Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01005391.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_119394, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Found at i:608 original size:50 final size:49
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Indices: 419--1132 Score: 415
Period size: 49 Copynumber: 14.4 Consensus size: 49
409 TTGCCGTCGT
* * * **
419 GACCTCAATCC-TT-CCTATCGCATCTTCTAAGGTATCGGGTTCGCCATTAT
1 GACCTCAA-CCTTTCCCT-TCGCATCTTCT-TGGTACCGGGTTCGCCGTTGC
* * * *
469 GGCCTCAACCTTT-CCTATTGCATCTTTTTAGGTACCAGGTTCGCCGTTGC
1 GACCTCAACCTTTCCCT-TCGCATCTTCTT-GGTACCGGGTTCGCCGTTGC
*** * ** ** *
519 -AGCCTCAACCTTTCCCTTTTATATCTTCGTGGTTTCGGGTTTACCGTTAC
1 GA-CCTCAACCTTTCCC-TTCGCATCTTCTTGGTACCGGGTTCGCCGTTGC
* * **
569 GACCTCAACCTTTCCCATCGCATCTTTTTAGGTACCGGGTTCATCGTTGC
1 GACCTCAACCTTTCCCTTCGCATCTTCTT-GGTACCGGGTTCGCCGTTGC
* * * * * * * *
619 GGCCTCAACGTTTCCTTTCGTATCTT-TATGGTACTGGATTTGCCATTGC
1 GACCTCAACCTTTCCCTTCGCATCTTCT-TGGTACCGGGTTCGCCGTTGC
* * *
668 GACCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTCATGGTACCGGGTTCGCCGTTAC
1 GACCTCAACCTTTCCCTTCGCATCTTCTTGGTACCGGGTTCGCCGTTGC
* * * * * * ** *
717 -AGCCTCAACCTTTCCCATCACTTCTTATTAGGTATAC-AGTTCATCGTTGT
1 GA-CCTCAACCTTTCCCTTCGCATCTTCTT-GGTA-CCGGGTTCGCCGTTGC
* * * *
767 GGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTCATGGTACCGGGTTCGTCGTTGC
1 GACCTCAACCTTTCCCTTCGCATCTTCTTGGTACCGGGTTCGCCGTTGC
* * * *
816 -AGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTCATGGTACCGAGTTCGCCGTTGT
1 GA-CCTCAACCTTTCCCTTCGCATCTTCTTGGTACCGGGTTCGCCGTTGC
* * **
865 GGCCTCAACCTTTCCCTTCGCATCTTCATGGTACCGGGTTTACCGTTGC
1 GACCTCAACCTTTCCCTTCGCATCTTCTTGGTACCGGGTTCGCCGTTGC
* * * * * * * **
914 GACCTCAACCTTTCTCATCACATCTTCTAAGGTACTGGGTTCGTCATTAT
1 GACCTCAACCTTTCCCTTCGCATCTTCT-TGGTACCGGGTTCGCCGTTGC
* ** * * *
964 GGCCTCAACCTTTCCCTTCATATCTT-TTAAGGTACCAGATTCGCCATTGC
1 GACCTCAACCTTTCCCTTCGCATCTTCTT--GGTACCGGGTTCGCCGTTGC
** * * *
1014 TG-CCTCAATCC-TTCCCTTCAAATCTTCATGGTACTGGGTTCGCTGTTGC
1 -GACCTCAA-CCTTTCCCTTCGCATCTTCTTGGTACCGGGTTCGCCGTTGC
* * ** * ** **
1063 GACCTTAACCTTTCCCATCATATCTTCTAAGGTACCAAGTTTACCGTTGC
1 GACCTCAACCTTTCCCTTCGCATCTTCT-TGGTACCGGGTTCGCCGTTGC
*
1113 GGCCTCAACCTTTTCCCTTC
1 GACCTCAACC-TTTCCCTTC
1133 ATATCTCCAG
Statistics
Matches: 509, Mismatches: 129, Indels: 51
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
48 5 0.01
49 242 0.48
50 237 0.47
51 24 0.05
52 1 0.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.31, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (49 bp):
