Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01005269.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_119183, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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45 CTGTAGTATA
*
55 ATTGTCCCTGCATTTTT
1 ATTGTCACTGCATTTTT
72 ATTGTCACTGCATTTTT
1 ATTGTCACTGCATTTTT
* * **
89 ATTGTCGCTGCATCTAC
1 ATTGTCACTGCATTTTT
*
106 ATTGTCATTGCATTT
1 ATTGTCACTGCATTT
121 CCATATATAT
Statistics
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17 41 1.00
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ATTGTCACTGCATTTTT
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45 CTGTAGTATA
* **
55 ATTGTCCCTGCATTTTTATTGTCACTGCATTTTT
1 ATTGTCCCTGCATCTACATTGTCACTGCATTTTT
* *
89 ATTGTCGCTGCATCTACATTGTCATTGCATTT
1 ATTGTCCCTGCATCTACATTGTCACTGCATTT
121 CCATATATAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 5, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
34 27 1.00
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Consensus pattern (34 bp):
ATTGTCCCTGCATCTACATTGTCACTGCATTTTT
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4687 AGGATGACCC
* * ** *
4697 TACTGGTTCAATGGTAAGGCCTCAACTTGCCCCTAGGGGTT-ACGTCTGAATCCCGTTATGCGCA
1 TACTGGTTCAATGGTAAGGCTTCAACTTGCCCCTAGGGCTTGTGGT-TGAATCCCATTATGCGCA
* * * *
4761 AATGTGAAATA-TTTTTTATTTCTTGCTATTTGTTAGAAGTTGAGTTCAGTATGAATTCTAACAA
65 AATGTGAAATATTTTTTTATTTCCTACTATTTGTTAGAATTTGAGTTCAATATGAATTCTAAC--
* * *
4825 AAAAAATCTAGTGAGTT----TATTATTAGAATATCTTGATTTTAAGTCTTATTA-TTTAAAAAA
128 AAAAAATCTAGTGAGTTAGGATATTATTAAAATATATTGATTTTAATTCTTATTATTTTAAAAAA
**
4885 AATTGTAAAATTCCCCTAATTTCTCTCCTTCCCAAAACGTCCACTACTCCCCCTCTTGTCACATT
193 AATTGTAAAATTATCCTAATTTCTCTCCTTCCCAAAACGTCCACTACTCCCCCTCTTGTCACATT
* *
4950 TCCTTTTTCCTTTTCCTTCCTTCGTGCTTCTTTTCTTCTTGATTTTTCATTGTTCTTTGCTTGCC
258 TTCTTTTTCCTTTTCCTTCCTTCTTGCTTCTTTTCTTCTTGATTTTTCATTGTTCTTTGCTTGCC
* * *
5015 CATCTTGCTATCGATTCTTTGTTCATCATTCATACGAGTGTG-TTATTGCATTATTAGTTTTGAA
323 CATCTTGCTATCGATTCTTTGTCCATCATTCATAC-AGTGCGTTTGTTGCATTATTAGTTTTGAA
* * * * *
5079 CGTAAGTAATTCGATGTAAGTATTATTCTTTTGTTTTGATGGTAAAGGTTTTAGCTGTATTGATA
387 CGTAAGTAATTCGATGTAAGTATTATTGTTTTGTTTCGGTGGTAAAGGTTTTAGTTGTATTGGTA
* * *
5144 CTTAGTTTACATTTCAGTACGTTATGGATTTTGAGATTGATGATTTTTCTTTCTAATAGGAGAGG
452 CTTAGTTTACATTTCAGTACGTTATGGATTTCGAGATTGATGGTTTTACTTTCTAATAGGAGAGG
* * **
