Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01005390.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_119393, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Length: 3885
ACGTcount: A:0.26, C:0.22, G:0.17, T:0.36
Found at i:425 original size:50 final size:50
Alignment explanation
Indices: 371--978 Score: 197
Period size: 49 Copynumber: 12.3 Consensus size: 50
361 GTCATTACGG
* * * * **
371 CCTCAACCTTTCCTTTTATATCTTCTAAGGTATCGGATTTGCCGTCGTGA
1 CCTCAACCTTTCCTATTACATCTTCTAAGGTATCGGGTTCGCCGTTATGA
* ** * *
421 CCTCAATCC-TTCCCATCGCATCTTCTAAGGTATCGGGTTCGCCATTATGG
1 CCTCAA-CCTTTCCTATTACATCTTCTAAGGTATCGGGTTCGCCGTTATGA
* * * * *
471 CCTCAACCTTTCCTATTGCATCTTTTTAGGTACCAGGTTCGCCG-T-TGCA
1 CCTCAACCTTTCCTATTACATCTTCTAAGGTATCGGGTTCGCCGTTATG-A
* * * * *
520 GCCTCAACCTTTCCCTTTTATATCTTCGT--GGTTTCGGGTTTGCCGTTACGA
1 -CCTCAACCTTT-CCTATTACATCTTC-TAAGGTATCGGGTTCGCCGTTATGA
* ** * * * ** ** *
571 CCTCAACCTTTCCCATCGCATCTTTTTAGGTACCGGGTTCATCGTTGCGG
1 CCTCAACCTTTCCTATTACATCTTCTAAGGTATCGGGTTCGCCGTTATGA
* * * * *
621 CCTCAACGTTTCCT-TT-CGTATCTT-TATGGTA-CTGGATTTGCCGTTGTGA
1 CCTCAACCTTTCCTATTAC--ATCTTCTAAGGTATC-GGGTTCGCCGTTATGA
* * * *
670 CCTCAACCTTTCC-CTT-CGTATCTTC-ATGGTACCGGGTTCGCCGTTA-CA
1 CCTCAACCTTTCCTATTAC--ATCTTCTAAGGTATCGGGTTCGCCGTTATGA
* * * * * * ** * *
718 GCCTCAACCTTTCCCATCACTTCTTATTAGGTATAC-AGTTCATCGTTGTGG
1 -CCTCAACCTTTCCTATTACATCTTCTAAGGTAT-CGGGTTCGCCGTTATGA
* * * *
769 CCTCAACCTTTCC-CTT-CGTATCTTC-ATGGTACCGGGTTCGTCG-T-TGCA
1 CCTCAACCTTTCCTATTAC--ATCTTCTAAGGTATCGGGTTCGCCGTTATG-A
* * * * *
817 GCCTCAACCTTTCC-CTT-CGTATCTTC-ATGGTACCGGGTTCGCCGTTGTGG
1 -CCTCAACCTTTCCTATTAC--ATCTTCTAAGGTATCGGGTTCGCCGTTATGA
* * * ** **
867 CCTCAACCTTTCC-CTT-CGTATCTTC-ATGGTACCGGGTTTACCGTTGCGA
1 CCTCAACCTTTCCTATTAC--ATCTTCTAAGGTATCGGGTTCGCCGTTATGA
* * * * *
916 CCTCAACCTTT-CTCATCACATCTTCTAAGGTATTGGGTTCGTCATTATGG
1 CCTCAACCTTTCCT-ATTACATCTTCTAAGGTATCGGGTTCGCCGTTATGA
966 CCTCAACCTTTCC
1 CCTCAACCTTTCC
979 CTTCATATCT
Statistics
Matches: 426, Mismatches: 98, Indels: 67
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
47 2 0.00
48 10 0.02
49 198 0.46
50 194 0.46
51 20 0.05
52 2 0.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.30, G:0.18, T:0.37
Consensus pattern (50 bp):
CCTCAACCTTTCCTATTACATCTTCTAAGGTATCGGGTTCGCCGTTATGA
Found at i:693 original size:99 final size:99
Alignment explanation
Indices: 468--1178 Score: 573
Period size: 99 Copynumber: 7.2 Consensus size: 99
458 TTCGCCATTA
* * * *
468 TGGCCTCAACCTTT-CCTATTGCATCTTTTTAGGTACCAGGTTCGCCGTTGCAGCCTCAACCTTT