GACCTCAACCTTTCCCTTCGCATCTTCTTGGTACCGGGTTCGCCGTTGC
Found at i:723 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 368--1138 Score: 503
Period size: 50 Copynumber: 15.5 Consensus size: 49
358 TTTGTCATTA
* ** * * * * *
368 CGGCCTCAACCTTTCCTTTTATATCTTCTAAGGTATCGGATTTGCCGTCG
1 CGGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTC-ATGGTACCGGGTTCGCCGTTG
* * * * * * *
418 TGACCTCAATCC-TT-CCTATCGCATCTTCTAAGGTATCGGGTTCGCCATTA
1 CGGCCTCAA-CCTTTCCCT-TCGTATCTTC-ATGGTACCGGGTTCGCCGTTG
* * * ** *
468 TGGCCTCAACCTTT-CCTATTGCATCTTTTTAGGTACCAGGTTCGCCGTTG
1 CGGCCTCAACCTTTCCCT-TCGTATCTTCAT-GGTACCGGGTTCGCCGTTG
* ** * ** ** *
518 CAGCCTCAACCTTTCCCTTTTATATCTTCGTGGTTTCGGGTTTACCGTTA
1 CGGCCTCAACCTTTCCC-TTCGTATCTTCATGGTACCGGGTTCGCCGTTG
* * * ** **
568 CGACCTCAACCTTTCCCATCGCATCTTTTTAGGTACCGGGTTCATCGTTG
1 CGGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTCAT-GGTACCGGGTTCGCCGTTG
* * * * * * *
618 CGGCCTCAACGTTTCCTTTCGTATCTTTATGGTACTGGATTTGCCATTG
1 CGGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTCATGGTACCGGGTTCGCCGTTG
* *
667 CGACCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTCATGGTACCGGGTTCGCCGTTA
1 CGGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTCATGGTACCGGGTTCGCCGTTG
* * * * * **
716 CAGCCTCAACCTTTCCCATCACT-TCTT-ATTAGGTATAC-AGTTCATCGTTG
1 CGGCCTCAACCTTTCCCTTC-GTATCTTCA-T-GGTA-CCGGGTTCGCCGTTG
* *
766 TGGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTCATGGTACCGGGTTCGTCGTTG
1 CGGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTCATGGTACCGGGTTCGCCGTTG
* *
815 CAGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTCATGGTACCGAGTTCGCCGTTG
1 CGGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTCATGGTACCGGGTTCGCCGTTG
* * **
864 TGGCCTCAACCTTTCCCTTCGCATCTTCATGGTACCGGGTTTACCGTTG
1 CGGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTCATGGTACCGGGTTCGCCGTTG
* * * ** * * * * *
913 CGACCTCAACCTTTCTCATCACATCTTCTAAGGTACTGGGTTCGTCATTA
1 CGGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTC-ATGGTACCGGGTTCGCCGTTG
* * * * * * *
963 TGGCCTCAACCTTTCCCTTCATATCTTTTAAGGTACCAGATTCGCCATTG
1 CGGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATC-TTCATGGTACCGGGTTCGCCGTTG
* ** * *
1013 CTGCCTCAATCC-TTCCCTTCAAATCTTCATGGTACTGGGTTCGCTGTTG
1 CGGCCTCAA-CCTTTCCCTTCGTATCTTCATGGTACCGGGTTCGCCGTTG
* * * * * ** **
1062 CGACCTTAACCTTTCCCATCATATCTTCTAAGGTACCAAGTTTACCGTTG
1 CGGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTC-ATGGTACCGGGTTCGCCGTTG
*
1112 CGGCCTCAACCTTTTCCCTTCATATCT
