Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01005209.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_119081, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 11585
ACGTcount: A:0.23, C:0.29, G:0.21, T:0.26
Warning! 198 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:193 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 43--499 Score: 338
Period size: 86 Copynumber: 5.3 Consensus size: 86
33 GGTCCGAGGC
* * * * * * * *
43 TCCCGTACATCTAAGGTACCAAAGTGTCGATAG-TTTTCGTTGGTCCTGCACCACCATCGCCCTA
1 TCCCGCACATCTAAGGCACCAAGGTGCCGAT-GCTTCTCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCTA
* *
107 AGTTTTCGATAGTGTCTGATGA
65 AGTTGTCGATGGTGTCTGATGA
* * *
129 TCCCGCACATCTAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCCCGATGGTCTCGCACCACCATCGACCTAA
1 TCCCGCACATCTAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCTAA
* *
194 GTT-ACTGATGGTGT-TCGATGT
66 GTTGTC-GATGGTGTCT-GATGA
* * * * *
215 TCTCGTACAT-TCAAGTCACCAAGGTGCCCG-TGCTTC-CTGATGGTCCCACACCACCATCGACT
1 TCCCGCACATCT-AAGGCACCAAGGTG-CCGATGCTTCTC-GATGGTCCCGCACCACCATCGACC
** *
277 TAAGTTGTCGATAATGTCTGATGC
63 TAAGTTGTCGATGGTGTCTGATGA
** * * * * * * *
301 TCCCTAATATCTAAGGCACCAAGGTGCCCATGCATCTCGATGGTCCCGCA-CAGCTATTGTCCAA
1 TCCCGCACATCTAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCCCGCACCA-CCATCGACCTA
* * *
365 AGTTGCCGATGGTGTTTGA-CA
65 AGTTGTCGATGGTGTCTGATGA
* * * * * * *
386 CTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCCAGGCTTCTCGATGGTCCCGAACTACCATC-AGCAT
1 -TCCCGCACATCTAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCCCGCACCACCATCGA-CCT
* *
450 AAGTTGTCGATGGTGTCTGAGGC
64 AAGTTGTCGATGGTGTCTGATGA
* * * *
473 TCCCCCACATCCAAGGTACTAAGGTGC
1 TCCCGCACATCTAAGGCACCAAGGTGC
500 TAGTTATTCT
Statistics
Matches: 291, Mismatches: 64, Indels: 32
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
85 9 0.03
86 275 0.95
87 7 0.02
ACGTcount: A:0.23, C:0.30, G:0.22, T:0.26
Consensus pattern (86 bp):
TCCCGCACATCTAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCTAA
GTTGTCGATGGTGTCTGATGA
Found at i:378 original size:172 final size:173
Alignment explanation
Indices: 83--499 Score: 407
Period size: 172 Copynumber: 2.4 Consensus size: 173
73 TAGTTTTCGT
* * * * * *
83 TGGTCCTG-CACCACCATCGCCCTAAGTTTTCGATAGTGTCTGATGATCCCGCACATCTAAGGCA
1 TGGTCCCGACACCACCATCGACATAAGTTGTCGATAGTGTCTGATGCTCCCGAACATCTAAGGCA
* * * * * *
147 CCAAGGTGTCGATGCTTCCCGATGGTCTCGCACCACCATCGACCTAAGTTACTGATGGTGTTCGA
66 CCAAGGTGCCCATGCATCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCAAAGTTACCGATGGTGTTCGA
*** * * * * *
212 TGTTCTCGTACATTCAAGTCACCAAGGTGCCC-GTGCTTC-CTGA
131 CACTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCCAG-GCTTCTC-GA
* * * *
255 TGGTCCC-ACACCACCATCGACTTAAGTTGTCGATAATGTCTGATGCTCCCTAATATCTAAGGCA
1 TGGTCCCGACACCACCATCGACATAAGTTGTCGATAGTGTCTGATGCTCCCGAACATCTAAGGCA
* * * * * *
319 CCAAGGTGCCCATGCATCTCGATGGTCCCGCA-CAGCTATTGTCCAAAGTTGCCGATGGTGTTTG
66 CCAAGGTGCCCATGCATCCCGATGGTCCCGCACCA-CCATCGACCAAAGTTACCGATGGTGTTCG
383 ACACTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCCAGGCTTCTCGA
130 ACACTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCCAGGCTTCTCGA
* * * ** * *
427 TGGTCCCGA-ACTACCATC-AGCATAAGTTGTCGATGGTGTCTGAGGCTCCCCCACATCCAAGGT
1 TGGTCCCGACACCACCATCGA-CATAAGTTGTCGATAGTGTCTGATGCTCCCGAACATCTAAGGC
*
490 ACTAAGGTGC
65 ACCAAGGTGC
500 TAGTTATTCT
Statistics
Matches: 199, Mismatches: 40, Indels: 12
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
171 3 0.02
172 193 0.97
173 3 0.02
ACGTcount: A:0.22, C:0.30, G:0.22, T:0.25
Consensus pattern (173 bp):
TGGTCCCGACACCACCATCGACATAAGTTGTCGATAGTGTCTGATGCTCCCGAACATCTAAGGCA
CCAAGGTGCCCATGCATCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGACCAAAGTTACCGATGGTGTTCGA
CACTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCCAGGCTTCTCGA
Found at i:774 original size:86 final size:85
Alignment explanation
Indices: 664--1276 Score: 405
Period size: 86 Copynumber: 7.2 Consensus size: 85
654 AATAATGACT
* * * *
664 TAAGTTACCGATGATGTCCGATGCTCTCGCACATCCAAAGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCAAT
1 TAAGTTACTGATGGTGTTCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCAAT
* *
729 GGTCCCATACCACTATC-AGC
66 GGTCCCACACCACCATCGA-C
* * * * * * * *
749 TTAAGTGACTGATTGTGTTTGATGCTCCCACACATCTAAGGCACCAAGGTGCCAATGCTTCCCGA
1 -TAAGTTACTGATGGTGTTCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCAA
*
814 TAGTCCCACACC-CTCATCGATC
65 TGGTCCCACACCAC-CATCGA-C
* * * * * * *** *
836 TATGTTACTGATGGTGTCCGATGCTCCCACACAACCAGGGCACCAAGGTATTGATGCTTCCTAAT
1 TAAGTTACTGATGGTGTTCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCAAT
*
901 GGTCCCACACCACCATCAGGC
66 GGTCCCACACCACCATC-GAC
* * ** *
922 TAAGTTGAC-AATGGTGTTCGATGCTCTCG----TACAA--CATGAA-GTGCTC-ATGCTTCACA
1 TAAGTT-ACTGATGGTGTTCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGC-CGATGCTTCCCA
* *
978 ATGGTCTCGCACCACCATCGACC
64 ATGGTCCCACACCACCATCGA-C
* * * *
1001 TAAGTTA-TCGATGGTATAT-GGTGCTCTCGCACATCCAAGACACTAAGGTGCCGATGCTTCCCA
1 TAAGTTACT-GATGGTGT-TCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCA
* * ** *
1064 ATGATTCCGTAGCACCATCGACC
64 ATGGTCCCACACCACCATCGA-C
* * * * * ***
1087 TACGTTACTAATGGTGTTCGATACTC-CAGCACATCCAGGGCACCAAGGTGTCGATGCGTT-TTG
1 TAAGTTACTGATGGTGTTCGATGCTCTC-GCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGC-TTCCCA
*
1150 ATGCTCCCACACCACCATCAGAC
64 ATGGTCCCACACCACCATC-GAC
* * * * * * **
1173 AAAGTTAC-GAATTGTGTTTGATGCTCTCGTACATCCAAGGCACCAAGGTGCCCATGCTTTCTGA
1 TAAGTTACTG-ATGGTGTTCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCAA
* *
1237 TGGTCCCGCACCACCATCGGCC
65 TGGTCCCACACCACCATC-GAC
1259 TAAGTTA-TGGATGGTGTT
1 TAAGTTACT-GATGGTGTT
1277 TTATGCTCCG
Statistics
Matches: 403, Mismatches: 96, Indels: 56
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
78 2 0.00
79 49 0.12
80 5 0.01
82 2 0.00
83 4 0.01
85 10 0.02
86 318 0.79
87 13 0.03
ACGTcount: A:0.24, C:0.29, G:0.21, T:0.25
Consensus pattern (85 bp):
TAAGTTACTGATGGTGTTCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCCCAAT
GGTCCCACACCACCATCGAC
Found at i:1694 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 1604--1762 Score: 187
Period size: 86 Copynumber: 1.8 Consensus size: 86
1594 CTAAGTTACT
* * *
1604 GATGGTGCCCGATGC-TCT-TGCACATCCAAGGTACCAAGGTGTCGGTGCTTCCAAATGGTCCTG
1 GATGGTGCCCGATGCTTCTAT--ACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCCAAATGGTCCTA
1667 CACCACCATCTGTCTATGTTTTC
64 CACCACCATCTGTCTATGTTTTC
*** * * * **
1690 GATGGTGTTTGATTCTTCTATACGTCCAAGGCACCAAGGTGTTGATGCTTCCCGATGGTCCTACA
1 GATGGTGCCCGATGCTTCTATACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCCAAATGGTCCTACA
1755 CCACCATC
66 CCACCATC
1763 GAGCTATGTT
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 11, Indels: 4
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
86 56 0.93
87 3 0.05
88 1 0.02
ACGTcount: A:0.19, C:0.28, G:0.23, T:0.30
Consensus pattern (86 bp):
GATGGTGCCCGATGCTTCTATACATCCAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCCAAATGGTCCTACA
CCACCATCTGTCTATGTTTTC
Found at i:1955 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 1864--1977 Score: 126
Period size: 43 Copynumber: 2.7 Consensus size: 43
1854 CCAAAGGTGT
* * **
1864 CCGATGCTCCCGCA-ATCCAAGTCACCAAGGTGCCGATGCTGC
1 CCGATGCTCTCACACATCCAAGTCACCAAGGTGCCGATAATGC
*
1906 CCGATGCTC-CTACACATCCAAGTCACCAAGGTGCCGATAATGT
1 CCGATGCTCTC-ACACATCCAAGTCACCAAGGTGCCGATAATGC
**
1949 TTGATGCTCTCACACATCCAATGT-ACCAA
1 CCGATGCTCTCACACATCCAA-GTCACCAA
1978 AGTACCGACG
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 6, Indels: 7
0.83 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
41 1 0.02
42 11 0.18
43 47 0.76
44 3 0.05
ACGTcount: A:0.26, C:0.34, G:0.18, T:0.21
Consensus pattern (43 bp):
CCGATGCTCTCACACATCCAAGTCACCAAGGTGCCGATAATGC
Found at i:2171 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 2039--2264 Score: 204
Period size: 86 Copynumber: 2.6 Consensus size: 86
2029 TAGTTTTCGT
* * * ** ** * *
2039 TAGTCCTGCACCACCATCG-CTCTAACTTACCGATAGTATCTTATGCTCCCACACATCTAAGGCA
1 TAGTCCCGCACCACAATCGAC-CTAAGTTACCGATAGCGTCCGATGCTCCCACACATCAAAGGAA
2103 CCAAGGTG-TCGATGCTTCCCGA
65 CCAAGGTGCT-GATGCTTCCCGA
* * * * * **
2125 TGGTCTCGCACCACTATCGACCTAAGTTACTGATGGCGTCCGATGCTCCTGCACATCAAAGGAAC
1 TAGTCCCGCACCACAATCGACCTAAGTTACCGATAGCGTCCGATGCTCCCACACATCAAAGGAAC
**
2190 CAAGGTGCTGATGCTTTTCGA
66 CAAGGTGCTGATGCTTCCCGA
* * * * * *
2211 TAGTCCCTCACCTCAATCGGCTTATGTTACCGATAGTGTCCGATGCTCCCACAC
1 TAGTCCCGCACCACAATCGACCTAAGTTACCGATAGCGTCCGATGCTCCCACAC
2265 CACCATCAGA
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 30, Indels: 4
0.76 0.21 0.03
Matches are distributed among these distances:
86 106 0.98
87 2 0.02
ACGTcount: A:0.23, C:0.32, G:0.19, T:0.26
Consensus pattern (86 bp):
