Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01000445.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_111294, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 1885
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.20, T:0.33


Found at i:651 original size:17 final size:16

Alignment explanation


    Indices: 632--688  Score: 60
    Period size: 17  Copynumber: 3.4  Consensus size: 16

        622 TTAATTAAGT

                    *       
        632 TTTAAATCCATTTAAA
          1 TTTAAATCAATTTAAA

                  * *        
        648 TTTTAATTAAATTTAAA
          1 -TTTAAATCAATTTAAA

                  *          
        665 TTTAAAGCAAATTTAAA
          1 TTTAAATC-AATTTAAA

                   
        682 TTTAAAT
          1 TTTAAAT

        689 TTAAAAGATA


Statistics
Matches: 32,  Mismatches: 7, Indels: 2
        0.78            0.17        0.05

Matches are distributed among these distances:
  16    5  0.16
  17   27  0.84

ACGTcount: A:0.47, C:0.05, G:0.02, T:0.46


Consensus pattern (16 bp):   
TTTAAATCAATTTAAA

Found at i:655 original size:6 final size:6

Alignment explanation


    Indices: 641--718  Score: 88
    Period size: 6  Copynumber: 13.2  Consensus size: 6

        631 TTTTAAATCC

                       *                         **                
        641 ATTTAA ATTTTA A-TTAA ATTTAA ATTTAA A-GCAA ATTTAA ATTTAA
          1 ATTTAA ATTTAA ATTTAA ATTTAA ATTTAA ATTTAA ATTTAA ATTTAA

                     **                          
        687 ATTTAAA AGATAA ATTTAA ATTTAA ATTTAA A
          1 ATTT-AA ATTTAA ATTTAA ATTTAA ATTTAA A

        719 AATAAATTTG


Statistics
Matches: 59,  Mismatches: 10, Indels: 6
        0.79            0.13        0.08

Matches are distributed among these distances:
   5    7  0.12
   6   48  0.81
   7    4  0.07

ACGTcount: A:0.53, C:0.01, G:0.03, T:0.44


Consensus pattern (6 bp):   
ATTTAA

Found at i:659 original size:11 final size:11

Alignment explanation


    Indices: 641--740  Score: 60
    Period size: 12  Copynumber: 8.6  Consensus size: 11

        631 TTTTAAATCC

                      * 
        641 ATTTAAATTTTA
          1 ATTTAAA-TTAA

                        
        653 A-TTAAATTTAA
          1 ATTTAAA-TTAA

                   **  
        664 ATTTAAAGCAA
          1 ATTTAAATTAA

                        
        675 ATTTAAATTTAA
          1 ATTTAAA-TTAA

                     *   
        687 ATTTAAAAGATAA
          1 ATTT-AAA-TTAA

                        
        700 ATTTAAATTTAA
          1 ATTTAAA-TTAA

                    *   
        712 ATTTAAAAATAA
          1 ATTT-AAATTAA

                *    * 
        724 ATTTGAA-TCA
          1 ATTTAAATTAA

                   
        734 ATTTAAA
          1 ATTTAAA

        741 CCCAATAAAA


Statistics
Matches: 71,  Mismatches: 13, Indels: 10
        0.76            0.14        0.11

Matches are distributed among these distances:
  10    8  0.11
  11   21  0.30
  12   29  0.41
  13   13  0.18

ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.03, T:0.42


Consensus pattern (11 bp):   
ATTTAAATTAA

Found at i:707 original size:25 final size:25

Alignment explanation


    Indices: 654--727  Score: 118
    Period size: 25  Copynumber: 3.1  Consensus size: 25

        644 TAAATTTTAA

                                *    
        654 TTAAATTTAAATTT-AAAG-CAAAT
          1 TTAAATTTAAATTTAAAAGATAAAT

                                     
        677 TTAAATTTAAATTTAAAAGATAAAT
          1 TTAAATTTAAATTTAAAAGATAAAT

                                     
        702 TTAAATTTAAATTTAAAA-ATAAAT
          1 TTAAATTTAAATTTAAAAGATAAAT

              
        726 TT
          1 TT

        728 GAATCAATTT


Statistics
Matches: 48,  Mismatches: 1, Indels: 3
        0.92            0.02        0.06

Matches are distributed among these distances:
  23   14  0.29
  24   12  0.25
  25   22  0.46

ACGTcount: A:0.54, C:0.01, G:0.03, T:0.42


Consensus pattern (25 bp):   
TTAAATTTAAATTTAAAAGATAAAT

Found at i:724 original size:12 final size:12

Alignment explanation


    Indices: 673--727  Score: 65
    Period size: 12  Copynumber: 4.5  Consensus size: 12

        663 AATTTAAAGC

                     ** 
        673 AAATTTAAATTT
          1 AAATTTAAAAAT

                         
        685 AAATTTAAAAGAT
          1 AAATTTAAAA-AT

                     ** 
        698 AAATTTAAATTT
          1 AAATTTAAAAAT

                        
        710 AAATTTAAAAAT
          1 AAATTTAAAAAT

                  
        722 AAATTT
          1 AAATTT

        728 GAATCAATTT


Statistics
Matches: 36,  Mismatches: 6, Indels: 2
        0.82            0.14        0.05

Matches are distributed among these distances:
  12   26  0.72
  13   10  0.28

ACGTcount: A:0.56, C:0.00, G:0.02, T:0.42


Consensus pattern (12 bp):   
AAATTTAAAAAT
Done.