Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01004814.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_118447, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3806
ACGTcount: A:0.28, C:0.16, G:0.16, T:0.39
Found at i:383 original size:216 final size:214
Alignment explanation
Indices: 1--3786 Score: 3712
Period size: 216 Copynumber: 17.6 Consensus size: 214
* * ** *** *
1 CTTGGTTCTTAGACAAACTTTCGAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCC
1 CTTGGTTCTTGGACAAACTTTCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTT-TAAAATCAGTTCC
* * * * * * * *
66 TTAAAGTATGCAAGG-GGATTCAATCCTTCGAGTAATTTTCCGAACATTAGATGCTCA-GGAAGT
65 TTAAAGTGTTC-AGGACGATCCAATCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGC-GAGGGAAAT
*
129 CGCATAATTTGGTCTAAA-AGTTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCGTTTGAATTAAAAACT
128 CGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTT-TCATTTTGTAAACAAGTTTTGGC-TTTGAATTAAAAACT
* *
193 TATTTACGTGAGAATTATTTTTCT
191 TATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
* * * *
217 CTTGGTTGTTGAACAAACTTCCGAAA-TTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTAAAATCTAGTTC
1 CTTGGTTCTTGGACAAACTTTC-AAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTAAAATC-AGTTC
* * *
281 CTTAAAGTGTTCAGGACGATCTATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATC
64 CTTAAAGTGTTCAGGACGATCCAATCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGCGAGGGAAATC
* *
346 GCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTCGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTA
129 GCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTG-GCTTTGAATTAAAAACTTA
** *
411 TTTAAATGAGAATTGTGTCTCT
193 TTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
* ** ***
433 CTTGGTTGTTGGACGAAA-TTTCAAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCAGTTC
1 CTTGGTTCTTGGAC-AAACTTTCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTT-TAAAATCAGTTC
* * * ** * *
497 CTTCAAA-TATTCAGGATGATCCAATCTTTCGAACAATTTTTCGAACATTACATG-GTCGGGAAG
64 CTT-AAAGTGTTCAGGACGATCCAATCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGCG-AGGGAAA
* * * * *
560 TCACATCATTTGATCTAAA-AGGTTTGTCATTTTGTAAACAGGTTTTGGCATTTGAATTATAAAC
127 TCGCATCATTTGGTCTAAATA-GTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGC-TTTGAATTAAAAAC
* ** *
624 ATATTTACGTGAGAATTACTTCTGT
190 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
* * * * *
649 CTTGGTTCTTGGACAAACTTCCGAACTTGTAAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATACAGTTCC
1 CTTGGTTCTTGGACAAACTTTCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTAAAAT-CAGTTCC
** * * *
714 TTAAAGTGTTCAAAACGATCTATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCG
65 TTAAAGTGTTCAGGACGATCCAATCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGCGAGGGAAATCG
* *
779 CATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTCGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTAT
130 CATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTG-GCTTTGAATTAAAAACTTAT
* * *
844 TTACGTCAGATTTGTGTCTCT
194 TTACGTGAGAATTGTTTCTCT
* ***
865 CTTGGTTGTTGGACGAAA-TTTCAAACTTGT-AGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCAGTT
1 CTTGGTTCTTGGAC-AAACTTTCAAACTTGTCA-AACTTTTACGAGTTCTTTT-TAAAATCAGTT
* * * * * ** * *
928 CCTTCAAGTATTCAGGATGATCCAATCTTTCAAACAATTTTTCGAACATTACATG-GTCGGGAAG
63 CCTTAAAGTGTTCAGGACGATCCAATCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGCG-AGGGAAA
* * * * ** *
992 TCACATCATTTGGTGTAAAAAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCACTGAATTAAAACCT
127 TCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGG-CTTTGAATTAAAAACT
*
1057 TATTTACATGAGAATTGTTTCTCT
191 TATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
* * * * ** *
1081 CTTGGTTGTTGGACGAAC-TTCAAAACTTGACAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTTGGATC
1 CTTGGTTCTTGGACAAACTTTC-AAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTC-TTTTTAAAATCAGTTC
* * *** * * *
1145 CTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTATTGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGTGAAATA
64 CTTAAAGTGTTCAGGACGATCCAATCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGCGAGGGAAATC
* * * * *
1210 TCATCATTTAGTCTAAATAG-TTTTCAATTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTATAAACTT
129 GCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTC-ATTTTGTAAACAAGTTTTG-GCTTTGAATTAAAAACTT
**
1274 ATTTACGTGAGAATTACTTCTCT
192 ATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
* * * * * * *
1297 CTTGGTCCTTGGACGAACTTCCTAACTTATCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCAGTTCC
1 CTTGGTTCTTGGACAAACTTTCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTAAAAT-CAGTTCC