TAGTCCCGCACCACAATCGACCTAAGTTACCGATAGCGTCCGATGCTCCCACACATCAAAGGAAC
CAAGGTGCTGATGCTTCCCGA
Found at i:3543 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 2749--3532 Score: 474
Period size: 86 Copynumber: 9.2 Consensus size: 86
2739 AACAATTACT
* * ** * *
2749 TAAGTTACCGATGATGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAAGTGCCGATGCTTCCCAAT
1 TAAGTTATCGATGGTGTTTGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCCATGCTTCCCAAT
* *
2814 GGTCCCATACCACCATCACCC
66 GGTCCCACACCACCATCAGCC
* * * ** * * * *
2835 TAAGTGA-CAAATGGTATTTGATGCTTTCACACATCTAAGGCACCAAGGTGCCAATGCTTCCCTA
1 TAAGTTATC-GATGGTGTTTGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCCATGCTTCCCAA
* * *
2899 TAGTCCCACACC-CTAATC-GATC
65 TGGTCCCACACCAC-CATCAG-CC
* ** * * * ** * * * **
2921 TATGTTA-CTGATGGTGTCCGATGCTCCCACACAACCAAAGCACCAAGGTATCGACGGTTCCTGA
1 TAAGTTATC-GATGGTGTTTGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCCATGCTTCCCAA
*
2985 TGGTCCCACACCACCATCAGGC
65 TGGTCCCACACCACCATCAGCC
* * * * * **
3007 TAAGTTGA-CGATAGTGTTCGATGCTCTCGTAC--CGCAA-G----AAGGTGCCCGTGCTTCCTG
1 TAAGTT-ATCGATGGTGTTTGATGCTCCCGCACATC-CAAGGCACCAAGGTGCCCATGCTTCCCA
* * *
3064 ATGGTCTCGCACCACCGTC-GACC
64 ATGGTCCCACACCACCATCAG-CC
* * * ** * ** * *
3087 TATGTTATCGATAGTGTCT-AGTGCTCTTGCACATCCAAAGCACTGAGATGCCGATGCTTCCCAA
1 TAAGTTATCGATGGTGTTTGA-TGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCCATGCTTCCCAA
* ** *
3151 TGGTTCCGTAGCACCATCA-CC
65 TGGTCCCACACCACCATCAGCC
* * * * * * * * ***
3172 TACA-TTA-CTAATGGTGTTCGATACTCCAGCACATTCAGGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCTTG
1 TA-AGTTATC-GATGGTGTTTGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCCATGCTTCCCA
* *
3235 ATGCTCCCACACCACCATCAGAC
64 ATGGTCCCACACCACCATCAGCC
* * * * * ****
3258 TAAGTTGTAGATGGTGTTTGGTGCTCCCGTACATCCAAGGCACCAAGGTGCCCGTGCTTTTTGAT
1 TAAGTTATCGATGGTGTTTGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCCATGCTTCCCAAT
*
3323 GGTCCCGCACCACCATC-GACC
66 GGTCCCACACCACCATCAG-CC
* * *
3344 TAAGTTA-CGGATGGTGTTTGATGCT-CCGAAACATCCAAGGCACCAAGATGCCCATGCATCCCA
1 TAAGTTATC-GATGGTGTTTGATGCTCCCG-CACATCCAAGGCACCAAGGTGCCCATGCTTCCCA
* *
3407 ATGGTCCTACACCTCCATCAGCC
64 ATGGTCCCACACCACCATCAGCC
* * * *
3430 TAAGTTACCGATGGTATTTGATTCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCCTTGCTTCCCAAT
1 TAAGTTATCGATGGTGTTTGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCCATGCTTCCCAAT
** *
3495 GGTCCCACACCACCATTGGTC
66 GGTCCCACACCACCATCAGCC
3516 TAAGTTATCGATGGTGT
1 TAAGTTATCGATGGTGT
3533 CCGATTCTCC
Statistics
Matches: 528, Mismatches: 140, Indels: 60
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
79 3 0.01
80 53 0.10
81 3 0.01
82 2 0.00
84 3 0.01
85 67 0.13
86 388 0.73
87 9 0.02
ACGTcount: A:0.24, C:0.31, G:0.21, T:0.25
Consensus pattern (86 bp):
TAAGTTATCGATGGTGTTTGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCCATGCTTCCCAAT
GGTCCCACACCACCATCAGCC
Found at i:4047 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 4000--4104 Score: 111
Period size: 43 Copynumber: 2.4 Consensus size: 43
3990 CCAACGGTGT
**
4000 CCGATGCTCCCGCACATCCAAGTCACAAAGGTGCCGATGCTGC
1 CCGATGCTCCCGCACATCCAAGTCACAAAGGTGCCGATAATGC
** * * * * *
4043 CCGATGCTCCTACACATCTAAGTCACCATGGTGTCGATAATGT
1 CCGATGCTCCCGCACATCCAAGTCACAAAGGTGCCGATAATGC
* *
4086 TCGATGCTCTCGCACATCC
1 CCGATGCTCCCGCACATCC
4105 TAGGTACCAA
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 14, Indels: 0
0.77 0.23 0.00
Matches are distributed among these distances:
43 48 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.34, G:0.20, T:0.23
Consensus pattern (43 bp):
CCGATGCTCCCGCACATCCAAGTCACAAAGGTGCCGATAATGC
Found at i:4238 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 4127--4397 Score: 228
Period size: 86 Copynumber: 3.2 Consensus size: 86
4117 TACCGGAGAG
* * * * ** * * *
4127 GTCCGAGGCTCCCGTACATCCAAGGCACCAAAGTGTCTATAG-TTTTCGTTGGTC-CTGCACTAC
1 GTCCGATGCTCCCGCACATCAAAGGCACCAAAGTGTCGAT-GCTTCCCGATGATCTC-GCACCAC
* *
4190 CATCGCCCTAAGTTACCGATAGT
64 CATCGACCTAAGTTACCGATAGC
* * *
4213 GTCTGATGCTCCCGCACATCTAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCCCGATGATCTCGCACCACCA
1 GTCCGATGCTCCCGCACATCAAAGGCACCAAAGTGTCGATGCTTCCCGATGATCTCGCACCACCA
* *
4278 TCGACCTAAGTTACTGATGGC
66 TCGACCTAAGTTACCGATAGC
* * * * * *
4299 GTCCGATACTCCTGCACATCAAAGGCACC-AAG-GTACTGATGCTTCTCGAT-AGTCCCTCACCC
