Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01004248.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_117524, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8960
ACGTcount: A:0.26, C:0.20, G:0.20, T:0.34
Found at i:662 original size:29 final size:28
Alignment explanation
Indices: 619--951 Score: 246
Period size: 29 Copynumber: 11.5 Consensus size: 28
609 ATTTTGGGGT
*
619 TAAAAATGGCATTTTTGGAAGTTCAGGG
1 TAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCAGGG
* **
647 TAAAAATGGAATTTTTAGAAGTTTTGAGG
1 TAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCAG-GG
* *
676 TCAAGAATTGG-ATTTTTGGAATTTCGAGGG
1 T-AA-AAATGGAATTTTTGGAAGTTC-AGGG
* *
706 TAAAATTGGGATTTTTGGAAGTTTC-GAGG
1 TAAAAATGGAATTTTTGGAAG-TTCAG-GG
*
735 TAAAAAAT-GAGGTTTTTGGAAGTTCGAGGG
1 T-AAAAATGGA-ATTTTTGGAAGTTC-AGGG
* * **
765 TGAAAATGGAATTTTTTGAAGTTTTGGGG
1 TAAAAATGGAATTTTTGGAAG-TTCAGGG
* *
794 TTAAAATTGGGA-TTTTGGAAGTTCAGGGG
1 -TAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCA-GGG
** **
823 TAAAAATGGAATTTTCAGAAGTTTTGAGG
1 TAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCAG-GG
* *
852 TAAAAAATGGGATATTTGGAAGTTCGAGGG
1 T-AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTC-AGGG
*
882 TAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCGGGG
1 TAAAAATGGAATTTTTGGAAG-TTCAGGG
**
911 TCAAAAAT--TTTTTTTGGAAGTTCGAGGG
1 T-AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTC-AGGG
939 TAAAAATGGAATT
1 TAAAAATGGAATT
952 CTTAGATAGT
Statistics
Matches: 237, Mismatches: 44, Indels: 47
0.72 0.13 0.14
Matches are distributed among these distances:
27 9 0.04
28 55 0.23
29 86 0.36
30 79 0.33
31 8 0.03
ACGTcount: A:0.32, C:0.04, G:0.29, T:0.35
Consensus pattern (28 bp):
TAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCAGGG
Found at i:663 original size:117 final size:112
Alignment explanation
Indices: 542--951 Score: 342
Period size: 117 Copynumber: 3.5 Consensus size: 112
532 AAAAGGGTAA
* ****
542 TTTTAAGGGTTTTGAGGTCGAAAATAGAGATTTTGGAGGTTTGGGGGTAAAAGCAAAATTCTTGG
1 TTTTAA-GGTTTTGAGGTC-AAAATTG-GATTTTGGA-GTTTGGGGGTAAAAATGGAATT-TTGG
* * *
607 AAATTTTGGGGTTAAAAATGGCATTTTTGGAAGTTC-AGGGTAAAAATGGAAT
61 AAGTTTTGAGGTAAAAAATGG-ATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGGAAT
* * * * *
659 TTTTAGAAGTTTTGAGGTCAAGAATTGGATTTTTGGAATTTCGAGGGTAAAATTGGGATTTTTGG
1 TTTTA-AGGTTTTGAGGTCAA-AATTGGA-TTTTGGAGTTT-GGGGGTAAAAAT-GGAATTTTGG
* * *
724 AAGTTTCGAGGTAAAAAATGAGGTTTTTGGAAGTTCGAGGGTGAAAATGGAATT
61 AAGTTTTGAGGTAAAAAATG-GATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGGAA-T
* * ** *
778 TTTTGAA-GTTTTGGGGTTAAAATTGGGATTTTGGAAGTTCAGGGGTAAAAATGGAATTTTCAGA
1 TTTT-AAGGTTTTGAGGTCAAAATT-GGATTTTGG-AGTTTGGGGGTAAAAATGGAATTTT-GGA
*
842 AGTTTTGAGGTAAAAAATGGGATATTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGGAAT
62 AGTTTTGAGGTAAAAAAT-GGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGGAAT
* * ** * *
894 TTTTGGAA-GTTTCGGGGTCAAAAATT-TTTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGGAATT
1 TTTT--AAGGTTTTGAGGTC-AAAATTGGATTTTGG-AGTTTGGGGGTAAAAATGGAATT
952 CTTAGATAGT
Statistics
Matches: 244, Mismatches: 34, Indels: 31
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
116 47 0.19
117 147 0.60
118 43 0.18
119 6 0.02
120 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.04, G:0.30, T:0.35