1 CGGCCTCAACC-TTTCCCTTCGTATCT
1139 CCAGGGTATT
Statistics
Matches: 561, Mismatches: 140, Indels: 39
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
48 4 0.01
49 249 0.44
50 275 0.49
51 32 0.06
52 1 0.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.31, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (49 bp):
CGGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTCATGGTACCGGGTTCGCCGTTG
Found at i:748 original size:148 final size:147
Alignment explanation
Indices: 356--989 Score: 510
Period size: 148 Copynumber: 4.3 Consensus size: 147
346 TAAGGTGTTA
* * * * * * * * * ***
356 GGTTTGTCATTACGGCCTCAACCTTTCCTTTTATATCTTCTAAGGTATCGGATTTGCCGTCGTGA
1 GGTTCGTCATTGCGACCTCAACCTTTCCCTTCATATCTTC-ATGGTACCGGGTTCGCCGTTACG-
* * * * ** * **
421 CCTCAATCC-TTCCTATCGCATCTTCTAAGGTATCGGGTTCGCCATTATGGCCTCAACCTTTCCT
64 CCTCAA-CCTTTCCCATCGCATCTTATTAGGTACCGGGTTCATCGTTGCGGCCTCAACCTTTCCT
* * **
485 ATT-GCATCTTTTTAGGTACCA
128 -TTCGTATCTTTAT-GGTACTG
* * * * ** **
506 GGTTCGCCGTTGC-AGCCTCAACCTTTCCCTTTTATATCTTCGTGGTTTCGGGTTTACCGTTACG
1 GGTTCGTCATTGCGA-CCTCAACCTTTCCC-TTCATATCTTCATGGTACCGGGTTCGCCGTTACG
* *
570 ACCTCAACCTTTCCCATCGCATCTTTTTAGGTACCGGGTTCATCGTTGCGGCCTCAACGTTTCCT
64 -CCTCAACCTTTCCCATCGCATCTTATTAGGTACCGGGTTCATCGTTGCGGCCTCAACCTTTCCT
635 TTCGTATCTTTATGGTACTG
128 TTCGTATCTTTATGGTACTG
* * * *
655 GATTTGCCATTGCGACCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTCATGGTACCGGGTTCGCCGTTACAGC
1 GGTTCGTCATTGCGACCTCAACCTTTCCCTTCATATCTTCATGGTACCGGGTTCGCCGTTAC-GC
* * * * * *
720 CTCAACCTTTCCCATCACTTCTTATTAGGTATAC-AGTTCATCGTTGTGGCCTCAACCTTTCCCT
65 CTCAACCTTTCCCATCGCATCTTATTAGGTA-CCGGGTTCATCGTTGCGGCCTCAACCTTTCCTT
* *
784 TCGTATCTTCATGGTACCG
129 TCGTATCTTTATGGTACTG
* * * **
803 GGTTCGTCGTTGC-AGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTCATGGTACCGAGTTCGCCGTTGTGG
1 GGTTCGTCATTGCGA-CCTCAACCTTTCCCTTCATATCTTCATGGTACCGGGTTCGCCGTT-ACG
* * * *
867 CCTCAACCTTTCCCTTCGCATCTTCA-T-GGTACCGGGTTTACCGTTGCGACCTCAACCTTT-CT
64 CCTCAACCTTTCCCATCGCATCTT-ATTAGGTACCGGGTTCATCGTTGCGGCCTCAACCTTTCCT
* ** *
929 CATCACATCTTCTAAGGTACTG
128 -TTCGTATCTT-TATGGTACTG
** *
951 GGTTCGTCATTATGGCCTCAACCTTTCCCTTCATATCTT
1 GGTTCGTCATTGCGACCTCAACCTTTCCCTTCATATCTT
990 TTAAGGTACC
Statistics
Matches: 394, Mismatches: 76, Indels: 30
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
146 2 0.01
147 33 0.08
148 214 0.54
149 36 0.09
150 98 0.25
151 11 0.03
ACGTcount: A:0.16, C:0.30, G:0.18, T:0.37
Consensus pattern (147 bp):
GGTTCGTCATTGCGACCTCAACCTTTCCCTTCATATCTTCATGGTACCGGGTTCGCCGTTACGCC