1 GTCCGATGCTCCCGCACATCAAAGGCACCAAAGTGT-C-GATGCTTCCCGATGA-TCTCGCACCA
* * *
4361 CCATCGACTTATGTTACCGATAGT
63 CCATCGACCTAAGTTACCGATAGC
*
4385 GTCCAATGCTCCC
1 GTCCGATGCTCCC
4398 ATACAACCGA
Statistics
Matches: 148, Mismatches: 32, Indels: 10
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
84 2 0.01
85 5 0.03
86 140 0.95
87 1 0.01
ACGTcount: A:0.23, C:0.32, G:0.20, T:0.25
Consensus pattern (86 bp):
GTCCGATGCTCCCGCACATCAAAGGCACCAAAGTGTCGATGCTTCCCGATGATCTCGCACCACCA
TCGACCTAAGTTACCGATAGC
Found at i:5206 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 5069--5376 Score: 318
Period size: 86 Copynumber: 3.6 Consensus size: 86
5059 GATGGTATTC
* * * * * * * *
5069 GATGGTCCCACACTAACAATGA-CTTAAGTTACCGATGATGTCCGATACTCCCACACATTTAAGG
1 GATGGTCCCACAC-CACCATCAGCTTAAGTTACTGATGGTGTTCGATGCTCCCACACATCTAAGG
5133 CACCAAGGTGTCGATGCTTCCT
65 CACCAAGGTGTCGATGCTTCCT
* * *
5155 AATGGTCCCACACCACCATCAGCCTAAGTTACTGATGGTGTTTGATGCTCCCACACATCTAAGGC
1 GATGGTCCCACACCACCATCAGCTTAAGTTACTGATGGTGTTCGATGCTCCCACACATCTAAGGC
* * *
5220 ACCAAGGTGCCAATGCTTCCC
66 ACCAAGGTGTCGATGCTTCCT
* * * * * *
5241 GATAGTCCCACACTC-CCATC-GATTTATGTTACTGATGGTGTTCGATGCTCTCACACAACCAAG
1 GATGGTCCCACAC-CACCATCAG-CTTAAGTTACTGATGGTGTTCGATGCTCCCACACATCTAAG
* *
5304 GCACCAAGGTATCGACGCTTCCT
64 GCACCAAGGTGTCGATGCTTCCT
* * * *
5327 GATGGTCCCACACCACTAACAGGTTAAGTTGAC-GATGGTTTTCGATGCTC
1 GATGGTCCCACACCACCATCAGCTTAAGTT-ACTGATGGTGTTCGATGCTC
5377 TCGTACAACA
Statistics
Matches: 182, Mismatches: 34, Indels: 12
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
85 7 0.04
86 171 0.94
87 4 0.02
ACGTcount: A:0.26, C:0.29, G:0.19, T:0.26
Consensus pattern (86 bp):
GATGGTCCCACACCACCATCAGCTTAAGTTACTGATGGTGTTCGATGCTCCCACACATCTAAGGC
ACCAAGGTGTCGATGCTTCCT
Found at i:6462 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 6196--6470 Score: 236
Period size: 86 Copynumber: 3.2 Consensus size: 86
6186 TACAATCGCC
* * * * * * * *
6196 CTAAGTTA-CGGTAGTGTCTGATGCTCCCGCACATCTAATGTACCAAGGTGTCGATGGTTCCCGA
1 CTAAGTTACCGATAGTGTCCGATGCTCCCGCACATCAAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGA
* *
6260 TGGTCTCGCACCACCAT-GGAC
66 TGGTCTCGCAACACCATCGG-G
* * * * *
6281 CTAAGTTACTGAT-GACGTCTGATGCTCCTGCACATCAAAGGCACCAAGGTGCTGATGCTTCTCG
1 CTAAGTTACCGATAG-TGTCCGATGCTCCCGCACATCAAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCG
* * * *
6345 ATAGTCCCTC-ACCCTCATC-GG
65 ATGGTCTCGCAACAC-CATCGGG
** * * * * * *
6366 CTTATTTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCGTACAACCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCTCA
1 C-TAAGTTACCGATAGTGTCCGATGCTCCCGCACATCAAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCG
6431 ATGGTCTCGCAACACCATCGGG
65 ATGGTCTCGCAACACCATCGGG
6453 CTAAGTTACCGATAGTGT
1 CTAAGTTACCGATAGTGT
6471 TCAATGCTTC
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 36, Indels: 15
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
85 12 0.08
86 127 0.87
87 7 0.05
ACGTcount: A:0.23, C:0.29, G:0.23, T:0.26
Consensus pattern (86 bp):
CTAAGTTACCGATAGTGTCCGATGCTCCCGCACATCAAAGGCACCAAGGTGCCGATGCTTCTCGA
TGGTCTCGCAACACCATCGGG
Found at i:7162 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 7049--7208 Score: 198
Period size: 86 Copynumber: 1.9 Consensus size: 86
7039 ATGGTATTCG
* *
7049 ATGGTCTCACACCAACAACGACTTAAGTTAAC-GATGATGTCCAATGCTCCCGCACATCCAAGGC
1 ATGGTCTCACACCAACAACGACCTAAGTT-ACTGATGATGTCCAATGCTCCCACACATCCAAGGC
7113 ACAAAGGTGTCGATGCTTCCCA
65 ACAAAGGTGTCGATGCTTCCCA
* * * *** *
7135 ATGGTCTCACACCACCATC-AGCCTAAGTTACTGATGGTGTTTGATGCTCCCACACATCTAAGGC
1 ATGGTCTCACACCAACAACGA-CCTAAGTTACTGATGATGTCCAATGCTCCCACACATCCAAGGC
*
7199 ACCAAGGTGT
65 ACAAAGGTGT
7209 TAATGCTACN
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 10, Indels: 4
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
85 3 0.05
86 59 0.95
ACGTcount: A:0.28, C:0.29, G:0.19, T:0.23
Consensus pattern (86 bp):
ATGGTCTCACACCAACAACGACCTAAGTTACTGATGATGTCCAATGCTCCCACACATCCAAGGCA
CAAAGGTGTCGATGCTTCCCA
Found at i:7717 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 7533--7852 Score: 372
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 172
7523 GCACATTTAG
* * *** ** *
7533 GGCACCAAGGTGCCGATACTTCTTGATGCTCCCACACCACCATCAGACTAAGTTATGGATAGTGT
1 GGCACCAAGGTGCCCATACATCCAAATGCTCCCACACCACCATCAGACTAAGTTACCGATAGTAT
* ** * * ** *
7598 TTAATGCTCCCGTGCATCTAAGGCACCATGGT-CCCGTGCTTCCTGATGGTCCCGCACCACCATT