Consensus pattern (112 bp):
TTTTAAGGTTTTGAGGTCAAAATTGGATTTTGGAGTTTGGGGGTAAAAATGGAATTTTGGAAGTT
TTGAGGTAAAAAATGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGGAAT
Found at i:727 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 598--951 Score: 400
Period size: 59 Copynumber: 6.1 Consensus size: 59
588 GTAAAAGCAA
* * * *
598 AATTCTTGGAAATTTTGGGGTTAAAAA-TGGCATTTTTGGAAGTTC-AGGGTAAAAATGG
1 AATTTTTGGAAGTTTTGAGGTCAAAAATTGG-ATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGG
* * * *
656 AATTTTTAGAAGTTTTGAGGTCAAGAATTGGATTTTTGGAATTTCGAGGGTAAAATTGG
1 AATTTTTGGAAGTTTTGAGGTCAAAAATTGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGG
* * * * *
715 GATTTTTGGAAGTTTCGAGGT-AAAAAATGAGGTTTTTGGAAGTTCGAGGGTGAAAATGG
1 AATTTTTGGAAGTTTTGAGGTCAAAAATTG-GATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGG
* * *
774 AATTTTTTGAAGTTTTGGGGT-TAAAATTGGGA-TTTTGGAAGTTC-AGGGGTAAAAATGG
1 AATTTTTGGAAGTTTTGAGGTCAAAAATT-GGATTTTTGGAAGTTCGA-GGGTAAAAATGG
** * * *
832 AATTTTCAGAAGTTTTGAGGTAAAAAATGGGATATTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGG
1 AATTTTTGGAAGTTTTGAGGTCAAAAATTGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGG
* * *
891 AATTTTTGGAAGTTTCGGGGTCAAAAATT--TTTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGG
1 AATTTTTGGAAGTTTTGAGGTCAAAAATTGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGG
948 AATT
1 AATT
952 CTTAGATAGT
Statistics
Matches: 249, Mismatches: 39, Indels: 17
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
57 31 0.12
58 84 0.34
59 132 0.53
60 2 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.04, G:0.29, T:0.35
Consensus pattern (59 bp):
AATTTTTGGAAGTTTTGAGGTCAAAAATTGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGG
Found at i:963 original size:117 final size:116
Alignment explanation
Indices: 610--963 Score: 432
Period size: 117 Copynumber: 3.0 Consensus size: 116
600 TTCTTGGAAA
* * * *
610 TTTTGGGGTTAAAAATGGCATTTTTGGAAGTTC-AGGGTAAAAATGGAATTTTTAGAAGTTTTGA
1 TTTTGAGGTAAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGGAATTTTTAGAAGTTTTGG
* * * * *
674 GGTCAAGAATTGGATTTTTGGAATTTCGAGGGTAAAATTGGGATTTTTGGAAG
66 GGTCAAAAATT-GATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAAT-GGAATTTTAGAAG
* * *
727 TTTCGAGGTAAAAAATGAGG-TTTTTGGAAGTTCGAGGGTGAAAATGGAATTTTTTGAAGTTTTG
1 TTTTGAGGTAAAAAATG-GGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGGAATTTTTAGAAGTTTTG
*
791 GGGT-TAAAATTGGGA-TTTTGGAAGTTC-AGGGGTAAAAATGGAATTTTCAGAAG
65 GGGTCAAAAATT--GATTTTTGGAAGTTCGA-GGGTAAAAATGGAATTTT-AGAAG
* * *
844 TTTTGAGGTAAAAAATGGGATATTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCGG
1 TTTTGAGGTAAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGGAATTTTTAGAAGTTTTGG
*
909 GGTCAAAAATT-TTTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGGAATTCTTAGATAG
66 GGTCAAAAATTGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGGAATT-TTAGA-AG
961 TTT
1 TTT
964 AGGGACCTCC
Statistics
Matches: 206, Mismatches: 20, Indels: 22
0.83 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
116 41 0.20
117 124 0.60
118 41 0.20
ACGTcount: A:0.31, C:0.04, G:0.29, T:0.36
Consensus pattern (116 bp):
TTTTGAGGTAAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGGAATTTTTAGAAGTTTTGG
GGTCAAAAATTGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGGAATTTTAGAAG
Done.