5209 AATGTGTGATGTTAGACAAATTCCTAGCAAATTAAGTGCTTTGAAGGGCTTTTTTTTCAGGGTAA
517 AATGTGTGATTTTAGACAAATTCC-AGCAAATTAAGTGCTTTGAATGGC-TTTTTTTGGGGGTAA
* * *
5274 GTACTCGAATGTAAGTTTTGGGGTCTATTTTTGGTAAAGAAGAAGTACCAAAGTTGATTATTAGT
580 GTACTTGAATGT--GTTTTGGGGTCTATTTTTGGTAAAGAGGAAGTACCGAAGTTGATTATTAGT
* *
5339 TTAACTTATGGTTGTTGATTGATATGATTTTTCTTCGTATGTAGGATTTGGGAGTGCTATGTTGT
643 TTAACTTGTGGTTGTTGATTGATATGATTTTTCTTCGTATGTAGGATTTGGGAGTGCTCTGTTGT
* * * *
5404 GTGGTTGATTAGTTTCAAAACCGATTT-TTTGAAAAAAAAGTCTCGATTTATATTTTGGAAAATG
708 GTGGTTGATTAGTTTCGAAACC-TTTTGTTTGAAAAAAAAATCTCGATTTATATTTTGGAAAATA
*
5468 AAAATGGAGTCGCCACCAATCTTTTAAAAATAGGTGTGATTGGACCACCTTGTAAATTTTAAAAT
772 AAAATGGAGTCGCCACCAATCTTTTAAAAATAGGTGTGATTGGATCACCTTGTAAATTTTAAAAT
** * * *
5533 CCTCTGAACAAAAATTTTAGTCTTTCAAACCATAAAACAAGTTCGAGAGTCGGA-
837 CCTCCAAACAAAAATTTTAGTCTTTGAAACCATAAAACAAGTTCGGGAGTC-AAT
* * *
5587 TACTGGTTCAATGGTAAGGCTTCGACTTGCCCCTAGGGCTTGTGTTTGAATCCCGTTATGCGCAA
1 TACTGGTTCAATGGTAAGGCTTCAACTTGCCCCTAGGGCTTGTGGTTGAATCCCATTATGCGCAA
* * *
5652 ATGTGAAATA-TTTTTTATCTCCTGCTATTTGTTAGAATTTGAGTTCAATATGCATTCTAACAAA
66 ATGTGAAATATTTTTTTATTTCCTACTATTTGTTAGAATTTGAGTTCAATATGAATTCTAAC---
* * *
5716 AAAAAAATCTAGTGAGTTAGGATATTATTAGAATATCTTGATTTTAATTCTTATTATTTTTAAAA
128 -AAAAAATCTAGTGAGTTAGGATATTATTAAAATATATTGATTTTAATTCTTATTATTTTAAAAA
* *
5781 AAATTGTAAAATTCTCCTAATTTCTCTCCTTCCCAAAACGTCCACTACTCCCCCTCTTGTAACAT
192 AAATTGTAAAATTATCCTAATTTCTCTCCTTCCCAAAACGTCCACTACTCCCCCTCTTGTCACAT
***
5846 TTTC----TCC--TTCC--CAAAAC--G--TC----C-TCTTGATTTTTCATTGTTCTTTGCTTG
257 TTTCTTTTTCCTTTTCCTTC-CTTCTTGCTTCTTTTCTTCTTGATTTTTCATTGTTCTTTGCTTG
* *
5894 CCCATGTTGCTATCGATTCTTTGTCCATCATTCATAC-GAGCGTTTTGTTGCATTATTAGTTTTG
321 CCCATCTTGCTATCGATTCTTTGTCCATCATTCATACAGTGCG-TTTGTTGCATTATTAGTTTTG
* *
5958 AACGTACGTAATTCGATGTAAGTATTATTGTTTTGTTTCGGTAGTAAAGGTTTTAGTTGTATTGG
385 AACGTAAGTAATTCGATGTAAGTATTATTGTTTTGTTTCGGTGGTAAAGGTTTTAGTTGTATTGG
*
6023 TATTTAGTTTACATTTCAGTACGTTATGGATTTCGAGATTGATGGTTTTACTTTCTAATAGGAGA
450 TACTTAGTTTACATTTCAGTACGTTATGGATTTCGAGATTGATGGTTTTACTTTCTAATAGGAGA
* *
6088 GGAATGTGTGATTTTAGACAAACTCCCAGCAATTTAAGTGCTTTGAATGGCTTTTTTTTGGGGGT
515 GGAATGTGTGATTTTAGACAAA-TTCCAGCAAATTAAGTGCTTTGAATGGC-TTTTTTTGGGGGT
* * *
6153 AAGTACTCGAATGCAGGTTTTGGGGTCTATTTTTGGTAAAGAGGAAGTACCAAAGTTGATTATTA
578 AAGTACTTGAATG--TGTTTTGGGGTCTATTTTTGGTAAAGAGGAAGTACCGAAGTTGATTATTA
* *
