Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01004624.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_118139, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 33049
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.16, T:0.34
Warning! 71 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:281 original size:89 final size:89
Alignment explanation
Indices: 1--3105 Score: 3379
Period size: 89 Copynumber: 35.4 Consensus size: 89
** * *
1 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTAAATTATGAAA-GACACAACTAAAAAAGGT-AAAGTAACGTA
1 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTAT-AAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAA-AAACGTA
* *
64 GTTTTATTTAATACCT-AAAA-TATT
64 ATTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
* * *
88 T-TTTTATGTTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGTCACTACTAAAAAAAGTGAAAAAACGTAAT
1 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAAT
*
152 TTT-TATAATACCTAAAAAGTCTT
66 TTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
* * * *
175 TATTTTATGTTTGAAAATGTATTATATTATAAATGACACTAGTAAAAAAGGTGAAAAAATGTAAT
1 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAAT
* *
240 TTTTTTTAATACCTAAAAAGTTTT
66 TTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
* * * * * *
264 TCTTTTATATTTGAAAATGTATTCTATTATAAATTACATTAATAAAAAAGGTGAAAAAACGTAAT
1 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAAT
*
329 TTTATTTAATACCTAAAATGTCTT
66 TTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
* * * * *
353 TATTTTATGTTTGGAAATGAATTTTATTATGAATGACACTACTAAAAAAGAT-AAAGTAAA-GTG
1 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAA--AAACGTA
* *
416 GTTTTATTTAATACCTAAAATG-C-T
64 ATTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
* ** * * *
440 T-TTTTATATTTAAAAATGTATTCTAATATAAATTACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACATAAT
1 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAAT
* ** *
504 TTTTTTTAATACCTAAAATTTTTT
66 TTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
* * * * * *
528 TCTTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATTACACAAGTAAAAAAGGAGAAAAAACATAAT
1 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAAT
* *
593 TTTATTTAATTCCTAAAAAGTTTT
66 TTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
* * * * * **
617 TATTTTATGTTTGAAAATGAATTATATTATAAATGACACTATTAAAAAAGGT-AAAGTAACGTGG
1 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAA-AAACGTAA
*
681 TTTTATTTAATACCTAAAATGT-TT
65 TTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
* * *
705 T-TTTTGTGTTTGGAAATGTATTCTATTATGAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACATAAT
1 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAAT
* * **
769 TTTTTTTAAAACCTAAAAAGTAGT
66 TTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
* * * *
793 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTTTATTATAAATAATACTACTAAAAAAGGTG-AAAAACATAAT
1 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAAT
857 TTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
66 TTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
* ** * * *
881 TATTTTATGTTTGGAAATGTGTTAAATTATGAAA-GACACAACTAAAAAAGGT-AAAGTAATGTA
1 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTAT-AAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAA-AAACGTA
* *
944 GTTTTATTTAATACCT-AAAA-TATT
64 ATTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
* *
968 T-TTTTATATTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAAT
1 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAAT
*
1032 TTT-TATAATACCTAAAAAGTCTT
66 TTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
* * * *
1055 TATTTTATGTTTGAAAATGTATTATATTATAAATGACACTAGTAAAAAAGGTGAAAAAATGTAAT
1 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAAT
* * *
1120 TTTTTTTAATACCAAAAAAGTTTT
66 TTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
* * * * *
1144 TCTTTTATATTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTAATAAAAAAAGTGAAAAAACGTAAT
1 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAAT
*
1209 TTTATTTAATACCTAAAATGTCTT
66 TTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
* * * * **
1233 TATTTTATGTTTGGAAATGAATTTTATTATGAATGACACTACTAAAAAAGGT-AAAGTAACGTGG
1 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAA-AAACGTAA
*
1297 TTTTATTTAATACCT-AAAA-TATT
65 TTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
*
1320 T-TTTTATGTTTGGAAATGTATTCTAATATAAATGGA-ACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAA
1 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAAT-GACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAA
1383 TTTT-TTTAATACCTAAAAAGTCTT
65 TTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
* *
1407 TATTTTATGTTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTAAAAAAACGTAAT
1 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAAT
* *
1472 TTT-TATAATACCCAAAAAGTCTT
66 TTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
