genome.fa.s5503.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01005503.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_119567, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  294659

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
728--772	18	2.3	19	81	14	56	22	37	8	31	1.85
1647--1699	27	2.0	27	92	3	90	22	18	16	41	1.90
7868--7906	19	2.1	19	100	0	78	30	17	10	41	1.83
17510--17643	30	4.4	30	75	10	121	50	5	2	42	1.37
17510--17643	60	2.2	61	93	1	225	50	5	2	42	1.37
20905--20967	25	2.5	26	86	5	92	28	28	20	22	1.98
22516--22540	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
24810--24854	23	2.0	22	87	12	65	28	0	0	71	0.87
25170--25220	21	2.4	21	80	0	66	56	11	1	29	1.46
25501--25596	38	2.5	38	100	0	192	38	5	16	39	1.71
26399--26631	117	2.0	117	98	0	448	28	18	14	38	1.90
28168--28209	17	2.4	18	80	15	52	47	7	4	40	1.52
28735--28793	20	2.9	20	82	7	57	49	6	0	44	1.29
31061--31153	46	2.0	46	87	4	134	27	21	17	33	1.96
33120--33207	21	4.2	21	80	0	104	30	25	5	38	1.79
33120--33207	42	2.1	42	91	0	140	30	25	5	38	1.79
36142--36184	18	2.3	18	81	14	52	67	2	2	27	1.15
36155--36210	27	2.1	26	83	9	69	66	1	3	28	1.19
50432--50483	4	12.8	4	80	11	61	69	0	26	3	1.06
50739--50793	24	2.2	24	84	9	67	18	0	9	72	1.10
52443--52485	14	3.1	14	79	0	50	27	0	25	46	1.53
55446--55487	16	2.6	17	81	11	52	2	30	4	61	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56672--56751	39	2.0	40	83	11	101	42	2	0	55	1.13
57286--57357	22	3.2	22	78	2	63	26	4	2	66	1.23
60230--60280	17	2.8	20	74	20	56	43	23	0	33	1.54
61473--61623	80	1.9	80	84	2	205	35	23	18	22	1.96
63745--63798	25	2.2	24	78	15	58	29	14	3	51	1.60
76317--76421	52	2.0	52	100	0	210	20	20	24	33	1.97
76317--76400	26	3.1	29	61	25	74	21	20	25	33	1.97
76331--76412	25	3.2	25	63	24	62	21	19	24	34	1.97
76512--76799	43	6.7	43	88	2	366	32	9	27	30	1.88
76512--76799	87	3.3	86	85	2	400	32	9	27	30	1.88
76512--76797	130	2.2	130	88	3	416	32	9	27	30	1.88
76512--76849	87	3.9	86	82	5	312	32	9	26	30	1.88
90340--90395	20	2.8	20	100	0	112	25	14	16	44	1.84
91600--91634	17	2.1	18	89	10	56	40	8	0	51	1.33
94428--96708	265	8.7	263	82	4	2449	38	15	16	30	1.89
97791--97876	26	3.3	26	91	0	136	30	25	12	31	1.93
98195--99770	788	2.0	785	92	1	2622	36	20	8	33	1.84
99793--100827	258	4.0	262	79	6	1019	36	14	16	31	1.89
99794--100827	265	3.9	259	79	6	987	36	14	16	31	1.89
101151--101227	32	2.4	32	86	0	109	33	1	16	48	1.55
102632--102667	14	2.6	14	86	13	56	36	19	2	41	1.66
102722--102778	30	1.9	30	88	0	87	24	15	15	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109050--109094	23	2.0	23	86	8	65	20	11	2	66	1.33
112551--112605	28	2.0	28	100	0	110	40	18	10	30	1.85
113096--113142	21	2.2	21	85	7	60	44	2	2	51	1.25
119983--120024	21	2.0	21	86	9	59	7	0	23	69	1.13
122727--122929	60	3.3	60	80	6	232	32	11	21	34	1.90
127842--127879	20	2.0	20	89	5	60	26	15	0	57	1.38
128237--128314	4	19.5	4	86	5	113	24	1	3	70	1.11
133455--133944	49	10.0	49	75	6	366	36	15	25	22	1.93
133456--133943	147	3.3	148	79	7	517	36	15	25	22	1.93
134168--134505	42	8.0	42	79	5	331	33	23	16	26	1.96
134879--134926	22	2.1	23	84	3	62	75	18	0	6	1.01
135342--135374	17	1.9	17	93	0	57	18	3	0	78	0.87
136625--136663	4	9.8	4	94	0	69	25	2	0	71	0.98
138994--139065	25	2.9	25	80	0	90	37	26	16	19	1.93
139072--139125	27	2.0	27	92	0	90	35	25	14	24	1.94
