Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01005170.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_119021, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 685
Length: 1142
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.26, T:0.28
Found at i:242 original size:59 final size:57
Alignment explanation
Indices: 173--663 Score: 251
Period size: 60 Copynumber: 8.3 Consensus size: 57
163 GAAACATTCA
173 GGAGTAAAAATGGTAA-TTTTGAGAGTTTCGAGGTCGAAAAATG-GAGTCTTTGGACATCTG
1 GGAGT-AAAATGGTAATTTTTGAGAGTTTCGAGGTC-AAAAATGAGA-T-TTTGGA-ATCTG
* ** *
233 GGAGTAAAATAGTAATTTTTG-GATGTCCCGAGATCAAAAATGAGATTTTAGG--TCTG
1 GGAGTAAAATGGTAATTTTTGAGA-GTTTCGAGGTCAAAAATGAGATTTT-GGAATCTG
* * * *
289 GGGGTAAAATGGTAATTTTTAAAAGGTTCGAGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAAGTCTG
1 GGAGTAAAATGGTAATTTTTGAGAGTTTCGAGGTCAAAAATGAGA-TTTTGGAA-TCTG
* * * * * * *
348 GGGGTAAATTGGTAA-TTTTGGGAAGGTTTGGA-GTCCAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTAG
1 GGAGTAAAATGGTAATTTTTGAG-A-GTTTCGAGGTCAAAAATGAGA-TTTTGGAA-TCT-G
*
408 GG-GTAAAAATGGTAATTTTTG-GAAGGTTCGAGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAAGT-TCG
1 GGAGT-AAAATGGTAATTTTTGAG-AGTTTCGAGGTCAAAAATGAGA-TTTTGGAA-TCT-G
* * * * *
467 GGGGTAAAATGGTAATTTTAG-GAAGGTTCG-GGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTG
1 GGAGTAAAATGGTAATTTTTGAG-AGTTTCGAGGTCAAAAATGAGA-TTTTGGAA-TCTG
* * * * *
525 AGG-GTAAAAATGGTAA-TTTTGGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGT-TCG
1 -GGAGT-AAAATGGTAATTTTTGAG-AGTTTCGAGGTCAAAAATGAGA-TTTTGGAA-TCT-G
* * * ** * *
585 AGG-GTAAAAATGGTAA-TTTTGGGAAGGTTCGGGGTTTAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTG
1 -GGAGT-AAAATGGTAATTTTTGAG-AGTTTCGAGGTCAAAAATGAGA-TTTTGGAA-TCTG
* *
645 GGGGTAAAATGATAATTTT
1 GGAGTAAAATGGTAATTTT
664 GGGTAGTTTA
Statistics
Matches: 373, Mismatches: 33, Indels: 50
0.82 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
56 41 0.11
57 5 0.01
58 38 0.10
59 132 0.35
60 151 0.40
61 6 0.02
ACGTcount: A:0.31, C:0.05, G:0.32, T:0.33
Consensus pattern (57 bp):
GGAGTAAAATGGTAATTTTTGAGAGTTTCGAGGTCAAAAATGAGATTTTGGAATCTG
Found at i:396 original size:30 final size:28
Alignment explanation
Indices: 324--653 Score: 250
Period size: 30 Copynumber: 11.1 Consensus size: 28
314 GTTCGAGGTC
* *
324 AAAAATGAGATTTTTGGAAGTCTGGGGGT
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGT-TTGGGGT
* * * *
353 -AAATTGGTAATTTTGGGAAGGTTTGGAGT
1 AAAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTTGGGGT
*
382 CCAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTAGGGGT
1 -AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTT-GGGGT
* * *
412 AAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGT
1 AAAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTTGGGGT
* *
442 CAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
1 -AAAAATGGGATTTTTGGAAGTT-TGGGGT
* * * *
472 -AAAATGGTAATTTTAGGAAGGTTCGGGT
1 AAAAATGG-GATTTTTGGAAGTTTGGGGT
500 CAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGAGGGT
1 -AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTG-GGGT
* * *
530 AAAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCGGGGTT
1 AAAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTTGGGG-T
*
561 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGT
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTG-GGGT
* * *
590 AAAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCGGGGTT
1 AAAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTTGGGG-T
*
621 TAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGT
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTT-GGGGT
650 AAAA
1 AAAA
654 TGATAATTTT
Statistics
Matches: 240, Mismatches: 40, Indels: 42
0.75 0.12 0.13
Matches are distributed among these distances:
28 15 0.06
29 80 0.33
30 103 0.43
31 42 0.17
ACGTcount: A:0.30, C:0.03, G:0.34, T:0.33
Consensus pattern (28 bp):
AAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGT
