Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01004452.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_117856, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 2167
ACGTcount: A:0.30, C:0.21, G:0.16, T:0.33


Found at i:33 original size:17 final size:17

Alignment explanation


    Indices: 11--122  Score: 125
    Period size: 17  Copynumber: 6.5  Consensus size: 17

          1 GGCTTTATTT

                        *    
         11 ATTTTAAATTTATAATA
          1 ATTTTAAATTTAAAATA

                              
         28 ATTTTAAATTTGAAAATA
          1 ATTTTAAATTT-AAAATA

                    *        
         46 ATTTTAAACTTAAAATA
          1 ATTTTAAATTTAAAATA

             *                
         63 AATTTAAATTTAAAATAA
          1 ATTTTAAATTTAAAAT-A

                *      *   * 
         81 ATTTGAAATTTTAAACA
          1 ATTTTAAATTTAAAATA

             *     *         
         98 AATTTAATTTTAAAATA
          1 ATTTTAAATTTAAAATA

             *      
        115 AATTTAAA
          1 ATTTTAAA

        123 GGGAGTTTGG


Statistics
Matches: 79,  Mismatches: 14, Indels: 4
        0.81            0.14        0.04

Matches are distributed among these distances:
  17   51  0.65
  18   28  0.35

ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.02, T:0.44


Consensus pattern (17 bp):   
ATTTTAAATTTAAAATA

Found at i:63 original size:35 final size:34

Alignment explanation


    Indices: 11--122  Score: 134
    Period size: 35  Copynumber: 3.2  Consensus size: 34

          1 GGCTTTATTT

                        *     *                
         11 ATTTTAAATTTATAATAATTTTAAATTTGAAAATA
          1 ATTTTAAATTTAAAATAAATTTAAATTT-AAAATA

                    *                          
         46 ATTTTAAACTTAAAATAAATTTAAATTTAAAATAA
          1 ATTTTAAATTTAAAATAAATTTAAATTTAAAAT-A

                *      *   *        *         
         81 ATTTGAAATTTTAAACAAATTTAATTTTAAAATA
          1 ATTTTAAATTTAAAATAAATTTAAATTTAAAATA

             *      
        115 AATTTAAA
          1 ATTTTAAA

        123 GGGAGTTTGG


Statistics
Matches: 66,  Mismatches: 10, Indels: 3
        0.84            0.13        0.04

Matches are distributed among these distances:
  34   12  0.18
  35   54  0.82

ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.02, T:0.44


Consensus pattern (34 bp):   
ATTTTAAATTTAAAATAAATTTAAATTTAAAATA

Found at i:104 original size:52 final size:52

Alignment explanation


    Indices: 13--122  Score: 143
    Period size: 52  Copynumber: 2.1  Consensus size: 52

          3 CTTTATTTAT

                      *        *                                
         13 TTTAAATTTATAATAATTTTAAATTTGAAAATAATTTTAAACTTAAAATAAA
          1 TTTAAATTTAAAATAATTTGAAATTTGAAAATAATTTTAAACTTAAAATAAA

                                       *              **          
         65 TTTAAATTTAAAATAAATTTGAAATTTTAAACA-AA-TTTAATTTTAAAATAAA
          1 TTTAAATTTAAAAT-AATTTGAAATTTGAAA-ATAATTTTAAACTTAAAATAAA

                  
        117 TTTAAA
          1 TTTAAA

        123 GGGAGTTTGG


Statistics
Matches: 51,  Mismatches: 5, Indels: 4
        0.85            0.08        0.07

Matches are distributed among these distances:
  52   34  0.67
  53   16  0.31
  54    1  0.02

ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.02, T:0.44


Consensus pattern (52 bp):   
TTTAAATTTAAAATAATTTGAAATTTGAAAATAATTTTAAACTTAAAATAAA
Done.