* * * * * *
1495 TATTTTATGTTTGAAAATGTTTTATATTATAAATGACATTAGTAAAAAAGGTGAAAAAAGGTAAT
1 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAA-
* *
1560 TTTTTTTTAATACCTAAAAAGTTTT
65 TTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
* * * * *
1585 TCTTTTATGTTT-AAAATGTATTCTATTATAAATAACACTAATAAAAAAGGTGAAAAAACATAAT
1 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAAT
1649 TTTATTTAATACCTAAAATA-TCTT
66 TTTATTTAATACCTAAAA-AGTCTT
* * * * * ** **
1673 TATTTTATATTTGGAAATGAATTTTATTATGAATGACACTACTAAAAAGGGT-ATAGTAACGTGG
1 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGA-AAAAACGTAA
* *
1737 TTTTATTTAATAACTAAAATGT-TT
65 TTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
* * * **
1761 T-TTTTATGTTTGTAAATGTATTCTAATATAAATAACACTACTAAAAAAGGTGAAGTAACGTAAT
1 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAAT
* * * *
1825 TTTCTTTATTTCTTAAAAAGTCTT
66 TTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
* * * * *
1849 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTATATTATGAATGACAATACTAAAAAAGAT-AAAGCAACGTAA
1 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAA-AAACGTAA
* *
1913 TTTTATTTATTACCTAAAATGTC--
65 TTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
* * * **
1936 T-TTTTATGTTTTGAAATATATTATATTATGGATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAAT
1 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAAT
*
2000 TTT-TATAATACCTAAAAAGTCTT
66 TTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
* * * *
2023 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATAATACTACTAAAAAAGGTTAAAAAACATAAT
1 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAAT
*
2088 TTTATTTAATACCT-AAATGTCTT
66 TTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
* * * * * ** **
2111 TATTTTATGTTTGGAAATGAATTATATTATGAATGACATTATTAAAAAAGGTGAAGTAACGTGGT
1 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAAT
* *
2176 TTTATTTAATACCTAAAATGTTTTT
66 TTTATTTAATACCTAAAAAG-TCTT
* * *
2201 TATTTTATTTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACATTACTAAAAAAGGTGAAGAAACGTAAT
1 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAAT
* *
2266 TTTTTTTAATACCTAAAAAATCTT
66 TTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
** * * * * *
2290 TATTTTATGTTTAAAAATGTATTATATTATGAATGACAATATTAAAAAAGAT-AAAACAACGTAA
1 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAA-AACGTAA
* *
2354 TTTTATTTAATATCT-AAAA-T-AT
65 TTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
* * * **
2376 T-TTTTATATTTGGAAATGTATTCTATTATTAATGAAACTACTAAAAAAGGTGAAGTAACGTAAT
1 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAAT
*
2440 TTTATTTAATACCTAAAAAGTTTT
66 TTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
* * * * ** **
2464 TATTTTCTGTTTGGAAATGTATTATATTATGAATGACACTACTAAAAAAAGTGAAGTAACGTGGT
1 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAAT
*
2529 TTTATTTAATACCT-AAAA-TATT
66 TTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
* * *
2551 T-TTTTATGTTT-GAGAATGTATTCTAATATAAATTACACTATTAAAAAAGGTGAAAAAAAACGT
1 TATTTTATGTTTGGA-AATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTG--AAAAAACGT
*
2614 AATTTT-TTTAAAACCTAAAAAGTCTT
63 AATTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
* * * * * * * ** **
2640 TATTTTATGTTTGAAAATTTATTATATTATGAATGACACCATTAAAAAATGTG-AAGTACTGTTG
1 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAAC-GTAA
* * *
2704 TTTTATTTAATA-CT-TAAATTGTT
65 TTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
* * * * ** *
2727 T-TTTTATATTTGGAAATGTATTCTAATATAAATGACACTACTAAAAAAGATGTAGTAACATAAT
1 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAAT
* * *
2791 TTTCTTTATTTCCTAAAAAGTCTT
66 TTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
* * * * * * *
2815 TATTTTATATTTGAAAATGTATTATATTATGAATGATAATACTAAAAAA---G-ATAAA-GTAAT
1 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAAT
*
2875 TTTATTTAATACCTAAAATGT-TT
66 TTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
* * * * *
2898 TTTTTTATGTTTGAAAATGTATTATAATATAAATGACACTATTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAAT
1 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAAT
2963 TTT-TTTAATACCTGAAAAA-TCTT
66 TTTATTTAATACCT-AAAAAGTCTT
* * * * * *
2986 TATTTTATGTTTGGAAATATATTATATTATGAATGACACTACTAAAAAAGAT-AAAGTAACGTAG
1 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAA-AAACGTAA
*
3050 TTTTATTTAATACCT-AAAA-TATT
65 TTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
*
3073 T-TTTTATGTTTGGAAATGTATTCTAATATAAAT
1 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAAT
3106 TGAAAATGTA
Statistics
Matches: 2542, Mismatches: 398, Indels: 157
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
83 44 0.02
84 21 0.01
85 119 0.05
86 410 0.16
87 234 0.09
88 645 0.25
89 919 0.36
90 149 0.06
91 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (89 bp):
TATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAAT
TTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