Found at i:432 original size:60 final size:59
Alignment explanation
Indices: 287--666 Score: 496
Period size: 60 Copynumber: 6.4 Consensus size: 59
277 ATTTTAGGTC
*** * *
287 TGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAAAAGGTTC-GAGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAAGTC
1 TGGGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCGGA-GTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
* * *
346 TGGGGGTAAATTGGTAATTTTGGGAAGGTTTGGAGTCCAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
1 TGGGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCGGAGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
* * *
405 TAGGGGTAAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTC-GAGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAAGTT
1 TGGGGGT-AAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCGGA-GTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
* *
465 CGGGGGTAAAATGGTAATTTTAGGAAGGTTCGG-GTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
1 TGGGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCGGAGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
* * *
523 TGAGGGTAAAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
1 TGGGGGT-AAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCGGAGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
* * * **
583 CGAGGGTAAAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCGGGGTTTAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
1 TGGGGGT-AAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCGGAGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
*
643 TGGGGGTAAAATGATAATTTTGGG
1 TGGGGGTAAAATGGTAATTTTGGG
667 TAGTTTAGGG
Statistics
Matches: 288, Mismatches: 27, Indels: 12
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
58 29 0.10
59 120 0.42
60 139 0.48
ACGTcount: A:0.30, C:0.03, G:0.33, T:0.33
Consensus pattern (59 bp):
TGGGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCGGAGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
Found at i:496 original size:178 final size:177
Alignment explanation
Indices: 238--663 Score: 551
Period size: 178 Copynumber: 2.4 Consensus size: 177
228 ATCTGGGAGT
* * * * *
238 AAAATAGTAATTTTTGG-ATGTCCCGAGATCAAAAATGAGA-TTTT---AGGTCTGGGGGTAAAA
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGT-TCGAGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTC-GGGGGTAAAA
* *
298 TGGTAATTTTTAAAAGGTTCGAGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAAGTCTGGGGGT-AAATTGGTA
64 TGGTAA-TTTTAAAAGGTTCG-GGTCAAAAATGAGATTTTTGGAAGTCTGAGGGTAAAAATGGTA
* *
362 ATTTTGGGAAGGTTTGGAGTCCAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTAG-GGGTA
127 ATTTTGGGAAGGTTCGGAGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAG-TTAGAGGGTA
413 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATG
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATG
* * *
478 GTAATTTTAGGAAGGTTCGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAAATGGTAATT
66 GTAATTTTA-AAAGGTTCGGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAAGTCTGAGGGTAAAAATGGTAATT
* * *
543 TTGGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTA
130 TTGGGAAGGTTCGGAGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTAGAGGGTA
* * ** * *
591 AAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCGGGGTTTAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATG
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATG
*
656 ATAATTTT
66 GTAATTTT
664 GGGTAGTTTA
Statistics
Matches: 221, Mismatches: 22, Indels: 13
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
175 32 0.14
176 7 0.03
177 38 0.17
178 140 0.63
179 4 0.02
ACGTcount: A:0.31, C:0.04, G:0.31, T:0.33
Consensus pattern (177 bp):
AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATG
GTAATTTTAAAAGGTTCGGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAAGTCTGAGGGTAAAAATGGTAATTT
TGGGAAGGTTCGGAGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTAGAGGGTA
Done.