Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01005313.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_119247, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 22698
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.15, T:0.32
Found at i:11802 original size:67 final size:66
Alignment explanation
Indices: 11731--11943 Score: 155
Period size: 67 Copynumber: 3.1 Consensus size: 66
11721 TTAATTCATA
*
11731 CAAAATATTAATTGTATATATTTTATCTAATTTATTAATATAAACAATTATATTAATTAATTTCG
1 CAAAATATTAATTGTATATATTTTA-CTAATTTATTAATATAAAAAATTATATTAATTAATTTCG
11796 GT
65 GT
** * ** * * * * *
11798 CAAAATA-TAAAAG-ACATGAAAATTAATATTTTTTTGAAAAAAATAAAATTAATATATGAATTT
1 CAAAATATTAATTGTATAT--ATTTTACTAATTTATT-AATATAA-AAAATT-ATAT-T-AA-TT
* *
11861 GA-TTC-AT
58 AATTTCGGT
* * *
11868 ACAAAATATTAATTGTATATATTTTACCAAATTTATTAATATAAATAGTTATATTAATTAATTTC
1 -CAAAATATTAATTGTATATATTTTA-CTAATTTATTAATATAAAAAATTATATTAATTAATTTC
11933 GGT
64 GGT
11936 CAAAATAT
1 CAAAATAT
11944 AAAATACATG
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 28, Indels: 28
0.65 0.17 0.17
Matches are distributed among these distances:
65 3 0.03
66 14 0.13
67 29 0.28
68 7 0.07
69 8 0.08
70 6 0.06
71 21 0.20
72 13 0.12
73 3 0.03
ACGTcount: A:0.46, C:0.06, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (66 bp):
CAAAATATTAATTGTATATATTTTACTAATTTATTAATATAAAAAATTATATTAATTAATTTCGG
T
Found at i:11953 original size:138 final size:138
Alignment explanation
Indices: 11706--12259 Score: 853
Period size: 138 Copynumber: 4.0 Consensus size: 138
11696 ACATAGATAA
* * *
11706 AATTAATATATGAATTTAATTCATACAAAATATTAATTGTATATATTTTATCTAATTTATTAATA
1 AATTAATATATGAATTTGATTCATACAAAATATTAATTGTATATATTTTACCAAATTTATTAATA
* *
11771 TAAACAATTATATTAATTAATTTCGGTCAAAATATAAAAGACATGAAAATTAATATTTTTTTGAA
66 TAAACAGTTATATTAATTAATTTCGATCAAAATATAAAAGACATGAAAATTAATATTTTTTTGAA
* *
11836 AAAAATAA
131 AAGAATAT
11844 AATTAATATATGAATTTGATTCATACAAAATATTAATTGTATATATTTTACCAAATTTATTAATA
1 AATTAATATATGAATTTGATTCATACAAAATATTAATTGTATATATTTTACCAAATTTATTAATA
* * * *
11909 TAAATAGTTATATTAATTAATTTCGGTCAAAATATAAAATACATGAAAATTAATA--TTTTTGGA
66 TAAACAGTTATATTAATTAATTTCGATCAAAATATAAAAGACATGAAAATTAATATTTTTTTGAA
11972 AAGAATAT
131 AAGAATAT
* *
11980 AATTAATATATGAATTTGATTCATACAAAATATTAATTGTATTTATATTACCGAAA-TTATTAAT
1 AATTAATATATGAATTTGATTCATACAAAATATTAATTGTATATATTTTACC-AAATTTATTAAT
* * * * * *
12044 ATAAATAGTTTTATTAATTAATTTCGATAAAAATATAAAAGACATGAAAATTAATATTCTTTCGG
65 ATAAACAGTTATATTAATTAATTTCGATCAAAATATAAAAGACATGAAAATTAATATTTTTTTGA
12109 AAAGAATAT
130 AAAGAATAT
* * *
12118 AATTAATATATGAATTTGATTTATACAAAACATTAATTGTATATATTTTACCTAATTTATTAATA
1 AATTAATATATGAATTTGATTCATACAAAATATTAATTGTATATATTTTACCAAATTTATTAATA
* * *
12183 TAAACAGTTATATTAATTAATTTCGATCAAAATATAAAAGATATGGAAATTAATGTTTTTTTGAA
66 TAAACAGTTATATTAATTAATTTCGATCAAAATATAAAAGACATGAAAATTAATATTTTTTTGAA
12248 AAGAATAT
131 AAGAATAT
12256 AATT
1 AATT
12260 TATTTTTACA
Statistics
Matches: 381, Mismatches: 31, Indels: 8
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
136 123 0.32
137 5 0.01
138 253 0.66
