Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01003961.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_117052, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 699

Length: 1165
ACGTcount: A:0.30, C:0.12, G:0.23, T:0.36


Found at i:534 original size:17 final size:17

Alignment explanation


    Indices: 533--600  Score: 91
    Period size: 17  Copynumber: 4.0  Consensus size: 17

        523 TAAATAAATT

                             
        533 TAAATTTAAATTTAAAA
          1 TAAATTTAAATTTAAAA

                *   *        
        550 TAAACTTATATTTAAAA
          1 TAAATTTAAATTTAAAA

                      **     
        567 TAAATTTAAACCTAAAA
          1 TAAATTTAAATTTAAAA

                      *      
        584 TAAATTTAAAATTAAAA
          1 TAAATTTAAATTTAAAA

        601 ATTGGATTTA


Statistics
Matches: 43,  Mismatches: 8, Indels: 0
        0.84            0.16        0.00

Matches are distributed among these distances:
  17   43  1.00

ACGTcount: A:0.59, C:0.04, G:0.00, T:0.37


Consensus pattern (17 bp):   
TAAATTTAAATTTAAAA

Found at i:540 original size:23 final size:23

Alignment explanation


    Indices: 514--595  Score: 78
    Period size: 23  Copynumber: 3.6  Consensus size: 23

        504 TTAGAACCAT

                     *       *     
        514 TTTAAATTTTAAATAAATTTAAA
          1 TTTAAATTTAAAATAAACTTAAA

                                 * 
        537 TTTAAATTTAAAATAAACTTATA
          1 TTTAAATTTAAAATAAACTTAAA

                   *     *     *    
        560 TTTAAA-ATAAATTTAAACCTAAA
          1 TTTAAATTTAAA-ATAAACTTAAA

             *            
        583 -ATAAATTTAAAAT
          1 TTTAAATTTAAAAT

        596 TAAAAATTGG


Statistics
Matches: 47,  Mismatches: 10, Indels: 5
        0.76            0.16        0.08

Matches are distributed among these distances:
  22    9  0.19
  23   38  0.81

ACGTcount: A:0.55, C:0.04, G:0.00, T:0.41


Consensus pattern (23 bp):   
TTTAAATTTAAAATAAACTTAAA

Found at i:595 original size:11 final size:11

Alignment explanation


    Indices: 516--576  Score: 51
    Period size: 11  Copynumber: 5.9  Consensus size: 11

        506 AGAACCATTT

                   *   
        516 TAAATTTTAAA
          1 TAAATTTAAAA

                       *
        527 TAAATTTAAATT
          1 TAAATTTAAA-A

                       
        539 TAAATTTAAAA
          1 TAAATTTAAAA

                *      
        550 TAAACTT---A
          1 TAAATTTAAAA

                       
        558 T--ATTTAAAA
          1 TAAATTTAAAA

                      
        567 TAAATTTAAA
          1 TAAATTTAAA

        577 CCTAAAATAA


Statistics
Matches: 39,  Mismatches: 5, Indels: 12
        0.70            0.09        0.21

Matches are distributed among these distances:
   6    3  0.08
   8    2  0.05
   9    2  0.05
  11   22  0.56
  12   10  0.26

ACGTcount: A:0.56, C:0.02, G:0.00, T:0.43


Consensus pattern (11 bp):   
TAAATTTAAAA

Found at i:600 original size:6 final size:6

Alignment explanation


    Indices: 514--599  Score: 56
    Period size: 6  Copynumber: 15.0  Consensus size: 6

        504 TTAGAACCAT

                                                        *     *   * 
        514 TTTAAA TTTTAAA --TAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA -ATAAA CTTATA
          1 TTTAAA -TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA

                    *            **      *            *     
        560 TTTAAA -ATAAA TTTAAA CCTAAA -ATAAA TTTAAA ATTAAA
          1 TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA

        600 AATTGGATTT


Statistics
Matches: 62,  Mismatches: 12, Indels: 11
        0.73            0.14        0.13

Matches are distributed among these distances:
   4    4  0.06
   5   12  0.19
   6   40  0.65
   7    6  0.10

ACGTcount: A:0.56, C:0.03, G:0.00, T:0.41


Consensus pattern (6 bp):   
TTTAAA
Done.