Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01005453.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_119495, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4021
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.13, T:0.36
Found at i:2413 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 2390--2423 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
2380 CTTGCCATTG
2390 TCCTTAGGCTTTGCCTTA
1 TCCTTAGGCTTT-CCTTA
*
2408 TCCTTAGTCTTTCCTT
1 TCCTTAGGCTTTCCTT
2424 TGCCCTTGTC
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 4 0.27
18 11 0.73
ACGTcount: A:0.09, C:0.29, G:0.12, T:0.50
Consensus pattern (17 bp):
TCCTTAGGCTTTCCTTA
Found at i:2750 original size:75 final size:75
Alignment explanation
Indices: 2627--2774 Score: 224
Period size: 75 Copynumber: 2.0 Consensus size: 75
2617 GGAAAACCAA
* * * * * *
2627 GATTATTCTCTTATTAACAGAGAAGGCAAATGAAAAGTTAGAAAAAAGAATTATTTTCTTTTCAA
1 GATTATTCACTGATTAACAGAGAAGACAAATGAAAAGTTAGAAAAAAGAAATATATTCTTTCCAA
2692 AAGAATATAG
66 AAGAATATAG
* *
2702 GATTATTCACTGATTAATAGAGAAGACATATGAAAAGTTAGAAAAAAGAAATATATTCTTTCCAA
1 GATTATTCACTGATTAACAGAGAAGACAAATGAAAAGTTAGAAAAAAGAAATATATTCTTTCCAA
2767 AAGAATAT
66 AAGAATAT
2775 TAATTTTTAT
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 8, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
75 65 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.08, G:0.14, T:0.30
Consensus pattern (75 bp):
GATTATTCACTGATTAACAGAGAAGACAAATGAAAAGTTAGAAAAAAGAAATATATTCTTTCCAA
AAGAATATAG
Found at i:3248 original size:273 final size:277
Alignment explanation
Indices: 2753--3441 Score: 1030
Period size: 273 Copynumber: 2.5 Consensus size: 277
2743 AAAAAAGAAA
* * *
2753 TATATTCTTTCCAAAAGAATATTAATTTTTATATCTTTTATATTTTGATTGAAATTAATTAATAT
1 TATATTCTTTCCAAAAGAATATTAATTTTCATGTCTTTTATATTTTGATAGAAATTAATTAATAT
* *
2818 AAATATTTATATTAATAAATTCGGTAAATTATATACAATTAATATTTTGTATGAATCTAATTAAT
66 AAATATTTATATTAATAAATTCGGTAAAATATATACAATTAATATTTTGTATGAATCAAATTAAT
* * * *
2883 ATATTAATTATATTATTTCCAAAAGAATATTAATTTTCTATGTCTTTTGTATTTTGACCTAAATT
131 ATACTAATTATATTATTTCCAAAAGAATATTAATTTTCGATGTCTTTTATATTTTGACCGAAATT
*
2948 AATTAATATAACTATTTATATTAATAAA-TCTAGTAAAATATAAACAATTAAAATTCTGTCTGAA
196 AATTAATATAACTATTTATATTAATAAATTC-AGTAAAATATAAACAATTAAAATTCTGTATGAA
3012 TCAAATTCATATATTAAT
260 TCAAATTCATATATTAAT
* *
3030 TATATTCTTCCCAAAAGAATATTAATTTCCATGTCTTTTATATTTTGATAGAAATTAA-T-AT-T
