Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01005474.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_119523, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 17936
ACGTcount: A:0.30, C:0.19, G:0.19, T:0.32


Found at i:6814 original size:3 final size:3

Alignment explanation


    Indices: 6761--6803  Score: 54
    Period size: 3  Copynumber: 15.0  Consensus size: 3

       6751 TACAATTTAC

                                        *   *                          
       6761 ATT ATT -TT A-T ATT ATT ATT CTT GTT ATT ATT ATT ATT ATT ATT
          1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT

       6804 TTGGATTATT


Statistics
Matches: 35,  Mismatches: 3, Indels: 4
        0.83            0.07        0.10

Matches are distributed among these distances:
   2    4  0.11
   3   31  0.89

ACGTcount: A:0.28, C:0.02, G:0.02, T:0.67


Consensus pattern (3 bp):   
ATT
Done.