Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01005220.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_119100, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4467
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.13, T:0.35
Found at i:222 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 208--238 Score: 53
Period size: 7 Copynumber: 4.4 Consensus size: 7
198 ATTTTTTAGA
208 TTTAATT
1 TTTAATT
*
215 TCTAATT
1 TTTAATT
222 TTTAATT
1 TTTAATT
229 TTTAATT
1 TTTAATT
236 TTT
1 TTT
239 TATACAATCA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 22 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.03, G:0.00, T:0.71
Consensus pattern (7 bp):
TTTAATT
Found at i:3259 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 3250--3298 Score: 55
Period size: 6 Copynumber: 8.3 Consensus size: 6
3240 CAAATTTATT
** * *
3250 TTTAAA TTTAAA TTT-GC TTTAAA TTTAAA TTTTAA TTAAAA TTTAAA
1 TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA
3297 TT
1 TT
3299 GATTTAAAAC
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 8, Indels: 2
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
5 3 0.09
6 31 0.91
ACGTcount: A:0.43, C:0.02, G:0.02, T:0.53
Consensus pattern (6 bp):
TTTAAA
Found at i:3264 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 3241--3298 Score: 62
Period size: 18 Copynumber: 3.3 Consensus size: 17
3231 AAATTGATTC
3241 AAATTTATTTTTAAATTT
1 AAATTT-TTTTTAAATTT
**
3259 AAATTTGCTTTAAATTT
1 AAATTTTTTTTAAATTT
* *
3276 AAATTTTAATTAAAATTT
1 AAATTTT-TTTTAAATTT
3294 AAATT
1 AAATT
3299 GATTTAAAAC
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 5, Indels: 2
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.44
18 19 0.56
ACGTcount: A:0.43, C:0.02, G:0.02, T:0.53
Consensus pattern (17 bp):
AAATTTTTTTTAAATTT
Found at i:3286 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 3228--3293 Score: 73
Period size: 29 Copynumber: 2.3 Consensus size: 29
3218 TTTTATTAGG
*
3228 TTTAAA-TTGATTCAAATTTATTTTTAAA
1 TTTAAATTTGATTCAAATTTAATTTTAAA
* *
3256 TTTAAATTTGCTTTAAATTTAAATTTT-AA
1 TTTAAATTTGATTCAAATTT-AATTTTAAA
*
3285 TTAAAATTT
1 TTTAAATTT
3294 AAATTGATTT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 4, Indels: 3
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
28 6 0.19
29 21 0.66
30 5 0.16
ACGTcount: A:0.39, C:0.03, G:0.03, T:0.55
Consensus pattern (29 bp):
TTTAAATTTGATTCAAATTTAATTTTAAA
Found at i:3305 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 3253--3312 Score: 70
Period size: 17 Copynumber: 3.4 Consensus size: 18
3243 ATTTATTTTT
*
3253 AAATTTAAATTTGCTTT-
1 AAATTTAAATTTGATTTA
* *
3270 AAATTTAAATTTTAATTA
1 AAATTTAAATTTGATTTA
3288 AAATTTAAA-TTGATTTA
1 AAATTTAAATTTGATTTA
*
3305 AAACTTAA
1 AAATTTAA
3313 TTAAATTAAA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 6, Indels: 2
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
17 27 0.75
18 9 0.25
ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.03, T:0.47
Consensus pattern (18 bp):
AAATTTAAATTTGATTTA
Found at i:4015 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 4009--4118 Score: 87
Period size: 3 Copynumber: 36.0 Consensus size: 3
3999 AATATTAATT
** * * * *
4009 TAA TAA TAA TAA TGG TCA TAA CAA TAAA TGA TAT TAA TAA TAA TAA
1 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA T-AA TAA TAA TAA TAA TAA TAA
** * *
4055 TAA TAA TAA TAA TAA TAA -ATA TTG TAA TAA TGA TAA TAT TAA TTAA
1 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TA-A TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA -TAA
*
4101 TAT TAA TAA TAA TAA TAA
1 TAA TAA TAA TAA TAA TAA
4119 ATATTTTTTT
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 21, Indels: 8
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
2 1 0.01
3 75 0.91
4 6 0.07
ACGTcount: A:0.57, C:0.02, G:0.05, T:0.36
Consensus pattern (3 bp):
TAA
Done.