Found at i:836 original size:440 final size:442
Alignment explanation
Indices: 3--3577 Score: 3856
Period size: 440 Copynumber: 8.1 Consensus size: 442
1 TA
* * * * *
3 TTTTATGTTTGGAAATGTATT-AAATTATGAAA-GACACAACTAAAAAAGGT-AAAGTAACGTAG
1 TTTTATGTTTGAAAATGTATTCTAA-TAT-AAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAA-AAACGTAA
* * *
65 TTTTATTTAATACCT-AAAA-TATTT-TTTTATGTTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGTCACT
63 TTTTTTTTAATACCTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACT
* *
127 ACTAAAAAAAGTGAAAAAACGTAATTTT-TATAATACCTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGAAA
128 ACT-AAAAAAGAGAAAAAACGTAATTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGAAA
* * *
191 ATGTATTATATTATAAATGACACTAGTAAAAAAGGTGAAAAAATGTAATTTTTTTTAATACCTAA
192 ATGTATTATATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAATTTTATTTAATACCTAA
* * * * *
256 AAAGTTTTTCTTTTATATTTGAAAATGTATTCTATTATAAATTACATTAATAAAAAAGGTGAAAA
257 AAAGTTTTTATTTTATGTTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAA
*
321 AACGTAATTTTATTTAATACCTAAAATGTCTTTATTTTATGTTTGGAAATGAATTTTATTATGAA
322 AACGTAATTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGGAAATGAATTTTATTATGAA
* * *
386 TGACACTACTAAAAAAGATAAAGTAAAGTGGTTTTATTTAATACCTAAAATG-CTT
387 TGACACTACTAAAAAAGGTAAAGTAACGTGGTTTTATTTAATACCTAAAATGTTTT
* * * *
441 TTTTATATTTAAAAATGTATTCTAATATAAATTACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACATAATTT
1 TTTTATGTTTGAAAATGTATTCTAATATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAATTT
** * * * * * *
506 TTTTTAATACCTAAAATTTTTTTCTTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATTACACAAGT
66 TTTTTAATACCTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACT
* * *
571 AAAAAAGGAGAAAAAACATAATTTTATTTAATTCCTAAAAAGTTTTTATTTTATGTTTGAAAATG
131 AAAAAA-GAGAAAAAACGTAATTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGAAAATG
* * * **
636 AATTATATTATAAATGACACTATTAAAAAAGGT-AAAGTAACGTGGTTTTATTTAATACCTAAAA
195 TATTATATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAA-AAACGTAATTTTATTTAATACCTAAAA
* * * *
700 TG-TTTT-TTTTGTGTTTGGAAATGTATTCTATTATGAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAA
259 AGTTTTTATTTTATGTTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAA
* * * ** * * *
763 CATAATTTTTTTTAAAACCTAAAAAGTAGTTATTTTATGTTTGGAAATGTATTTTATTATAAATA
324 CGTAATTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGGAAATGAATTTTATTATGAATG
* * ** *
828 ATACTACTAAAAAAGGTGAAA--AACATAATTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTTT
389 ACACTACTAAAAAAGGT-AAAGTAACGTGGTTTTATTTAATACCTAAAATGT-TTT
* * * * * *
882 ATTTTATGTTTGGAAATGTGTT-AAATTATGAAA-GACACAACTAAAAAAGGT-AAAGTAATGTA
1 -TTTTATGTTTGAAAATGTATTCTAA-TAT-AAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAA-AAACGTA
* * * *
944 GTTTTATTTAATACCT-AAAA-TATTT-TTTTATATTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACAC
62 ATTTTTTTTAATACCTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACAC
* *
1006 TACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAATTTT-TATAATACCTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGAA
127 TACTAAAAAA-GAGAAAAAACGTAATTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGAA
* * * *
1070 AATGTATTATATTATAAATGACACTAGTAAAAAAGGTGAAAAAATGTAATTTTTTTTAATACCAA
191 AATGTATTATATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAATTTTATTTAATACCTA
* * * *
1135 AAAAGTTTTTCTTTTATATTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTAATAAAAAAAGTGAAA
256 AAAAGTTTTTATTTTATGTTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAA
*
1200 AAACGTAATTTTATTTAATACCTAAAATGTCTTTATTTTATGTTTGGAAATGAATTTTATTATGA
321 AAACGTAATTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGGAAATGAATTTTATTATGA
*
1265 ATGACACTACTAAAAAAGGTAAAGTAACGTGGTTTTATTTAATACCTAAAAT-ATTT
386 ATGACACTACTAAAAAAGGTAAAGTAACGTGGTTTTATTTAATACCTAAAATGTTTT
*
1321 TTTTATGTTTGGAAATGTATTCTAATATAAATGGA-ACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAA-T
1 TTTTATGTTTGAAAATGTATTCTAATATAAAT-GACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAATT
1384 TTTTTTAATACCTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTAC
65 TTTTTTAATACCTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTAC
* *
1449 TAAAAAAG-GTAAAAAAACGTAATTTT-TATAATACCCAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGAAAA
130 TAAAAAAGAG--AAAAAACGTAATTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGAAAA
* * * * *
1512 TGTTTTATATTATAAATGACATTAGTAAAAAAGGTGAAAAAAGGTAATTTTTTTTTAATACCTAA
193 TGTATTATATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAA-TTTTATTTAATACCTAA
* * *
1577 AAAGTTTTTCTTTTATGTTT-AAAATGTATTCTATTATAAATAACACTAATAAAAAAGGTGAAAA
257 AAAGTTTTTATTTTATGTTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAA
* *
1641 AACATAATTTTATTTAATACCTAAAATA-TCTTTATTTTATATTTGGAAATGAATTTTATTATGA
322 AACGTAATTTTATTTAATACCTAAAA-AGTCTTTATTTTATGTTTGGAAATGAATTTTATTATGA
* * *
