Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01004267.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_117555, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 1933
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.21, T:0.30


Found at i:659 original size:29 final size:29

Alignment explanation


    Indices: 624--1082  Score: 306
    Period size: 29  Copynumber: 15.6  Consensus size: 29

        614 TTATGGTTTA

                           *             
        624 AAAAATGGAATTTTTAGAAGTTTTGAGGT
          1 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTTGAGGT

            *         *     *       * *  *
        653 TAAAATGAGATTTTTTAGAAG-TTCGGGGG
          1 AAAAATG-GAATTTTTGGAAGTTTTGAGGT

                    *                 *    
        682 AAAAATGGGATTTTCT-GAAGTTTTGGGGTT
          1 AAAAATGGAATTTT-TGGAAGTTTTGAGG-T

                    *          **         
        712 AAAAATGGGATTTTT-GAAAATTTGAGGGT
          1 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTTGA-GGT

                                   *   * 
        741 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCGAGCT
          1 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTTGAGGT

                     *      *        *      
        770 CAAAAATGGGATTTTTTGAAG-TTTAAGGGTT
          1 -AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTTGA-GG-T

                    *      **      * *   
        801 AAAAATGGGATTTTTAAAAGTTTAGGGGT
          1 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTTGAGGT

                  *             *  * *    
        830 AAAAATAGAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTT
          1 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTTGAGG-T

                                    * *   
        860 AAAAAT-GAGATTTTTGGAAGTTTGGGGGT
          1 AAAAATGGA-ATTTTTGGAAGTTTTGAGGT

                                          
        889 AAAAA-GGAATTTTTGGAAGTTTTGAGGTT
          1 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTTGAGG-T

                      *             * *   
        918 AAAAATAGGATTTTTTGG-AGTTTGGGGGT
          1 AAAAAT-GGAATTTTTGGAAGTTTTGAGGT

                  *                *      
        947 AAAAATAGAATTTTTGGAAG-TTCGAGGGT
          1 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTTGA-GGT

                                            
        976 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTT-AGGGTTT
          1 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTTGA-GG--T

                  *  *       *     ** *   
       1007 AAAAAAAGGGATTTTTGAAAGTTCGGGGGT
          1 -AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTTGAGGT

                 ***                  *   
       1037 AAAAACAAAATTTTTGGAAGTTTTGGGGGT
          1 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTT-GAGGT

                  *         
       1067 AAAAATAGAATTTTTG
          1 AAAAATGGAATTTTTG

       1083 TAAAGTTTAG


Statistics
Matches: 344,  Mismatches: 62, Indels: 47
        0.76            0.14        0.10

Matches are distributed among these distances:
  28   38  0.11
  29  143  0.42
  30  128  0.37
  31   14  0.04
  32   21  0.06

ACGTcount: A:0.34, C:0.02, G:0.28, T:0.36


Consensus pattern (29 bp):   
AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTTGAGGT

Found at i:746 original size:59 final size:59

Alignment explanation


    Indices: 624--1089  Score: 389
    Period size: 59  Copynumber: 7.9  Consensus size: 59

        614 TTATGGTTTA

                           *         *                    *             *
        624 AAAAATGGAATTTTTAGAAGTTTTGAGGTT-AAAAT-GAGATTTTTTAGAAGTTCG-GGGG
          1 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTTGGGGTTAAAAATGGA-ATTTTTGA-AAGTTCGAGGGT

                    *                              *          *  *      
        682 AAAAATGGGATTTTCT-GAAGTTTTGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGAAAATTTGAGGGT
          1 AAAAATGGAATTTT-TGGAAGTTTTGGGGTTAAAAATGGAATTTTTGAAAGTTCGAGGGT

                                   * * * *          *            **      
        741 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCGAGCTCAAAAATGGGATTTTTTG-AAGTTTAAGGGTT
          1 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTTGGGGTTAAAAAT-GGAATTTTTGAAAGTTCGAGGG-T

                    *      **      *            *            *           
        801 AAAAATGGGATTTTTAAAAGTTTAGGGG-TAAAAATAGAATTTTTGGAAGGTTCG-GGGTT
          1 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTTGGGGTTAAAAATGGAATTTTT-GAAAGTTCGAGGG-T

                                         *                 *      *    * 
        860 AAAAAT-GAGATTTTTGGAAG-TTTGGGGGTAAAAA-GGAATTTTTGGAAGTTTTGAGGTT
          1 AAAAATGGA-ATTTTTGGAAGTTTTGGGGTTAAAAATGGAATTTTTGAAAG-TTCGAGGGT

                      *                  *       *         *            
        918 AAAAATAGGATTTTTTGG-AG-TTTGGGGGTAAAAATAGAATTTTTGGAAGTTCGAGGGT
          1 AAAAAT-GGAATTTTTGGAAGTTTTGGGGTTAAAAATGGAATTTTTGAAAGTTCGAGGGT

                                        *        *  *               *    
        976 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTTAGGGTTTAAAAAAAGGGATTTTTGAAAGTTCGGGGGT
          1 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTT-GGGGTT-AAAAATGGAATTTTTGAAAGTTCGAGGGT

                 ***                    *       *                
       1037 AAAAACAAAATTTTTGGAAGTTTTGGGGGTAAAAATAGAATTTTTGTAAAGTT
          1 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTTGGGGTTAAAAATGGAATTTTTG-AAAGTT

       1090 TAGGGACCTC


Statistics
Matches: 330,  Mismatches: 57, Indels: 40
        0.77            0.13        0.09

Matches are distributed among these distances:
  57   13  0.04
  58   95  0.29
  59  125  0.38
  60   52  0.16
  61   45  0.14

ACGTcount: A:0.35, C:0.02, G:0.28, T:0.36


Consensus pattern (59 bp):   
AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTTGGGGTTAAAAATGGAATTTTTGAAAGTTCGAGGGT
Done.