66 CTAATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCCGTGCTTCCCAATGGTCCCACACCACCATT
*
7662 GGCCTAAGTAATGGATGGTGTTTGATGCTCCGGAACATCCAA
131 GGCCTAAGTAATCGATGGTGTTTGATGCTCCGGAACATCCAA
* * * ** * * *
7704 GGCACCAAGGTGCCCATGCATCCAAATGGTCCTACACCTTCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTAT
1 GGCACCAAGGTGCCCATACATCCAAATGCTCCCACACCACCATCAGACTAAGTTACCGATAGTAT
* * *
7769 CTGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCCTTGCTTCCCAATGGTCCCACACTACCATT
66 CTAATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCCGTGCTTCCCAATGGTCCCACACCACCATT
*
7834 GGCCTAAGTTATCGATGGT
131 GGCCTAAGTAATCGATGGT
7853 CTCCGATACT
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 29, Indels: 1
0.80 0.19 0.01
Matches are distributed among these distances:
171 75 0.63
172 44 0.37
ACGTcount: A:0.23, C:0.31, G:0.22, T:0.25
Consensus pattern (172 bp):
GGCACCAAGGTGCCCATACATCCAAATGCTCCCACACCACCATCAGACTAAGTTACCGATAGTAT
CTAATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCCGTGCTTCCCAATGGTCCCACACCACCATT
GGCCTAAGTAATCGATGGTGTTTGATGCTCCGGAACATCCAA
Found at i:7766 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 7601--7887 Score: 265
Period size: 86 Copynumber: 3.3 Consensus size: 86
7591 ATAGTGTTTA
** * * * * ** * * *
7601 ATGCTCCCGTGCATCTAAGGCACCATGGT-CCCGTGCTTCCTGATGGTCCCGCACCACCATTGGC
1 ATGCTCCCGAACATCCAAGGCACCAAGGTGCCCATGCATCCAAATGGTCCCACACTACCATCGGC
* ** * *
7665 CTAAGTAATGGATGGTGTTTG
66 CTAAGTTACCGATGGTATCTG
* * *
7686 ATGCTCCGGAACATCCAAGGCACCAAGGTGCCCATGCATCCAAATGGTCCTACACCT-TCATCGG
1 ATGCTCCCGAACATCCAAGGCACCAAGGTGCCCATGCATCCAAATGGTCCCACA-CTACCATCGG
7750 CCTAAGTTACCGATGGTATCTG
65 CCTAAGTTACCGATGGTATCTG
* * * * *
7772 ATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCCTTGCTTCCCAATGGTCCCACACTACCATTGGC
1 ATGCTCCCGAACATCCAAGGCACCAAGGTGCCCATGCATCCAAATGGTCCCACACTACCATCGGC
* * *
7837 CTAAGTTATCGATGGTCTCCG
66 CTAAGTTACCGATGGTATCTG
* * *
7858 ATACTCCC-ATACATCTAAGGCACCATGGTG
1 ATGCTCCCGA-ACATCCAAGGCACCAAGGTG
7888 TTAATGGTGT
Statistics
Matches: 164, Mismatches: 34, Indels: 7
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
85 26 0.16
86 137 0.84
87 1 0.01
ACGTcount: A:0.22, C:0.32, G:0.22, T:0.24
Consensus pattern (86 bp):
ATGCTCCCGAACATCCAAGGCACCAAGGTGCCCATGCATCCAAATGGTCCCACACTACCATCGGC
CTAAGTTACCGATGGTATCTG
Found at i:8175 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 8085--8245 Score: 207
Period size: 86 Copynumber: 1.9 Consensus size: 86
8075 CTCCTACACA
* * * * **
8085 TCCAAGATACCAAGGTGCCGATGCTTCCAAATGGTTCTGCACCACCATCTG-TCTATGTTGTCGA
1 TCCAAGACACCAAGGTGCCGATGCTTCCAAATGGTCCTACACCACCATC-GAGCTATGTTACCGA
*
8149 TGGTGTTTGATTCTTTTGTACG
65 TGGTGTCTGATTCTTTTGTACG
* * **
8171 TCCAAGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCCCGATGGTCCTACACCACCATCGAGCTATGTTACCGAT
1 TCCAAGACACCAAGGTGCCGATGCTTCCAAATGGTCCTACACCACCATCGAGCTATGTTACCGAT
8236 GGTGTCTGAT
66 GGTGTCTGAT
8246 GCTATCGCAC
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 11, Indels: 2
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
85 1 0.02
86 62 0.98
ACGTcount: A:0.20, C:0.26, G:0.23, T:0.30
Consensus pattern (86 bp):
TCCAAGACACCAAGGTGCCGATGCTTCCAAATGGTCCTACACCACCATCGAGCTATGTTACCGAT
GGTGTCTGATTCTTTTGTACG
Found at i:8424 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 8318--8444 Score: 123
Period size: 43 Copynumber: 3.0 Consensus size: 43
8308 TTACCAATGG
* * *
8318 TGTCCAATTCTCCCGAACATCCAAGTCACCAAGGTACCGATAA
1 TGTCCGATTCTCTCGAACATCCAAATCACCAAGGTACCGATAA
* * **
8361 TGTCCGATACTCT-TATACATCCAAATCACCAAGGTGTCGATAA
1 TGTCCGATTCTCTCGA-ACATCCAAATCACCAAGGTACCGATAA
* * **
8404 TGTCTGATTCTCTCGCACATCCAAGAT-ACCAAACTACCGAT
1 TGTCCGATTCTCTCGAACATCCAA-ATCACCAAGGTACCGAT
8445 TGGGTCTGAG
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 15, Indels: 6
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
42 1 0.02
43 63 0.95
44 2 0.03
ACGTcount: A:0.31, C:0.30, G:0.13, T:0.25
Consensus pattern (43 bp):
TGTCCGATTCTCTCGAACATCCAAATCACCAAGGTACCGATAA
Found at i:8598 original size:86 final size:84
Alignment explanation
Indices: 8508--8773 Score: 207
Period size: 86 Copynumber: 3.1 Consensus size: 84
8498 GGTCCTGCAA
* *
8508 CACCATCGCCTTAAGTTATCGATAGTATCTGATGCTCCCGCACATCTAAGGTACCAAGGAGTCGA
1 CACCATCGCCTTAAGTTATCGAT-GTATCTGATGCTCCCGCACATCAAAGGCACCAAGGAG-CGA
8573 TGCTTCCCGATGGTCTCGCAC
64 TGCTTCCCGATGGTCTCGCAC
* * * * *