1705 ATGACACTACTAAAAAGGGTATAGTAACGTGGTTTTATTTAATAACTAAAATGTTTT
386 ATGACACTACTAAAAAAGGTAAAGTAACGTGGTTTTATTTAATACCTAAAATGTTTT
* * **
1762 TTTTATGTTTGTAAATGTATTCTAATATAAATAACACTACTAAAAAAGGTGAAGTAACGTAATTT
1 TTTTATGTTTGAAAATGTATTCTAATATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAATTT
* * * * * * * *
1827 TCTTTATTTCTTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGGAAATGTATTATATTATGAATGACAATACT
66 TTTTTAATACCTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACT
* * * *
1892 AAAAAAGATAAAGCAACGTAATTTTATTTATTACCTAAAATGTC--T-TTTTATGTTTTG-AAAT
131 AAAAAAGAGAAA-AAACGTAATTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTTTATTTTATG-TTTGAAAAT
* ** *
1953 ATATTATATTATGGATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAATTTT-TATAATACCTAAAA
194 GTATTATATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAATTTTATTTAATACCTAAAA
* * * * *
2017 AGTCTTTATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATAATACTACTAAAAAAGGTTAAAAAA
259 AGTTTTTATTTTATGTTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAA
* * *
2082 CATAATTTTATTTAATACCT-AAATGTCTTTATTTTATGTTTGGAAATGAATTATATTATGAATG
324 CGTAATTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGGAAATGAATTTTATTATGAATG
* * *
2146 ACATTATTAAAAAAGGTGAAGTAACGTGGTTTTATTTAATACCTAAAATGTTTTTT
389 ACACTACTAAAAAAGGTAAAGTAACGTGGTTTTATTTAATACCTAAAATG--TTTT
* * * * *
2202 ATTTTATTTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACATTACTAAAAAAGGTGAAGAAACGTAATT
1 -TTTTATGTTTGAAAATGTATTCTAATATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAATT
* * * * * *
2267 TTTTTTAATACCTAAAAAATCTTTATTTTATGTTTAAAAATGTATTATATTATGAATGACAATAT
65 TTTTTTAATACCTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTAC
* * * * *
2332 TAAAAAAGATAAAACAACGTAATTTTATTTAATATCT-AAAA-T-ATT-TTTTATATTTGGAAAT
130 TAAAAAAGAGAAAA-AACGTAATTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGAAAAT
* * * **
2393 GTATTCTATTATTAATGAAACTACTAAAAAAGGTGAAGTAACGTAATTTTATTTAATACCTAAAA
194 GTATTATATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAATTTTATTTAATACCTAAAA
* * * * * **
2458 AGTTTTTATTTTCTGTTTGGAAATGTATTATATTATGAATGACACTACTAAAAAAAGTGAAGTAA
259 AGTTTTTATTTTATGTTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAA
** * * * * *
2523 CGTGGTTTTATTTAATACCT-AAAA-TATTT-TTTTATGTTT-GAGAATGTATTCTAATATAAAT
324 CGTAATTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGGA-AATGAATTTTATTATGAAT
* * ** ** * *
2584 TACACTATTAAAAAAGGTGAAAAAAAACGTAATTTT-TTTAAAACCTAAAAAGTCTTT
388 GACACTACTAAAAAAGGT--AAAGTAACGTGGTTTTATTTAATACCTAAAATGT-TTT
* * * * * * * ** **
2641 ATTTTATGTTTGAAAATTTATTATATTATGAATGACACCATTAAAAAATGTG-AAGTACTGTTGT
1 -TTTTATGTTTGAAAATGTATTCTAATATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAAC-GTAAT
* * * * * * *
2705 TTTATTTAATA-CT-TAAATTGTTT-TTTTATATTTGGAAATGTATTCTAATATAAATGACACTA
64 TTTTTTTAATACCTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTA
* ** * * * * *
2767 CTAAAAAAGATGTAGTAACATAATTTTCTTTATTTCCTAAAAAGTCTTTATTTTATATTTGAAAA
129 CTAAAAAAGA-GAAAAAACGTAATTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGAAAA
* * * *
2832 TGTATTATATTATGAATGATAATACTAAAAAA---G-ATAAA-GTAATTTTATTTAATACCTAAA
193 TGTATTATATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAATTTTATTTAATACCTAAA
* * * *
2892 ATGTTTTT-TTTTATGTTTGAAAATGTATTATAATATAAATGACACTATTAAAAAAGGTGAAAAA
258 AAGTTTTTATTTTATGTTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAA
*
2956 ACGTAATTTT-TTTAATACCTGAAAAA-TCTTTATTTTATGTTTGGAAAT-ATATTATATTATGA
323 ACGTAATTTTATTTAATACCT-AAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGGAAATGA-ATTTTATTATGA
* *
3018 ATGACACTACTAAAAAAGATAAAGTAACGTAGTTTTATTTAATACCTAAAATATTTTTTTATGTT
386 ATGACACTACTAAAAAAGGTAAAGTAACGTGGTTTTATTTAATACCT--AA-A-------ATGTT
3083 TGGAAAT
441 T-----T
* * **
3090 GTATTCTAATATAAATTGAAAATGTATTCTAATATAAATTACAGGACTAAAAAAGGTG-AAAAAC
1 -T-TT-T-ATGT---TTGAAAATGTATTCTAATATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAAC
* * * *
3154 GTAA-TTTTTTTAATACTTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGGAAATGTATTATATTA-AGAATA
59 GTAATTTTTTTTAATACCTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGAAAATGTATTCTATTATA-AATG
* * ** ** * *
3217 ACACTATTAAAAAATGTGAAGTAACGTGGTTTTATTTAATACTTAAAAAG--TTT-TTTTATATT
123 ACACTACTAAAAAA-GAGAAAAAACGTAATTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTTTATTTTATGTT
* * **
3279 T-AGAAATGTATTCTATTATGAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAGTAACGTAATTTTATTTAAT
187 TGA-AAATGTATTATATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAATTTTATTTAAT
* * * * * *
3343 ACCTAAAAAGTTTTAATTTTATGTTTGAAAATGTATTATTTTATGAATGACATTACTAAAAAAAG
251 ACCTAAAAAGTTTTTATTTTATGTTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGG
** * * * * * *
3408 TGAAGTAACGTAGTTTTATTTAATAACTAAAAAAGGTTTTTTTTTTTATGTTTGAAAATGTATTT
316 TGAAAAAACGTAATTTTATTTAATACCT-AAAAA-G-TCTTTATTTTATGTTTGGAAATGAATTT
* * * * ** * **
3473 TATTGTTAATTACACTACTAAAAAAGGTGAAGTAACGTATTTTTTTTTTAATATTTAAAAATG-T
