
Done.