* * * * * * *
1362 TTAAAGTGTTCAAGACGATCTATTCCATCGAGTAA-TTTTCGAACA-TCCATGCAAGGGAAATCA
65 TTAAAGTGTTCAGGACGATCCAATCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGCGAGGGAAATCG
* * **
1425 CATCATTTGGTCTAAATAGTTGTTC-TTTTCGTAAACATGTTTTGATATTTGAATTAAAAACTTA
130 CATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTT-GTAAACAAGTTTTG-GCTTTGAATTAAAAACTTA
* * *
1489 -TTAAGTGAGAACTGTTCCTCT
193 TTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
** ** ** *
1510 CTTGGTTCTTGGATGAACTTTCAAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCC
1 CTTGGTTCTTGGACAAACTTTCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTT-TAAAATCAGTTCC
* * * * * * * * *
1575 ATAAATTATTCAAGG-CGAACCAATCCTTCAAGCAATTTTTCGAACATTAGATGCTCA-GGAAGT
65 TTAAAGTGTTC-AGGACGATCCAATCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGC-GAGGGAAAT
* * *
1638 CGTATAATTTGGTCTAAA-AGGTTTTTCATTTTGTAAACAAGGTTTGGCGTTTGAATTAAAAACT
128 CGCATCATTTGGTCTAAATA-GTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGC-TTTGAATTAAAAACT
1702 TATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
191 TATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
* * * * * *
1726 CTTGGTTGTTGGACGAAC-TTCAAAGCTTGACAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCGGATC
1 CTTGGTTCTTGGACAAACTTTCAAA-CTTGTCAAACTTTTACGAGTTC-TTTTTAAAATCAGTTC
* * * ** *
1790 TTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCTTGTAA-TTTTCTGAACATTCCATGCGAGGGAAAT
64 CTTAAAGTGTTCAGGACGATCCAATCCTTCGAGTAATTTTTC-GAACATTACATGCGAGGGAAAT
* * * * * *
1854 CTCATCATTTAGTCTAAATAGTTTTTAATTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTACAAACTT
128 CGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTG-GCTTTGAATTAAAAACTT
* * **
1919 ATTAAGGTGAGAATTACTTCTCT
192 ATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
* * *
1942 CTTGGTTCTTGGACGAAC-TTCGGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTCT-AAATCTAGTT
1 CTTGGTTCTTGGACAAACTTTC-AAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTT-TAAAATC-AGTT
* *
2005 CCTTAAAGTGTTCAGGACGATCTAATCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAAT
63 CCTTAAAGTGTTCAGGACGATCCAATCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGCGAGGGAAAT
* * * *
2070 CACATCAATTGGTCTAAATAGTTTTTC-TTTTCGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACT
128 CGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTT-GTAAACAAGTTTTG-GCTTTGAATTAAAAACT
* *
2134 TA-TTAAGTGAGAATTGTTCCTCT
191 TATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
* * * ** * *** *
2157 CTTGGTTCTTAGACAAAATTTCGAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCGTTTATAGCTTCGGTTCC
1 CTTGGTTCTTGGACAAACTTTCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTC-TTTTTAAAATCAGTTCC
* * * * * * * *
2222 TTAAAGTATGCAAGG-CGATCCAATCCTTCAAGTAATTTTCCAAACTTTACATGCTCA-GGAAGT
65 TTAAAGTGTTC-AGGACGATCCAATCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGC-GAGGGAAAT
* * *
2285 CGCATAATTTGGTCTAAA-AGGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGGGTTTGAATTAAAAACT
128 CGCATCATTTGGTCTAAATA-GTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTT-GGCTTTGAATTAAAAACT
2349 TATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
191 TATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
* * * * * *
2373 CTTGGTTATTGGACAAACTTCCGAAA-TTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTATATCTTGTTC
1 CTTGGTTCTTGGACAAACTTTC-AAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTAAAATC-AGTTC
* * * *
2437 CTTAAAGTGTTCAGGACGATCTATTCCTTCGAGTAATTTTTCAAACATTCCATGCGAGGGAAATC
64 CTTAAAGTGTTCAGGACGATCCAATCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGCGAGGGAAATC
* * *
2502 GCATCTTTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTCGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTA
129 GCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTG-GCTTTGAATTAAAAACTTA
* *
2567 TTTACGTGAGAATTATGTCTCT
193 TTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
*** *
2589 CTTGGTTCTTGGACGAAA-TTTCAAACTTGT-AGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTT
1 CTTGGTTCTTGGAC-AAACTTTCAAACTTGTCA-AACTTTTACGAGTTCTTTT-TAAAATCAGTT
* * ** * * *
2652 CCTTAAAGTATTCAGGACGATCCAATCTTTCGAACAATTTTTCGAACATTATATG-GTCGGGAAG
63 CCTTAAAGTGTTCAGGACGATCCAATCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGCG-AGGGAAA
* * * * * *
2716 TCACATCATTTGGTCAAAAAAGCTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCATTGAATTAAAAACT
127 TCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGG-CTTTGAATTAAAAACT
*
2781 TATTTATGTGAGAATTGTTTCTCT
191 TATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
* * * * * * * * *
2805 CTTGGTTGTCGGACGAACTTCCAAACTTGACAAACTTTTACGAGTTATTTTTTAAATTCGGATCC