378 TATTATGAATGACACTACTAAAAAAGGTAAAGTAACGT-GGTTTTATTTAATACCT-AAAATGTT
3537 TT
441 TT
* * *
3539 TTTTATGTTTGAAAATGTATTCTATTATTAATGATACTA
1 TTTTATGTTTGAAAATGTATTCTAATATAAATGACACTA
3578 TTATGAAAAA
Statistics
Matches: 2664, Mismatches: 369, Indels: 204
0.82 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
433 10 0.00
434 69 0.03
435 46 0.02
436 100 0.04
437 36 0.01
438 315 0.12
439 288 0.11
440 722 0.27
441 444 0.17
442 246 0.09
443 17 0.01
444 2 0.00
445 6 0.00
446 1 0.00
447 2 0.00
448 1 0.00
449 3 0.00
450 2 0.00
451 1 0.00
452 4 0.00
453 52 0.02
454 8 0.00
455 49 0.02
456 66 0.02
457 4 0.00
458 28 0.01
459 57 0.02
460 14 0.01
462 1 0.00
463 58 0.02
464 12 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (442 bp):
TTTTATGTTTGAAAATGTATTCTAATATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAATTT
TTTTTAATACCTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACT
AAAAAAGAGAAAAAACGTAATTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGAAAATGT
ATTATATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAATTTTATTTAATACCTAAAAAG
TTTTTATTTTATGTTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACG
TAATTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGGAAATGAATTTTATTATGAATGAC
ACTACTAAAAAAGGTAAAGTAACGTGGTTTTATTTAATACCTAAAATGTTTT
Found at i:1701 original size:880 final size:882
Alignment explanation
Indices: 1--3559 Score: 4311
Period size: 880 Copynumber: 4.0 Consensus size: 882
*
1 TATTTTATGTTTGGAAATGTATTAAATTATGAAAGACACAACTAAAAAAGGTAAAGTAACGTAGT
1 TATTTTATGTTTGAAAATGTATTAAATTATGAAAGACACAACTAAAAAAGGTAAAGTAACGTAGT
* *
66 TTTATTTAATACCTAAAATATTTTTTTATGTTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGTCACTACTA
66 TTTATTTAATACCTAAAATATTTTTTTATATTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTA
131 AAAAA-AGTGAAAAAACGTAATTTT-TATAATACCTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGAAAATG
131 AAAAAGA-TGAAAAAACGTAATTTTATATAATACCTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGAAAATG
*
194 TATTATATTATAAATGACACTAGTAAAAAAGGTGAAAAAATGTAATTTTTTTTAATACCTAAAAA
195 TATTATATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAATGTAATTTTTTTTAATACCTAAAAA
* *
259 GTTTTTCTTTTATATTTGAAAATGTATTCTATTATAAATTACATTAATAAAAAAGGTGAAAAAAC
260 GTTTTTCTTTTATATTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTAATAAAAAAGGTGAAAAAAC
*
324 GTAATTTTATTTAATACCTAAAATGTCTTTATTTTATGTTTGGAAATGAATTTTATTATGAATGA
325 GTAATTTTATTTAATACCTAAAATGTCTTTATTTTATGTTTGGAAATGAATTATATTATGAATGA
* ** * **
389 CACTACTAAAAAAGATAAAGTAAAGTGGTTTTATTTAATACCTAAAATGCTTTTTTATATTTAAA
390 CACTACTAAAAAAGATAAAGTAACGTGGTTTTATTTAATACCTAAAATATTTTTTTATGTTTGGA
* *
454 AATGTATTCTAATATAAATTACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACATAATTTTTTTTAATACCTA
455 AATGTATTCTAATATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAATTTTTTTTAATACCTA
** * * * * * * *
519 AAATTTTTTTCTTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATTACACAAGTAAAAAAGG-AGAA
520 AAAAGTCTTTATTTTATGTTTGAAAATGTATTATATTATAAATGACACTATTAAAAAAGGTA-AA
* * * * *
583 AAAACATAATTTTATTTAATTCCTAAAAAGTTTTTATTTTATGTTTGAAAATGAATTATATTATA
584 AAAACGTAATTTTATTTAATACCCAAAAAG-TTTT-TTTTATATTTGAAAATGTATTATATTATA
* ** *
648 AATGACACTATTAAAAAAGGT-AAAGTAACGTGGTTTTATTTAATACCTAAAATG-TTTT-TTTT
647 AATGACACTACTAAAAAAGGTGAAA-TAACGTAATTTTATTTAATACCTAAAAAGTTTTTATTTT
* * * * *
710 GTGTTTGGAAATGTATTCTATTATGAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACATAATTTTTTT
711 ATGTTTGAAAATGTATTATATTATGAATGACACTACTAAAAAAAGTGAAAAAACATAATTTTATT
* * * *
775 TAAAACCTAAAA-AGTAGTTATTTTATGTTTGGAAATGTATTTTATTATAAATAATACTACTAAA
776 TAATACCTAAAATAGT-TTTATTTTATGTTTGGAAATGTATTTTATTATAAATTACACTACTAAA
*
839 AAAGGTGAA-AAACATAATTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
840 AAAGGTGAAGAAACGTAATTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
* * *
881 TATTTTATGTTTGGAAATGTGTTAAATTATGAAAGACACAACTAAAAAAGGTAAAGTAATGTAGT
1 TATTTTATGTTTGAAAATGTATTAAATTATGAAAGACACAACTAAAAAAGGTAAAGTAACGTAGT
946 TTTATTTAATACCTAAAATATTTTTTTATATTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTA
66 TTTATTTAATACCTAAAATATTTTTTTATATTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTA
*
1011 AAAAAGGTGAAAAAACGTAATTTT-TATAATACCTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGAAAATGT
131 AAAAAGATGAAAAAACGTAATTTTATATAATACCTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGAAAATGT
* *
1075 ATTATATTATAAATGACACTAGTAAAAAAGGTGAAAAAATGTAATTTTTTTTAATACCAAAAAAG
196 ATTATATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAATGTAATTTTTTTTAATACCTAAAAAG
*
1140 TTTTTCTTTTATATTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTAATAAAAAAAGTGAAAAAACG
261 TTTTTCTTTTATATTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTAATAAAAAAGGTGAAAAAACG
*
1205 TAATTTTATTTAATACCTAAAATGTCTTTATTTTATGTTTGGAAATGAATTTTATTATGAATGAC
326 TAATTTTATTTAATACCTAAAATGTCTTTATTTTATGTTTGGAAATGAATTATATTATGAATGAC
*
1270 ACTACTAAAAAAGGTAAAGTAACGTGGTTTTATTTAATACCTAAAATATTTTTTTATGTTTGGAA