8594 CACCATTGACC-TAAGTT-GCTGATG-ACGTCTGATGCTCCAGCACATCAAAGGCACTAAGGTGC
1 CACCATCG-CCTTAAGTTATC-GATGTA--TCTGATGCTCCCGCACATCAAAGGCACCAAGGAGC
* * *
8656 TGATGCTTCCCGATAGTCCCTCAC
62 -GATGCTTCCCGATGGTCTCGCAC
* ** * * * * * * *
8680 CCCCATCTACTTATGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCGTACAACCAAGGCACCAA-TATGCCG
1 CACCATCGCCTTAAGTTATCGAT-GTATCTGATGCTCCCGCACATCAAAGGCACCAAGGA-G-CG
* * *
8744 ATGCTTCTCAATGGTCTCGCAA
63 ATGCTTCCCGATGGTCTCGCAC
8766 CACCATCG
1 CACCATCG
8774 GGCTAAGTTA
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 33, Indels: 22
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
84 1 0.01
85 4 0.03
86 126 0.93
87 5 0.04
ACGTcount: A:0.24, C:0.31, G:0.20, T:0.25
Consensus pattern (84 bp):
CACCATCGCCTTAAGTTATCGATGTATCTGATGCTCCCGCACATCAAAGGCACCAAGGAGCGATG
CTTCCCGATGGTCTCGCAC
Found at i:9524 original size:86 final size:85
Alignment explanation
Indices: 9434--10196 Score: 535
Period size: 86 Copynumber: 9.0 Consensus size: 85
9424 GATAATGTCC
* * * *
9434 GATGCTCCTGCACATCCAAGGCACCATGGTGTCAATGCTTCCCAATGGTCCCACACCACCATCAG
1 GATGCTCCTGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCCATGCTTCCCGATGGTCCCACACCACCATC-G
* *
9499 CCTAAGTTACTGGTGATGTTT
65 CCTAAGTTACTGATGGTGTTT
* * * * *
9520 GATGCTTCC-ACACATCTAAGGCACGAAGGTGCCAATGCTTCCCGATAGTCCCACACC-CCAATC
1 GATGC-TCCTGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCCATGCTTCCCGATGGTCCCACACCACC-ATC
* * * **
9583 GATCTATGTTACTGATGGTATCC
64 G-CCTAAGTTACTGATGGTGTTT
** * ** * * *
9606 GATGCTCCCACACAACCAAGGCACCAAGGTATCGACGCTTCCTGATGGTCCCACACCACCATCAG
1 GATGCTCCTGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCCATGCTTCCCGATGGTCCCACACCACCATC-G
* *
9671 ACTAAGTTGAC-GATGGTGTTC
65 CCTAAGTT-ACTGATGGTGTTT
** * ** * * *
9692 GATGCT-CT-CGTAT---A-GAATGAAGGTGCCCGTGCTTCCCGATGGTCTCGCACCACCATCGA
1 GATGCTCCTGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCCATGCTTCCCGATGGTCCCACACCACCATCG-
* *
9751 CCTAAGTTATTGATGGTGTCT
65 CCTAAGTTACTGATGGTGTTT
* * * * * * * ** *
9772 GGTACT-CTCGGACATCCAAGGCACTAAGGTGCCGATGCTTCCCAATGGTTCCGTAGCACCATCG
1 GATGCTCCT-GCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCCATGCTTCCCGATGGTCCCACACCACCATCG
* * *
9836 ACCTATGTTACTAATGGTGTTC
65 -CCTAAGTTACTGATGGTGTTT
* * * * ** * *
9858 GATACT-CTAGCATATCC-AGGCACCAAGGTGTCGATGCTTCTTGATGCTGCCACACCACCATCA
1 GATGCTCCT-GCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCCATGCTTCCCGATGGTCCCACACCACCATC-
* *
9921 GACTAAGTTACGGATGGTGTTT
64 GCCTAAGTTACTGATGGTGTTT
* * *** * *
9943 GATGCTCCCGTACATCCAAGGCACCAAGGTGCTTGTGCTTCCTGATGGTCCCGCACCACCATCGT
1 GATGCTCCTGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCCATGCTTCCCGATGGTCCCACACCACCATCG-
* *
10008 CCTAAGTTACGGATAGTGTTT
65 CCTAAGTTACTGATGGTGTTT
* * * * **** *
10029 GATGCTCCGGAACATCCAAGGCACCAAGGTGCCCATGCATCCCAATGGTAATGCACCTCCATCGG
1 GATGCTCCTGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCCATGCTTCCCGATGGTCCCACACCACCATC-G
* * *
10094 CCTAAGTTACCGATGGTATCT
65 CCTAAGTTACTGATGGTGTTT
* * * * *
10115 GATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCCTTGCTTCCCAATGGTCCCACACTACCATTGG
1 GATGCTCCTGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCCATGCTTCCCGATGGTCCCACACCACCA-TCG
10180 CCTAAGTTA-TCGATGGT
65 CCTAAGTTACT-GATGGT
10197 CTCCGATACT
Statistics
Matches: 528, Mismatches: 127, Indels: 44
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
79 2 0.00
80 53 0.10
81 1 0.00
82 2 0.00
84 2 0.00
85 71 0.13
86 387 0.73
87 10 0.02
ACGTcount: A:0.23, C:0.30, G:0.22, T:0.25
Consensus pattern (85 bp):
GATGCTCCTGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCCATGCTTCCCGATGGTCCCACACCACCATCGC
CTAAGTTACTGATGGTGTTT
Found at i:10110 original size:896 final size:895
Alignment explanation
Indices: 8517--10146 Score: 1914
Period size: 896 Copynumber: 1.8 Consensus size: 895
8507 ACACCATCGC
* * * * * * *
8517 CTTAAGTTATCGATAGTATCTGATGCTCCCGCACATCTAAGGTACCAAGGAGTCGATGCTTCCCG
1 CTTAAGTTACCGATAATATCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGAGTCAATGCTTCCCA
* * * *
8582 ATGGTCTCGCACCACCATTGACCTAAGTTGCTGATGACGTCTGATGCTCCAGCACATCAAAGGCA
66 ATGGTCCCACACCACCATAGACCTAAGTTACTGATGACGTCTGATGCTCCAGCACATCAAAGGCA
* ** * * * *
8647 CTAAGGTGCTGATGCTTCCCGATAGTCCCTCACCCCCATCTACTTATGTTATCGATGGTGTCCGA
131 CGAAGGTGCCAATGCTTCCCGATAGTCCCACACCCCAATCGACTTATGTTATCGATGGTATCCGA
** * * * * *
8712 TGCTCCCGTACAACCAAGGCACCAATATGCCGATGCTTCTCAATGGTCTCGCAACACCATCGGGC
