Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01003945.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_117029, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3937
ACGTcount: A:0.29, C:0.19, G:0.20, T:0.32
Found at i:3200 original size:96 final size:96
Alignment explanation
Indices: 3036--3217 Score: 235
Period size: 96 Copynumber: 1.9 Consensus size: 96
3026 AAGGATGTTT
** * * *
3036 GATTATCTCAATTTGAAGAAAGGTTGCACCTAGTAAGTTAAGGCGCAATATTTCGGAATCGAAGA
1 GATTATCTCAATTTGAAGAAAAATTGCACCTAGTAAGTTAAGGCACAAAATTTCGGAACCGAAGA
3101 T-AAAGAAACATTGCCTCGATTAAGGGTATTC
66 TAAAAG-AACATTGCCTCGATTAAGGGTATTC
* * *
3132 GATTATTTCGATTTGAAGAAAAATTGCACCTAGTGAGTTAAGGCACAAAATTTC-GAACCCCGAA
1 GATTATCTCAATTTGAAGAAAAATTGCACCTAGTAAGTTAAGGCACAAAATTTCGGAA--CCGAA
*
3196 -ATAAAAGAATATTGCCTCGATT
64 GATAAAAGAACATTGCCTCGATT
3218 TTAAAGTTTT
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 9, Indels: 6
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
95 3 0.04
96 63 0.85
97 8 0.11
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.20, T:0.28
Consensus pattern (96 bp):
GATTATCTCAATTTGAAGAAAAATTGCACCTAGTAAGTTAAGGCACAAAATTTCGGAACCGAAGA
TAAAAGAACATTGCCTCGATTAAGGGTATTC
Found at i:3562 original size:59 final size:58
Alignment explanation
Indices: 3443--3811 Score: 501
Period size: 59 Copynumber: 6.3 Consensus size: 58
3433 AAATAGGTAG
* * *
3443 TTTTGGAAGGTTCGGAGTCAAAAAT-GGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTTAT
1 TTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC-GGGGTAAAATGGTAAT
* * *
3501 TTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGAGATTTTTGGGAGTTTGGGGTTAAAATGGTAA-
1 TTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGG-TAAAATGGTAAT
* *
3559 TTTTCGAAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGGAGTTCGAGGGTAAAATGGTAAT
1 TTTTAG-AAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCG-GGGTAAAATGGTAAT
*
3619 TTTTA-AAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAAT
1 TTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAG-TTCGGGGTAAAATGGTAAT
* *
3677 TTTAAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGCTAAAATGGTAAT
1 TTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGG-TAAAATGGTAAT
* *** *
3736 TTTTAGAAGGTTTGGGGTTTTAAATGAGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAAT
1 TTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCG-GGGTAAAATGGTAAT
*
3795 TTTAAGAAGGTTCGGGG
1 TTTTAGAAGGTTCGGGG
3812 ACCTCCGGGG
Statistics
Matches: 279, Mismatches: 23, Indels: 17
0.87 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
58 89 0.32
59 180 0.65
60 10 0.04
ACGTcount: A:0.29, C:0.04, G:0.33, T:0.34
Consensus pattern (58 bp):
TTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGTAAAATGGTAAT
Found at i:3630 original size:117 final size:116
Alignment explanation
Indices: 3448--3811 Score: 536
Period size: 117 Copynumber: 3.1 Consensus size: 116
3438 GGTAGTTTTG
* *
3448 GAAGGTTCGGAGTCAAAAAT-GGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTTATTTTTAGAAGGT
1 GAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC-GGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGT
* *
3512 TCGGGGTCAAAAATGAGATTTTTGGGAGTTTGGGGTTAAAATGGTAATTTT-C
65 TCGGGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTTGGGG-TAAAATGGTAATTTTAA
*
3564 GAAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGGAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTA-AAGG
1 G-AAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCG-GGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGG
*
3628 TTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTAA
64 TTCGGGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTT-GGGGTAAAATGGTAATTTTAA
*
3682 GAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGCTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGT
1 GAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGG-TAAAATGGTAATTTTTAGAAGGT
* *** *
3747 TTGGGGTTTTAAATGAGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTAA
65 TCGGGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTTG-GGGTAAAATGGTAATTTTAA
3800 GAAGGTTCGGGG
1 GAAGGTTCGGGG
3812 ACCTCCGGGG
Statistics
Matches: 226, Mismatches: 14, Indels: 14
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
116 4 0.02
117 121 0.54
118 101 0.45
ACGTcount: A:0.29, C:0.04, G:0.33, T:0.34
Consensus pattern (116 bp):
GAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTT
CGGGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTTGGGGTAAAATGGTAATTTTAA
Found at i:3666 original size:176 final size:176
Alignment explanation
Indices: 3448--3811 Score: 561
Period size: 176 Copynumber: 2.1 Consensus size: 176
3438 GGTAGTTTTG
* * *
3448 GAAGGTTCGGAGTCAAAAATGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTTATTTTTAGAAGGTT
1 GAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTAAGAAGGTT
* *
3513 CGGGGTCAAAAATGAGATTTTTGGGAGTTTGGGGTTAAAATGGTAATTTTCGA-AAGGTTCGGGG
66 CGGGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTTGGGGCTAAAATGGTAATTTT-GAGAAGGTTCGGGG
* * *
3577 TCAAAAATGGGATTTTTGGGAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTA
130 TCAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTAA
*
3624 -AAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTAAGAAGGT
1 GAAGGTTCGGGGTCAAAAAT-GGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTAAGAAGGT
* * *
3688 TCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGCTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTTGGGG
65 TCGGGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTTGGGGCTAAAATGGTAATTTTGAGAAGGTTCGGGG
***
3753 TTTTAAATGAGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTAA
130 TCAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTAA
3800 GAAGGTTCGGGG
1 GAAGGTTCGGGG
3812 ACCTCCGGGG
Statistics
Matches: 170, Mismatches: 15, Indels: 5
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
175 19 0.11
176 140 0.82
177 11 0.06
ACGTcount: A:0.29, C:0.04, G:0.33, T:0.34
Consensus pattern (176 bp):
GAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTAAGAAGGTT
CGGGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTTGGGGCTAAAATGGTAATTTTGAGAAGGTTCGGGGT
CAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTAA
Done.