Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01005490.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_119551, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 2480
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.14, T:0.33


Found at i:1539 original size:17 final size:17

Alignment explanation


    Indices: 1519--1619  Score: 112
    Period size: 17  Copynumber: 5.9  Consensus size: 17

       1509 TGTGAATTGT

                      *      
       1519 TTTTAAATTTTAATTTA
          1 TTTTAAATTTAAATTTA

                  *          
       1536 TTTTAAGTTTAAATTTA
          1 TTTTAAATTTAAATTTA

                         *   
       1553 TTTTAAATTTAAACTTA
          1 TTTTAAATTTAAATTTA

            *   ***          
       1570 CTTTGGGTTTAAATTTA
          1 TTTTAAATTTAAATTTA

                              
       1587 TTTTAAAATTTAAATTTA
          1 TTTT-AAATTTAAATTTA

            *        *     
       1605 CTTTAAATTAAAATT
          1 TTTTAAATTTAAATT

       1620 AAAAAACTCC


Statistics
Matches: 68,  Mismatches: 15, Indels: 2
        0.80            0.18        0.02

Matches are distributed among these distances:
  17   55  0.81
  18   13  0.19

ACGTcount: A:0.38, C:0.03, G:0.04, T:0.55


Consensus pattern (17 bp):   
TTTTAAATTTAAATTTA

Found at i:1562 original size:34 final size:34

Alignment explanation


    Indices: 1519--1619  Score: 130
    Period size: 34  Copynumber: 2.9  Consensus size: 34

       1509 TGTGAATTGT

                      *      *                
       1519 TTTTAAATTTTAATTTATTTTAAGTTTAAATTTA
          1 TTTTAAATTTAAATTTACTTTAAGTTTAAATTTA

                         *       **           
       1553 TTTTAAATTTAAACTTACTTTGGGTTTAAATTTA
          1 TTTTAAATTTAAATTTACTTTAAGTTTAAATTTA

                                    *  *     
       1587 TTTTAAAATTTAAATTTACTTTAAATTAAAATT
          1 TTTT-AAATTTAAATTTACTTTAAGTTTAAATT

       1620 AAAAAACTCC


Statistics
Matches: 56,  Mismatches: 10, Indels: 1
        0.84            0.15        0.01

Matches are distributed among these distances:
  34   33  0.59
  35   23  0.41

ACGTcount: A:0.38, C:0.03, G:0.04, T:0.55


Consensus pattern (34 bp):   
TTTTAAATTTAAATTTACTTTAAGTTTAAATTTA

Found at i:2315 original size:3 final size:3

Alignment explanation


    Indices: 2307--2379  Score: 69
    Period size: 3  Copynumber: 25.0  Consensus size: 3

       2297 TGAATATCAT

                         *                          *        *           * 
       2307 TAA TAA TAA TTA TAA TAA TAA TAA TAA -AA AAA T-A TCA TAA TAA TGA
          1 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA

                  *           *   *            
       2353 TAA TAT TAA TAA TAT TAT TAA TAA TAA
          1 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA

       2380 ATAAAAAAGA


Statistics
Matches: 58,  Mismatches: 10, Indels: 4
        0.81            0.14        0.06

Matches are distributed among these distances:
   2    4  0.07
   3   54  0.93

ACGTcount: A:0.60, C:0.01, G:0.01, T:0.37


Consensus pattern (3 bp):   
TAA

Done.