Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01005226.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_119109, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2063
ACGTcount: A:0.38, C:0.17, G:0.13, T:0.32
Found at i:761 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 739--832 Score: 129
Period size: 17 Copynumber: 5.5 Consensus size: 17
729 CATACTCCCT
739 TTAAATTTATTTTAAAA
1 TTAAATTTATTTTAAAA
*
756 TTAAATTT-GTTTAAAA
1 TTAAATTTATTTTAAAA
772 TTTAAATTTATTTTAAAA
1 -TTAAATTTATTTTAAAA
*
790 TTAAATTT-GTTTAAAA
1 TTAAATTTATTTTAAAA
*
806 TTTAAATTTATTTTAAAT
1 -TTAAATTTATTTTAAAA
824 TTAAATTTA
1 TTAAATTTA
833 ATGTAAGTTT
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 5, Indels: 8
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 14 0.21
17 41 0.60
18 13 0.19
ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.02, T:0.54
Consensus pattern (17 bp):
TTAAATTTATTTTAAAA
Found at i:776 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 738--831 Score: 179
Period size: 34 Copynumber: 2.8 Consensus size: 34
728 CCATACTCCC
738 TTTAAATTTATTTTAAAATTAAATTTGTTTAAAA
1 TTTAAATTTATTTTAAAATTAAATTTGTTTAAAA
772 TTTAAATTTATTTTAAAATTAAATTTGTTTAAAA
1 TTTAAATTTATTTTAAAATTAAATTTGTTTAAAA
*
806 TTTAAATTTATTTTAAATTTAAATTT
1 TTTAAATTTATTTTAAAATTAAATTT
832 AATGTAAGTT
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
34 59 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.02, T:0.55
Consensus pattern (34 bp):
TTTAAATTTATTTTAAAATTAAATTTGTTTAAAA
Found at i:825 original size:7 final size:6
Alignment explanation
Indices: 738--870 Score: 68
Period size: 6 Copynumber: 23.0 Consensus size: 6
728 CCATACTCCC
* * * *
738 TTTAAA TTT-AT TTTAAA ATTAAA TTT--G TTTAAAA TTTAAA TTT-AT
1 TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTT-AAA TTTAAA TTTAAA
* * *
783 TTTAAA ATTAAA TTT--G TTTAAAA TTTAAA TTT-AT TTTAAA TTTAAA
1 TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTT-AAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA
* * * *
829 TTT-AA TGTAAG TTTAAA ATT-AT TTTCAAA TTTAAAA TTTAAA
1 TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTT-AAA TTT-AAA TTTAAA
871 ATAAAACCAA
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 23, Indels: 24
0.66 0.17 0.17
Matches are distributed among these distances:
4 6 0.07
5 19 0.21
6 51 0.55
7 16 0.17
ACGTcount: A:0.44, C:0.01, G:0.03, T:0.52
Consensus pattern (6 bp):
TTTAAA
Found at i:843 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 738--869 Score: 70
Period size: 17 Copynumber: 7.6 Consensus size: 17
728 CCATACTCCC
* *
738 TTTAAATTTATTTTAAA
1 TTTAAATTTAATGTAAA
* * *
755 ATTAAATTT-GTTTAAAA
1 TTTAAATTTAATGT-AAA
* *
772 TTTAAATTTATTTTAAA
1 TTTAAATTTAATGTAAA
* * *
789 ATTAAATTT-GTTTAAAA
1 TTTAAATTTAATGT-AAA
* *
806 TTTAAATTTATTTTAAA
1 TTTAAATTTAATGTAAA
*
823 TTTAAATTTAATGTAAG
1 TTTAAATTTAATGTAAA
* * *
840 TTTAAAATTATTTTCAAA
1 TTTAAATTTAATGT-AAA
858 TTTAAAATTTAA
1 TTT-AAATTTAA
870 AATAAAACCA
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 17, Indels: 10
0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.07
17 69 0.75
18 11 0.12
19 6 0.07
ACGTcount: A:0.44, C:0.01, G:0.03, T:0.52
Consensus pattern (17 bp):
TTTAAATTTAATGTAAA
Found at i:844 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 738--868 Score: 165
Period size: 34 Copynumber: 3.8 Consensus size: 34
728 CCATACTCCC
*
738 TTTAAATTTATTTTAAAATTAAATTTGTTTAAAA
1 TTTAAATTTATTTTAAAATTAAATTTATTTAAAA
*
772 TTTAAATTTATTTTAAAATTAAATTTGTTTAAAA
1 TTTAAATTTATTTTAAAATTAAATTTATTTAAAA
* * *
806 TTTAAATTTATTTTAAATTTAAATTTAATGT-AAG
1 TTTAAATTTATTTTAAAATTAAATTT-ATTTAAAA
* *
840 TTTAAAATTATTTTCAAATTTAAAATTTA
1 TTTAAATTTATTTT-AAAATT-AAATTTA
869 AAATAAAACC
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 5, Indels: 5
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
34 74 0.83
35 9 0.10
36 6 0.07
ACGTcount: A:0.44, C:0.01, G:0.03, T:0.53
Consensus pattern (34 bp):
TTTAAATTTATTTTAAAATTAAATTTATTTAAAA
Found at i:845 original size:51 final size:50
Alignment explanation
Indices: 738--868 Score: 138
Period size: 51 Copynumber: 2.5 Consensus size: 50
728 CCATACTCCC
* * *
738 TTTAAATTTATTTTAAAA-TTAAATTTGTTTAAAATTTAAATTTATTTTAAA
1 TTTAAA-TT-TTTTAAAATTTAAATTTATTTAAAATTTAAATTTAATGTAAA
* * *
789 ATTAAATTTGTTTAAAATTTAAATTTATTTTAAATTTAAATTTAATGTAAG
1 TTTAAATTT-TTTAAAATTTAAATTTATTTAAAATTTAAATTTAATGTAAA
*
840 TTTAAAATTATTTTCAAATTTAAAATTTA
1 TTT-AAATT-TTTTAAAATTT-AAATTTA
869 AAATAAAACC
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 8, Indels: 8
0.81 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
49 1 0.01
50 9 0.13
51 35 0.52
52 14 0.21
53 8 0.12
ACGTcount: A:0.44, C:0.01, G:0.03, T:0.53
Consensus pattern (50 bp):
TTTAAATTTTTTAAAATTTAAATTTATTTAAAATTTAAATTTAATGTAAA
Done.