6218 GTTTAACTTATGGTTGTTGATTGATATGATTTTTCTTCATATGTAGGATTTGGGAGTGCTCTGTT
641 GTTTAACTTGTGGTTGTTGATTGATATGATTTTTCTTCGTATGTAGGATTTGGGAGTGCTCTGTT
* * *
6283 GTGCGGTTGATCAGTTTCGAAACCCTTTTTTTTGAAAAAAAAATCTCGATTTATATTTTGGAAAA
706 GTGTGGTTGATTAGTTTCGAAA-CCTTTTGTTTGAAAAAAAAATCTCGATTTATATTTTGGAAAA
* * *
6348 TGAAAATGGAGTCGTCACCAATCTTTTAAAAACAGGTGTGATTGGATCACCTTGTAAATTTTAAA
770 TAAAAATGGAGTCGCCACCAATCTTTTAAAAATAGGTGTGATTGGATCACCTTGTAAATTTTAAA
* *
6413 ATCCTCCAAACAAAAATTTTAGTCTTTCAAACCATAAAACAAGTTTGGGAGTCAAT
835 ATCCTCCAAACAAAAATTTTAGTCTTTGAAACCATAAAACAAGTTCGGGAGTCAAT
* *
6469 TACTGGTTCAATGGTAAGGCTTTAACTTGCCCCTAGGGCTTGTGTTTGAATCCCATTATGCGCAA
1 TACTGGTTCAATGGTAAGGCTTCAACTTGCCCCTAGGGCTTGTGGTTGAATCCCATTATGCGCAA
*
6534 ATGTGAAATATTTTTTTATTTCCTGCTATTTGTTAGAATTTGAGTTCAATATGAATTCTAACAAA
66 ATGTGAAATATTTTTTTATTTCCTACTATTTGTTAGAATTTGAGTTCAATATGAATTCTAAC-AA
*
6599 AAAATCTAGTGAGTTAGGATATTATTAAAATATCTTGATTTTAATTCTTATTATTTTAAAAAAAA
130 AAAATCTAGTGAGTTAGGATATTATTAAAATATATTGATTTTAATTCTTATTATTTTAAAAAAAA
6664 TTGTAAAATTATCCTAATTTCTCTCCTTCCCAAAACGTCCACTACTCCCCCTCTTGTCACATTTT
195 TTGTAAAATTATCCTAATTTCTCTCCTTCCCAAAACGTCCACTACTCCCCCTCTTGTCACATTTT
* *
6729 CTTTTTCCTTTTCTTTCCTTTTTGCTTCTTTTCTTCTTGATTTTTCATTGTTCTTTGCTTGCCCA
260 CTTTTTCCTTTTCCTTCCTTCTTGCTTCTTTTCTTCTTGATTTTTCATTGTTCTTTGCTTGCCCA
* * *
6794 TCTTGCTATCGATTCTTTGTTCATCATTCATACAAGTGCGTTT-TTGCATTATTTGTTGTGAACG
325 TCTTGCTATCGATTCTTTGTCCATCATTCATAC-AGTGCGTTTGTTGCATTATTAGTTTTGAACG
* * * * * *
6858 TAAGTAATTCAATGCAAGTATTATTGTTTTGTTTCGATGGTAAAGGTTTGAGCTGTATTGATACT
389 TAAGTAATTCGATGTAAGTATTATTGTTTTGTTTCGGTGGTAAAGGTTTTAGTTGTATTGGTACT
* * *
6923 TAGTTTACATTTCAGTACGTTACGGATTTCGAGATTGATGATTTTTCTTTCTAATAGGAGAGGAA
454 TAGTTTACATTTCAGTACGTTATGGATTTCGAGATTGATGGTTTTACTTTCTAATAGGAGAGGAA
* ***
6988 TGTGTGATGTTAGACAAATTCCTAGCAAATTAAGTGCTTTGAATGGCTTTTTTTCAAGGTAAGTA
519 TGTGTGATTTTAGACAAATTCC-AGCAAATTAAGTGCTTTGAATGGCTTTTTTTGGGGGTAAGTA
*
7053 CTTGAATGTGTTTTGGGGTCTATTTTTGGTAAAGAGGAAGTATCGAAGTTGATTATTAGTTTAAC
583 CTTGAATGTGTTTTGGGGTCTATTTTTGGTAAAGAGGAAGTACCGAAGTTGATTATTAGTTTAAC
* *
7118 TTGTGATTGTTGATTGATATGATTTTTCTTCGTATGTAGGATTTGGGTGTGCTCTGTTGTGTGGT
648 TTGTGGTTGTTGATTGATATGATTTTTCTTCGTATGTAGGATTTGGGAGTGCTCTGTTGTGTGGT
* * * *
7183 TGATTAGTTTCGAAACCATTTGTTTGAAAAAAAAGTCTCGATTTATGTTTTGGAAAATAAAAATA
713 TGATTAGTTTCGAAACCTTTTGTTTGAAAAAAAAATCTCGATTTATATTTTGGAAAATAAAAATG
* * *
