Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01003882.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_116918, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 2542
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.40


Found at i:2457 original size:17 final size:17

Alignment explanation


    Indices: 2435--2521  Score: 86
    Period size: 17  Copynumber: 5.1  Consensus size: 17

       2425 CATACTCCCT

                             
       2435 TTAAATTTATTTTAAAA
          1 TTAAATTTATTTTAAAA

                  *  *       
       2452 TTAAATCT-GTTTAAAA
          1 TTAAATTTATTTTAAAA

                             *
       2468 TTTAAATTTATTTTAAAT
          1 -TTAAATTTATTTTAAAA

                     *     **
       2486 TTAAATTTAATTTAAGT
          1 TTAAATTTATTTTAAAA

                 *       *   
       2503 TTAAAGTTATTTTCAAA
          1 TTAAATTTATTTTAAAA

              
       2520 TT
          1 TT

       2522 TAAAATTTAA


Statistics
Matches: 56,  Mismatches: 12, Indels: 4
        0.78            0.17        0.06

Matches are distributed among these distances:
  16    7  0.12
  17   43  0.77
  18    6  0.11

ACGTcount: A:0.41, C:0.02, G:0.03, T:0.53


Consensus pattern (17 bp):   
TTAAATTTATTTTAAAA

Found at i:2482 original size:11 final size:11

Alignment explanation


    Indices: 2468--2523  Score: 51
    Period size: 11  Copynumber: 4.9  Consensus size: 11

       2458 CTGTTTAAAA

                       
       2468 TTTAAATTTAT
          1 TTTAAATTTAT

                       *
       2479 TTTAAATTTAAA
          1 TTTAAATTT-AT

                       *
       2491 TTT-AATTTAAG
          1 TTTAAATTT-AT

                  *    
       2502 TTTAAAGTTAT
          1 TTTAAATTTAT

                       
       2513 TTTCAAATTTA
          1 TTT-AAATTTA

       2524 AAATTTAAAA


Statistics
Matches: 37,  Mismatches: 5, Indels: 5
        0.79            0.11        0.11

Matches are distributed among these distances:
  11   23  0.62
  12   14  0.38

ACGTcount: A:0.39, C:0.02, G:0.04, T:0.55


Consensus pattern (11 bp):   
TTTAAATTTAT

Found at i:2487 original size:7 final size:6

Alignment explanation


    Indices: 2465--2532  Score: 61
    Period size: 6  Copynumber: 11.5  Consensus size: 6

       2455 AATCTGTTTA

                            *                           *       *  
       2465 AAATTT AAATTT -ATTTT AAATTT AAATTT -AATTT AAGTTT AAAGTT
          1 AAATTT AAATTT AAATTT AAATTT AAATTT AAATTT AAATTT AAATTT

              *                       
       2511 -ATTTT CAAATTT AAAATTT AAA
          1 AAATTT -AAATTT -AAATTT AAA

       2533 ATAAAACCTT


Statistics
Matches: 49,  Mismatches: 9, Indels: 8
        0.74            0.14        0.12

Matches are distributed among these distances:
   5   12  0.24
   6   27  0.55
   7   10  0.20

ACGTcount: A:0.46, C:0.01, G:0.03, T:0.50


Consensus pattern (6 bp):   
AAATTT

Found at i:2506 original size:34 final size:35

Alignment explanation


    Indices: 2434--2531  Score: 119
    Period size: 34  Copynumber: 2.8  Consensus size: 35

       2424 CCATACTCCC

                             *      *  *       
       2434 TTTAAATTTATTTTAAAATTAAATCT-GTTTAAAA
          1 TTTAAATTTATTTTAAATTTAAATTTAATTTAAAA

                                              *
       2468 TTTAAATTTATTTTAAATTTAAATTTAATTT-AAG
          1 TTTAAATTTATTTTAAATTTAAATTTAATTTAAAA

                  *                       
       2502 TTTAAAGTTATTTTCAAATTTAAAATTTAA
          1 TTTAAATTTATTTT-AAATTT-AAATTTAA

       2532 AATAAAACCT


Statistics
Matches: 56,  Mismatches: 5, Indels: 4
        0.86            0.08        0.06

Matches are distributed among these distances:
  34   39  0.70
  35    9  0.16
  36    8  0.14

ACGTcount: A:0.43, C:0.02, G:0.03, T:0.52


Consensus pattern (35 bp):   
TTTAAATTTATTTTAAATTTAAATTTAATTTAAAA
Done.