1 TATATTCTTTCCAAAAGAATATTAATTTTCATGTCTTTTATATTTTGATAGAAATTAATTAATAT
* * * * * *
3092 AATTGTTTATATTCATAAATTCAGTAAAATATATATAATTAATATTTTGTATGAATCAAATTCAT
66 AAATATTTATATTAATAAATTCGGTAAAATATATACAATTAATATTTTGTATGAATCAAATTAAT
* * *
3157 ATACTACTTATATTGTTTCTAAAAGAATATTAATTTT-GATGTCTTTTATATTTTGACCGAAATT
131 ATACTAATTATATTATTTCCAAAAGAATATTAATTTTCGATGTCTTTTATATTTTGACCGAAATT
* * * *
3221 AATTAATATAACTATTTATATTAATAAATTCGGTAAAATATATACAATTAATATTTTGTATGAAT
196 AATTAATATAACTATTTATATTAATAAATTCAGTAAAATATAAACAATTAAAATTCTGTATGAAT
3286 CAAATTCATATATTAAT
261 CAAATTCATATATTAAT
* * *
3303 TAAATTATTTCCAAAAGAATATTAATTTTCATGTCTTTAATATTTTGACTA-AAATTAATTAATA
1 TATATTCTTTCCAAAAGAATATTAATTTTCATGTCTTTTATATTTTGA-TAGAAATTAATTAATA
* * *
3367 GAACTATTTATATTAATAAATTCGGTAAAATATATACAATTAATATTTTGTATGAATCAAATTTA
65 TAAATATTTATATTAATAAATTCGGTAAAATATATACAATTAATATTTTGTATGAATCAAATTAA
*
3432 TATATTAATT
130 TATACTAATT
3442 TTATATATGT
Statistics
Matches: 368, Mismatches: 39, Indels: 11
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
273 148 0.40
274 96 0.26
275 4 0.01
276 67 0.18
277 53 0.14
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.06, T:0.46
Consensus pattern (277 bp):
TATATTCTTTCCAAAAGAATATTAATTTTCATGTCTTTTATATTTTGATAGAAATTAATTAATAT
AAATATTTATATTAATAAATTCGGTAAAATATATACAATTAATATTTTGTATGAATCAAATTAAT
ATACTAATTATATTATTTCCAAAAGAATATTAATTTTCGATGTCTTTTATATTTTGACCGAAATT
AATTAATATAACTATTTATATTAATAAATTCAGTAAAATATAAACAATTAAAATTCTGTATGAAT
CAAATTCATATATTAAT
Found at i:3278 original size:67 final size:67
Alignment explanation
Indices: 3204--3416 Score: 163
Period size: 67 Copynumber: 3.1 Consensus size: 67
3194 GATGTCTTTT
*
3204 ATATTTTGACCGAAATTAATTAATATAACTATTTATATTAATAAATTCGGTAAAATATATACAAT
1 ATATTTTGACTGAAATTAATTAATATAACTATTTATATTAATAAATTCGGTAAAATATATACAAT
3269 TA
66 TA
* * * * *
3271 ATATTTTGTA-TG-AATCAAATTCATATATTAATTAAATTAT-TTCCAAAAGAATAT---T-AAT
1 ATATTTTG-ACTGAAAT-TAATT-A-ATA-TAACT-ATTTATATT--AATA-AAT-TCGGTAAAA
* * *
3329 TTTCATGTC-TTTA
56 TAT-AT-ACAATTA
* *
3342 ATATTTTGACTAAAATTAATTAATAGAACTATTTATATTAATAAATTCGGTAAAATATATACAAT
1 ATATTTTGACTGAAATTAATTAATATAACTATTTATATTAATAAATTCGGTAAAATATATACAAT
3407 TA
66 TA
3409 ATATTTTG
1 ATATTTTG
3417 TATGAATCAA
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 19, Indels: 40
0.64 0.11 0.24
Matches are distributed among these distances:
64 1 0.01
65 3 0.03
66 7 0.07
67 32 0.30
68 11 0.10
69 6 0.06
70 12 0.11
71 24 0.22
72 7 0.07
73 3 0.03