139746--139794	24	2.0	24	100	0	98	42	24	20	12	1.86
141978--142007	16	1.9	16	93	6	53	16	13	0	70	1.18
141973--142029	22	2.6	22	84	13	66	17	12	1	68	1.29
148456--148555	29	3.4	29	100	0	200	20	20	26	34	1.96
150344--150424	31	2.7	29	83	7	108	29	16	9	44	1.79
150643--150802	59	2.7	58	80	6	162	48	11	15	24	1.77
151362--151388	13	2.1	13	100	0	54	40	0	0	59	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152227--152298	20	3.7	19	75	15	67	68	2	1	27	1.12
152231--152306	39	2.0	39	82	12	95	64	2	1	31	1.15
153752--153796	22	2.0	22	83	8	56	55	0	2	42	1.12
153760--153820	27	2.4	25	79	12	70	60	0	0	39	0.97
156070--156101	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
157117--157156	18	2.1	20	86	9	57	57	5	0	37	1.21
157421--157499	25	3.2	25	75	10	83	36	6	6	50	1.53
163220--163258	20	1.9	21	84	5	53	46	10	10	33	1.72
163548--163588	21	2.0	21	90	0	64	39	14	9	36	1.79
166626--166666	17	2.4	17	83	0	55	17	26	26	29	1.97
166638--166682	17	2.6	17	89	0	63	15	22	28	33	1.95
170283--170351	31	2.3	30	87	7	95	26	1	13	59	1.42
170317--170360	22	2.0	22	86	0	61	29	0	6	63	1.20
170283--170363	31	2.6	31	84	7	94	29	1	12	56	1.43
176550--176592	21	2.0	21	100	0	86	41	13	9	34	1.77
182577--182627	10	4.9	10	80	7	57	29	0	3	66	1.09
183017--183061	23	2.0	23	86	0	63	31	0	8	60	1.28
184052--184095	12	3.6	12	87	3	61	45	2	0	52	1.13
185370--185653	142	2.0	142	93	0	487	28	16	12	42	1.85
193356--193481	49	2.6	49	83	0	135	31	25	13	29	1.94
199785--199860	31	2.5	30	89	2	116	32	10	7	48	1.66
203364--203611	88	2.9	87	86	4	330	33	14	4	47	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204061--204094	18	1.9	17	88	5	50	23	23	0	52	1.47
204206--204272	21	3.3	21	87	10	104	29	16	0	53	1.43
206837--206890	24	2.2	24	80	6	65	61	1	1	35	1.18
206855--206891	19	1.9	19	94	0	65	56	2	0	40	1.13
213585--213674	29	3.1	29	78	12	87	27	7	34	30	1.85
213701--213885	30	6.2	29	69	14	101	38	2	24	33	1.70
213686--213777	30	3.1	29	74	12	78	33	3	31	31	1.74
213686--213885	59	3.4	59	81	4	224	38	3	26	32	1.71
214951--215014	3	21.0	3	78	9	58	40	1	0	57	1.08
214951--215014	12	5.5	12	78	14	71	40	1	0	57	1.08
214958--215014	16	3.7	15	77	11	53	42	1	0	56	1.10
215700--215741	6	7.2	6	81	5	50	50	4	0	45	1.23
215709--215774	17	3.6	18	75	15	55	56	7	3	33	1.43
216487--216757	49	5.5	48	75	9	240	14	25	21	38	1.91
216475--216796	98	3.3	97	85	3	446	15	26	20	38	1.92
216534--216795	49	5.3	48	75	10	224	15	25	19	39	1.91
220907--220945	19	2.1	18	85	4	51	35	0	25	38	1.56
221399--221440	18	2.3	18	87	4	57	4	35	2	57	1.33
225227--225254	13	2.2	13	100	0	56	21	7	14	57	1.61
228333--228404	29	2.6	29	82	8	78	30	8	30	30	1.87
228449--228694	117	2.1	117	83	6	309	40	4	23	32	1.73
228507--228666	30	5.4	30	72	16	111	41	2	21	33	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228507--228694	59	3.2	58	81	6	209	42	3	22	32	1.69
229753--229820	3	22.0	3	76	11	57	41	1	0	57	1.08
229753--229813	12	5.2	12	77	15	65	40	1	0	57	1.08
229757--229813	16	3.7	15	77	11	53	42	1	0	56	1.10
230527--230568	6	7.2	6	81	5	50	50	4	0	45	1.23
230536--230600	17	3.6	18	78	11	62	55	7	3	33	1.44
231415--231447	6	5.5	6	100	0	66	54	0	30	15	1.41
241907--241945	12	3.2	12	81	0	51	66	0	33	0	0.92
242348--242390	17	2.5	17	81	11	52	18	16	11	53	1.72
257654--257853	100	2.0	100	94	0	346	50	11	7	31	1.65

Tables:   1   2