Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01004324.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_117643, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1818
ACGTcount: A:0.27, C:0.18, G:0.15, T:0.41
Found at i:1349 original size:216 final size:215
Alignment explanation
Indices: 1--1818 Score: 2297
Period size: 216 Copynumber: 8.4 Consensus size: 215
* *
1 TCTTGGACGAACTTATGAACTTGTGAAACTTTTACAAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAG
1 TCTTGGACGAACTTACGAACTTGTCAAACTTTTACAAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAG
* * * *
66 TATTCAAGATGATCCATTCTTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAAATCGCATCAT
66 TATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCAT
* * *
131 TTGGTCCAAATAGTTTGTCA-TTTGTAAGCAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAACTTATTTAAGT
131 TTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTAAATTAAAAACTTATTTACGT
*
195 GAGACTTGTTTCTCTTTTGGT
196 CAGA-TTGTTTCTCTTTTGGT
* * * * * * *
216 TCTTGGATGAACTTACGAGCTTGTCAAAATGTTACAAGTTCTTTTACAACTTCGATTCCTTAAAG
1 TCTTGGACGAACTTACGAACTTGTCAAACTTTTACAAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAG
* * * * *
281 TATTCAAAACGATCCATTCCTTTGAGCAATTTTTCCGAGCATTCCGTGCTCGAGAAATCGCATCA
66 TATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTT-CGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCA
* * * * *
346 TTAGGTCCAAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAATTTTTTGGTCTTTGAATAAAAAACTTATTTG
130 TTTGGTCC-AAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAA-CTTTTGGTCTTTAAATTAAAAACTTATTTA
**
411 CGTCAGAATTGCCTCTCTTTTGG-
193 CGTCAG-ATTGTTTCTCTTTTGGT
* * * *
434 T-TTGGACGAACTT-CCAATCTTGTCAAACTTTTACGAGTTATTTTATAACTTTGGTTCCTTCAA
1 TCTTGGACGAACTTACGAA-CTTGTCAAACTTTTACAAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAA
* * *
497 GTATTCATGACGATCCATTCCTTCGAGCCATTTTTCGAACATTCCATGCTCAGGAAATCGCATCA
65 GTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCA
* **
562 TTTGGT-CAAAT-GCTTTGTAATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGGATTAAAAACTTATTTAC
130 TTTGGTCCAAATAG-TTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTAAATTAAAAACTTATTTAC
*
625 GTCCGATTGTTTCTCTTTTGGT
194 GTCAGATTGTTTCTCTTTTGGT
* * * *
647 TCTTGGACGAACTTATGAACATGTGAAACTTTTACAAGTTCTTTTATAACTTTGGTTACTTAAAG
1 TCTTGGACGAACTTACGAACTTGTCAAACTTTTACAAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAG
* * * *
712 TATTCAAGATGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGAAAATCGCATCAT
66 TATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCAT
* * *
777 TTGGTCCAAATAGTTTGTCA-TTTGTAAACAACTTATGGTTTTTAAATTAAAAACTTATTTAAGT
131 TTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTAAATTAAAAACTTATTTACGT
* *
841 GAGACTTGTTTCTATTTTGGT
196 CAGA-TTGTTTCTCTTTTGGT
* * * * * * ** *
862 TCTTGGATGAACTTACGAGCTTGTCAAAATGTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGACTCCTTAAAT
1 TCTTGGACGAACTTACGAACTTGTCAAACTTTTACAAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAG
* * * * * *
927 TATTCAAAACGATCCATTCCTTTGACCAATTTTTCGAGCATTACATTCTCGGGAAATCGCATCAT
