Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01004790.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_118409, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 605

Length: 1009
ACGTcount: A:0.29, C:0.13, G:0.18, T:0.39


Found at i:930 original size:33 final size:34

Alignment explanation


    Indices: 881--946  Score: 98
    Period size: 33  Copynumber: 2.0  Consensus size: 34

        871 CATTTCAAAT

                       *       * *            
        881 TAAATTTTAAATTTAAAACCATTTTAAATTTAAC
          1 TAAATTTTAAACTTAAAACAAGTTTAAATTTAAC

                                             
        915 TAAA-TTTAAACTTAAAACAAGTTTAAATTTAA
          1 TAAATTTTAAACTTAAAACAAGTTTAAATTTAA

        947 ATTCAGAAAT


Statistics
Matches: 29,  Mismatches: 3, Indels: 1
        0.88            0.09        0.03

Matches are distributed among these distances:
  33   25  0.86
  34    4  0.14

ACGTcount: A:0.50, C:0.08, G:0.02, T:0.41


Consensus pattern (34 bp):   
TAAATTTTAAACTTAAAACAAGTTTAAATTTAAC

Found at i:982 original size:18 final size:18

Alignment explanation


    Indices: 883--991  Score: 84
    Period size: 17  Copynumber: 6.3  Consensus size: 18

        873 TTTCAAATTA

                              
        883 AATTTTAAATTTAAAA-C
          1 AATTTTAAATTTAAAATC

            *              *  
        900 CATTTTAAATTT-AACT-
          1 AATTTTAAATTTAAAATC

              *      *        
        916 AAATTTAAACTTAAAA-C
          1 AATTTTAAATTTAAAATC

              *            *  
        933 AAGTTTAAATTTAAATTC
          1 AATTTTAAATTTAAAATC

               **              
        951 AGAAATT-AATTTAAAATC
          1 A-ATTTTAAATTTAAAATC

                     *    *   
        969 AATTTTAAACTTAATATC
          1 AATTTTAAATTTAAAATC

                 
        987 AATTT
          1 AATTT

        992 AAAGGTTTGG


Statistics
Matches: 70,  Mismatches: 16, Indels: 11
        0.72            0.16        0.11

Matches are distributed among these distances:
  16   11  0.16
  17   29  0.41
  18   27  0.39
  19    3  0.04

ACGTcount: A:0.49, C:0.08, G:0.02, T:0.41


Consensus pattern (18 bp):   
AATTTTAAATTTAAAATC
Done.