74 1 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.07, G:0.06, T:0.43
Consensus pattern (67 bp):
ATATTTTGACTGAAATTAATTAATATAACTATTTATATTAATAAATTCGGTAAAATATATACAAT
TA
Found at i:3294 original size:138 final size:138
Alignment explanation
Indices: 2753--3441 Score: 999
Period size: 138 Copynumber: 5.0 Consensus size: 138
2743 AAAAAAGAAA
* * * **
2753 TATATTCTTTCCAAAAGAATATTAATTTTTATATCTTTTATATTTTGATTGAAATTAATTAATAT
1 TATATTATTTCCAAAAGAATATTAATTTTCATGTCTTTTATATTTTGACCGAAATTAATTAATAT
* * * *
2818 AAATATTTATATTAATAAATTCGGTAAATTATATACAATTAATATTTTGTATGAATCTAATTAAT
66 AACTATTTATATTAATAAATTCGGTAAAATATATACAATTAATATTTTGTATGAATCAAATTCAT
2883 ATATTAAT
131 ATATTAAT
* *
2891 TATATTATTTCCAAAAGAATATTAATTTTCTATGTCTTTTGTATTTTGACCTAAATTAATTAATA
1 TATATTATTTCCAAAAGAATATTAATTTTC-ATGTCTTTTATATTTTGACCGAAATTAATTAATA
* * * * *
2956 TAACTATTTATATTAATAAA-TCTAGTAAAATATAAACAATTAAAATTCTGTCTGAATCAAATTC
65 TAACTATTTATATTAATAAATTC-GGTAAAATATATACAATTAATATTTTGTATGAATCAAATTC
3020 ATATATTAAT
129 ATATATTAAT
* * * **
3030 TATATTCTTCCCAAAAGAATATTAATTTCCATGTCTTTTATATTTTGATAGAAATTAA-T-AT-T
1 TATATTATTTCCAAAAGAATATTAATTTTCATGTCTTTTATATTTTGACCGAAATTAATTAATAT
* * * * *
3092 AATTGTTTATATTCATAAATTCAGTAAAATATATATAATTAATATTTTGTATGAATCAAATTCAT
66 AACTATTTATATTAATAAATTCGGTAAAATATATACAATTAATATTTTGTATGAATCAAATTCAT
* *
3157 ATACTACT
131 ATATTAAT
* * *
3165 TATATTGTTTCTAAAAGAATATTAATTTTGATGTCTTTTATATTTTGACCGAAATTAATTAATAT
1 TATATTATTTCCAAAAGAATATTAATTTTCATGTCTTTTATATTTTGACCGAAATTAATTAATAT
3230 AACTATTTATATTAATAAATTCGGTAAAATATATACAATTAATATTTTGTATGAATCAAATTCAT
66 AACTATTTATATTAATAAATTCGGTAAAATATATACAATTAATATTTTGTATGAATCAAATTCAT
3295 ATATTAAT
131 ATATTAAT
* * ** *
3303 TAAATTATTTCCAAAAGAATATTAATTTTCATGTCTTTAATATTTTGACTAAAATTAATTAATAG
1 TATATTATTTCCAAAAGAATATTAATTTTCATGTCTTTTATATTTTGACCGAAATTAATTAATAT
*
3368 AACTATTTATATTAATAAATTCGGTAAAATATATACAATTAATATTTTGTATGAATCAAATTTAT
66 AACTATTTATATTAATAAATTCGGTAAAATATATACAATTAATATTTTGTATGAATCAAATTCAT
3433 ATATTAAT
131 ATATTAAT
3441 T
1 T
3442 TTATATATGT
Statistics
Matches: 489, Mismatches: 56, Indels: 12
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
135 112 0.23
136 5 0.01
137 3 0.01
138 251 0.51
139 118 0.24
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.06, T:0.46
Consensus pattern (138 bp):
TATATTATTTCCAAAAGAATATTAATTTTCATGTCTTTTATATTTTGACCGAAATTAATTAATAT
AACTATTTATATTAATAAATTCGGTAAAATATATACAATTAATATTTTGTATGAATCAAATTCAT
ATATTAAT
Done.