196 TGCTCCCACACAACCAAGGCACCAATAT-CCGACGCTTCTCAATGGTCCCACAACACCATCAGAC
*
8777 TAAGTTACTGATGGTATTCGATGCTTCCGCAAGCATGAAGGTGCCCGTGCTTCCCGATGGTCCCG
260 TAAGTTACTGATGGTATTCGATGCTTCCGCAAGAATGAAGGTGCCCGTGCTTCCCGATGGTCCCG
* * * * * **
8842 TACCTCCATCGACCTAAGTTACCGATAGTGTCTTATACTCCCGCACATCCAGGGCACCGAGGTTT
325 CACCACCATCGACCTAAGTTACCGATAGTGTCTGATACTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGC
* * * ** *
8907 CTATGCTTCTCGATGCTCCCACACCACCATCAGACTAAGTTATAGATGGTGTTCGATGTTCTCGC
390 CGATGCTTCCCAATGCTCCCACACCACCATCAGACTAAGTTATAGATGGTGTTCGATACTCTAGC
* * * * *
8972 ACATTCAAGGTACCAAGGTGCCCGTGCTTCCTGATGGTCCTGCACCACCATCGACCTACGTTGTC
455 ACATTCAAGGCACCAAGGTGCCCGTGCTTCCTGATGCTCCTACACCACCATCGACCTAAGTTGAC
* **
9037 GATAATGTCTGATGCTCCCTAATATTTAAGGCACCAAGGTGTCCACGCATCTCGATGGTCCCGCA
520 GATAATGTCTGATGCTCCCTAACATCCAAGGCACCAAGGTGTCCACGCATCTCGATGGTCCCGCA
* * * * * *
9102 CGATCATTGGCCTAGGTTACCGATGATGTTTGACGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAATGTGCCC
585 CCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGATGTTTGACGCTCCCGAACATCCAAGGCACCAAGGTGCCC
* * * ** * ** * *
9167 AGGCTTCTCGATGGTCCCGAACTACCATCAGTATAAGTTGTCGATGGTGTCCGAGGCTCTCGCAC
650 AGGCATCCCAATGGTAACGAACTACCATCAGCATAAGTTACCGATGGTATCCGAGGCTCCCGCAC
*
9232 ATCCAAGGTACCAAGGTGCTAGTTGTTATCAATGGTCTCACACAATCACTGGCCCAGGTTACTGT
715 ATCCAAGGCACCAAGGTGCTAGTTGTTATCAATGGTCTCACACAATCACTGGCCCAGGTTACTGT
9297 TGGTGTCCGATGCTCCCACACATCCAAAGCATTAAAATACCAATGCTTCTCAATGTTCCTGCACC
780 TGGTGTCCGATGCTCCCACACATCCAAAGCATTAAAATACCAATGCTTCTCAATGTTCCTGCACC
9362 ACTATCGGCCTAAGTTATCGATGGTATTCGATAGTCCCGCACCAACAACGA
845 ACTATCGGCCTAAGTTATCGATGGTATTCGATAGTCCCGCACCAACAACGA
* * * *
9413 CTTAAGTTACCGATAATGTCCGATGCTCCTGCACATCCAAGGCACCATGGTGTCAATGCTTCCCA
1 CTTAAGTTACCGATAATATCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGAGTCAATGCTTCCCA
* * * *
9478 ATGGTCCCACACCACCATCAG-CCTAAGTTACTGGTGATGTTTGATGCTTCCA-CACATCTAAGG
66 ATGGTCCCACACCACCAT-AGACCTAAGTTACTGATGACGTCTGATGC-TCCAGCACATCAAAGG
9541 CACGAAGGTGCCAATGCTTCCCGATAGTCCCACACCCCAATCGA-TCTATGTTA-CTGATGGTAT
129 CACGAAGGTGCCAATGCTTCCCGATAGTCCCACACCCCAATCGACT-TATGTTATC-GATGGTAT
* *
9604 CCGATGCTCCCACACAACCAAGGCACCAAGGTAT-CGACGCTTC-CTGATGGTCCCACACCACCA
192 CCGATGCTCCCACACAACCAAGGCACCAA--TATCCGACGCTTCTC-AATGGTCCCACAACACCA
* *
9667 TCAGACTAAGTTGAC-GATGGTGTTCGATGC-TCTCGTATAGAATGAAGGTGCCCGTGCTTCCCG
254 TCAGACTAAGTT-ACTGATGGTATTCGATGCTTC-CGCA-AGAATGAAGGTGCCCGTGCTTCCCG
* ** * * * *
9730 ATGGTCTCGCACCACCATCGACCTAAGTTATTGATGGTGTCTGGTACTCTCGGACATCCAAGGCA
316 ATGGTCCCGCACCACCATCGACCTAAGTTACCGATAGTGTCTGATACTCCCGCACATCCAAGGCA
* * * ** * *
9795 CTAAGGTGCCGATGCTTCCCAATGGTTCCGTAGCACCATC-GACCTATGTTACTA-ATGGTGTTC
381 CCAAGGTGCCGATGCTTCCCAATGCTCCCACACCACCATCAGA-CTAAGTTA-TAGATGGTGTTC
* * * *
9858 GATACTCTAGCATA-TCCAGGCACCAAGGTG-TCGATGCTTCTTGATGCTGCC-ACACCACCATC
444 GATACTCTAGCACATTCAAGGCACCAAGGTGCCCG-TGCTTCCTGATGCT-CCTACACCACCATC
** * ***
9920 AGA-CTAAGTT-ACGGATGGTGTTTGATGCTCCCGT-ACATCCAAGGCACCAAGGTG-CTTGTGC
507 -GACCTAAGTTGAC-GATAATGTCTGATGCTCCC-TAACATCCAAGGCACCAAGGTGTC-CACGC
* * * * *
9981 TTC-CTGATGGTCCCGCACCACCATCGTCCTAAGTTACGGAT-AGTGTTTGATGCTCCGGAACAT
568 ATCTC-GATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGA-TGTTTGACGCTCCCGAACAT
* * * * *
10044 CCAAGGCACCAAGGTGCCCATGCATCCCAATGGTAATGCACCT-CCATCGGCCTAAGTTACCGAT
631 CCAAGGCACCAAGGTGCCCAGGCATCCCAATGGTAACG-AACTACCATCAGCATAAGTTACCGAT
* *
10108 GGTATCTGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGC
695 GGTATCCGAGGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGC
10147 CCTTGCTTCC
Statistics
Matches: 601, Mismatches: 112, Indels: 42
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
895 11 0.02
896 438 0.73
897 147 0.24
898 5 0.01
ACGTcount: A:0.23, C:0.30, G:0.21, T:0.25
Consensus pattern (895 bp):
CTTAAGTTACCGATAATATCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGAGTCAATGCTTCCCA
ATGGTCCCACACCACCATAGACCTAAGTTACTGATGACGTCTGATGCTCCAGCACATCAAAGGCA
CGAAGGTGCCAATGCTTCCCGATAGTCCCACACCCCAATCGACTTATGTTATCGATGGTATCCGA
TGCTCCCACACAACCAAGGCACCAATATCCGACGCTTCTCAATGGTCCCACAACACCATCAGACT
AAGTTACTGATGGTATTCGATGCTTCCGCAAGAATGAAGGTGCCCGTGCTTCCCGATGGTCCCGC
ACCACCATCGACCTAAGTTACCGATAGTGTCTGATACTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCC
GATGCTTCCCAATGCTCCCACACCACCATCAGACTAAGTTATAGATGGTGTTCGATACTCTAGCA
CATTCAAGGCACCAAGGTGCCCGTGCTTCCTGATGCTCCTACACCACCATCGACCTAAGTTGACG
