Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01005075.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_118882, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 1799
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.24, T:0.29


Found at i:678 original size:59 final size:58

Alignment explanation


    Indices: 608--1189  Score: 747
    Period size: 59  Copynumber: 9.9  Consensus size: 58

        598 CGGATGCACG

                           *    *          *                    *      
        608 GGGGTAAAATGGT-AGTTTTGGAAGGTTCGGAGTCAAAAGATGGGATTTTTGAAAGTTC
          1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAA-ATGGGATTTTTGGAAGTTC

                         *     *            *                          
        666 AGGGGTAAAATGGGAATTTATAGAAGGTTCGGAGTCAAAAATGGGATTTTT-GAAGTTC
          1 -GGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC

                                            *   *       **              
        724 GGGTGTAAAATGGTAATTTTT-GAAAGGTTCGTGGTTAAAAATGATATTTTTGGAAGTTC
          1 GGG-GTAAAATGGTAATTTTTAG-AAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC

                                                                        
        783 GAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTC
          1 G-GGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAG-TTC

                   *   *         *         *  *  *      *            *
        843 GGGGTAAGATGATAATTTTTAAAAGGTTCGGAGTTAAGAATGGGCTTTTTGGAAGTTT
          1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC

                                        *     *                       
        901 GGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTTGGGGTAAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC
          1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC

                         *                                             
        959 GAGGGTAAAATGGGAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC
          1 G-GGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC

                           *     *       *       *                *    
       1018 GAGGGTAAAATGGTATTTTTTGGAAGGTTTGGGGTCAGAAATGGGATTTTTGGATGTTC
          1 G-GGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC

                                 *       **      *                     
       1077 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTAGGGTCATAAATGGGATTTTTGGAAGTTC
          1 -GGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC

                                 *                     *     *    
       1136 GAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGAGATTTCTGGA
          1 G-GGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGA

       1190 CAATCTAGGG


Statistics
Matches: 462,  Mismatches: 51, Indels: 20
        0.87            0.10        0.04

Matches are distributed among these distances:
  57    4  0.01
  58   97  0.21
  59  331  0.72
  60   30  0.06

ACGTcount: A:0.30, C:0.04, G:0.32, T:0.34


Consensus pattern (58 bp):   
GGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC

Found at i:910 original size:176 final size:174

Alignment explanation


    Indices: 609--1189  Score: 756
    Period size: 176  Copynumber: 3.3  Consensus size: 174

        599 GGATGCACGG

                          *    *          *                    *             
        609 GGGTAAAATGGT-AGTTTTGGAAGGTTCGGAGTCAAAAGATGGGATTTTTGAAAGTTCAGGGGTA
          1 GGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAA-ATGGGATTTTTGGAAGTTC-GGGGTA

                  *     *               *  *                                 
        673 AAATGGGAATTTATAGAAGGTTCGGAGTCAAAAATGGGATTTTT-GAAGTTCGGGTGTAAAATGG
         64 AAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGAGTTAAGAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGG-GTAAAATGG

                            *     *       **                
        737 TAATTTTTGAAAGGTTCGTGGTTAAAAATGATATTTTTGGAAGTTCGA
        128 TAATTTTTGAAAGGTTAG-GGTAAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGA

                                                                             
        785 GGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTCGGGGTAA
          1 GGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAG-TTCGGGGTAA

            *   *         *                      *            *              
        850 GATGATAATTTTTAAAAGGTTCGGAGTTAAGAATGGGCTTTTTGGAAGTTTGGGGTAAAATGGTA
         65 AATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGAGTTAAGAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGTAAAATGGTA

                            *                              
        915 ATTTTT-AGAAGGTTTGGGGTAAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGA
        130 ATTTTTGA-AAGG-TTAGGGTAAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGA

                       *                                                     
        961 GGGTAAAATGGGAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAA
          1 GGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCG-GGGTAA

                   *     *       *    * *                  *                 
       1026 AATGGTATTTTTTGGAAGGTTTGG-GGTCAGAAATGGGATTTTTGGATGTTCGGGGGTAAAATGG
         65 AATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGAGTTAAG-AATGGGATTTTTGGAAGTTC-GGGGTAAAATGG

                     *            * *                       
       1090 TAATTTTTGGAAGGTTTAGGGTCATAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGA
        128 TAATTTTTGAAAGG-TTAGGGTAAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGA

                               *                     *     *    
       1138 GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGAGATTTCTGGA
          1 GGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGA

       1190 CAATCTAGGG


Statistics
Matches: 359,  Mismatches: 37, Indels: 17
        0.87            0.09        0.04

Matches are distributed among these distances:
 175    9  0.03
 176  210  0.58
 177  140  0.39

ACGTcount: A:0.30, C:0.04, G:0.32, T:0.34


Consensus pattern (174 bp):   
GGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGTAAA
ATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGAGTTAAGAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGTAAAATGGTAA
TTTTTGAAAGGTTAGGGTAAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGA

Done.