66 TATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCAT
* * *
992 TTGGTCCAAAATAGTTTGTCATTTTGTAATCAACTTTTTGGTCTTTGAGTTAAAAACTTATTTAC
131 TTGGTCC-AAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAC-TTTTGGTCTTTAAATTAAAAACTTATTTAC
* * *
1057 ATCAGAATTGTCTCTCTTTTTGT
194 GTCAG-ATTGTTTCTCTTTTGGT
* * * *
1080 TCTTGGACAAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAG
1 TCTTGGACGAACTTACGAACTTGTCAAACTTTTACAAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAG
* * * * * ** * *
1145 TATTCATGACGATCCATTCCTTCGAGCCATTTTTCTAACAGTCCTTGCTCGTTAAATCGCTTGAT
66 TATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCAT
* *
1210 TTGGTCCAAAT-GCTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGGTCCTTAAATTTAAAACTTATTTAC
131 TTGGTCCAAATAG-TTTGTCATTTTGTAAACAAC-TTTTGGTCTTTAAATTAAAAACTTATTTAC
* *
1274 GTTAGATTGTTTCTTTTTTGGT
194 GTCAGATTGTTTCTCTTTTGGT
* * * * ** * *
1296 TCTTGGACGAATTTCCAAACCTGTCAAACTTTTAGGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCATAAAC
1 TCTTGGACGAACTTACGAACTTGTCAAACTTTTACAAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAG
* * ** *
1361 TATTCACGACGATCCATTTCTTCGAGCCGTTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCTTCAT
66 TATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCAT
*
1426 TTGGTCCAAAT-GCTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGGTCTTTAAATTTAAAACTTATTTAC
131 TTGGTCCAAATAG-TTTGTCATTTTGTAAACAAC-TTTTGGTCTTTAAATTAAAAACTTATTTAC
1490 GTCAGATTGTTTCTCTTTTGGT
194 GTCAGATTGTTTCTCTTTTGGT
* * *
1512 TCTTGGACGAACTTATGAACTTGTGAAACTTTTACAACTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAG
1 TCTTGGACGAACTTACGAACTTGTCAAACTTTTACAAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAG
* * *
1577 TATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCGATGCTTGGGAAATCGCATCAT
66 TATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCAT
* * *
1642 TTGGTCCAAATAGTTTGTCA-TTTGTAAGCAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAACTTATTTAAGT
131 TTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTAAATTAAAAACTTATTTACGT
*
1706 GAGACTTGTTTCTCTTTTGGT
196 CAGA-TTGTTTCTCTTTTGGT
* * * * * * * *
1727 TCTTGGATGAACTTACGAGCTTGTCAAAATGTTACAAGTTCTTATACAACTTCGATTCCTTAAAG
1 TCTTGGACGAACTTACGAACTTGTCAAACTTTTACAAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAG
* *
1792 TATTCAAAACGATCCATTCCTTTGAGC
66 TATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGC
Statistics
Matches: 1376, Mismatches: 207, Indels: 40
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
212 14 0.01
213 33 0.02
214 210 0.15
215 333 0.24
216 422 0.31
217 157 0.11
218 163 0.12
219 43 0.03
220 1 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.18, G:0.15, T:0.41
Consensus pattern (215 bp):
TCTTGGACGAACTTACGAACTTGTCAAACTTTTACAAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAG
TATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCAT
TTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTAAATTAAAAACTTATTTACGT
CAGATTGTTTCTCTTTTGGT
Found at i:1666 original size:865 final size:861
Alignment explanation
Indices: 1--1816 Score: 2690
Period size: 865 Copynumber: 2.1 Consensus size: 861
