Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01003929.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_117010, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4341
ACGTcount: A:0.31, C:0.13, G:0.25, T:0.32
Found at i:3626 original size:59 final size:58
Alignment explanation
Indices: 3555--3929 Score: 502
Period size: 59 Copynumber: 6.4 Consensus size: 58
3545 TTCGGATGCA
* * *
3555 CGGGGGCAAAATGGT-AGTTTTGGAAGGTTCGGAGTCAAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGG-GTC-AAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
* *
3614 CGAGGGTAAAATGGTAATTTTTTGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTC-GGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
* * * *
3673 TGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTTAGGGTAAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGG-TTCGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
* * *
3732 TGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTTAGGGTCAAAAAATGGGATTTTTCGAAGTT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGG-TTCGGGTC-AAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
* * * * *
3792 TGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAAAAGGTTCGAGTTCACAAATGGGATTTTTGAAAGTT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCG-GGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
*
3851 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTC-GGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
3910 C-GGGGTAAAATGGTAATTTT
1 CGGGGGTAAAATGGTAATTTT
3930 CAGATAGTTT
Statistics
Matches: 287, Mismatches: 23, Indels: 13
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
58 19 0.07
59 196 0.68
60 70 0.24
61 2 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.04, G:0.32, T:0.34
Consensus pattern (58 bp):
CGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
Found at i:3807 original size:119 final size:117
Alignment explanation
Indices: 3556--3943 Score: 519
Period size: 119 Copynumber: 3.3 Consensus size: 117
3546 TCGGATGCAC
* * * * *
3556 GGGGGCAAAATGGT-AGTTTTGGAAGGTTCGGAGTCAAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGG
1 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTAGG-GT-AAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGG
*
3620 TAAAATGGTAATTTTTTGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTT
64 TAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTT
* *
3674 GAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTTAGGGTAAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGT
1 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGG-TTAGGGTAAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
** *
3739 AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTTAGGGTCAAAAAATGGGATTTTTCGAAGTTT
65 AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTC-AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTT
* * * * * *
3793 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTAAAAGGTTCGAGTTCACAAATGGGATTTTTGAAAGTTCGGGGGT
1 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTAG-GGTAAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
*
3858 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAG-TT
65 AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTT
* * *
3910 CGGGGTAAAATGGTAATTTTCAGATAGTTTAGGG
1 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGA-AGGTTAGGG
3944 ACCTCCGGGG
Statistics
Matches: 236, Mismatches: 29, Indels: 11
0.86 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
117 24 0.10
118 94 0.40
119 114 0.48
120 4 0.02
ACGTcount: A:0.30, C:0.04, G:0.32, T:0.34
Consensus pattern (117 bp):
GGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTAGGGTAAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTA
AAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTT
Found at i:3880 original size:178 final size:177
Alignment explanation
Indices: 3556--3943 Score: 539
Period size: 178 Copynumber: 2.2 Consensus size: 177
3546 TCGGATGCAC
* * * * *
3556 GGGGGCAAAATGGT-AGTTTTGGAAGG-TTCGGAGTCAAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGG
1 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTTAGG-GTCAAAAAATGGGATTTTTCGAAGTTCGAGG
** * * *
3619 GTAAAATGGTAATTTTTTGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAA
65 GTAAAATGGTAATTTTTAAAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGAAAGTTCGAGGGTAAAA
*
3684 TGGTAATTTTTAGAAGGTTTAGGGTAAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTT
130 TGGTAATTTTTAGAAGGTTCAGGGTAAAAAATGGGATTTTTGGAAG-TT
* *
3733 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTTAGGGTCAAAAAATGGGATTTTTCGAAGTTTGGGGG
1 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTTAGGGTCAAAAAATGGGATTTTTCGAAGTTCGAGGG
* * *
3798 TAAAATGGTAATTTTTAAAAGGTTCGAGTTCACAAATGGGATTTTTGAAAGTTCGGGGGTAAAAT
66 TAAAATGGTAATTTTTAAAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGAAAGTTCGAGGGTAAAAT
* * *
3863 GGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
131 GGTAATTTTTAGAAGGTTCAGGGTAAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
* *
3910 CGGGGTAAAATGGTAATTTTCAGATA-GTTTAGGG
1 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGA-AGGTTTAGGG
3944 ACCTCCGGGG
Statistics
Matches: 187, Mismatches: 21, Indels: 6
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
177 45 0.24
178 138 0.74
179 4 0.02
ACGTcount: A:0.30, C:0.04, G:0.32, T:0.34
Consensus pattern (177 bp):
GGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTTAGGGTCAAAAAATGGGATTTTTCGAAGTTCGAGGG
TAAAATGGTAATTTTTAAAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGAAAGTTCGAGGGTAAAAT
GGTAATTTTTAGAAGGTTCAGGGTAAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
Done.