1 CTTGGTTCTTGGACAAACTTTCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTT-CTTTTTAAAATCAGTTCC
* * * * ** * *
2870 TTAAAGTGTTCAAGACGATTCATTCCTACTTGTAATTTTTCGAACATT-TATGCGAGGGAAATCT
65 TTAAAGTGTTCAGGACGATCCAATCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGCGAGGGAAATCG
* * * * * *
2934 CATCATTTAGTCTAAATAGTTTTTAATTTCGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACATAT
130 CATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTG-GCTTTGAATTAAAAACTTAT
* * *
2999 TTAAGTGAGACTTGTTCCTCT
194 TTACGTGAGAATTGTTTCTCT
* * ** ***
3020 CTTGGTTCTTAGACAAACTTTCGAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCAGTTCC
1 CTTGGTTCTTGGACAAACTTTCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTT-TAAAATCAGTTCC
* * * ** * * * *
3085 TTAAAGTATGCAAGG-GGATCCAATCCTTCGAGTAATTTCCCGAACATTAGATGCTCA-AGAAGT
65 TTAAAGTGTTC-AGGACGATCCAATCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGC-GAGGGAAAT
* * *
3148 CGAATAATTTGGTCTAAA-AGGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCGTTTGAATTAAAAACT
128 CGCATCATTTGGTCTAAATA-GTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGC-TTTGAATTAAAAACT
*
3212 TATTTACGTGAGAATTATTTCTCT
191 TATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
* * * * *
3236 CTTGGTTGTTGGACAAACTTCCGAATTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTAAAATCTAGTTCC
1 CTTGGTTCTTGGACAAACTTTCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTAAAATC-AGTTCC
* * * *
3301 TTAAAGTGTTCAGGACGATCTATTCCTTCAAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCG
65 TTAAAGTGTTCAGGACGATCCAATCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGCGAGGGAAATCG
* *
3366 CATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTCGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTAT
130 CATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTG-GCTTTGAATTAAAAACTTAT
* * *
3431 TTGCATGAGAATTGTGTCTCT
194 TTACGTGAGAATTGTTTCTCT
* * *** *
3452 CTTGGTTCTTGGACGAAA-TTTCAAACTTGT-AGAAATTTTACGAGTTCATTTATAGCTTCGGTT
1 CTTGGTTCTTGGAC-AAACTTTCAAACTTGTCA-AACTTTTACGAGTTC-TTTTTAAAATCAGTT
* * ** * *
3515 CCTTAAAGTATTAAGGACGATCCAATCCTTCGAACAATTTTTCGAACATTACATG-GTCGGGAAG
63 CCTTAAAGTGTTCAGGACGATCCAATCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGCG-AGGGAAA
* * * * *
3579 TCACATCATTTGGTCTAAAAAGCTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCATTGAATTAAAAACT
127 TCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGG-CTTTGAATTAAAAACT
*
3644 TATTTATGTGAGAATTGTTTCTCT
191 TATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
* ** **
3668 CTTGGTTCTTGGACGAACTTTCAAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTC-GATTC
1 CTTGGTTCTTGGACAAACTTTCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTT-TAAAATCAG-TTC
* * * * *
3732 CTTAAAGTATGCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTAGATGC
64 CTTAAAGTGTTCAGGACGATCCAATCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGC
3787 TCAAGAAGTC
Statistics
Matches: 2926, Mismatches: 541, Indels: 205
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
213 91 0.03
214 85 0.03
215 495 0.17
216 2180 0.75
217 75 0.03
ACGTcount: A:0.28, C:0.16, G:0.16, T:0.39
Consensus pattern (214 bp):
CTTGGTTCTTGGACAAACTTTCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTAAAATCAGTTCCT
TAAAGTGTTCAGGACGATCCAATCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTACATGCGAGGGAAATCGC
ATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCTTTGAATTAAAAACTTATTT
ACGTGAGAATTGTTTCTCT
Found at i:804 original size:432 final size:431
Alignment explanation
Indices: 1--3780 Score: 4611
Period size: 432 Copynumber: 8.8 Consensus size: 431
* *
1 CTTGGTTCTTAGAC-AAACTTTCGAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTC
1 CTTGGTTCTTGGACGAAA-TTTCAAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTC
* * * * * * * *
65 CTTAAAGTATGCAAGG-GGATTCAATCCTTCGAGTAATTTTCCGAACATTAGATGCTCAGGAAGT
65 CTTAAAGTATTC-AGGACGATCCAATCCTTCGAATAATTTTTCGAACATTACATGGTCGGGAAGT
* * * *
129 CGCATAATTTGGTCTAAAAGTTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCGTTTGAATTAAAAACTT
129 CACATCATTTGGTCTAAAAGGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCATTTGAATTAAAAACTT
* * * * *
194 ATTTACGTGAGAATTATTTTTCTCTTGGTTGTTGAACAAACTTCCGAAATTGTCAAACTTTTACT
194 ATTTACGTGAGAATTATTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACT
* *
259 AGTTCTTTTTAAAATCTAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCTATTCCTTCGAGTAATTTTTCG
259 AGTTCTTTTTTAAATC-AGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCTATTCCTTCGAGTAATTTTTCG
324 AACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTCGTAAACAAGTTT
323 AACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTCGTAAACAAGTTT
**
389 TGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTAAATGAGAATTGTGTCTCT
388 TGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTGTCTCT
* *
433 CTTGGTTGTTGGACGAAATTTCAAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCAGTTCC
1 CTTGGTTCTTGGACGAAATTTCAAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCC
* * *
498 TTCAAA-TATTCAGGATGATCCAATCTTTCGAACAATTTTTCGAACATTACATGGTCGGGAAGTC
66 TT-AAAGTATTCAGGACGATCCAATCCTTCGAATAATTTTTCGAACATTACATGGTCGGGAAGTC
* * * *
562 ACATCATTTGATCTAAAAGGTTTGTCATTTTGTAAACAGGTTTTGGCATTTGAATTATAAACATA
130 ACATCATTTGGTCTAAAAGGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCATTTGAATTAAAAACTTA
* * * *
627 TTTACGTGAGAATTACTTCTGTCTTGGTTCTTGGACAAACTTCCGAACTTGTAAAACTTTTACTA
195 TTTACGTGAGAATTATTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACTA
*
692 GTTCTTTTTTAAATACAGTTCCTTAAAGTGTTCAAAACGATCTATTCCTTCGAGTAATTTTTCGA
260 GTTCTTTTTTAAAT-CAGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCTATTCCTTCGAGTAATTTTTCGA
757 ACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTCGTAAACAAGTTTT
324 ACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTCGTAAACAAGTTTT
* *
822 GATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTCAGATTTGTGTCTCT
389 GATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTGTCTCT
* * *
865 CTTGGTTGTTGGACGAAATTTCAAACTTGTAGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCAGTTCC
1 CTTGGTTCTTGGACGAAATTTCAAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCC
* * * * *
930 TTCAAGTATTCAGGATGATCCAATCTTTCAAACAATTTTTCGAACATTACATGGTCGGGAAGTCA
66 TTAAAGTATTCAGGACGATCCAATCCTTCGAATAATTTTTCGAACATTACATGGTCGGGAAGTCA
* * * *
995 CATCATTTGGTGTAAAAAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCA-CTGAATTAAAACCTTA
131 CATCATTTGGTCTAAAAGGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGG-CATTTGAATTAAAAACTTA
* * * ** * *
1059 TTTACATGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCAAAACTTGACAAACTTTTACGA
195 TTTACGTGAGAATTATTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACTA
** * * ***
1124 GTTCTTTTTTAAATTTGGATCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTATTGTAATTTTTCGA
260 GTTCTTTTTTAAA-TCAGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCTATTCCTTCGAGTAATTTTTCGA
* ** * * *
1189 ACATTCCATGCGAGTGAAATATCATCATTTAGTCTAAATAG-TTTTCAATTTTGTAAACATGTTT
324 ACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTC-ATTTCGTAAACAAGTTT
* *
1253 TGATCTTTGAATTATAAACTTATTTACGTGAGAATTACT-TCTCT
388 TGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATT-GTGTCTCT
* * * * * ** * * ** * *
1297 CTTGGTCCTTGGACGAACTTCCTAACTTATCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCAGTTCC
1 CTTGGTTCTTGGACGAAATTTCAAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCC
* * * * * * * *** *
1362 TTAAAGTGTTCAAGACGATCTATTCCATCGAGTAA-TTTTCGAACA-TCCATGCAAGGGAAATCA
66 TTAAAGTATTCAGGACGATCCAATCCTTCGAATAATTTTTCGAACATTACATGGTCGGGAAGTCA
* **
1425 CATCATTTGGTCTAAATA-G-TTGTTC-TTTTCGTAAACATGTTTTGATATTTGAATTAAAAACT
131 CATCATTTGGTCTAAA-AGGTTTG-TCATTTT-GTAAACAAGTTTTGGCATTTGAATTAAAAACT
* * * * * * * **
1487 TA-TTAAGTGAGAACTGTTCCTCTCTTGGTTCTTGGATGAACTTTCAAACTTGTTGAACTTTTAC
193 TATTTACGTGAGAATTATTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTAC
* * * * * * * * * * * * *
1551 GAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCATAAATTATTCAAGGCGAACCAATCCTTCAAGCAATTTTTC
258 TAGTTCTTTTTTAA-ATCAGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCTATTCCTTCGAGTAATTTTTC
** * * * * *
1616 GAACATTAGATGCTCA-GGAAGTCGTATAATTTGGTCTAAA-AGGTTTTTCATTTTGTAAACAAG
322 GAACATTCCATGC-GAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATA-GTTTTTCATTTCGTAAACAAG
* * *
1679 GTTTG-GCGTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
385 TTTTGATC-TTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTGTCTCT
* * *** * ** *
1726 CTTGGTTGTTGGACG-AACTTCAAAGCTTGACAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCGGATC
1 CTTGGTTCTTGGACGAAATTTCAAA-CTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTC
* * * * *** * * *
1790 TTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCTTGTAA-TTTTCTGAACATTCCATGCG-AGGGAAA
65 CTTAAAGTATTCAGGACGATCCAATCCTTCGAATAATTTTTC-GAACATTACATG-GTCGGGAAG
* * * * * * *
1853 TCTCATCATTTAGTCTAAATA-GTTTTTAATTTTGTAAACATGTTTTGATC-TTTGAATTACAAA
128 TCACATCATTTGGTCTAAA-AGGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTG-GCATTTGAATTAAAAA
* * * *
1916 CTTATTAAGGTGAGAATTACTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCGGAACTTGTCAAACTTTT
191 CTTATTTACGTGAGAATTATTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTT
* * *
1981 ACTAGTTCTTTTCTAAATCTAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCTAATCCTTCGAGTAATTTT
256 ACTAGTTCTTTTTTAAATC-AGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCTATTCCTTCGAGTAATTTT
* * * *
2046 TCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCACATCAATTGGTCTAAATAGTTTTTCTTTTCGTAAACATG
320 TCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTCGTAAACAAG
*
2111 TTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTA-TTAAGTGAGAATTGT-TCCTCT
385 TTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTGT-CTCT
* * * *
2157 CTTGGTTCTTAGACAAAATTTCGAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCGTTTATAGCTTCGGTTCC
1 CTTGGTTCTTGGACGAAATTTCAAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCC
* * * * * *
2222 TTAAAGTATGCAAGG-CGATCCAATCCTTC-AAGTAATTTTCCAAACTTTACATGCTCAGGAAGT
66 TTAAAGTATTC-AGGACGATCCAATCCTTCGAA-TAATTTTTCGAACATTACATGGTCGGGAAGT
* * **
2285 CGCATAATTTGGTCTAAAAGGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGGGTTTGAATTAAAAACTT
129 CACATCATTTGGTCTAAAAGGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCATTTGAATTAAAAACTT
* * * *
2350 ATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTATTGGACAAACTTCCGAAATTGTCAAACTTTTACT
194 ATTTACGTGAGAATTATTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACT
* * * *
2415 AGTTCTTTTTTATATCTTGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCTATTCCTTCGAGTAATTTTTCA
259 AGTTCTTTTTTAAATC-AGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCTATTCCTTCGAGTAATTTTTCG
*
2480 AACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCTTTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTCGTAAACAAGTTT
323 AACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTCGTAAACAAGTTT
*
2545 TGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTATGTCTCT
388 TGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTGTCTCT
*
2589 CTTGGTTCTTGGACGAAATTTCAAACTTGTAGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCC
1 CTTGGTTCTTGGACGAAATTTCAAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCC
* * *
2654 TTAAAGTATTCAGGACGATCCAATCTTTCGAACAATTTTTCGAACATTATATGGTCGGGAAGTCA
66 TTAAAGTATTCAGGACGATCCAATCCTTCGAATAATTTTTCGAACATTACATGGTCGGGAAGTCA
* * *
2719 CATCATTTGGTCAAAAAAGCTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCA-TTGAATTAAAAACTTA
131 CATCATTTGGTCTAAAAGGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGG-CATTTGAATTAAAAACTTA
* * * * * * *
2783 TTTATGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTCGGACGAACTTCCAAACTTGACAAACTTTTACGA
195 TTTACGTGAGAATTATTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACTA
* * * * **
2848 GTTATTTTTTAAATTCGGATCCTTAAAGTGTTCAAGACGAT-TCATTCCTACTTGTAATTTTTCG
260 GTTCTTTTTTAAA-TCAGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCT-ATTCCTTCGAGTAATTTTTCG
* * * * *
2912 AACATT-TATGCGAGGGAAATCTCATCATTTAGTCTAAATAGTTTTTAATTTCGTAAACATGTTT
323 AACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTCGTAAACAAGTTT
* * *
2976 TGATCTTTGAATTAAAAACATATTTAAGTGAGACTTGT-TCCTCT
388 TGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTGT-CTCT
* * *
3020 CTTGGTTCTTAGAC-AAACTTTCGAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCAGTTC
1 CTTGGTTCTTGGACGAAA-TTTCAAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTC
* * * ** * * **
3084 CTTAAAGTATGCAAGG-GGATCCAATCCTTCGAGTAATTTCCCGAACATTAGATGCTCAAGAAGT
65 CTTAAAGTATTC-AGGACGATCCAATCCTTCGAATAATTTTTCGAACATTACATGGTCGGGAAGT
* *
3148 CGA-ATAATTTGGTCTAAAAGGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCGTTTGAATTAAAAACT
129 C-ACATCATTTGGTCTAAAAGGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCATTTGAATTAAAAACT
* * *
3212 TATTTACGTGAGAATTATTTCTCTCTTGGTTGTTGGACAAACTTCCGAATTTGTCAAACTTTTAC
193 TATTTACGTGAGAATTATTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTAC
* * *
3277 TAGTTCTTTTTAAAATCTAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCTATTCCTTCAAGTAATTTTTC
258 TAGTTCTTTTTTAAATC-AGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCTATTCCTTCGAGTAATTTTTC
3342 GAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTCGTAAACAAGTT
322 GAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTCGTAAACAAGTT
* *
3407 TTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTGCATGAGAATTGTGTCTCT
387 TTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTGTCTCT
* * *
3452 CTTGGTTCTTGGACGAAATTTCAAACTTGTAGAAATTTTACGAGTTCATTTATAGCTTCGGTTCC
1 CTTGGTTCTTGGACGAAATTTCAAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCC
* *
3517 TTAAAGTATTAAGGACGATCCAATCCTTCGAACAATTTTTCGAACATTACATGGTCGGGAAGTCA
66 TTAAAGTATTCAGGACGATCCAATCCTTCGAATAATTTTTCGAACATTACATGGTCGGGAAGTCA
* *
3582 CATCATTTGGTCTAAAAAGCTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCA-TTGAATTAAAAACTTA
131 CATCATTTGGTCTAAAAGGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGG-CATTTGAATTAAAAACTTA
* * * * ** *
3646 TTTATGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTTCAAACTTGTTGAACTTTTACGA
195 TTTACGTGAGAATTATTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACTA
* * * * * * *
3711 GTTCTTTTATAACTTC-GATTCCTTAAAGTATGCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTTCG
260 GTTCTTTTTTAA-ATCAG-TTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCTATTCCTTCGAGTAATTTTTCG
3775 AACATT
323 AACATT
3781 AGATGCTCAA
Statistics
Matches: 2880, Mismatches: 407, Indels: 122
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
428 8 0.00
429 272 0.09
430 78 0.03
431 815 0.28
432 1682 0.58
433 25 0.01
ACGTcount: A:0.28, C:0.16, G:0.16, T:0.39
Consensus pattern (431 bp):
CTTGGTTCTTGGACGAAATTTCAAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCC
TTAAAGTATTCAGGACGATCCAATCCTTCGAATAATTTTTCGAACATTACATGGTCGGGAAGTCA
CATCATTTGGTCTAAAAGGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCATTTGAATTAAAAACTTAT
TTACGTGAGAATTATTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACTAG
TTCTTTTTTAAATCAGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCTATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAAC
ATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTCGTAAACAAGTTTTGA
TCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTGTCTCT
Found at i:2725 original size:863 final size:862
Alignment explanation
Indices: 1--3780 Score: 4895
Period size: 863 Copynumber: 4.4 Consensus size: 862
* * *
1 CTTGGTTCTTAGAC-AAACTTTCGAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTC
1 CTTGGTTCTTGGACGAAA-TTTCAAACTTGTAGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTC
* * * ** * * * *
65 CTTAAAGTATGCAAGG-GGATTCAATCCTTCGAGTAATTTTCCGAACATTAGATGCTCAGGAAGT
65 CTTAAAGTATTC-AGGACGATCCAATCCTTCGAACAATTTTTCGAACATTACATGGTCGGGAAGT
* * **
129 CGCATAATTTGGTCT-AAAAGTTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCGTTTGAATTAAAAACT
129 CACATCATTTGGTCTAAAAAG-TTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCATTGAATTAAAAACT
* * * *
193 TATTTACGTGAGAATTATTTTTCTCTTGGTTGTTGAACAAACTTCCGAAA-TTGTCAAACTTTTA
193 TATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCC-AAACTTGTCAAACTTTTA
* * *
257 CTAGTTCTTTTTAAAATCTAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCTATTCCTTCGAGTAATTTTT
257 CGAGTTCTTTTTTAAAT-TAGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCTATTCCTTCGAGTAATTTTT
* * *
322 CGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTCGTAAACAAGT
321 CGAACATTCCATGCGAGGGAAATCACATCATTTAGTCTAAATAGTTTTTCATTTCGTAAACATGT
* * * *
387 TTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTAAATGAGAATTGTGTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAAAT
386 TTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAATTGT-TCTCTCTTGGTTCTTAGACAAAAT
* * *
452 TTCAAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCAGTTCCTTCAAA-TATTC-AGGATG
450 TTCGAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCAGTTCCTT-AAAGTATGCAAGG-CG
* * * * * * *
515 ATCCAATCTTTCGAA-CAATTTTTCGAACATTACATGGTCGGGAAGTCACATCATTTGATCTAAA
513 ATCCAATCCTTC-AAGTAATTTTCCGAACATTACATGCTCAGGAAGTCACATAATTTGGTCTAAA
* * * *
579 AGGTTTGTCATTTTGTAAACAGGTTTTGGCATTTGAATTATAAACATATTTACGTGAGAATTACT
577 AGGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCATTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTATT
* * *
644 TCTGTCTTGGTTCTTGGACAAACTTCCGAACTTGTAAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATAC-
642 TCTCTCTTGGTTCTTGGACAAACTTCCGAAATTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAAT-CT
** *
708 AGTTCCTTAAAGTGTTCAAAACGATCTATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGG
706 AGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCTATTCCTTCAAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGG
773 AAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTCGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAA
771 AAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTCGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAA
* *
838 ACTTATTTACGTCAGATTTGTGTCTCT
836 ACTTATTTACGTGAGAATTGTGTCTCT
* *
865 CTTGGTTGTTGGACGAAATTTCAAACTTGTAGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCAGTTCC
1 CTTGGTTCTTGGACGAAATTTCAAACTTGTAGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCC
* * * *
930 TTCAAGTATTCAGGATGATCCAATCTTTCAAACAATTTTTCGAACATTACATGGTCGGGAAGTCA
66 TTAAAGTATTCAGGACGATCCAATCCTTCGAACAATTTTTCGAACATTACATGGTCGGGAAGTCA
* * *
995 CATCATTTGGTGTAAAAAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCACTGAATTAAAACCTTAT
131 CATCATTTGGTCTAAAAAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCATTGAATTAAAAACTTAT
* * *
1060 TTACATGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCAAAACTTGACAAACTTTTACGAG
196 TTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTACGAG
* * * ***
1125 TTCTTTTTTAAATTTGGATCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTATTGTAATTTTTCGAA
261 TTCTTTTTTAAA-TTAGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCTATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAA
* *
1190 CATTCCATGCGAGTGAAAT-ATCATCATTTAGTCTAAATAG-TTTTCAATTTTGTAAACATGTTT
325 CATTCCATGCGAGGGAAATCA-CATCATTTAGTCTAAATAGTTTTTC-ATTTCGTAAACATGTTT
* * * * * * * *
1253 TGATCTTTGAATTATAAACTTATTTACGTGAGAATTACTTCTCTCTTGGTCCTTGGACGAACTTC
388 TGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAATT-GTTCTCTCTTGGTTCTTAGACAAAATTT
* * ** * * ** * * * * *
1318 CTAACTTATCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCAGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCT
452 CGAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCAGTTCCTTAAAGTATGCAAGGCGATCC
* * * * * * *
1383 ATTCCATCGAGTAATTTT-CGAACA-TCCATGC-AAGGGAAATCACATCATTTGGTCTAAATA-G
517 AATCCTTCAAGTAATTTTCCGAACATTACATGCTCA-GGAAGTCACATAATTTGGTCTAAA-AGG
* ** * * * *
1444 -TTGTTC-TTTTCGTAAACATGTTTTGATATTTGAATTAAAAACTTA-TTAAGTGAGAACTGTTC
580 TTTG-TCATTTT-GTAAACAAGTTTTGGCATTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTATTT
** * ** * * *
1506 CTCTCTTGGTTCTTGGATGAACTTTC-AAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACT-TC
643 CTCTCTTGGTTCTTGGACAAACTTCCGAAA-TTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCT-
* * * * * * * * ** *
1569 GGTTCCATAAATTATTCAAGG-CGAACCAATCCTTCAAGCAATTTTTCGAACATTAGATGCTCA-
706 AGTTCCTTAAAGTGTTC-AGGACGATCTATTCCTTCAAGTAATTTTTCGAACATTCCATGC-GAG
* * * * * *
1632 GGAAGTCGTATAATTTGGTCTAAA-AGGTTTTTCATTTTGTAAACAAGGTTTG-GCGTTTGAATT
769 GGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATA-GTTTTTCATTTCGTAAACAAGTTTTGATC-TTTGAATT
*
1695 AAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
832 AAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTGTCTCT
* * * * ** *
1726 CTTGGTTGTTGGACG-AACTTCAAAGCTTG-ACAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATTCGGAT
1 CTTGGTTCTTGGACGAAATTTCAAA-CTTGTA-GAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTT
* * * * **** * *
1789 CTTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCTTGTAA-TTTTCTGAACATTCCATGCG-AGGGAA
64 CCTTAAAGTATTCAGGACGATCCAATCCTTCGAACAATTTTTC-GAACATTACATG-GTCGGGAA
* * * * * * * ** * *
1852 ATCTCATCATTTAGTCTAAATAGTTTTTAATTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTACAAAC
127 GTCACATCATTTGGTCTAAAAAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCATTGAATTAAAAAC
* * ** * **
1917 TTATTAAGGTGAGAATTACTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCGGAACTTGTCAAACTTTTA
192 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTA
* * * *
1982 CTAGTTCTTTTCTAAATCTAGTTCCTTAAAGTGTTCAGGACGATCTAATCCTTCGAGTAATTTTT
257 CGAGTTCTTTTTTAAAT-TAGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCTATTCCTTCGAGTAATTTTT
* * *
2047 CGAACATTCCATGCGAGGGAAATCACATCAATTGGTCTAAATAGTTTTTCTTTTCGTAAACATGT
321 CGAACATTCCATGCGAGGGAAATCACATCATTTAGTCTAAATAGTTTTTCATTTCGTAAACATGT
2112 TTTGATCTTTGAATTAAAAACTTA-TTAAGTGAGAATTGTTCCTCTCTTGGTTCTTAGACAAAAT
386 TTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAATTGTT-CTCTCTTGGTTCTTAGACAAAAT
* *
2176 TTCGAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCGTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTATGCAAGGCGAT
450 TTCGAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCAGTTCCTTAAAGTATGCAAGGCGAT
* * *
2241 CCAATCCTTCAAGTAATTTTCCAAACTTTACATGCTCAGGAAGTCGCATAATTTGGTCTAAAAGG
515 CCAATCCTTCAAGTAATTTTCCGAACATTACATGCTCAGGAAGTCACATAATTTGGTCTAAAAGG
** *
2306 TTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGGGTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCT
580 TTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCATTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTATTTCT
* * *
2371 CTCTTGGTTATTGGACAAACTTCCGAAATTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTATATCTTGTT
645 CTCTTGGTTCTTGGACAAACTTCCGAAATTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCTAGTT
* *
2436 CCTTAAAGTGTTCAGGACGATCTATTCCTTCGAGTAATTTTTCAAACATTCCATGCGAGGGAAAT
710 CCTTAAAGTGTTCAGGACGATCTATTCCTTCAAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAAT
*
2501 CGCATCTTTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTCGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTT
775 CGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTCGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTT
*
2566 ATTTACGTGAGAATTATGTCTCT
840 ATTTACGTGAGAATTGTGTCTCT
2589 CTTGGTTCTTGGACGAAATTTCAAACTTGTAGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCC
1 CTTGGTTCTTGGACGAAATTTCAAACTTGTAGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCC
* *
2654 TTAAAGTATTCAGGACGATCCAATCTTTCGAACAATTTTTCGAACATTATATGGTCGGGAAGTCA