7248 GAGTCACCATCAATCTTTTAAAAATAAGTGTGATTGGATCACCTTGTAAATTTTAAAATCCTCCA
778 GAGTCGCCACCAATCTTTTAAAAATAGGTGTGATTGGATCACCTTGTAAATTTTAAAATCCTCCA
*
7313 AACAAAAATTTTAGTCTTTGAAACCATAAAACAAGTTCGGGAGTCAGT
843 AACAAAAATTTTAGTCTTTGAAACCATAAAACAAGTTCGGGAGTCAAT
* * * *
7361 TACTGGTTCAATGGTAAGGCTTCAACTTGCCCTTAGGGCTTGTGGTTGAATCTCGTTATGTGCAA
1 TACTGGTTCAATGGTAAGGCTTCAACTTGCCCCTAGGGCTTGTGGTTGAATCCCATTATGCGCAA
7426 ATGTGAAATATTTTTTT-TTTCCTACTATTTGTTAGAATTTGAGTTCAATATGAATTCTAAC-AA
66 ATGTGAAATATTTTTTTATTTCCTACTATTTGTTAGAATTTGAGTTCAATATGAATTCTAACAAA
*
7489 AAATCTAGTGAGTTAGGATATTATTAGAATATATTGATTTTAATTCTTATTATTTTAAAAAAAAA
131 AAATCTAGTGAGTTAGGATATTATTAAAATATATTGATTTTAATTCTTATTATTTT-AAAAAAAA
*
7554 TTGTAAAATTCTCCTAATTTCTCTCCTTCCCAAAACGTCCACTACTCCCCCTCTTGTCACATTTT
195 TTGTAAAATTATCCTAATTTCTCTCCTTCCCAAAACGTCCACTACTCCCCCTCTTGTCACA----
7619 CTTTTTCTTTTTCCTTTTCCTTCCTTCTTGCTTCTTTTCTTCTTGATTTTTCATTGTTCTTTGCT
256 --TTTTCTTTTTCCTTTTCCTTCCTTCTTGCTTCTTTTCTTCTTGATTTTTCATTGTTCTTTGCT
* *
7684 TGCCCATCTTGCTATCGATTCTTTGTCCATCATTCATACGAGTG-TTTTGTTGTATTATTAGTTT
319 TGCCCATCTTGCTATCGATTCTTTGTCCATCATTCATAC-AGTGCGTTTGTTGCATTATTAGTTT
*
7748 TGAACATAAGTAATTCGATGTAAGTATTATTGTTTTGTTTCGGTGGTAAAGGTTTTAGTTGTATT
383 TGAACGTAAGTAATTCGATGTAAGTATTATTGTTTTGTTTCGGTGGTAAAGGTTTTAGTTGTATT
* *
7813 GGTACTTAGTTTACATTTCAGTACGTTATGGGTTTCGAGATTGATGGTTTTGCTTTCTAATAGGA
448 GGTACTTAGTTTACATTTCAGTACGTTATGGATTTCGAGATTGATGGTTTTACTTTCTAATAGGA
*
7878 GAGGAATGTGTGATTTTAGACAAATTTCCAGCATATTAAGTGCTTTGAATGGCTTTTTTTGGGGG
513 GAGGAATGTGTGATTTTAGACAAA-TTCCAGCAAATTAAGTGCTTTGAATGGCTTTTTTT-GGGG
*
7943 GTAAGTACTTGAATGTAGGTTTTGGGGTCTATTTTTGGTAAAGAGGAAGTACCGAAGTTGCTTAT
576 GTAAGTACTTGAATGT--GTTTTGGGGTCTATTTTTGGTAAAGAGGAAGTACCGAAGTTGATTAT
*
8008 TAGTTTAACTTGTGGTTGTTGATTGATATGATTTTTCTTTGTATGTAGGATTTGGGAGTGCTCTG
639 TAGTTTAACTTGTGGTTGTTGATTGATATGATTTTTCTTCGTATGTAGGATTTGGGAGTGCTCTG
* * ****
8073 TTGTGTGGTTGACTAGTTTCGGAACCTTTTGTTTGAAAAAAAAATCTCGATTTATATTTT-TTTT
704 TTGTGTGGTTGATTAGTTTCGAAACCTTTTGTTTGAAAAAAAAATCTCGATTTATATTTTGGAAA
* * * * *
8137 A-AAAAATGGAGTCGCCACCAATCTTTTAAAAATAGGTGTGATTAGATCTCTTTCTAAATATTAA
769 ATAAAAATGGAGTCGCCACCAATCTTTTAAAAATAGGTGTGATTGGATCACCTTGTAAATTTTAA
*
8201 AATCCTCTAAACAAAAATTTTAGTCTTTGAAA
834 AATCCTCCAAACAAAAATTTTAGTCTTTGAAA
8233 TCAAAAAATA
Statistics
Matches: 2419, Mismatches: 177, Indels: 93
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
