Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01004307.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_117620, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 706

Length: 1178
ACGTcount: A:0.31, C:0.13, G:0.21, T:0.36


Found at i:8 original size:3 final size:3

Alignment explanation


    Indices: 1--53  Score: 61
    Period size: 3  Copynumber: 17.3  Consensus size: 3

                                                *    **              *  
          1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT GTT AAC ATT AATT ATT GTT
          1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT -ATT ATT ATT

                     
         47 ATT ATT A
          1 ATT ATT A

         54 ATATCAGTAG


Statistics
Matches: 41,  Mismatches: 8, Indels: 2
        0.80            0.16        0.04

Matches are distributed among these distances:
   3   38  0.93
   4    3  0.07

ACGTcount: A:0.34, C:0.02, G:0.04, T:0.60


Consensus pattern (3 bp):   
ATT

Done.