Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01004572.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_118058, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 835

Length: 1392
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.14, T:0.33


Found at i:1132 original size:62 final size:59

Alignment explanation


    Indices: 1061--1180  Score: 168
    Period size: 62  Copynumber: 2.0  Consensus size: 59

       1051 ATATTTTATT

                                *    *                     *              
       1061 AATTTAATATTAAATTAAATTTAATGTTTATCTTGTAGATAAATATTCTATTAATTTAATAA
          1 AATTTAATATTAAATTAAATCTAATATTTATC-T-TA-ATAAATATTATATTAATTTAATAA

                            *                      *                  
       1123 AATTTAATATTAAATTTAATCTAATATTTATCTTAATAAGTATTATATTAATTTAATA
          1 AATTTAATATTAAATTAAATCTAATATTTATCTTAATAAATATTATATTAATTTAATA

       1181 TTAGAGTAAT


Statistics
Matches: 53,  Mismatches: 5, Indels: 3
        0.87            0.08        0.05

Matches are distributed among these distances:
  59   21  0.40
  60    2  0.04
  61    1  0.02
  62   29  0.55

ACGTcount: A:0.44, C:0.03, G:0.03, T:0.49


Consensus pattern (59 bp):   
AATTTAATATTAAATTAAATCTAATATTTATCTTAATAAATATTATATTAATTTAATAA
Done.