391 ACTACTAAAAAAGATAAAGTAACGTGGTTTTATTTAATACCTAAAATATTTTTTTATGTTTGGAA
1335 ATGTATTCTAATATAAATGGA-ACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAA-TTTTTTTAATACCTA
456 ATGTATTCTAATATAAAT-GACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAATTTTTTTTAATACCTA
* *
1398 AAAAGTCTTTATTTTATGTTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTAAAA
520 AAAAGTCTTTATTTTATGTTTGAAAATGTATTATATTATAAATGACACTATTAAAAAAGGTAAAA
* * *
1463 AAACGTAATTTT-TATAATACCCAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGAAAATGTTTTATATTATAA
585 AAACGTAATTTTATTTAATACCCAAAAAGT-TTT-TTTTATATTTGAAAATGTATTATATTATAA
* * * * * *
1527 ATGACATTAGTAAAAAAGGTGAAAAAAGGTAATTTTTTTTTAATACCTAAAAAGTTTTTCTTTTA
648 ATGACACTACTAAAAAAGGTGAAATAACGTAA-TTTTATTTAATACCTAAAAAGTTTTTATTTTA
* * * * *
1592 TGTTT-AAAATGTATTCTATTATAAATAACACTAATAAAAAAGGTGAAAAAACATAATTTTATTT
712 TGTTTGAAAATGTATTATATTATGAATGACACTACTAAAAAAAGTGAAAAAACATAATTTTATTT
* * * *
1656 AATACCTAAAATA-TCTTTATTTTATATTTGGAAATGAATTTTATTATGAATGACACTACTAAAA
777 AATACCTAAAATAGT-TTTATTTTATGTTTGGAAATGTATTTTATTATAAATTACACTACTAAAA
* * ** * *
1720 AGGGT-ATAGTAACGTGGTTTTATTTAATAACTAAAATGT-TT
841 AAGGTGA-AGAAACGTAATTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
* * * * *
1761 T-TTTTATGTTTGTAAATGTATTCTAA-TAT-AAATAACACTACTAAAAAAGGTGAAGTAACGTA
1 TATTTTATGTTTGAAAATGTATT-AAATTATGAAA-GACACAACTAAAAAAGGTAAAGTAACGTA
* * * * * * * * * * *
1823 ATTTTCTTTATTTCTTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGGAAATGTATTATATTATGAATGACAA
64 GTTTTATTTAATACCT-AAAA-TATTT-TTTTATATTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACAC
* * * *
1888 TACTAAAAAAGAT-AAAGCAACGTAATTTTATTTATTACCTAAAATGTC--T-TTTTATGTTTTG
126 TACTAAAAAAGATGAAA-AAACGTAATTTTATATAATACCTAAAAAGTCTTTATTTTATG-TTTG
* ** * *
1949 -AAATATATTATATTATGGATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAA-TTTTTATAATACC
189 AAAATGTATTATATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAATGTAATTTTTTTTAATACC
* * * * * * * *
2012 TAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATAATACTACTAAAAAAGGTTA
254 TAAAAAGTTTTTCTTTTATATTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTAATAAAAAAGGTGA
*
2077 AAAAACATAATTTTATTTAATACCT-AAATGTCTTTATTTTATGTTTGGAAATGAATTATATTAT
319 AAAAACGTAATTTTATTTAATACCTAAAATGTCTTTATTTTATGTTTGGAAATGAATTATATTAT
* * * * *
2141 GAATGACATTATTAAAAAAGGTGAAGTAACGTGGTTTTATTTAATACCTAAAATGTTTTTTATTT
384 GAATGACACTACTAAAAAAGATAAAGTAACGTGGTTTTATTTAATACCTAAAA---TATTT-TTT
* * * *
2206 TATTTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACATTACTAAAAAAGGTGAAGAAACGTAATTTTTT
445 TATGTTTGGAAATGTATTCTAATATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAATTTTTT
* * * *
2271 TTAATACCTAAAAAATCTTTATTTTATGTTTAAAAATGTATTATATTATGAATGACAATATTAAA
510 TTAATACCTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGAAAATGTATTATATTATAAATGACACTATTAAA
* * * * * * *
2336 AAAGATAAAACAACGTAATTTTATTTAATA-TCTAAAA-TATTTTTTATATTTGGAAATGTATTC
575 AAAGGTAAAAAAACGTAATTTTATTTAATACCCAAAAAGTTTTTTTTATATTTGAAAATGTATTA
* * *
2399 TATTATTAATGAAACTACTAAAAAAGGTGAAGTAACGTAATTTTATTTAATACCTAAAAAGTTTT
640 TATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAATAACGTAATTTTATTTAATACCTAAAAAGTTTT
* * ** * **
2464 TATTTTCTGTTTGGAAATGTATTATATTATGAATGACACTACTAAAAAAAGTGAAGTAACGTGGT
705 TATTTTATGTTTGAAAATGTATTATATTATGAATGACACTACTAAAAAAAGTGAAAAAACATAAT
* *
2529 TTTATTTAATACCTAAAATA--TTT-TTTTATGTTT-GAGAATGTATTCTAATATAAATTACACT
770 TTTATTTAATACCTAAAATAGTTTTATTTTATGTTTGGA-AATGTATTTTATTATAAATTACACT
* * *
2590 ATTAAAAAAGGTGAAAAAAAACGTAATTTT-TTTAAAACCTAAAAAGTCTT
834 ACTAAAAAAGGTG--AAGAAACGTAATTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
* * * * * * * *
2640 TATTTTATGTTTGAAAATTTATTATATTATGAATGACACCATTAAAAAATGTGAAGT-ACTGTTG
1 TATTTTATGTTTGAAAATGTATTAAATTATGAAAGACACAACTAAAAAAGGTAAAGTAAC-GTAG
* * * * *
2704 TTTTATTTAATACTTAAATTGTTTTTTTATATTTGGAAATGTATTCTAATATAAATGACACTACT
65 TTTTATTTAATACCTAAAATATTTTTTTATATTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACT
* ** * * * * * *
2769 AAAAAAGATGTAGTAACATAATTTTCTTTATTTCCTAAAAAGTCTTTATTTTATATTTGAAAATG
130 AAAAAAGATGAAAAAACGTAATTTTATATAATACCTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGAAAATG
* * * * * *
2834 TATTATATTATGAATGATAATACTAAAAAA---G-ATAAA-GTAATTTTATTTAATACCTAAAAT
195 TATTATATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAATGTAATTTTTTTTAATACCTAAAAA
* * * *
2894 GTTTTT-TTTTATGTTTGAAAATGTATTATAATATAAATGACACTATTAAAAAAGGTGAAAAAAC
260 GTTTTTCTTTTATATTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTAATAAAAAAGGTGAAAAAAC
*
2958 GTAATTTT-TTTAATACCTGAAAA-ATCTTTATTTTATGTTTGGAAAT-ATATTATATTATGAAT
325 GTAATTTTATTTAATACCT-AAAATGTCTTTATTTTATGTTTGGAAATGA-ATTATATTATGAAT
*
3020 GACACTACTAAAAAAGATAAAGTAACGTAGTTTTATTTAATACCTAAAATATTTTTTTATGTTTG
388 GACACTACTAAAAAAGATAAAGTAACGTGGTTTTATTTAATACCTAAAATATTTTTTTATGTTTG
*
3085 GAAATGTATTCTAATATAAATTGAAAATGTATTCTAATATAAATTACAGGACTAAAAAAGGTG-A
453 GAAATGTATTCT-A-AT--A-T--AAATG-A--C-----------AC--TACTAAAAAAGGTGAA