1 TGGCCTCAACCTTTCCCT-TCGTATCTTCTTAGGTACCGGGTTCGCCGTTGCAGCCTCAACCTTT
* * * *
532 CCCTTTTATATCTTCGTGGT-TTCGGGTTTGCCGTTA
65 CCC-TTCATATCTTCATGGTACT-GGGTTTGCCGTTG
* * * * * ** * *
568 CGACCTCAACCTTTCCCATCGCATCTTTTTAGGTACCGGGTTCATCGTTGCGGCCTCAACGTTTC
1 TGGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTCTTAGGTACCGGGTTCGCCGTTGCAGCCTCAACCTTTC
* * * *
633 CTTTCGTATCTTTATGGTACTGGATTTGCCGTTG
66 CCTTCATATCTTCATGGTACTGGGTTTGCCGTTG
* * *
667 TGACCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTCAT-GGTACCGGGTTCGCCGTTACAGCCTCAACCTTTC
1 TGGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTCTTAGGTACCGGGTTCGCCGTTGCAGCCTCAACCTTTC
* ** ***
731 CCATCACT-TCTT-ATTAGGTA-TACAGTTCATCGTTG
66 CCTTCA-TATCTTCA-T-GGTACT-GGGTTTGCCGTTG
* *
766 TGGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTCAT-GGTACCGGGTTCGTCGTTGCAGCCTCAACCTTTC
1 TGGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTCTTAGGTACCGGGTTCGCCGTTGCAGCCTCAACCTTTC
* * *
830 CCTTCGTATCTTCATGGTACCGGGTTCGCCGTTG
66 CCTTCATATCTTCATGGTACTGGGTTTGCCGTTG
* **
864 TGGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTCAT-GGTACCGGGTTTACCGTTGC-GACCTCAACCTTT
1 TGGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTCTTAGGTACCGGGTTCGCCGTTGCAG-CCTCAACCTTT
* * * * * * * * *
927 CTCATCACATCTTCTAAGGTATTGGGTTCGTCATTA
65 CCCTTCATATCTTC-ATGGTACTGGGTTTGCCGTTG
* * * * **
963 TGGCCTCAACCTTTCCCTTCATATCTT-TTAAGGTACCAGATTCGCCATTGTTGCCTCAATCC-T
1 TGGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTCTT-AGGTACCGGGTTCGCCGTTGCAGCCTCAA-CCTT
* * *
1026 TCCCTTCAAATCTTCATGGTACTGGGTTCGCTGTTG
64 TCCCTTCATATCTTCATGGTACTGGGTTTGCCGTTG
* * * * * * ** ** *
1062 CGACCTTAACCTTTCCCATCATATCTTCTAAGGTACCAAGTTTACCGTTGCGGCCTCAACCTTTT
1 TGGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTCTTAGGTACCGGGTTCGCCGTTGCAGCCTCAACC-TTT
* * * * *
1127 CCCTTCATATCTCCAGGGTATTAGATTTGCCGTTG
65 CCCTTCATATCTTCATGGTACTGGGTTTGCCGTTG
*
1162 TGGCCTCAATC-TTCCCT
1 TGGCCTCAACCTTTCCCT
1179 GTCAAACCTA
Statistics
Matches: 492, Mismatches: 101, Indels: 37
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
97 2 0.00
98 123 0.25
99 236 0.48
100 126 0.26
101 5 0.01
ACGTcount: A:0.16, C:0.30, G:0.18, T:0.37
Consensus pattern (99 bp):
TGGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTCTTAGGTACCGGGTTCGCCGTTGCAGCCTCAACCTTTC
CCTTCATATCTTCATGGTACTGGGTTTGCCGTTG
Found at i:954 original size:148 final size:149
Alignment explanation
Indices: 370--1138 Score: 547
Period size: 148 Copynumber: 5.2 Consensus size: 149
360 TGTCATTACG