* * * * * * * *
1 TCTTGGACGAACTTATGAACTTGTGAAACTTTTACAAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAG
1 TCTTGGATGAACTTACGAGCTTGTCAAAATGTTACAAGTTCTTTTATAACTTCGATTCCTTAAAG
* * ** * *
66 TATTCAAGATGATCCATT-CTTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAAATCGCATCA
66 TATTCAAAACGATCCATTCCTTT-GACCAATTTTTCGAACATTACATGCTCGGGAAATCGCATCA
*
130 TTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTGTAAGCAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAACTTATTTAAGT
130 TTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTGTAAGCAACTTTTGGTCTTTAAATTAAAAACTTATTTAAGT
* * * ** * *
195 GAGACTTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGATGAACTTACGAGCTTGTCAAAATGTTACAAGTTCTTT
195 CAGAATTGTCTCTCTTTTGGTTCTTGGACAAACTTACAAACTTGTCAAAATGTTACAAGTTCTTT
* * *
260 TACAACTTCGATTCCTTAAAGTATTCAAAACGATCCATTCCTTTGAGCAATTTTTCCGAGCATTC
260 TACAACTTCGATTCCTTAAAGTATTCAAAACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCCGAACAGTC
*
325 CGTGCTCGAGAAATCGCATCATTAGGTCCAAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAATTTTTTGGTC
325 CGTGCTCGAGAAATCGCATCATTAGGTCCAAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGGTC
* * * * *
390 TTTGAATAAAAAACTTATTTGCGTCAGAATTGCCTCTCTTTTGGTTTGGACGAACTTCCAATCTT
390 CTTAAATAAAAAACTTATTTACGTCAGAATTGCCTCTCTTTTGGTTTGGACGAACTTCCAAACCT
* * * *
455 GTCAAACTTTTACGAGTTATTTTATAACTTTGGTTCCTTCAAGTATTCATGACGATCCATTCCTT
455 GTCAAACTTTTACGAGTTATTTTATAACTTTGGTTCCATAAACTATTCACGACGATCCATTCCTT
520 CGAGCCATTTTTCGAACATTCCATGCTCAGGAAATCGCATCATTTGGTCAAATGCTTTGTAATTT
520 CGAGCCATTTTTCGAACATTCCATGCTCAGGAAATCGCATCATTTGGTCAAATGCTTTGTAATTT
** *
585 TGTAAACAACTTTTGGTCTTTGGATTAAAAACTTATTTACGTCCGATTGTTTCTCTTTTGGTTCT
585 TGTAAACAACTTTTGGTCTTTAAATTAAAAACTTATTTACGTCAGATTGTTTCTCTTTTGGTTCT
*
650 TGGACGAACTTATGAACATGTGAAACTTTTACAAGTTCTTTTATAACTTTGGTTACTTAAAGTAT
650 TGGACGAACTTATGAACATGTGAAACTTTTACAACTTCTTTTATAACTTTGGTTACTTAAAGTAT
*
715 TCAAGATGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGAAAATCGCATCATTTG
715 TCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGAAAATCGCATCATTTG
780 GTCCAAATAGTTTGTCATTTGTAAACAACTTATGGTTTTTAAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGA
780 GTCCAAATAGTTTGTCATTTGTAAACAACTTATGGTTTTTAAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGA
845 CTTGTTTCTATTTTGGT
845 CTTGTTTCTATTTTGGT
* * *
862 TCTTGGATGAACTTACGAGCTTGTCAAAATGTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGACTCCTTAAAT
1 TCTTGGATGAACTTACGAGCTTGTCAAAATGTTACAAGTTCTTTTATAACTTCGATTCCTTAAAG
* *
927 TATTCAAAACGATCCATTCCTTTGACCAATTTTTCGAGCATTACATTCTCGGGAAATCGCATCAT
66 TATTCAAAACGATCCATTCCTTTGACCAATTTTTCGAACATTACATGCTCGGGAAATCGCATCAT
* * *
992 TTGGTCCAAAATAGTTTGTCATTTTGTAATCAACTTTTTGGTCTTTGAGTTAAAAACTTATTTAC
131 TTGGTCC-AAATAGTTTGTCA-TTTGTAAGCAAC-TTTTGGTCTTTAAATTAAAAACTTATTTA-
* * * * *
1057 A-TCAGAATTGTCTCTCTTTTTGTTCTTGGACAAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTC
192 AGTCAGAATTGTCTCTCTTTTGGTTCTTGGACAAACTTACAAACTTGTCAAAATGTTACAAGTTC
* * * ** * *
1121 TTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCATGACGATCCATTCCTTCGAGCCATTTTT-CTAACA