* *
3149 AAAACGTAA-TTTTTTTAATACTTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGGAAATGTATTATATTA-A
495 AAAACGTAATTTTTTTTAATACCTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGAAAATGTATTATATTATA
* * * ** ** **
3212 GAATAACACTATTAAAAAATGTGAAGTAACGTGGTTTTATTTAATACTTAAAAAG-TTTTTTTAT
560 -AATGACACTATTAAAAAAGGTAAAAAAACGTAATTTTATTTAATACCCAAAAAGTTTTTTTTAT
* * *
3276 ATTT-AGAAATGTATTCTATTATGAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAGTAACGTAATTTTATTT
624 ATTTGA-AAATGTATTATATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAATAACGTAATTTTATTT
* * *
3340 AATACCTAAAAAGTTTTAATTTTATGTTTGAAAATGTATTATTTTATGAATGACATTACTAAAAA
688 AATACCTAAAAAGTTTTTATTTTATGTTTGAAAATGTATTATATTATGAATGACACTACTAAAAA
** * * * * * *
3405 AAGTGAAGTAACGTAGTTTTATTTAATAACTAAAAAAGGTTTTTTTTTTTATGTTTGAAAATGTA
753 AAGTGAAAAAACATAATTTTATTTAATACCTAAAATA-G--TTTTATTTTATGTTTGGAAATGTA
* * * * * **
3470 TTTTATTGTTAATTACACTACTAAAAAAGGTGAAGTAACGTATTTTTTTTTTAATATTTAAAAA-
815 TTTTATTATAAATTACACTACTAAAAAAGGTGAAGAAACGTA-ATTTTATTTAATACCTAAAAAG
*
3534 TGTT
879 TCTT
3538 T-TTTTATGTTTGAAAATGTATT
1 TATTTTATGTTTGAAAATGTATT
3560 CTATTATTAA
Statistics
Matches: 2336, Mismatches: 262, Indels: 145
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
871 22 0.01
872 5 0.00
873 1 0.00
874 11 0.00
875 143 0.06
876 31 0.01
877 112 0.05
878 185 0.08
879 312 0.13
880 865 0.37
881 58 0.02
882 111 0.05
883 104 0.04
884 6 0.00
892 86 0.04
893 176 0.08
894 13 0.01
897 28 0.01
898 11 0.00
899 55 0.02
900 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (882 bp):
TATTTTATGTTTGAAAATGTATTAAATTATGAAAGACACAACTAAAAAAGGTAAAGTAACGTAGT
TTTATTTAATACCTAAAATATTTTTTTATATTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTA
AAAAAGATGAAAAAACGTAATTTTATATAATACCTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGAAAATGT
ATTATATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAATGTAATTTTTTTTAATACCTAAAAAG
TTTTTCTTTTATATTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTAATAAAAAAGGTGAAAAAACG
TAATTTTATTTAATACCTAAAATGTCTTTATTTTATGTTTGGAAATGAATTATATTATGAATGAC
ACTACTAAAAAAGATAAAGTAACGTGGTTTTATTTAATACCTAAAATATTTTTTTATGTTTGGAA
ATGTATTCTAATATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAATTTTTTTTAATACCTAA
AAAGTCTTTATTTTATGTTTGAAAATGTATTATATTATAAATGACACTATTAAAAAAGGTAAAAA
AACGTAATTTTATTTAATACCCAAAAAGTTTTTTTTATATTTGAAAATGTATTATATTATAAATG
ACACTACTAAAAAAGGTGAAATAACGTAATTTTATTTAATACCTAAAAAGTTTTTATTTTATGTT
TGAAAATGTATTATATTATGAATGACACTACTAAAAAAAGTGAAAAAACATAATTTTATTTAATA
CCTAAAATAGTTTTATTTTATGTTTGGAAATGTATTTTATTATAAATTACACTACTAAAAAAGGT
GAAGAAACGTAATTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTT
Found at i:3116 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 3086--3129 Score: 88
Period size: 23 Copynumber: 1.9 Consensus size: 23
3076 TTATGTTTGG
3086 AAATGTATTCTAATATAAATTGA
1 AAATGTATTCTAATATAAATTGA
3109 AAATGTATTCTAATATAAATT
1 AAATGTATTCTAATATAAATT
3130 ACAGGACTAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 21 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (23 bp):
AAATGTATTCTAATATAAATTGA
Found at i:3243 original size:196 final size:197
Alignment explanation
Indices: 2908--3293 Score: 582
Period size: 196 Copynumber: 2.0 Consensus size: 197
2898 TTTTTTATGT
* *
2908 TTGAAAATGTATTATAATATAAATGACACTATTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAATTTTTTTAATA
1 TTGAAAATGTATTATAATATAAATGACACGACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAATTTTTTTAATA
* *
2973 CCTGAAAAATCTTTATTTTATGTTTGGAAATATATTATATTATGAATGACACTACTAAAAAAGAT
66 CCTGAAAAATCTTTATTTTATGTTTGGAAATATATTATATTAAGAATAACACTACTAAAAAAGAT
* *
3038 AAAGTAACGTAGTTTTATTTAATACCTAAAATA-TTTTTTTATGTTTGGAAATGTATTCTAATAT
131 AAAGTAACGTAGTTTTATTTAATACCTAAAA-AGTTTTTTTATATTTAGAAATGTATTCTAATAT
3102 AAA
195 AAA
* * *
3105 TTGAAAATGTATTCTAATATAAATTACAGGACTAAAAAAGGTG-AAAAACGTAATTTTTTTAATA
1 TTGAAAATGTATTATAATATAAATGACACGACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAATTTTTTTAATA
* * *
3169 -CTTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGGAAATGTATTATATTAAGAATAACACTATTAAAAAATG
66 CCTGAAAAA-TCTTTATTTTATGTTTGGAAATATATTATATTAAGAATAACACTACTAAAAAA-G
* * *
3233 -TGAAGTAACGTGGTTTTATTTAATACTTAAAAAGTTTTTTTATATTTAGAAATGTATTCTA
129 ATAAAGTAACGTAGTTTTATTTAATACCTAAAAAGTTTTTTTATATTTAGAAATGTATTCTA
3294 TTATGAATGA
Statistics
Matches: 171, Mismatches: 15, Indels: 7
0.89 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
195 8 0.05
196 124 0.73
197 39 0.23
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (197 bp):
TTGAAAATGTATTATAATATAAATGACACGACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAATTTTTTTAATA
CCTGAAAAATCTTTATTTTATGTTTGGAAATATATTATATTAAGAATAACACTACTAAAAAAGAT
AAAGTAACGTAGTTTTATTTAATACCTAAAAAGTTTTTTTATATTTAGAAATGTATTCTAATATA
AA
Found at i:3425 original size:89 final size:87
Alignment explanation
Indices: 3105--3577 Score: 515
Period size: 89 Copynumber: 5.4 Consensus size: 87
