Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01005433.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_119462, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 4452
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.18, T:0.33


Found at i:1011 original size:3 final size:3

Alignment explanation


    Indices: 983--1091  Score: 170
    Period size: 3  Copynumber: 37.0  Consensus size: 3

        973 CACGATTTTC

                                *                              *        
        983 ATT ATT -TT ATT -TT TTT ATT -TT CATT ATT ATT ATT ATC ATT ATT
          1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT -ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT

                                                                           
       1026 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT
          1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT

                                   
       1074 ATT ATT ATT ATT ATT ATT
          1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT

       1092 TAGGCTATAG


Statistics
Matches: 99,  Mismatches: 3, Indels: 8
        0.90            0.03        0.07

Matches are distributed among these distances:
   2    6  0.06
   3   91  0.92
   4    2  0.02

ACGTcount: A:0.30, C:0.02, G:0.00, T:0.68


Consensus pattern (3 bp):   
ATT

Found at i:1689 original size:41 final size:41

Alignment explanation


    Indices: 1632--1713  Score: 164
    Period size: 41  Copynumber: 2.0  Consensus size: 41

       1622 TTATGGTAAG

                                                     
       1632 ATTGAATCTAAGCTCGTAATTAAAGATCATGAGGAGGAGAT
          1 ATTGAATCTAAGCTCGTAATTAAAGATCATGAGGAGGAGAT

                                                     
       1673 ATTGAATCTAAGCTCGTAATTAAAGATCATGAGGAGGAGAT
          1 ATTGAATCTAAGCTCGTAATTAAAGATCATGAGGAGGAGAT

       1714 TGAACATATT


Statistics
Matches: 41,  Mismatches: 0, Indels: 0
        1.00            0.00        0.00

Matches are distributed among these distances:
  41   41  1.00

ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.24, T:0.27


Consensus pattern (41 bp):   
ATTGAATCTAAGCTCGTAATTAAAGATCATGAGGAGGAGAT

Found at i:2628 original size:24 final size:23

Alignment explanation


    Indices: 2595--2653  Score: 57
    Period size: 24  Copynumber: 2.4  Consensus size: 23

       2585 CTATTCCCTA

                                      
       2595 GTTTAATTTTTTTCAGTTT-TTTATT
          1 GTTT-ATTTTTTT-A-TTTGTTTATT

                     *             
       2620 GTTTATTTTATTATTTGTTTATT
          1 GTTTATTTTTTTATTTGTTTATT

            *          
       2643 TTATTATTTTT
          1 GT-TTATTTTT

       2654 AAAGAAGTTT


Statistics
Matches: 29,  Mismatches: 3, Indels: 5
        0.78            0.08        0.14

Matches are distributed among these distances:
  22    3  0.10
  23    8  0.28
  24   14  0.48
  25    4  0.14

ACGTcount: A:0.17, C:0.02, G:0.07, T:0.75


Consensus pattern (23 bp):   
GTTTATTTTTTTATTTGTTTATT

Found at i:2639 original size:16 final size:16

Alignment explanation


    Indices: 2618--2651  Score: 68
    Period size: 16  Copynumber: 2.1  Consensus size: 16

       2608 CAGTTTTTTA

                            
       2618 TTGTTTATTTTATTAT
          1 TTGTTTATTTTATTAT

                            
       2634 TTGTTTATTTTATTAT
          1 TTGTTTATTTTATTAT

              
       2650 TT
          1 TT

       2652 TTAAAGAAGT


Statistics
Matches: 18,  Mismatches: 0, Indels: 0
        1.00            0.00        0.00

Matches are distributed among these distances:
  16   18  1.00

ACGTcount: A:0.18, C:0.00, G:0.06, T:0.76


Consensus pattern (16 bp):   
TTGTTTATTTTATTAT

Found at i:4399 original size:13 final size:13

Alignment explanation


    Indices: 4378--4407  Score: 51
    Period size: 13  Copynumber: 2.3  Consensus size: 13

       4368 GTCAATGCAA

                         
       4378 TCAAAGTTAAATG
          1 TCAAAGTTAAATG

                *        
       4391 TCAAGGTTAAATG
          1 TCAAAGTTAAATG

                
       4404 TCAA
          1 TCAA

       4408 TATACTTAAA


Statistics
Matches: 16,  Mismatches: 1, Indels: 0
        0.94            0.06        0.00

Matches are distributed among these distances:
  13   16  1.00

ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.17, T:0.30


Consensus pattern (13 bp):   
TCAAAGTTAAATG
Done.