TCAACCTTTCCCATCGCATCTTATTAGGTACCGGGTTCATCGTTGCGGCCTCAACCTTTCCTTTC
GTATCTTTATGGTACTG
Found at i:1045 original size:149 final size:148
Alignment explanation
Indices: 571--1097 Score: 429
Period size: 148 Copynumber: 3.6 Consensus size: 148
561 ACCGTTACGA
* ** ** * * * **
571 CCTCAACCTTTCCCATCGCATCTTTTTAGGTACCGGGTTCATCGTTGCGGCCTCAACGTTTCCTT
1 CCTCAACCTTTCCCTTCAAATCTTCAT-GGTACCGGGTTCACCGTTGCGACCTCAACCTTTCCCA
** * * * * ** * * *
636 TCGTATCTT-TATGGTACTGGATTTGCCATTGCGACCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTCATGGT
65 TCACATCTTCTAAGGTACTGGGTTCGTCATTATGGCCTCAACCTTTCCCTTCATATCTTCAAGGT
* * ***
700 ACCGGGTTCGCCGTTACAG
130 ACCGAGTTCGCCATTGTGG
* ** * * * * *
719 CCTCAACCTTTCCCATCACTTCTT-ATTAGGTATAC-AGTTCATCGTTGTGGCCTCAACCTTTCC
1 CCTCAACCTTTCCCTTCAAATCTTCA-T-GGTA-CCGGGTTCACCGTTGCGACCTCAACCTTTCC
* ** * * * *** * *
782 CTTCGTATCTTC-ATGGTACCGGGTTCGTCGTTGCAGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTCATG
63 CATCACATCTTCTAAGGTACTGGGTTCGTCATTATGGCCTCAACCTTTCCCTTCATATCTTCAAG
*
846 GTACCGAGTTCGCCGTTGTGG
128 GTACCGAGTTCGCCATTGTGG
** * *
867 CCTCAACCTTTCCCTTCGCATCTTCATGGTACCGGGTTTACCGTTGCGACCTCAACCTTTCTCAT
1 CCTCAACCTTTCCCTTCAAATCTTCATGGTACCGGGTTCACCGTTGCGACCTCAACCTTTCCCAT
*
932 CACATCTTCTAAGGTACTGGGTTCGTCATTATGGCCTCAACCTTTCCCTTCATATCTTTTAAGGT
66 CACATCTTCTAAGGTACTGGGTTCGTCATTATGGCCTCAACCTTTCCCTTCATATC-TTCAAGGT
997 ACC-AGATTCGCCATTGCT-G
130 ACCGAG-TTCGCCATTG-TGG
* * * *
1016 CCTCAATCC-TTCCCTTCAAATCTTCATGGTACTGGGTTCGCTGTTGCGACCTTAACCTTTCCCA
1 CCTCAA-CCTTTCCCTTCAAATCTTCATGGTACCGGGTTCACCGTTGCGACCTCAACCTTTCCCA
*
1080 TCATATCTTCTAAGGTAC
65 TCACATCTTCTAAGGTAC
1098 CAAGTTTACC
Statistics
Matches: 318, Mismatches: 51, Indels: 19
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
146 1 0.00
147 35 0.11
148 188 0.59
149 91 0.29
150 3 0.01
ACGTcount: A:0.17, C:0.31, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (148 bp):
CCTCAACCTTTCCCTTCAAATCTTCATGGTACCGGGTTCACCGTTGCGACCTCAACCTTTCCCAT
CACATCTTCTAAGGTACTGGGTTCGTCATTATGGCCTCAACCTTTCCCTTCATATCTTCAAGGTA
CCGAGTTCGCCATTGTGG
Found at i:1047 original size:99 final size:99
Alignment explanation
Indices: 363--1138 Score: 509
Period size: 99 Copynumber: 7.8 Consensus size: 99
353 TTAGGTTTGT
* * ** * * * *
363 CATTACGGCCTCAACCTTTCCTTTTATATCTTCTAAGGTATCGGATTTGCCGTCGTG-A-CCTCA
1 CATTATGGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTTTAAGGTACCGGGTTCGCCGT--TGCAGCCTCA
* *
426 ATCC-TT-CCTATCGCATCTTCTAAGGTA-TCGGGTTCGC
64 A-CCTTTCCCT-TCACATCTTC-ATGGTACT-GGGTTCGC
* * * *