66 TTAAAGTATTCAGGACGATCCAATCCTTCGAACAATTTTTCGAACATTACATGGTCGGGAAGTCA
* *
2719 CATCATTTGGTCAAAAAAGCTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCATTGAATTAAAAACTTAT
131 CATCATTTGGTCTAAAAAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCATTGAATTAAAAACTTAT
* * *
2784 TTATGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTCGGACGAACTTCCAAACTTGACAAACTTTTACGAG
196 TTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTACGAG
* * * * **
2849 TTATTTTTTAAATTCGGATCCTTAAAGTGTTCAAGACGAT-TCATTCCTACTTGTAATTTTTCGA
261 TTCTTTTTTAAATT-AGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCT-ATTCCTTCGAGTAATTTTTCGA
* * *
2913 ACATT-TATGCGAGGGAAATCTCATCATTTAGTCTAAATAGTTTTTAATTTCGTAAACATGTTTT
324 ACATTCCATGCGAGGGAAATCACATCATTTAGTCTAAATAGTTTTTCATTTCGTAAACATGTTTT
* * *
2977 GATCTTTGAATTAAAAACATATTTAAGTGAGACTTGTTCCTCTCTTGGTTCTTAGACAAACTTTC
389 GATCTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAATTGTT-CTCTCTTGGTTCTTAGACAAAATTTC
*
3042 GAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCAGTTCCTTAAAGTATGCAAGGGGATCCA
453 GAACTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCAGTTCCTTAAAGTATGCAAGGCGATCCA
* * * *
3107 ATCCTTCGAGTAATTTCCCGAACATTAGATGCTCAAGAAGTCGA-ATAATTTGGTCTAAAAGGTT
518 ATCCTTCAAGTAATTTTCCGAACATTACATGCTCAGGAAGTC-ACATAATTTGGTCTAAAAGGTT
*
3171 TGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCGTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTATTTCTCT
582 TGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCATTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTATTTCTCT
* * *
3236 CTTGGTTGTTGGACAAACTTCCGAATTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTAAAATCTAGTTCC
647 CTTGGTTCTTGGACAAACTTCCGAAATTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCTAGTTCC
3301 TTAAAGTGTTCAGGACGATCTATTCCTTCAAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCG
712 TTAAAGTGTTCAGGACGATCTATTCCTTCAAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCG
3366 CATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTCGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTAT
777 CATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTCGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTAT
* *
3431 TTGCATGAGAATTGTGTCTCT
842 TTACGTGAGAATTGTGTCTCT
* *
3452 CTTGGTTCTTGGACGAAATTTCAAACTTGTAGAAATTTTACGAGTTCATTTATAGCTTCGGTTCC
1 CTTGGTTCTTGGACGAAATTTCAAACTTGTAGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCC
*
3517 TTAAAGTATTAAGGACGATCCAATCCTTCGAACAATTTTTCGAACATTACATGGTCGGGAAGTCA
66 TTAAAGTATTCAGGACGATCCAATCCTTCGAACAATTTTTCGAACATTACATGGTCGGGAAGTCA
*
3582 CATCATTTGGTCTAAAAAGCTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCATTGAATTAAAAACTTAT
131 CATCATTTGGTCTAAAAAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCATTGAATTAAAAACTTAT
* * * **
3647 TTATGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTTCAAACTTGTTGAACTTTTACGAG
196 TTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTACGAG
* * * * * * * *
3712 TTCTTTTATAACTTCGATTCCTTAAAGTATGCAAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTTCGAA
261 TTCTTTTTTAAATTAG-TTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCTATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAA
3777 CATT
325 CATT
3781 AGATGCTCAA
Statistics
Matches: 2505, Mismatches: 358, Indels: 107
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
859 2 0.00
860 116 0.05
861 520 0.21
862 209 0.08
863 1199 0.48
864 447 0.18
865 12 0.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.16, G:0.16, T:0.39
Consensus pattern (862 bp):
CTTGGTTCTTGGACGAAATTTCAAACTTGTAGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCC
TTAAAGTATTCAGGACGATCCAATCCTTCGAACAATTTTTCGAACATTACATGGTCGGGAAGTCA
CATCATTTGGTCTAAAAAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCATTGAATTAAAAACTTAT
TTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTACGAG
TTCTTTTTTAAATTAGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCTATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAAC
ATTCCATGCGAGGGAAATCACATCATTTAGTCTAAATAGTTTTTCATTTCGTAAACATGTTTTGA
TCTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAATTGTTCTCTCTTGGTTCTTAGACAAAATTTCGAA
CTTGTTGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCAGTTCCTTAAAGTATGCAAGGCGATCCAATC
CTTCAAGTAATTTTCCGAACATTACATGCTCAGGAAGTCACATAATTTGGTCTAAAAGGTTTGTC
ATTTTGTAAACAAGTTTTGGCATTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTATTTCTCTCTTG
GTTCTTGGACAAACTTCCGAAATTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCTAGTTCCTTAA
AGTGTTCAGGACGATCTATTCCTTCAAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATC
ATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTCGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTAC
GTGAGAATTGTGTCTCT
Done.