Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01005050.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_118834, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 810

Length: 1351
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.10, T:0.39


Found at i:210 original size:15 final size:17

Alignment explanation


    Indices: 177--258  Score: 53
    Period size: 19  Copynumber: 4.7  Consensus size: 17

        167 TAATTTGTTA

                             
        177 CTTTAAATTGATTTATT
          1 CTTTAAATTGATTTATT

                          *  
        194 CTTTAAA-T-ATTTCTT
          1 CTTTAAATTGATTTATT

                *     *        
        209 CTTTTAATTAAATTTTATT
          1 CTTTAAATT-GA-TTTATT

                   *   *       
        228 -TTGTAATTTAAATTTATT
          1 CTT-TAAATT-GATTTATT

                         
        246 CCTTTAAATTGAT
          1 -CTTTAAATTGAT

        259 ATTTTAATAT


Statistics
Matches: 51,  Mismatches: 7, Indels: 13
        0.72            0.10        0.18

Matches are distributed among these distances:
  15   12  0.24
  16    2  0.04
  17    7  0.14
  18   11  0.22
  19   17  0.33
  20    2  0.04

ACGTcount: A:0.30, C:0.07, G:0.04, T:0.59


Consensus pattern (17 bp):   
CTTTAAATTGATTTATT

Found at i:220 original size:73 final size:70

Alignment explanation


    Indices: 119--258  Score: 165
    Period size: 73  Copynumber: 2.0  Consensus size: 70

        109 TAATTTATTG

                                                  *         *     *          
        119 TTCTTTAAATATGTCTTAGTTAATTTAAATTATATTTTTTAAAAATTTTAATTTGTTACTTTAAA
          1 TTCTTTAAATATGTCTTAGTTAATTTAAATTATATTTTGT---AATTTAAATTTATTACTTTAAA

                    
        184 TTGATTTA
         63 TTGATTTA

                        *     **            *                      *         
        192 TTCTTTAAATATTTCTTCTTTTAA-TTAAATTTTATTTTGTAATTTAAATTTATTCCTTTAAATT
          1 TTCTTTAAATATGTCTT-AGTTAATTTAAATTATATTTTGTAATTTAAATTTATTACTTTAAATT

               
        256 GAT
         65 GAT

        259 ATTTTAATAT


Statistics
Matches: 58,  Mismatches: 8, Indels: 5
        0.82            0.11        0.07

Matches are distributed among these distances:
  70   24  0.41
  73   30  0.52
  74    4  0.07

ACGTcount: A:0.32, C:0.06, G:0.04, T:0.58


Consensus pattern (70 bp):   
TTCTTTAAATATGTCTTAGTTAATTTAAATTATATTTTGTAATTTAAATTTATTACTTTAAATTG
ATTTA
Done.