463 CATTATGGCCTCAACCTTT-CCTATTGCATCTTTTTAGGTACCAGGTTCGCCGTTGCAGCCTCAA
1 CATTATGGCCTCAACCTTTCCCT-TCGTATCTTTTAAGGTACCGGGTTCGCCGTTGCAGCCTCAA
* * * * **
527 CCTTTCCCTTTTATATCTTCGTGGT-TTCGGGTTTAC
65 CCTTTCCC-TTCACATCTTCATGGTACT-GGGTTCGC
* * * * * * ** *
563 CGTTACGACCTCAACCTTTCCCATCGCATCTTTTTAGGTACCGGGTTCATCGTTGCGGCCTCAAC
1 CATTATGGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTTTAAGGTACCGGGTTCGCCGTTGCAGCCTCAAC
* * ** * * *
628 GTTTCCTTTCGTATCTTTATGGTACTGGATTTGC
66 CTTTCCCTTCACATCTTCATGGTACTGGGTTCGC
** * * * *
662 CATTGCGACCTCAACCTTTCCCTTCGTATC-TTCATGGTACCGGGTTCGCCGTTACAGCCTCAAC
1 CATTATGGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTTTAAGGTACCGGGTTCGCCGTTGCAGCCTCAAC
* * ** **
726 CTTTCCCATCACTTCTT-ATTAGGTA-TACAGTTCAT
66 CTTTCCCTTCACATCTTCA-T-GGTACT-GGGTTCGC
* * * * *
761 CGTTGTGGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATC-TTCATGGTACCGGGTTCGTCGTTGCAGCCTCAAC
1 CATTATGGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTTTAAGGTACCGGGTTCGCCGTTGCAGCCTCAAC
** * *
825 CTTTCCCTTCGTATCTTCATGGTACCGAGTTCGC
66 CTTTCCCTTCACATCTTCATGGTACTGGGTTCGC
* * * * * **
859 CGTTGTGGCCTCAACCTTTCCCTTCGCATC-TTCATGGTACCGGGTTTACCGTTGC-GACCTCAA
1 CATTATGGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTTTAAGGTACCGGGTTCGCCGTTGCAG-CCTCAA
* * * *
922 CCTTTCTCATCACATCTTCTAAGGTACTGGGTTCGT
65 CCTTTCCCTTCACATCTTC-ATGGTACTGGGTTCGC
* * * * *
958 CATTATGGCCTCAACCTTTCCCTTCATATCTTTTAAGGTACCAGATTCGCCATTGCTGCCTCAAT
1 CATTATGGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTTTAAGGTACCGGGTTCGCCGTTGCAGCCTCAA-
*
1023 CC-TTCCCTTCAAATCTTCATGGTACTGGGTTCGC
65 CCTTTCCCTTCACATCTTCATGGTACTGGGTTCGC
** ** * * * * * ** ** *
1057 TGTTGCGACCTTAACCTTTCCCATCATATCTTCTAAGGTACCAAGTTTACCGTTGCGGCCTCAAC
1 CATTATGGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTTTAAGGTACCGGGTTCGCCGTTGCAGCCTCAAC
*
1122 CTTTTCCCTTCATATCT
66 C-TTTCCCTTCACATCT
1139 CCAGGGTATT
Statistics
Matches: 541, Mismatches: 114, Indels: 42
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
97 2 0.00
98 125 0.23
99 230 0.43
100 169 0.31
101 14 0.03
102 1 0.00
ACGTcount: A:0.17, C:0.31, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (99 bp):
CATTATGGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTTTAAGGTACCGGGTTCGCCGTTGCAGCCTCAAC
CTTTCCCTTCACATCTTCATGGTACTGGGTTCGC
Found at i:1153 original size:149 final size:147
Alignment explanation
Indices: 368--1184 Score: 423
Period size: 148 Copynumber: 5.5 Consensus size: 147
358 TTTGTCATTA
* * * * * *
