Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01004234.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_117496, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 986

Length: 1644
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.10, T:0.42


Found at i:755 original size:20 final size:21

Alignment explanation


    Indices: 708--756  Score: 61
    Period size: 19  Copynumber: 2.5  Consensus size: 21

        698 AATTAATATA

                       *         
        708 TATT-TTTAAACTAAGTTTAT
          1 TATTCTTTAAAATAAGTTTAT

                                 
        728 TA--CTTTAAAATAA-TTTAT
          1 TATTCTTTAAAATAAGTTTAT

                       
        746 TATTCTTTAAA
          1 TATTCTTTAAA

        757 TATGTCTTAG


Statistics
Matches: 25,  Mismatches: 1, Indels: 6
        0.78            0.03        0.19

Matches are distributed among these distances:
  18    7  0.28
  19    9  0.36
  20    9  0.36

ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.02, T:0.53


Consensus pattern (21 bp):   
TATTCTTTAAAATAAGTTTAT

Found at i:792 original size:36 final size:36

Alignment explanation


    Indices: 745--836  Score: 100
    Period size: 36  Copynumber: 2.6  Consensus size: 36

        735 AAATAATTTA

                           *                      
        745 TTATTCTTTAAATATGTCTTAGTTAATTTAAATTATAT
          1 TTATTCTTTAAATATATCTTA-TTAATTTAAATTA-AT

                         *           *           
        783 TT-TT-TTTAAATTTAAT-TTATTACTTTAAATTAAT
          1 TTATTCTTTAAATAT-ATCTTATTAATTTAAATTAAT

                           *    
        817 TTATTCTTTAAATATTTCTT
          1 TTATTCTTTAAATATATCTT

        837 CTTTTAATTA


Statistics
Matches: 45,  Mismatches: 5, Indels: 10
        0.75            0.08        0.17

Matches are distributed among these distances:
  34    4  0.09
  35   15  0.33
  36   21  0.47
  37    3  0.07
  38    2  0.04

ACGTcount: A:0.33, C:0.05, G:0.02, T:0.60


Consensus pattern (36 bp):   
TTATTCTTTAAATATATCTTATTAATTTAAATTAAT

Found at i:838 original size:15 final size:17

Alignment explanation


    Indices: 771--847  Score: 81
    Period size: 17  Copynumber: 4.6  Consensus size: 17

        761 TCTTAGTTAA

                              
        771 TTTAAATTATATTT-TT-
          1 TTTAAATTA-ATTTATTC

                               
        787 TTTAAATTTAATTTATTAC
          1 TTTAAA-TTAATTTATT-C

                             
        806 TTTAAATTAATTTATTC
          1 TTTAAATTAATTTATTC

                         *   
        823 TTTAAA-T-ATTTCTTC
          1 TTTAAATTAATTTATTC

               *      
        838 TTTTAATTAA
          1 TTTAAATTAA

        848 ATTTTATTTT


Statistics
Matches: 53,  Mismatches: 2, Indels: 11
        0.80            0.03        0.17

Matches are distributed among these distances:
  15   12  0.23
  16   12  0.23
  17   13  0.25
  18   10  0.19
  19    6  0.11

ACGTcount: A:0.34, C:0.05, G:0.00, T:0.61


Consensus pattern (17 bp):   
TTTAAATTAATTTATTC

Found at i:848 original size:72 final size:73

Alignment explanation


    Indices: 692--857  Score: 185
    Period size: 72  Copynumber: 2.2  Consensus size: 73

        682 AACAATTTCA

                 *           *                                               
        692 TAATTCAATTAATATATATTTTTAAACTAAGTTTATTACTTTAAAATAATTTATTATTCTTTAAA
          1 TAATTAAATT-ATAT-TTTTTTTAAACTAAGTTTATTACTTTAAAATAA-TTATTATTCTTTAAA

                       
        757 TATGTCTTAGT
         63 TATGTCTTAGT

                                      *                  *                   
        768 TAATTTAAATTATATTTTTTTTAAATTTAA-TTTATTACTTTAAATTAA-T-TTATTCTTTAAAT
          1 TAA-TTAAATTATATTTTTTTTAAA-CTAAGTTTATTACTTTAAAATAATTATTATTCTTTAAAT

              *     ** 
        830 ATTTCTTCTTT
         64 ATGTCTT-AGT

                      *      
        841 TAATTAAATTTTATTTT
          1 TAATTAAATTATATTTT

        858 GCAATTTAAA


Statistics
Matches: 79,  Mismatches: 8, Indels: 10
        0.81            0.08        0.10

Matches are distributed among these distances:
  72   32  0.41
  73    5  0.06
  75   26  0.33
  76   10  0.13
  77    6  0.08

ACGTcount: A:0.36, C:0.05, G:0.02, T:0.57


Consensus pattern (73 bp):   
TAATTAAATTATATTTTTTTTAAACTAAGTTTATTACTTTAAAATAATTATTATTCTTTAAATAT
GTCTTAGT
Done.