3095 CTAATATAAA
* * * * ** *
3105 TTGAAAATGTATTCTAATATAAATTACAGGACTAAAAAAGGTGAA-AAACGTAATTTT-TTTAAT
1 TTGAAAATGTATTATATTATGAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAGTAACGTAATTTTATTTAAT
3168 ACTTAAAAAGTCTTTATTTTATGT
66 ACTTAAAAAGT-TTT-TTTTATGT
* * * * * **
3192 TTGGAAATGTATTATATTAAGAATAACACTATTAAAAAATGTGAAGTAACGTGGTTTTATTTAAT
1 TTGAAAATGTATTATATTATGAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAGTAACGTAATTTTATTTAAT
*
3257 ACTTAAAAAG-TTTTTTTATAT
66 ACTTAAAAAGTTTTTTTTATGT
*
3278 TT-AGAAATGTATTCTATTATGAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAGTAACGTAATTTTATTTAA
1 TTGA-AAATGTATTATATTATGAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAGTAACGTAATTTTATTTAA
*
3342 TACCTAAAAAGTTTTAATTTTATGT
65 TACTTAAAAAGTTTT--TTTTATGT
* * * *
3367 TTGAAAATGTATTATTTTATGAATGACATTACTAAAAAAAGTGAAGTAACGTAGTTTTATTTAAT
1 TTGAAAATGTATTATATTATGAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAGTAACGTAATTTTATTTAAT
*
3432 AACTAAAAAAGGTTTTTTTTTTTATGT
66 -ACTTAAAAA-G---TTTTTTTTATGT
* * * * * *
3459 TTGAAAATGTATTTTATTGTTAATTACACTACTAAAAAAGGTGAAGTAACGTATTTTTTTTTTAA
1 TTGAAAATGTATTATATTATGAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAGTAACGTA-ATTTTATTTAA
*
3524 TATTTAAAAA-TGTTTTTTTATGT
65 TACTTAAAAAGT-TTTTTTTATGT
* * *
3547 TTGAAAATGTATTCTATTATTAATGATACTA
1 TTGAAAATGTATTATATTATGAATGACACTA
3578 TTATGAAAAA
Statistics
Matches: 326, Mismatches: 46, Indels: 27
0.82 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
86 72 0.22
87 42 0.13
88 47 0.14
89 81 0.25
90 8 0.02
91 1 0.00
92 61 0.19
93 10 0.03
94 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.12, T:0.43
Consensus pattern (87 bp):
TTGAAAATGTATTATATTATGAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAGTAACGTAATTTTATTTAAT
ACTTAAAAAGTTTTTTTTATGT
Found at i:3541 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 3516--3556 Score: 55
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
3506 AACGTATTTT
3516 TTTTTTAATATTTAAAAATG
1 TTTTTTAATATTTAAAAATG
* * *
3536 TTTTTTTATGTTTGAAAATG
1 TTTTTTAATATTTAAAAATG
3556 T
1 T
3557 ATTCTATTAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 18 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.00, G:0.10, T:0.59
Consensus pattern (20 bp):
TTTTTTAATATTTAAAAATG
Found at i:10417 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 10406--10435 Score: 60
Period size: 6 Copynumber: 5.0 Consensus size: 6
10396 TTGAGTTTCA
10406 ATTTAT ATTTAT ATTTAT ATTTAT ATTTAT
1 ATTTAT ATTTAT ATTTAT ATTTAT ATTTAT
10436 TACCCATTTA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 24 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.00, T:0.67
Consensus pattern (6 bp):
ATTTAT
Found at i:15041 original size:62 final size:62
Alignment explanation
Indices: 14942--15086 Score: 211
Period size: 62 Copynumber: 2.3 Consensus size: 62
14932 CCTAAGTCCT
* *
14942 GAAAATCCCCAAATTTTTAAACTTAAACCAAAATCCCCAAACCCAACAACCCAAAAAATCCC
1 GAAAATCCCCAAATTTTTAAACCTAAACCAAAATCCCCAAACCCAACAACCCAAAAAATACC
* ** *
15004 G-AAATCCCCAAATTTCTTAAACCTAAACCAAATTCCCCAAACCCAACAACCTTAAAAATATC
1 GAAAATCCCCAAATTT-TTAAACCTAAACCAAAATCCCCAAACCCAACAACCCAAAAAATACC
*
15066 GAAAATCCCTAAATTTTTAAA
1 GAAAATCCCCAAATTTTTAAA
15087 ACTTAAATCC
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 7, Indels: 4
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
61 14 0.19
62 47 0.64
63 13 0.18
ACGTcount: A:0.47, C:0.30, G:0.02, T:0.21
Consensus pattern (62 bp):
GAAAATCCCCAAATTTTTAAACCTAAACCAAAATCCCCAAACCCAACAACCCAAAAAATACC
Found at i:22200 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 22160--22203 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.6 Consensus size: 16
22150 TTGTTATTGG
* *
22160 AGTTATTTTTTTAATA
1 AGTTATTTTTTCAAAA
22176 AGTATATTATTTTCAAAA
1 AGT-TATT-TTTTCAAAA
22194 AGTTATTTTT
1 AGTTATTTTT
22204 GATTGATGTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 4
0.80 0.07 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.25
17 8 0.33
18 10 0.42
ACGTcount: A:0.34, C:0.02, G:0.07, T:0.57
Consensus pattern (16 bp):
AGTTATTTTTTCAAAA
Found at i:24163 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 24157--24183 Score: 54
Period size: 3 Copynumber: 9.0 Consensus size: 3
24147 GAGGCTTTTA
24157 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
1 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
24184 ACTACATATC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 24 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.00, T:0.67
Consensus pattern (3 bp):
TAT
Found at i:33018 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 33006--33049 Score: 79
Period size: 2 Copynumber: 22.0 Consensus size: 2
32996 CTTGACATGA
*
33006 AT AT AT CT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
33048 AT
1 AT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 40 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.02, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Done.