ACGTcount: A:0.47, C:0.05, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (138 bp):
AATTAATATATGAATTTGATTCATACAAAATATTAATTGTATATATTTTACCAAATTTATTAATA
TAAACAGTTATATTAATTAATTTCGATCAAAATATAAAAGACATGAAAATTAATATTTTTTTGAA
AAGAATAT
Found at i:12195 original size:274 final size:275
Alignment explanation
Indices: 11706--12259 Score: 858
Period size: 274 Copynumber: 2.0 Consensus size: 275
11696 ACATAGATAA
* * * *
11706 AATTAATATATGAATTTAATTCATACAAAATATTAATTGTATATATTTTATCTAATTTATTAATA
1 AATTAATATATGAATTTAATTCATACAAAATATTAATTGTATATATATTACCGAAATTATTAATA
* * * *
11771 TAAACAATTATATTAATTAATTTCGGTCAAAATATAAAAGACATGAAAATTAATATTTTTTTGAA
66 TAAACAATTATATTAATTAATTTCGATAAAAATATAAAAGACATGAAAATTAATATTCTTTCGAA
*
11836 AAAAATAAAATTAATATATGAATTTGATTCATACAAAATATTAATTGTATATATTTTACCAAATT
131 AAAAATAAAATTAATATATGAATTTGATTCATACAAAACATTAATTGTATATATTTTACCAAATT
* * *
11901 TATTAATATAAATAGTTATATTAATTAATTTCGGTCAAAATATAAAATACATGAAAATTAA-TAT
196 TATTAATATAAACAGTTATATTAATTAATTTCGATCAAAATATAAAAGACATGAAAATTAAGTAT
*
11965 TTTTGGAAAGAATAT
261 TTTTGAAAAGAATAT
* *
11980 AATTAATATATGAATTTGATTCATACAAAATATTAATTGTATTTATATTACCGAAATTATTAATA
1 AATTAATATATGAATTTAATTCATACAAAATATTAATTGTATATATATTACCGAAATTATTAATA
* * * *
12045 TAAATAGTTTTATTAATTAATTTCGATAAAAATATAAAAGACATGAAAATTAATATTCTTTCGGA
66 TAAACAATTATATTAATTAATTTCGATAAAAATATAAAAGACATGAAAATTAATATTCTTTCGAA
* * * *
12110 AAGAATATAATTAATATATGAATTTGATTTATACAAAACATTAATTGTATATATTTTACCTAATT
131 AAAAATAAAATTAATATATGAATTTGATTCATACAAAACATTAATTGTATATATTTTACCAAATT
* * *
12175 TATTAATATAAACAGTTATATTAATTAATTTCGATCAAAATATAAAAGATATGGAAATTAATGTT
196 TATTAATATAAACAGTTATATTAATTAATTTCGATCAAAATATAAAAGACATGAAAATTAA-GTA
12240 TTTTTGAAAAGAATAT
260 TTTTTGAAAAGAATAT
12256 AATT
1 AATT
12260 TATTTTTACA
Statistics
Matches: 252, Mismatches: 26, Indels: 2
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
274 232 0.92
276 20 0.08
ACGTcount: A:0.47, C:0.05, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (275 bp):
AATTAATATATGAATTTAATTCATACAAAATATTAATTGTATATATATTACCGAAATTATTAATA
TAAACAATTATATTAATTAATTTCGATAAAAATATAAAAGACATGAAAATTAATATTCTTTCGAA
AAAAATAAAATTAATATATGAATTTGATTCATACAAAACATTAATTGTATATATTTTACCAAATT
TATTAATATAAACAGTTATATTAATTAATTTCGATCAAAATATAAAAGACATGAAAATTAAGTAT
TTTTGAAAAGAATAT
Found at i:12359 original size:62 final size:63
Alignment explanation
Indices: 12247--12371 Score: 173
Period size: 62 Copynumber: 2.0 Consensus size: 63
12237 GTTTTTTTGA
* *
12247 AAAGAATATAATTTATTTTTACAACTTTCCTTTTATCTTCTCTATTAATAAAAGAATAATCCT
1 AAAGAATATAATTTATTTTTACAACTTTCCATTTAGCTTCTCTATTAATAAAAGAATAATCCT
* * **
12310 AAAGAATATAATTTATTTTT-TAACTTTTCATTT-GCATTCTCTATTAATAAGGGAATAATCCT
1 AAAGAATATAATTTATTTTTACAACTTTCCATTTAGC-TTCTCTATTAATAAAAGAATAATCCT
12372 TATTTTCCTT
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 6, Indels: 3
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
61 1 0.02
62 34 0.62
63 20 0.36
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.06, T:0.45
Consensus pattern (63 bp):
AAAGAATATAATTTATTTTTACAACTTTCCATTTAGCTTCTCTATTAATAAAAGAATAATCCT
Done.