879 3 0.00
880 130 0.05
881 402 0.17
882 223 0.09
883 49 0.02
884 3 0.00
886 5 0.00
888 2 0.00
889 58 0.02
890 182 0.08
891 50 0.02
892 244 0.10
893 131 0.05
895 29 0.01
896 559 0.23
897 182 0.08
898 5 0.00
899 162 0.07
ACGTcount: A:0.27, C:0.14, G:0.18, T:0.42
Consensus pattern (890 bp):
TACTGGTTCAATGGTAAGGCTTCAACTTGCCCCTAGGGCTTGTGGTTGAATCCCATTATGCGCAA
ATGTGAAATATTTTTTTATTTCCTACTATTTGTTAGAATTTGAGTTCAATATGAATTCTAACAAA
AAATCTAGTGAGTTAGGATATTATTAAAATATATTGATTTTAATTCTTATTATTTTAAAAAAAAT
TGTAAAATTATCCTAATTTCTCTCCTTCCCAAAACGTCCACTACTCCCCCTCTTGTCACATTTTC
TTTTTCCTTTTCCTTCCTTCTTGCTTCTTTTCTTCTTGATTTTTCATTGTTCTTTGCTTGCCCAT
CTTGCTATCGATTCTTTGTCCATCATTCATACAGTGCGTTTGTTGCATTATTAGTTTTGAACGTA
AGTAATTCGATGTAAGTATTATTGTTTTGTTTCGGTGGTAAAGGTTTTAGTTGTATTGGTACTTA
GTTTACATTTCAGTACGTTATGGATTTCGAGATTGATGGTTTTACTTTCTAATAGGAGAGGAATG
TGTGATTTTAGACAAATTCCAGCAAATTAAGTGCTTTGAATGGCTTTTTTTGGGGGTAAGTACTT
GAATGTGTTTTGGGGTCTATTTTTGGTAAAGAGGAAGTACCGAAGTTGATTATTAGTTTAACTTG
TGGTTGTTGATTGATATGATTTTTCTTCGTATGTAGGATTTGGGAGTGCTCTGTTGTGTGGTTGA
TTAGTTTCGAAACCTTTTGTTTGAAAAAAAAATCTCGATTTATATTTTGGAAAATAAAAATGGAG
TCGCCACCAATCTTTTAAAAATAGGTGTGATTGGATCACCTTGTAAATTTTAAAATCCTCCAAAC
AAAAATTTTAGTCTTTGAAACCATAAAACAAGTTCGGGAGTCAAT
Found at i:10708 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 10592--10874 Score: 338
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10582 TTGTAACTTT
*
10592 AATCTGCCCCT-TAGATTTAGGGGTAAAAGATTGGATTTGGTGACTTC
1 AATCTGCCCCTCTAGA-TTAGGGGTAAAAGATTGGA--TGGTGGCTTC
* * * *
10639 AATCTGCCCCTCTACATTAAGGGTAAAAGACTT-GATGATAGCTTC
1 AATCTGCCCCTCTAGATTAGGGGTAAAAGA-TTGGATGGTGGCTTC
* * *
10684 AATTTGCCCCTTTGGATTAGGGGTAAAAGATTGGATGGTGGCTTC
1 AATCTGCCCCTCTAGATTAGGGGTAAAAGATTGGATGGTGGCTTC
*
10729 AATCTGTCCCTCTAGATTAGGGGTAAAAGATTGGATGGTGGCTTC
1 AATCTGCCCCTCTAGATTAGGGGTAAAAGATTGGATGGTGGCTTC
* * * *
10774 AATCTGTCCCTCTAGATTAGGGGTAAAAGATTGGATGCCT-GTTTT
1 AATCTGCCCCTCTAGATTAGGGGTAAAAGATTGGATG-GTGGCTTC
* * *
10819 AATCTACCCCTCTAGATTAAGGGTAAAAGACTGGATGGTGGCTTC
1 AATCTGCCCCTCTAGATTAGGGGTAAAAGATTGGATGGTGGCTTC
* *
10864 AGTCTGTCCCT
1 AATCTGCCCCT
Statistics
Matches: 202, Mismatches: 29, Indels: 12
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
44 3 0.01
45 167 0.83
46 1 0.00
47 26 0.13
48 5 0.02
ACGTcount: A:0.25, C:0.18, G:0.25, T:0.32
Consensus pattern (45 bp):
AATCTGCCCCTCTAGATTAGGGGTAAAAGATTGGATGGTGGCTTC
Done.