257 TTTTACAACTTCGATTCCTTAAAGTATTCAAAACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCCGAACA
* ** * * *
1185 GTCCTTGCTCGTTAAATCGCTTGATTTGGTCC-AAAT-GCTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTT
322 GTCCGTGCTCGAGAAATCGCATCATTAGGTCCAAAATAG-TTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTT
** * ** * *
1248 GGTCCTTAAATTTAAAACTTATTTACGTTAG-ATTGTTTCTTTTTTGGTTCTTGGACGAATTTCC
386 GGTCCTTAAATAAAAAACTTATTTACGTCAGAATTGCCTCTCTTTTGG-T-TTGGACGAACTTCC
* *
1312 AAACCTGTCAAACTTTTAGGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCATAAACTATTCACGACGATCCA
449 AAACCTGTCAAACTTTTACGAGTTATTTTATAACTTTGGTTCCATAAACTATTCACGACGATCCA
* * * *
1377 TTTCTTCGAGCCGTTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCTTCATTTGGTCCAAATGCTTT
514 TTCCTTCGAGCCATTTTTCGAACATTCCATGCTCAGGAAATCGCATCATTTGGT-CAAATGCTTT
* *
1442 GTCATTTTGTAAACAACTTTTTGGTCTTTAAATTTAAAACTTATTTACGTCAGATTGTTTCTCTT
578 GTAATTTTGTAAACAAC-TTTTGGTCTTTAAATTAAAAACTTATTTACGTCAGATTGTTTCTCTT
* *
1507 TTGGTTCTTGGACGAACTTATGAACTTGTGAAACTTTTACAACTTCTTTTATAACTTTGGTTCCT
642 TTGGTTCTTGGACGAACTTATGAACATGTGAAACTTTTACAACTTCTTTTATAACTTTGGTTACT
* *
1572 TAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCGATGCTTGGGAAATCGC
707 TAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGAAAATCGC
* *
1637 ATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTGTAAGCAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAACTTATTT
772 ATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTGTAAACAACTTATGGTTTTTAAATTAAAAACTTATTT
*
1702 AAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGGT
837 AAGTGAGACTTGTTTCTATTTTGGT
* *
1727 TCTTGGATGAACTTACGAGCTTGTCAAAATGTTACAAGTTCTTATACAACTTCGATTCCTTAAAG
1 TCTTGGATGAACTTACGAGCTTGTCAAAATGTTACAAGTTCTTTTATAACTTCGATTCCTTAAAG
1792 TATTCAAAACGATCCATTCCTTTGA
66 TATTCAAAACGATCCATTCCTTTGA
1817 GC
Statistics
Matches: 852, Mismatches: 93, Indels: 16
0.89 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
861 127 0.15
862 71 0.08
863 160 0.19
864 154 0.18
865 340 0.40
ACGTcount: A:0.27, C:0.18, G:0.15, T:0.41
Consensus pattern (861 bp):
TCTTGGATGAACTTACGAGCTTGTCAAAATGTTACAAGTTCTTTTATAACTTCGATTCCTTAAAG
TATTCAAAACGATCCATTCCTTTGACCAATTTTTCGAACATTACATGCTCGGGAAATCGCATCAT
TTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTGTAAGCAACTTTTGGTCTTTAAATTAAAAACTTATTTAAGTC
AGAATTGTCTCTCTTTTGGTTCTTGGACAAACTTACAAACTTGTCAAAATGTTACAAGTTCTTTT
ACAACTTCGATTCCTTAAAGTATTCAAAACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCCGAACAGTCC
GTGCTCGAGAAATCGCATCATTAGGTCCAAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGGTCC
TTAAATAAAAAACTTATTTACGTCAGAATTGCCTCTCTTTTGGTTTGGACGAACTTCCAAACCTG
TCAAACTTTTACGAGTTATTTTATAACTTTGGTTCCATAAACTATTCACGACGATCCATTCCTTC
GAGCCATTTTTCGAACATTCCATGCTCAGGAAATCGCATCATTTGGTCAAATGCTTTGTAATTTT
GTAAACAACTTTTGGTCTTTAAATTAAAAACTTATTTACGTCAGATTGTTTCTCTTTTGGTTCTT
GGACGAACTTATGAACATGTGAAACTTTTACAACTTCTTTTATAACTTTGGTTACTTAAAGTATT
CAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGAAAATCGCATCATTTGG
TCCAAATAGTTTGTCATTTGTAAACAACTTATGGTTTTTAAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAC
TTGTTTCTATTTTGGT
Done.