368 CGGCCTCAACCTTTCCTTTTATATCTTCTAAGGTATCGGATTTGCCGTCGTGACCTCAATCCTT-
1 CGGCCTCAACCTTTCCCTTCATATCTTC-AAGGTA-CAGATTCGCCGTTGTGGCCTCAATCCTTC
** * * * * ** * * ** *
432 CCTATCGCATCTTCTAAGGTATCGGGTTCGCCATTATGGCCTCAACCTTTCCTATTGCATCTTTT
64 CCT-TCAAATCTTC-ATGGTACCGGGTTCACCGTTGCGACCTCAACCTTTCCCATCACATCTTCT
* * *
497 TAGGTACCAGGTTCGCCGTTG
127 AAGGTACCAAGTTCACCGTTG
* * ** * * * ** ** *
518 CAGCCTCAACCTTTCCCTTTTATATCTTCGTGGTTTCGGGTTTACCGTTACGACCTCAA-CCTTT
1 CGGCCTCAACCTTTCCC-TTCATATCTTCAAGG-TACAGATTCGCCGTTGTGGCCTCAATCC-TT
* ** ** * * * ** **
582 CCCATCGCATCTTTTTAGGTACCGGGTTCATCGTTGCGGCCTCAACGTTTCCTTTCGTATCTT-T
63 CCCTTCAAATCTTCAT-GGTACCGGGTTCACCGTTGCGACCTCAACCTTTCCCATCACATCTTCT
* ** ** *
646 ATGGTA-CTGGATTTGCCATTG
127 AAGGTACCAAG-TTCACCGTTG
* * * * * ***
667 CGACCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTCATGGTACCGGGTTCGCCGTTACAGCCTCAA-CCTTTC
1 CGGCCTCAACCTTTCCCTTCATATCTTCAAGGTA-CAGATTCGCCGTTGTGGCCTCAATCC-TTC
* ** * * * * * * **
731 CCATCACTTCTT-ATTAGGTATAC-AGTTCATCGTTGTGGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTC
64 CCTTCAAATCTTCA-T-GGTA-CCGGGTTCACCGTTGCGACCTCAACCTTTCCCATCACATCTTC
* ** **
794 -ATGGTACCGGGTTCGTCGTTG
126 TAAGGTACCAAGTTCACCGTTG
* * * *
815 CAGCCTCAACCTTTCCCTTCGTATCTTCATGGTACCGAGTTCGCCGTTGTGGCCTCAA-CCTTTC
1 CGGCCTCAACCTTTCCCTTCATATCTTCAAGGTACAGA-TTCGCCGTTGTGGCCTCAATCC-TTC
** * *
879 CCTTCGCATCTTCATGGTACCGGGTTTACCGTTGCGACCTCAACCTTTCTCATCACATCTTCTAA
64 CCTTCAAATCTTCATGGTACCGGGTTCACCGTTGCGACCTCAACCTTTCCCATCACATCTTCTAA
*** ** * *
944 GGTACTGGGTTCGTCATTA
129 GGTACCAAGTTCACCGTTG
* * *
963 TGGCCTCAACCTTTCCCTTCATATCTTTTAAGGTACCAGATTCGCCATTGCT-GCCTCAATCCTT
1 CGGCCTCAACCTTTCCCTTCATATC-TTCAAGGTA-CAGATTCGCCGTTG-TGGCCTCAATCCTT
* * * * *
1027 CCCTTCAAATCTTCATGGTACTGGGTTCGCTGTTGCGACCTTAACCTTTCCCATCATATCTTCTA
63 CCCTTCAAATCTTCATGGTACCGGGTTCACCGTTGCGACCTCAACCTTTCCCATCACATCTTCTA
*
1092 AGGTACCAAGTTTACCGTTG
128 AGGTACCAAGTTCACCGTTG
* * * *
1112 CGGCCTCAACCTTTTCCCTTCATATCTCCAGGGTATTAGATTTGCCGTTGTGGCCTCAAT-CTTC
1 CGGCCTCAACC-TTTCCCTTCATATCTTCAAGGTA-CAGATTCGCCGTTGTGGCCTCAATCCTTC
1176 CCTGTCAAA
64 CCT-TCAAA
1185 CCTATAGGAT
Statistics
Matches: 538, Mismatches: 107, Indels: 45
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
146 1 0.00
147 38 0.07
148 215 0.40
149 168 0.31
150 102 0.19
151 14 0.03
ACGTcount: A:0.17, C:0.30, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (147 bp):
CGGCCTCAACCTTTCCCTTCATATCTTCAAGGTACAGATTCGCCGTTGTGGCCTCAATCCTTCCC
TTCAAATCTTCATGGTACCGGGTTCACCGTTGCGACCTCAACCTTTCCCATCACATCTTCTAAGG
TACCAAGTTCACCGTTG
Done.