* * * * * *
370 GCCTCAACCTTTCCTTTTATATCTTCTAAGGTATCGGATTTGCCG-T-CGTGACCTCAATCC-TT
1 GCCTCAACCTTTCCCTTCATATCTTC-ATGGTACCGGGTTCGCCGTTACG-G-CCTCAA-CCTTT
* * * * ** * * *** *
432 CCCATCGCATCTTC-TAAGGTATCGGGTTCGCCATTATGGCCTCAACCTTTCCTATTGCATCTTT
62 CCCATCGTATCTTCAT-AGGTACCGGGTTCACCGTTGCGACCTCAACCTTTCCCATCATATCTTC
* **
496 TTAGGTACCAGGTTCGCCGTTGCA
126 TAAGGTACTGGGTTCGCCGTTGCA
* * ** * *
520 GCCTCAACCTTTCCCTTTTATATCTTCGTGGTTTCGGGTTTGCCGTTACGACCTCAACCTTTCCC
1 GCCTCAACCTTTCCC-TTCATATCTTCATGGTACCGGGTTCGCCGTTACGGCCTCAACCTTTCCC
* ** * * * ** * *
585 ATCGCATCTTTTTAGGTACCGGGTTCATCGTTGCGGCCTCAACGTTTCCTTTCGTATCTT-TATG
65 ATCGTATCTTCATAGGTACCGGGTTCACCGTTGCGACCTCAACCTTTCCCATCATATCTTCTAAG
* * *
649 GTACTGGATTTGCCGTTG-T
130 GTACTGGGTTCGCCGTTGCA
* *
668 GACCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTCATGGTACCGGGTTCGCCGTTACAGCCTCAACCTTTCCC
1 G-CCTCAACCTTTCCCTTCATATCTTCATGGTACCGGGTTCGCCGTTACGGCCTCAACCTTTCCC
* * * * * * * *
733 ATCACT-TCTT-ATTAGGTATAC-AGTTCATCGTTGTGGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTC-
65 ATC-GTATCTTCA-TAGGTA-CCGGGTTCACCGTTGCGACCTCAACCTTTCCCATCATATCTTCT
* * *
794 ATGGTACCGGGTTCGTCGTTGCA
127 AAGGTACTGGGTTCGCCGTTGCA
* ** *
817 GCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTCATGGTACCGGGTTCGCCGTTGTGGCCTCAACCTTTCCCT
1 GCCTCAACCTTTCCCTTCATATCTTCATGGTACCGGGTTCGCCGTTACGGCCTCAACCTTTCCCA
* * *
882 TCGTATCTTCAT-GGTACCGGGTTTACCGTTGCGACCTCAACCTTTCTCATCACATCTTCTAAGG
66 TCGTATCTTCATAGGTACCGGGTTCACCGTTGCGACCTCAACCTTTCCCATCATATCTTCTAAGG
* * * ***
946 TATTGGGTTCGTCATTATG
131 TACTGGGTTCGCCGTTGCA
* * * * * ***
965 GCCTCAACCTTTCCCTTCATATCTTTTAAGGTACCAGATTCGCCATTGTTGCCTCAATCC-TTCC
1 GCCTCAACCTTTCCCTTCATATC-TTCATGGTACCGGGTTCGCCGTTACGGCCTCAA-CCTTTCC
* ** * * * *
1029 CTTCAAATCTTCAT-GGTACTGGGTTCGCTGTTGCGACCTTAACCTTTCCCATCATATCTTCTAA
64 CATCGTATCTTCATAGGTACCGGGTTCACCGTTGCGACCTCAACCTTTCCCATCATATCTTCTAA
*** ** *
1093 GGTACCAAGTTTACCGTTGCG
129 GGTACTGGGTTCGCCGTTGCA
1114 GCCTCAACCTTTTCCCTTCATATCT
1 GCCTCAACC-TTTCCCTTCATATCT
1139 CCAGGGTATT
Statistics
Matches: 508, Mismatches: 93, Indels: 37
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
146 1 0.00
147 36 0.07
148 212 0.42
149 142 0.28
150 102 0.20
151 13 0.03
152 2 0.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.30, G:0.17, T:0.37
Consensus pattern (149 bp):
GCCTCAACCTTTCCCTTCATATCTTCATGGTACCGGGTTCGCCGTTACGGCCTCAACCTTTCCCA
TCGTATCTTCATAGGTACCGGGTTCACCGTTGCGACCTCAACCTTTCCCATCATATCTTCTAAGG
TACTGGGTTCGCCGTTGCA
Found at i:989 original size:50 final size:50
