Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01005656.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_119826, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1680
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.25, T:0.28
Found at i:209 original size:96 final size:96
Alignment explanation
Indices: 26--212 Score: 225
Period size: 96 Copynumber: 1.9 Consensus size: 96
16 GCGAAAAGGA
* ** * * * *
26 TATTTGATTATCTCGATTTGAAGAAAGGTTGCACCTAGTGAGTTAAGGTGCAATATTTCGGAATC
1 TATTCGATTATCTCGATTTGAAGAAAAATCGCACCTAGTGAGTTAAGGCGCAATATTTCGAAACC
* * * *
91 GGAGATAAGGAAACATTGCCTCGATTAAGCG
66 CGAAATAAAGAAACATTACCTCGATTAAGCG
*
122 TATTCGATTATTTCGATTTGAAGAAAAATCGCACCTAGTGAGTTAAGGCGCAA-AGTTTCGAAAC
1 TATTCGATTATCTCGATTTGAAGAAAAATCGCACCTAGTGAGTTAAGGCGCAATA-TTTCGAAAC
*
186 CCGAAATAAA-AGAATATTACCTCGATT
65 CCGAAATAAAGA-AACATTACCTCGATT
213 TTAAAGTTTT
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 13, Indels: 4
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
95 2 0.03
96 74 0.97
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.21, T:0.29
Consensus pattern (96 bp):
TATTCGATTATCTCGATTTGAAGAAAAATCGCACCTAGTGAGTTAAGGCGCAATATTTCGAAACC
CGAAATAAAGAAACATTACCTCGATTAAGCG
Found at i:460 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 426--1011 Score: 139
Period size: 30 Copynumber: 19.8 Consensus size: 29
416 ACGGGGGGGC
*
426 AAAATGGTAGTTTTGGAAGGTTCGGAATCA
1 AAAATGGTATTTTTGGAA-GTTCGGAATCA
* *
456 AAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGAT--
1 AAAATGGTATTTTTGGAAGTTCG-GAATCA
* *
484 AAAATGGTAATTTTCGAAAGGTTC-GAATCA
1 AAAATGGT-ATTTTTGGAA-GTTCGGAATCA
**
514 AAAATGAG-ATTTTTGGAAGTTCGAGGGT--
1 AAAATG-GTATTTTTGGAAGTTCG-GAATCA
* * *
542 AAAATGGTAATTTTTAGAAGGGTCTGG-GTCA
1 AAAATGGT-ATTTTTGGAA-GTTC-GGAATCA
* * * *** *
573 AAAACGGGATTTGTGGAAGTTCGGGGGCC
1 AAAATGGTATTTTTGGAAGTTCGGAATCA
* *
602 AAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTAGG-GTCA
1 AAAATGGT-ATTTTTGG-AAG-TTCGGAATCA
*
633 AAAATTAG-ATTTTTGGAAGTTC-G-A-CA
1 AAAA-TGGTATTTTTGGAAGTTCGGAATCA
** ** *
659 GTAAAATGGTAATTTTTAAAAAGGTTCGGGGTTA
1 --AAAATGGT-ATTTTT-GGAA-GTTCGGAATCA
* * **
693 AAAATGGGATTTTTGGGAGTTCGGGGGT--
1 AAAATGGTATTTTTGGAAGTTC-GGAATCA
*
721 AAAATGGTAATTTTTGGTAAGTT--TAAGGTCA
1 AAAATGGT-ATTTTTGG-AAGTTCGGAA--TCA
* **
752 AAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT--
1 AAAATGGTATTTTTGGAAGTTC-GGAATCA
* *
780 AAAATGGTAATTTTTGGAAAGTT-TGAGGTCA
1 AAAATGGT-ATTTTTGG-AAGTTCGGA-ATCA
* * **
811 AAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGAGGGT--
1 AAAATGGTATTTTTGGAAGTTCG-GAATCA
* * ** *
839 AAAATGATAATTTTTAGAAGGTTCGGGTTTA
1 AAAATGGT-ATTTTTGGAA-GTTCGGAATCA
* * **
870 AAAATGGGATTTTTGGGAGTTCGGGGGT--
1 AAAATGGTATTTTTGGAAGTTC-GGAATCA
*
898 AAAATGGTAATTTTTGGAGAGTT--TAAGGTCA
1 AAAATGGT-ATTTTTGGA-AGTTCGGAA--TCA
* **
929 AAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT--
1 AAAATGGTATTTTTGGAAGTTC-GGAATCA
*
957 AAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGTG-GTCA
1 AAAATGGT-ATTTTTGG-AAGTTCG-GAATCA
*
988 AAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGG
1 AAAATGGTATTTTTGGAAGTTCGG
1012 GGGTAAAATG
Statistics
Matches: 418, Mismatches: 74, Indels: 130
0.67 0.12 0.21
Matches are distributed among these distances:
26 2 0.00
27 4 0.01
28 64 0.15
29 132 0.32
30 139 0.33
31 62 0.15
32 14 0.03
34 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.05, G:0.30, T:0.33
Consensus pattern (29 bp):
AAAATGGTATTTTTGGAAGTTCGGAATCA
Found at i:774 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 453--1043 Score: 724
Period size: 59 Copynumber: 10.0 Consensus size: 59
443 AGGTTCGGAA
* * * *
453 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGATAAAATGGTAA-TTTTCGAAAGGTTCGAA--
1 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAA-GTT-TAAGG
* * * * * *
511 TCAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGGTCT-GGG