ATAATGTCTGATGCTCCCTAACATCCAAGGCACCAAGGTGTCCACGCATCTCGATGGTCCCGCAC
CACCATCGGCCTAAGTTACCGATGATGTTTGACGCTCCCGAACATCCAAGGCACCAAGGTGCCCA
GGCATCCCAATGGTAACGAACTACCATCAGCATAAGTTACCGATGGTATCCGAGGCTCCCGCACA
TCCAAGGCACCAAGGTGCTAGTTGTTATCAATGGTCTCACACAATCACTGGCCCAGGTTACTGTT
GGTGTCCGATGCTCCCACACATCCAAAGCATTAAAATACCAATGCTTCTCAATGTTCCTGCACCA
CTATCGGCCTAAGTTATCGATGGTATTCGATAGTCCCGCACCAACAACGA
Found at i:10712 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 10665--10769 Score: 111
Period size: 43 Copynumber: 2.4 Consensus size: 43
10655 CCAACGGTGT
**
10665 CCGATGCTCCCGCACATCCAAGTCACAAAGGTGCCGATGCTGC
1 CCGATGCTCCCGCACATCCAAGTCACAAAGGTGCCGATAATGC
** * * * * *
10708 CCGATGCTCCTACACATCTAAGTCACCATGGTGTCGATAATGT
1 CCGATGCTCCCGCACATCCAAGTCACAAAGGTGCCGATAATGC
* *
10751 TCGATGCTCTCGCACATCC
1 CCGATGCTCCCGCACATCC
10770 TAGGTACCAA
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 14, Indels: 0
0.77 0.23 0.00
Matches are distributed among these distances:
43 48 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.34, G:0.20, T:0.23
Consensus pattern (43 bp):
CCGATGCTCCCGCACATCCAAGTCACAAAGGTGCCGATAATGC
Found at i:11419 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 11158--11583 Score: 405
Period size: 172 Copynumber: 2.5 Consensus size: 172
11148 CGCAAGCATG
* * ** *
11158 AAGGTGCCTGTGCTTCTCGATGGTCCCGTACCT-CCATCGACCTAAGTTACCGATAGTGTCTGAT
1 AAGGTGCCCGTGCTTCTCGATGGTCCCGTA-CTACCATTGACCTAAGTTGTCGATAATGTCTGAT
* * * * * * *
11222 ACTCCCGCACATCCAGGGTACCAAGGTTCCTATGCTTCTCGATGCTCCCACACCA-CTATCAGAC
65 ACTCCCGAACATCCAAGGCACCAAGGTGCCCATGCATCTCGATGCTCCCACA-CAGCCATCAGAC
* * * * *
11286 TAAGTTA-CAGATGGTGATCGATGTTCTCGCACATTCAAGACACC
129 TAAGTTATC-GATGGTGATCGACGCTCCCGCACATCCAAGACACA
*
11330 AAGGTGCCCGTGCTTC-CTGATGGTCCCGTACTACCATTGACCTAAGTTGTCGATAATGTTTGAT
1 AAGGTGCCCGTGCTTCTC-GATGGTCCCGTACTACCATTGACCTAAGTTGTCGATAATGTCTGAT
* * * * * * ** *
11394 GCTCCCTAATATCTAAGGCACCAAGGTGCCCATGCATCTCGATGGTCCCGCACAGCCATTGGCCT
65 ACTCCCGAACATCCAAGGCACCAAGGTGCCCATGCATCTCGATGCTCCCACACAGCCATCAGACT
* * *
11459 AAGTTATCGATGGTGTTTGACGCTCCCGCACATCCAAGGCACA
130 AAGTTATCGATGGTGATCGACGCTCCCGCACATCCAAGACACA
* * * ** *
11502 AAGGTGCCCAG-GCTTCTCGATGGTCCCGAACTACCA-TCAGCATAAGTTGTCGATGGTGTCCGA
1 AAGGTGCCC-GTGCTTCTCGATGGTCCCGTACTACCATTGA-CCTAAGTTGTCGATAATGTCTGA
** *
11565 GGCTCCCGCACATCCAAGG
64 TACTCCCGAACATCCAAGG
11584 TA
Statistics
Matches: 205, Mismatches: 42, Indels: 14
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
171 7 0.03
172 195 0.95
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.23, C:0.30, G:0.22, T:0.25
Consensus pattern (172 bp):
AAGGTGCCCGTGCTTCTCGATGGTCCCGTACTACCATTGACCTAAGTTGTCGATAATGTCTGATA
CTCCCGAACATCCAAGGCACCAAGGTGCCCATGCATCTCGATGCTCCCACACAGCCATCAGACTA
AGTTATCGATGGTGATCGACGCTCCCGCACATCCAAGACACA
Found at i:11548 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 11169--11583 Score: 333
Period size: 86 Copynumber: 4.8 Consensus size: 86
11159 AGGTGCCTGT
* * * * *
11169 GCTTCTCGATGGTCCCGTACCT-CCATC-GACCTAAGTTACCGATAGTGTCTGATACTCCCGCAC
1 GCTTCTCGATGGTCCCG-AACTACCATCAG-CCTAAGTTATCGATGGTGTTTGATGCTCCCGCAC
* * * * *
11232 ATCCAGGGTACCAAGGTTCCTAT
64 ATCCAAGGCACCAAGGTGCCCAG
* * * * * * * *
11255 GCTTCTCGATGCTCCC-ACACCACTATCAGACTAAGTTA-CAGATGGTGATCGATGTTCTCGCAC
1 GCTTCTCGATGGTCCCGA-ACTACCATCAGCCTAAGTTATC-GATGGTGTTTGATGCTCCCGCAC
* *
11318 ATTCAAGACACCAAGGTGCCC-G
64 ATCCAAGGCACCAAGGTGCCCAG
* * * ** **
11340 TGCTTC-CTGATGGTCCCGTACTACCAT-TGACCTAAGTTGTCGATAATGTTTGATGCTCCCTAA
1 -GCTTCTC-GATGGTCCCGAACTACCATCAG-CCTAAGTTATCGATGGTGTTTGATGCTCCCGCA
* * *
11403 TATCTAAGGCACCAAGGTGCCCAT
63 CATCCAAGGCACCAAGGTGCCCAG
* * ** *
11427 GCATCTCGATGGTCCCGCAC-AGCCATTGGCCTAAGTTATCGATGGTGTTTGACGCTCCCGCACA
1 GCTTCTCGATGGTCCCGAACTA-CCATCAGCCTAAGTTATCGATGGTGTTTGATGCTCCCGCACA
*
11491 TCCAAGGCACAAAGGTGCCCAG
65 TCCAAGGCACCAAGGTGCCCAG
* * ** *
11513 GCTTCTCGATGGTCCCGAACTACCATCAGCATAAGTTGTCGATGGTGTCCGAGGCTCCCGCACAT
1 GCTTCTCGATGGTCCCGAACTACCATCAGCCTAAGTTATCGATGGTGTTTGATGCTCCCGCACAT
11578 CCAAGG
66 CCAAGG
11584 TA
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 61, Indels: 28
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
84 1 0.00
85 5 0.02
86 243 0.96
87 5 0.02
ACGTcount: A:0.23, C:0.30, G:0.22, T:0.25
Consensus pattern (86 bp):
GCTTCTCGATGGTCCCGAACTACCATCAGCCTAAGTTATCGATGGTGTTTGATGCTCCCGCACAT
CCAAGGCACCAAGGTGCCCAG
Done.