Alignment explanation
Indices: 369--1138 Score: 524
Period size: 50 Copynumber: 15.5 Consensus size: 50
359 TTGTCATTAC
* * * * * *
369 GGCCTCAACCTTTCCTTTTATATCTTCTAAGGTATCGGATTTGCCGTCGT
1 GGCCTCAACCTTTCCCTTCATATCTTCTAAGGTACCGGGTTCGCCGTTGT
* * ** * * *
419 GACCTCAATCC-TTCCCATCGCATCTTCTAAGGTATCGGGTTCGCCATTAT
1 GGCCTCAA-CCTTTCCCTTCATATCTTCTAAGGTACCGGGTTCGCCGTTGT
* * * * *
469 GGCCTCAACCTTTCCTATTGC--ATCTTTTTAGGTACCAGGTTCGCCGTTGC
1 GGCCTCAACCTTTCC-CTT-CATATCTTCTAAGGTACCGGGTTCGCCGTTGT
* * ** * **
519 AGCCTCAACCTTTCCCTTTTATATCTTCGT--GGTTTCGGGTTTGCCGTTAC
1 GGCCTCAACCTTTCCC-TTCATATCTTC-TAAGGTACCGGGTTCGCCGTTGT
* * ** * * ** *
569 GACCTCAACCTTTCCCATCGCATCTTTTTAGGTACCGGGTTCATCGTTGC
1 GGCCTCAACCTTTCCCTTCATATCTTCTAAGGTACCGGGTTCGCCGTTGT
* * * * * * *
619 GGCCTCAACGTTTCCTTTCGTATCTT-TATGGTACTGGATTTGCCGTTGT
1 GGCCTCAACCTTTCCCTTCATATCTTCTAAGGTACCGGGTTCGCCGTTGT
* * * **
668 GACCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTC-ATGGTACCGGGTTCGCCGTTAC
1 GGCCTCAACCTTTCCCTTCATATCTTCTAAGGTACCGGGTTCGCCGTTGT
* * * * * * **
717 AGCCTCAACCTTTCCCATCACT-TCTTATTAGGTATAC-AGTTCATCGTTGT
1 GGCCTCAACCTTTCCCTTCA-TATCTTCTAAGGTA-CCGGGTTCGCCGTTGT
* * * *
767 GGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTC-ATGGTACCGGGTTCGTCGTTGC
1 GGCCTCAACCTTTCCCTTCATATCTTCTAAGGTACCGGGTTCGCCGTTGT
* * *
816 AGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTC-ATGGTACCGGGTTCGCCGTTGT
1 GGCCTCAACCTTTCCCTTCATATCTTCTAAGGTACCGGGTTCGCCGTTGT
* * ** *
865 GGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTC-ATGGTACCGGGTTTACCGTTGC
1 GGCCTCAACCTTTCCCTTCATATCTTCTAAGGTACCGGGTTCGCCGTTGT
* * * * ** * * *
914 GACCTCAACCTTTCTCATCACATCTTCTAAGGTATTGGGTTCGTCATTAT
1 GGCCTCAACCTTTCCCTTCATATCTTCTAAGGTACCGGGTTCGCCGTTGT
* * * *
964 GGCCTCAACCTTTCCCTTCATATCTTTTAAGGTACCAGATTCGCCATTGT
1 GGCCTCAACCTTTCCCTTCATATCTTCTAAGGTACCGGGTTCGCCGTTGT
* * * * * *
1014 TGCCTCAATCC-TTCCCTTCAAATCTTC-ATGGTACTGGGTTCGCTGTTGC
1 GGCCTCAA-CCTTTCCCTTCATATCTTCTAAGGTACCGGGTTCGCCGTTGT
* * * ** ** *
1063 GACCTTAACCTTTCCCATCATATCTTCTAAGGTACCAAGTTTACCGTTGC
1 GGCCTCAACCTTTCCCTTCATATCTTCTAAGGTACCGGGTTCGCCGTTGT
1113 GGCCTCAACCTTTTCCCTTCATATCT
1 GGCCTCAACC-TTTCCCTTCATATCT
1139 CCAGGGTATT
Statistics
Matches: 555, Mismatches: 144, Indels: 41
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
48 4 0.01
49 245 0.44
50 279 0.50
51 25 0.05
52 2 0.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.30, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (50 bp):
GGCCTCAACCTTTCCCTTCATATCTTCTAAGGTACCGGGTTCGCCGTTGT
Done.