1 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAA-AGTTTAAGG
* * * *
570 TCAAAAACGGGATTTGTGGAAGTTCGGGGGCCAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTAGGG
1 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGG-TAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTAAGG
** *** ** ***
630 TCAAAAATTAGATTTTTGGAAGTTCGACAGTAAAATGGTAATTTTTAAAAAGGTTCGGGG
1 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAA-GTTTAAGG
* * *
690 TTAAAAATGGGATTTTTGGGAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGTAAGTTTAAGG
1 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTAAGG
*
749 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTGAGG
1 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTAAGG
* * * * * **
808 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAATGATAATTTTTAG-AAGGTTCGGG
1 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTAAGG
* * *
866 TTTAAAAATGGGATTTTTGGGAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAGAGTTTAAGG
1 -TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTAAGG
***
926 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGTGG
1 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTAAGG
985 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTAAGG
1 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTAAGG
1044 ACCTCTAGGG
Statistics
Matches: 454, Mismatches: 70, Indels: 17
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
58 46 0.10
59 311 0.69
60 97 0.21
ACGTcount: A:0.32, C:0.05, G:0.30, T:0.34
Consensus pattern (59 bp):
TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTAAGG
Found at i:923 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 453--1030 Score: 833
Period size: 177 Copynumber: 3.3 Consensus size: 177
443 AGGTTCGGAA
* * * *
453 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGATAAAATGGTAA-TTTTCGAAAGGTTC-GAATCAAA
1 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAG-AAGGTTCGGGATTAAA
* * * * * * * *
516 AATGAGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGGTCT-GGGTCAAAAACGG
65 AATGGGATTTTTGGGAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTT-GGAGAGTTTAAGGTCAAAAATGG
* *
580 GATTTGTGGAAGTTCGGGGGCCAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTT-AGGG
129 GATTTTTGGAAGTTCGGGGG-TAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTGA-GG
** ** * *
630 TCAAAAATTAGATTTTTGGAAGTTCGACAGTAAAATGGTAATTTTTAAAAAGGTTCGGGGTTAAA
1 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTT-AGAAGGTTCGGGATTAAA
695 AATGGGATTTTTGGGAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGTA-AGTTTAAGGTCAAAAATGG
65 AATGGGATTTTTGGGAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGG-AGAGTTTAAGGTCAAAAATGG
759 GATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTGAGG
129 GATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTGAGG
* * *
808 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAATGATAATTTTTAGAAGGTTCGGGTTTAAAA
1 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGATTAAAA
873 ATGGGATTTTTGGGAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAGAGTTTAAGGTCAAAAATGGGA
66 ATGGGATTTTTGGGAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAGAGTTTAAGGTCAAAAATGGGA
* *
938 TTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGTGG
131 TTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTGAGG
*
985 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTT
1 TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTT
1031 GGAAAGTTTA
Statistics
Matches: 361, Mismatches: 33, Indels: 14
0.88 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
176 1 0.00
177 204 0.57
178 81 0.22
179 75 0.21
ACGTcount: A:0.31, C:0.05, G:0.30, T:0.34
Consensus pattern (177 bp):
TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGGGATTAAAA
ATGGGATTTTTGGGAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAGAGTTTAAGGTCAAAAATGGGA
TTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTGAGG
Done.